基于Pytorch深度学习——从深度学习角度详解2024年诺贝尔化学奖AlphaFold2

AlphaFold2是由DeepMind开发的一种深度学习模型，旨在解决蛋白质折叠问题。蛋白质的三维结构对于理解其功能至关重要，而传统的实验方法（如X射线晶体学或核磁共振）既耗时又昂贵。AlphaFold2通过使用先进的神经网络架构，能基于氨基酸序列预测蛋白质的三维结构。同时，该模型也是2024年诺贝尔化学奖模型，十分值得我们学习。
本博客参考李沐老师对AlphaFold2的理解，视频链接如：李沐老师AlphaFold2

前置知识

相信大部分的同学都和我一样，都不是从事化学行业的，所以在读这一篇论文之前，需要一定的前置知识。

如何观察蛋白质的结构

X射线晶体学 (X-ray Crystallography)

原理：通过将蛋白质结晶化，然后用X射线照射这些晶体，测量散射光的衍射图案。根据衍射图案，可以推算出蛋白质的三维结构。
优点：这种方法提供了非常精确的结构信息，尤其适用于大多数蛋白质。
缺点：蛋白质必须首先结晶化，这对于某些蛋白质（尤其是大分子或者膜蛋白）来说非常困难和耗时。