clusterProfiler功能富集分析和通路富集分析

最新推荐文章于 2025-06-05 09:27:21 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： r语言
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clusterProfiler是R语言中用于生物信息学数据富集分析的工具，支持对多种生物物种的基因集进行功能和通路富集，帮助研究者揭示基因在生物学过程中的角色。其主要步骤包括导入基因集和注释数据，进行功能和通路富集分析，以及结果的解释和可视化。示例教程展示了如何进行基础分析，实际应用中可进行更复杂的操作。

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clusterProfiler简介

clusterProfiler是一个用于生物信息学数据富集分析的R包。它提供了一种方便的方式来对基因集（如差异表达基因、共表达模块等）进行功能和通路富集分析，从而帮助研究者更好地理解基因集在生物学过程中的功能和调控机制。clusterProfiler支持对多种生物物种的基因集进行富集分析，包括人类、小鼠、果蝇、斑马鱼等。

clusterProfiler流程

clusterProfiler的使用流程主要包括：

  1. 导入基因集和注释数据：首先，导入您的基因集和相应的基因注释数据，通常是Ensembl或其他数据库的基因ID和注释信息。

  2. 功能富集分析：对基因集进行功能富集分析，以发现与这些基因相关的生物学功能，如GO（Gene Ontology）功能、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路等。

  3. 通路富集分析：对基因集进行通路富集分析，以发现这些基因参与的生物学通路和代谢网络。

  4. 结果解释和可视化：最后，对富集分析的结果进行解释和可视化，

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R语言中的clusterProfiler功能：富集分析和通路富集分析
TechCraze的博客
08-28 1561
clusterProfiler包提供了一系列函数和工具，用于从高通量实验数据中鉴定基因集合的富集情况，并提供了可视化工具帮助解释和展示结果。通过使用clusterProfiler包，我们可以方便地进行基因集合的富集分析和通路富集分析，并得到直观的结果展示。在R语言中，clusterProfiler是一个强大的包，提供了丰富的功能用于进行富集分析和通路富集分析。函数进行基因的富集分析，并指定了使用的数据库、基因ID类型、富集分析的本体以及统计显著性的调整方法和阈值。函数对富集分析结果进行可视化展示。
9、使用RNA-Seq数据进行基因本体论、富集分析和通路分析
最新发布
rr23456的博客
06-11 266
本文详细介绍了如何使用RNA-Seq数据进行基因本体论（GO）、富集分析和通路分析，帮助研究人员理解基因表达数据背后的生物学意义。文章涵盖了数据分析的工作流程、常用工具及数据库，并通过实际应用案例展示了这些技术在斑马鱼胚胎发育、癌症研究和植物胁迫响应中的应用。
clusterprofiler进行富集分析
Frankooool的博客
07-19 946
library(readr) library(topGO) library(KEGGREST) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(tidyverse) test1 = bitr(gene, fromType="SYMBOL", toType=c("ENSEMBL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") ego_ALL <- enrichGO(gene = test1$ENTREZID,
安装R语言clusterProfiler包，一言难尽的那些事
qq_25392465的博客
06-05 1096
安装R语言clusterProfiler包，各种包套包。有吐槽，有解决办法，等有时间，再给其优化优化成python包。
R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析
weixin_45822007的博客
11-08 1万+
R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析clusterProfiler这个包我就不再介绍了，网上关于用这个包做的基础的富集分析的教程已经非常多了，今天主要介绍一...
使用`clusterProfiler`：生物信息学中的高效集群分析工具
gitblog_00027的博客
04-11 901
使用clusterProfiler：生物信息学中的高效集群分析工具 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目简介 是一个开源R包，主要用于高通量数据集（如基因表达数据）的生物通路和功能富集分析。项目由南京大学的Yu Lab团队开发并维护，旨在简化和标准化复杂的生物信息学工作流程，使研究人员能够更方便地理解和解释大规模实验数据。 技术分析 clusterProfiler...
Clusterprofiler-多分组富集分析及可视化
qq_42090739的博客
10-13 6429
clusterprofile中自带可视化函数---dotplot，这里我们选择可视化5个term，当然了，默认的图可能不太好修改，我们可以导出数据，在ggplot2中可视化！一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实现多组分析，这里演示一下。更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。这里利用单细胞构建了一个数据，其他数据构建成如此即可！构建分组，转化genesymbol-gene ID。富集分析，去除冗杂terms！
ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种
微生信
09-05 1710
为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set enrichment analysis，GSEA），它使用全部基因作为输入，找出具有协同差异 (concordant di
clusterprofiler
fengleqi的博客
06-15 7042
http://www.biotrainee.com/thread-632-1-1.html 1.做GO和KEGG：接下来就是clusterprofiler的函数：library(clusterProfiler)ego=enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = gene1,pvalueCutoff = 0.01,readable=TRUE)#一行代码完成GO富集，g...
使用clusterProfiler进行KEGG富集分析
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11-05 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API 链接如下 http://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway 通过该链接可以获得以下内容 path:hsa00010 hsa:10327 path:hsa00010 hsa:124 pa...
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
4. **执行富集分析**：使用`enrichGO`、`enrichPathway`等函数对基因集合进行GO富集或通路富集分析，设置合适的阈值（如p值、FDR）筛选显著富集的项。 5. **结果可视化**：利用`dotplot`、`barplot`等函数绘制富集...
clusterProfiler:基因和基因簇的功能谱的统计分析和可视化
04-28
clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。 有关详细信息，请访问 。 :writing_hand: 作者 余光创 南方医科大学基础医学院 使用clusterProfiler时，请引用以下文章： 于庚，王L，韩Y和何Q * 。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。 OMICS：综合生物学杂志。 2012，16（5）：284-287。
clusterprolifer富集分析从loupe得到的11个亚群进行富集分析clusterprolifer 选择基因的条件为log2FC＞1&PValue＜0.01
生信小博士的博客
08-19 654
【代码】clusterprolifer富集分析从loupe得到的11个亚群进行富集分析clusterprolifer 选择基因的条件为log2FC>1&PValue
使用clusterProfiler进行GO富集分析
庐州月光的博客
11-05 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。 进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息 pac...
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Tian問的博客
10-03 3万+
概念： 基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。 基因的功能富集的目的说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。 原理： 基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现来得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P值，判断给定的基因集在功能（或通路）的基因数目超过了随机的期望，是一个小概率事件。 变
如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
07-22 3026
NGS 测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。对成百上千甚至上万个基因进行解读，往往是困难的，对基因进行分组以帮助对数据的理解就非常有必要。KEGG 富集分析就是一种非常流行的对基因集进行分组的方法。安装BiocManager::install("clusterProfiler") BiocManager::...
学会富集分析，必须掌握的clusterProfiler生态！
庐州月光的博客
04-29 2301
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R语言安装clusterProfiler
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08-12 1016
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative studyClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具总览1. 引言1.1 术语1.1.1 基因集和通路1.1.2 基因同源（GO）1.1.3 京都基因与基因组百科全书（KEGG）1.1.4 其他基因集2. 功能富集分析方法2.1 过度表征分析（Over Representation Analysis）2.2 基因集富集分析（Gene Se
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