Cmplot批量绘制GEEMA的GWAS结果manhattan/QQ图

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分类专栏： GWAS 文章标签： r语言

于 2025-02-19 22:34:23 首次发布

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输入文件为GEMMA进行GWAS的结果文件（参数设置请参考官方说明书）

#############################################
################## R代码 ####################
#############################################
#绘图
# 清空环境变量
rm(list = ls())

# 设置工作目录
setwd("/home/wzy/gemma/output/")

# 加载必要的包
library(CMplot)
library(dplyr)

# 获取当前目录下所有扩展名为 .assoc.txt 的文件（包括完整路径）
files <- list.files(pattern = "\\.assoc\\.txt$", full.names = TRUE)

# 定义处理单个文件并绘图的函数
process_file <- function(file) {
  # 读取数据（假设数据以空格或制表符分隔，且包含表头）
  data <- read.table(file, header = TRUE)
  
  # 选择指定的列（第2,1,3,12列），请确认这4列为所需数据
  data <- data[, c(2, 1, 3, 12)]
  
  # 过滤数据：去除“chr”列中等于23的记录
  # 如果你的数据中第二列的名称不是 "chr"，请改为正确的列名
  data <- data %>% filter(chr != 23)
  
  # 提取文件基本名称（不带路径和扩展名）
  file_name <- tools::file_path_sans_ext(basename(file))
  
  # 定义输出文件前缀，保存到当前工作目录
  manhattan_prefix <- paste0(file_name, "_manhattan")
  qq_prefix <- paste0(file_name, "_qq")
  
  ## 绘制曼哈顿图，使用 CMplot 内置输出功能 ##
  CMplot(data,
         plot.type = "m",
         col = c("skyblue", "gray80"),
         cex = 0.9,
         LOG10 = TRUE,
         multracks = FALSE,
         threshold = c(5e-8, 1e-6),
         threshold.lty = c(1, 2),
         threshold.lwd = c(1, 1),
         threshold.col = c("red", "grey"),
         amplify = TRUE,
         file = "tiff",      # 输出格式为 TIFF
         dpi = 500,
         signal.cex = c(1, 1),
         signal.col = c("red", "green"),
         file.output = TRUE,
         file.name = manhattan_prefix)
  
  ## 绘制 QQ 图 ##
  # 计算 λ（lambda）值：利用 p_wald 列计算 Z 值，再取中位数
  p_value <- data$p_wald
  z <- qnorm(p_value / 2)
  lambda <- round(median(z^2, na.rm = TRUE) / 0.454, 3)
  
  CMplot(data,
         plot.type = "q",
         conf.int.col = NULL,
         box = TRUE,
         file = "tiff",
         main = paste("λ =", lambda),
         dpi = 500,
         file.output = TRUE,
         file.name = qq_prefix,
         verbose = FALSE)
  
  cat("Processed file:", file, "\n")
}

# 遍历所有文件进行处理
lapply(files, process_file)

只绘制一个曼哈顿图和QQ图，使用以下R代码(这里输入文件以GMATs的GWAS结果文件为例)

#设置工作路径
setwd("/home/wzy/geno/GMATs/")
data <- read.table("adg.0_12848070.res", header = T)
data=data[,c(3,2,5,13)]

#加载R包
library(CMplot)
##曼哈顿图
CMplot(data,
       plot.type = "m",
       col = c("skyblue", "gray80"),
       cex = 0.9,
       LOG10 = TRUE,
       multracks = FALSE,
       threshold = 5e-8,
       threshold.lty = 1,
       threshold.lwd = 1,
       threshold.col = "red",
       amplify = TRUE,
       file = "tiff",      # 输出格式为 TIFF
       dpi = 500,
       signal.cex = 1,
       signal.col = "red",
       file.output = TRUE,
       #file.name = manhattan_prefix
)

#计算膨胀系数
p_value <- data$p
z <- qnorm(p_value / 2)
lambda <- round(median(z^2, na.rm = TRUE) / 0.454, 3)

##绘制QQ图
CMplot(data,
       plot.type = "q",
       conf.int.col = NULL,
       box = TRUE,
       file = "tiff",
       main = paste("λ =", lambda),
       dpi = 500,
       file.output = TRUE,
       #file.name = qq_prefix,
       verbose = FALSE)