生信技能73 - 三代测序Nanopore和PacBio-HiFi/CCS原始数据过滤及可视化

1. 简介

NanoPlot：用于纳米孔测序数据的质量控制与可视化，输入支持FASTQ、FASTA、BAM、SAM等格式，生成序列长度、质量分数、GC 含量等分布图，可视化读长 N50、通量、碱基质量等关键指标。

NanoPlot --fastq reads.fastq -o nanoplot_report

**Porechop：**用于纳米孔测序数据的接头去除与序列分割，输入支持FASTQ/FASTA文件，能自动识别并切割 Oxford Nanopore 测序接头。

# 基本用法
porechop -i input.fastq -o trimmed.fastq.gz --threads 4