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RSS订阅原创 最经典、主流的药物靶点筛选技术——TPP热蛋白组分析
对样本进行单温度热处理（哺乳动物样本建议48-56℃），通过离心分离各样本中的变性组分（蛋白沉淀），通过质谱对各样本中溶液上清的蛋白进行定量检测，分析药物作用后蛋白组的热稳定性变化，筛选药物作用靶点。对于药物活体处理实验，药物作用会引起靶蛋白及其下游蛋白的代谢功能变化，此时通过TPP实验筛选出的热稳定性变化蛋白可能包括药物直接作用靶点、发生翻译后修饰和互作变化的下游靶点等。对热处理之后的非变性组分（离心上清）进行质谱检测，筛选出组间蛋白定量差异，分析差异蛋白的热稳定性变化，最终确认药物作用靶点（图3）。
2025-06-06 09:50:10
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原创 邻近标记技术：解锁蛋白质空间奥秘的钥匙
例如可以将邻近生物素标记酶与细胞表面的整合素偶联，评估了细胞外基质蛋白在细胞-细胞相互作用界面的局部富集情况，通过质谱分析和生物信息学处理，成功鉴定了细胞相互作用界面的蛋白质组，为研究细胞间的通讯和相互作用网络提供了详细的分子信息，有助于揭示细胞在组织中的协作机制和疾病发生发展过程中的细胞间相互作用变化。通过对肿瘤组织切片中特定肿瘤细胞的邻近标记和富集，能够鉴定出肿瘤细胞特有的蛋白质表达谱和相互作用网络，以及肿瘤细胞与周围细胞之间的蛋白质交流，为肿瘤的诊断、治疗和预后提供潜在的生物标志物和治疗靶点。
2025-06-05 16:04:07
748
原创 BioID技术：揭示铁死亡机制中Caspase-2蛋白相互作用网络
在一篇以Caspase-2为研究对象的铁死亡机制研究中，BioID技术发挥了关键作用，为了探究Caspase-2在铁死亡中的作用机制，该研究采用了BioID技术鉴定与Caspase-2相互作用的蛋白质网络。BioID技术在研究Caspase-2与铁死亡机制中的应用，不仅成功鉴定了Caspase-2在突变型p53癌细胞中的相互作用蛋白网络，还为深入理解Caspase-2在铁死亡中的作用机制提供了关键信息。随着BioID技术的不断发展和完善，其在铁死亡及其他细胞死亡机制研究中的应用前景将更加广阔。
2025-06-03 11:13:06
856
原创 BioID技术在宿主-病原体相互作用领域的应用
Jiang等利用TurboID研究了猪链球菌分泌的毒力蛋白SLY与宿主细胞表面蛋白的相互作用，发现SLY可与ARF6和PNN等宿主蛋白相互作用，并揭示了ARF6在SLY诱导的细胞毒性等过程中的作用。Ward等通过BioID技术研究了艰难梭菌毒素B（TcdB）与宿主细胞表面及细胞内因子的相互作用，利用重组蛋白与TurboID的融合蛋白，鉴定了多个候选相互作用蛋白，包括已知的受体如LRP1和FZD2等。在沙门氏菌效应蛋白的研究中，BioID技术成功鉴定了多个已知和新的宿主相互作用蛋白。
2025-05-30 16:25:15
614
原创 TurboID技术：高效探索植物蛋白研究的工具
此外，该技术操作简便，生物素化蛋白易于纯化，且在瞬时表达系统中表现高效，可应用于多种植物组织和物种，无需依赖转基因植物。例如，在研究植物亚细胞区域蛋白质组时，TurboID能够高效捕获特定区域的蛋白质，为理解细胞器功能和相互作用提供重要信息。随着技术的不断优化和创新，TurboID及其衍生技术有望在植物生物学研究中发挥更大作用，助力科学家深入探索植物细胞的奥秘，为农业生物技术的发展提供新的理论基础和实践指导。TurboID技术的出现，为植物研究蛋白带来了新的突破，成为研究蛋白质相互作用和定位的有力工具。
2025-05-28 09:54:46
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原创 邻近标记技术（PL）：探索生物分子相互作用的前沿工具
PL技术的出现为这一领域带来了转机，先前的研究表明，APEX技术通过将APEX2酶靶向特定细胞区域，在H2O2和生物素标记的苯酚作用下，产生活性中间体，成功标记邻近的蛋白和RNA，帮助绘制出RNA在细胞内的分布图谱及其与蛋白的相互作用网络。另一方面，基于细胞表面糖链的标记方法，如将APEX2与糖链结合蛋白融合，或通过代谢引入含叠氮基的唾液酸标记细胞表面蛋白，为探究细胞间通信和细胞表面动态变化提供了有力工具，揭示细胞如何感知外界环境并做出响应。蛋白质在细胞内的运输过程对于细胞功能的正常发挥至关重要。
2025-05-26 15:01:31
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原创 邻近标记技术（PL）在癌症研究中的应用
然而，传统的研究方法如免疫沉淀（IP-MS）和亲和纯化-质谱法（AP-MS）往往存在局限性，难以捕捉到弱或瞬时的蛋白质相互作用，尤其是涉及膜相关受体的相互作用。未来，随着技术的不断发展和改进，邻近标记技术有望在癌症研究中发挥更大的作用，特别是在揭示受体信号机制、改善靶向治疗以及克服药物抗性方面。我们期待该技术能够为癌症的精准治疗和个体化医疗提供更多的创新解决方案。该技术能够在活细胞的天然环境中捕捉蛋白质相互作用，包括弱或瞬时的相互作用，提供高分辨率的空间信息，并能够在体内和体外模型系统中应用。
2025-05-23 14:00:31
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原创 过氧化物酶的邻近标记技术（APEX）：最灵敏的蛋白互作方法
从早期的APEX到如今的多种衍生技术，每一次改进都为研究提供了更强大的功能和更广阔的视野，其原理和操作步骤的阐述，让我们清晰地了解到这一技术如何精准地捕捉蛋白质的邻近信息，为揭示蛋白质相互作用和细胞内复杂网络提供了独特手段。基于过氧化物酶的邻近标记技术的原理是将过氧化物酶与目标蛋白融合表达，在过氧化氢存在的情况下，过氧化物酶能够催化生物素-酚等底物形成自由基，这些自由基具有高反应活性，可与标记半径内的邻近蛋白质的特定氨基酸残基反应，形成共价加合物，从而实现对邻近蛋白质的标记。基于过氧化物酶的邻近标记原理。
2025-05-22 14:58:06
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原创 TurboID技术：邻近标记技术的高效工具
同时，随着对TurboID技术的深入研究和应用，我们期待它能够在更多的细胞器和细胞外环境中发挥作用，为揭示细胞内的蛋白质相互作用网络和生命活动的奥秘提供更加强大的技术支持。在活细胞内，TurboID能利用ATP将生物素转化为高反应活性的生物素-5'-AMP中间体，该中间体可与目标蛋白邻近的蛋白质上的赖氨酸残基发生共价结合，实现对邻近蛋白的生物素化标记，进而在短时间内高效捕获蛋白质相互作用网络。应运而生，这是一种经过定向进化的BioID变体，能够在更短的时间内完成生物素标记，并且在较低温度下也能有效工作。
2025-05-21 15:47:26
564
原创 BioID技术：探索蛋白质相互作用的新方法
随后，利用链霉亲和素的高亲和力，可以将生物素标记的蛋白质纯化出来，并通过质谱分析鉴定这些蛋白质，从而揭示目标蛋白的潜在相互作用伙伴。由于标记过程是在活细胞中进行的，通过分析被标记蛋白质的分布，可以推断目标蛋白在细胞中的位置以及其在不同生理状态下的定位变化。同时，需要设置适当的对照组，包括野生型细胞、BirA单独表达的细胞以及具有特定细胞定位信号的BirA表达细胞等，以排除非特异性标记和背景噪声的干扰。经过一系列严格的洗涤步骤去除未结合的蛋白质后，使用适当的洗脱条件将标记的蛋白质从磁珠上洗脱下来。
2025-05-20 15:00:30
858
原创 TPP及CETSA助力天然产物的研发及研究
此外，TPP技术还衍生出了多种改进方法，如二维TPP（2D-TPP）、细胞表面TPP（CS-TPP）、简化版TPP（STPP）、基于热稳定性变化的二维凝胶电泳荧光差异分析（TS-FITGE）和沉淀支持的TPP（PSTPP）等，这些方法在提高TPP的灵敏度、特异性和成本效益方面发挥了重要作用。综上所述，CETSA及TPP作为一种新兴的靶点识别和药物研发工具，凭借其独特的优势和广泛的应用前景，正逐渐成为天然产物药物研发领域的重要技术手段。的出现，为天然产物的靶点识别和药物研发提供了全新的方法。
2025-05-15 09:17:42
606
原创 基于热蛋白质组分析（TPP）的微生物蛋白质相互作用研究
如今，在微生物研究领域，TPP的应用为深入探究化学物质对微生物的分子机制及其生理影响开辟了新的视野，展现出蓬勃的发展生机。未来，随着技术的进一步发展和优化，TPP有望在微生物研究中发挥更加重要的作用，尤其是在探索微生物与化学物质相互作用的复杂网络方面。通过揭示化学物质在微生物中的多靶点效应和非预期相互作用，TPP有助于深入了解化学物质对微生物生理和代谢的影响，为评估化学物质的环境安全性和生物学效应提供了重要的分子机制见解。随着TPP技术的不断完善和应用范围的扩大，其在微生物研究中的价值将得到进一步体现。
2025-05-12 11:19:55
269
原创 热蛋白质组分析（TPP）技术的优劣势探讨
热蛋白质组分析（Thermal Proteome Profiling，TPP）是一种新兴的基于质谱（MS）的蛋白质组学技术，与细胞热位移分析（CETSA）相结合，通过检测蛋白质热稳定性的变化来研究蛋白质与配体的相互作用以及蛋白质的翻译后修饰。其次，精确的温度控制是实验成功的关键因素之一，因为温度的微小波动可能会影响蛋白质的热稳定性。TPP技术无需对蛋白质进行化学修饰，能够以天然形式捕获小分子的目标蛋白，这一特性避免了化学修饰可能带来的蛋白质结合亲和力改变的问题，确保了实验结果的准确性和可靠性。
2025-05-09 16:40:44
934
原创 表面等离子共振技术（SPR）在小分子与蛋白质相互作用研究中的应用
分析物与配体结合时，传感器表面折射率改变，转换为SPR信号并以共振单位（RUs）量化，通过监测SPR信号变化，可获分子结合动力学和亲和力信息。随着科技的不断进步，SPR 技术在生物医学研究范畴内的应用前景愈发广阔，其在蛋白质—蛋白质、DNA—蛋白质以及抗体—抗原等各类相互作用研究中的广泛深度应用，清晰地彰显了其对药物研发和疾病治疗策略创新的强大推动力，可以说，SPR 技术已然成为生物医学研究领域一颗闪耀且具有无限潜能的明星，持续推动着该领域的蓬勃发展。监测SPR信号变化，记录结合和解离过程。
2025-05-08 14:20:33
1025
原创 LiP-MS与TPP联用：千金藤素在高尿酸血症中的抗神经炎症作用
然而，尿酸诱导胶质细胞炎症的精确机制尚不清楚，且尚未确定有效的药物来抑制尿酸诱导的神经炎症。，针对与尿酸诱导炎症相关联的靶标开展研究，并在体外与体内实验中均验证了CEP所呈现出的抗神经炎症效果，由此为预防以及治疗高尿酸关联的中枢神经系统疾病筑牢了科学依据，提供了有力支撑。，并通过网络分析发现PPP2R1A与NF-κB信号通路相关，并且通过进一步的分析显示，与尿酸相互作用后，多个参与炎症反应的蛋白如CAV1、PIK3R4、PIK3CA等的表达水平发生了变化，表明这些蛋白可能在尿酸诱导的神经炎症中发挥了作用。
2025-04-30 15:07:26
898
原创 TPP揭示前列腺癌细胞焦亡的细胞靶点
研究的优势在于结合多种先进技术，不仅确定了CNPY3为GBA的关键靶点，还阐明了其通过去乳酸化影响溶酶体稳定性的分子机制。为了验证GBA与CNPY3的结合，研究首先通过表面等离子共振（SPR）分析测定了它们的结合亲和力，确定了结合常数（KD）为278 nM，表明GBA与CNPY3之间存在强相互作用。根据先前的研究，在TPP实验中使用的配体浓度通常低于药物处理所用的浓度。是从藤黄属植物的干树脂中提取的一种笼状黄酮成分，先前的研究表明GBA能够抑制多种癌症的肿瘤形成和转移，但其作用细胞靶点尚不清楚。
2025-04-28 16:40:14
891
原创 联用 LiP-MS 技术与 SPR 技术鉴定和验证蛋白相互作用
一方面，可用于研究药物与蛋白靶点的相互作用，先通过LiP-MS初步筛选出药物候选分子作用的潜在蛋白靶点，再借助SPR技术详细评估药物与靶点的结合特性，从而加速药物研发进程，提高研发成功率；研究利用LiP-MS技术对肺组织裂解液中的蛋白进行了分析，以确定与3-HAA相互作用的蛋白。通过对质谱数据的处理和筛选，鉴定了出与3-HAA相互作用的潜在蛋白，其中FTH1表达的变化与铁死亡的抑制密切相关，可作为潜在的治疗靶点，这一发现为后续深入研究 3-HAA的作用机制提供了关键线索。
2025-04-25 14:16:52
830
原创 LiP-MS：开启癌症生物标志物发现的新篇章
LiP-MS技术的优势在于其能够揭示蛋白质构象变化及其相关的生物学过程，从而为癌症的诊断和预后提供新的生物标志物。与传统的基于蛋白质丰度的方法相比，LiP-MS能够检测到更丰富的生物学信息，尤其是在蛋白质动态范围较大的复杂生物基质中。例如，TKT的上调和IGHA1的糖基化修饰变化可以作为潜在的诊断和预后标志物，帮助临床医生制定更精准的治疗方案。：研究发现，与健康对照组相比，OSCC患者的唾液中存在253种具有显著结构变化的蛋白质，而传统的基于胰蛋白酶消化的蛋白质组学方法仅能识别23种差异蛋白质。
2025-04-24 14:02:13
301
原创 SPR技术在蛋白质相互作用研究中的原理与应用探析
无需对蛋白质进行荧光标记等预处理，可在分子相互作用的自然状态下，实时记录结合和解离的动态过程，提供完整的动力学信息，包括结合速率常数（k_on）、解离速率常数（k_off）以及平衡解离常数（K_D），从而准确评估蛋白质间的亲和力和相互作用机制。3.结果与分析：SPR技术测得的酶—底物结合动力学参数显示，在某一特定酶促反应体系中，底物与酶的结合速率较快且亲和力适中，为后续深入研究该酶的催化循环过程以及筛选具有更高抑制活性的小分子化合物提供了精确的定量数据，加速了药物研发进程。
2025-04-23 13:55:07
792
原创 热蛋白质组分析（TPP）：解析病原体与宿主细胞相互作用的新利器
在沙门氏菌感染的研究中，TPP不仅帮助研究者区分了活菌与死菌感染引起的宿主细胞响应，还揭示了关键蛋白的热稳定性变化和新的分子相互作用。未来，随着TPP技术的不断完善和应用范围的扩大，它有望在更多的病原体-宿主相互作用研究中发挥作用，为感染机制的理解和新型治疗靶点的发现提供重要支持。然而，蛋白热稳定性变化在活STm和HK-STm处理之间的相关性较低，尤其是在感染4小时后，这与STm的SPI-2效应子注入和细胞内增殖时间一致，表明活STm对宿主蛋白热稳定性有广泛影响。STm感染会影响宿主蛋白质的热稳定性。
2025-04-21 16:24:45
319
原创 热蛋白质组分析技术（TPP）在前列腺癌治疗研究中的应用
实验发现，VNPP433-3β与LSS的结合能为-10.2kcal·mol⁻¹，与CYP51A1的结合能为 -9.9kcal·mol⁻¹，表明其与这两种蛋白质具有较强的结合亲和力。随后，通过高分辨率质谱技术对收集到的蛋白质进行分析。近年来，随着该技术的不断发展和完善，其在药物研发中的应用越来越广泛，尤其是在癌症治疗研究方面展现出巨大的潜力。从研究结果来看，其为新型前列腺癌治疗药物的开发筑牢了根基，提供了坚实的理论支撑，同时，TPP技术在揭示药物作用原理方面的卓越效能及巨大应用潜力也得以充分彰显。
2025-04-18 16:09:46
414
原创 热蛋白质组分析（TPP）与多组学技术整合：揭示复杂分子机制的协同策略
例如，在研究PARP抑制剂（如Olaparib）对卵巢癌细胞的作用时，TPP与转录组学和磷酸化蛋白质组学数据的整合揭示了PARP抑制对DNA损伤响应、细胞周期调控以及干扰素信号通路的综合影响。例如，在PARP抑制剂的研究中，磷酸化蛋白质组学数据揭示了ATM-ATR轴的激活，而TPP数据则捕捉到相关激酶（如CDK1和CHEK2）的热稳定性变化。例如，在PARP抑制剂的研究中，转录组学数据揭示了干扰素信号通路的转录激活，而TPP数据则捕捉到相关蛋白质（如MX1和OAS1）的热稳定性变化。
2025-04-17 11:29:31
534
原创 蛋白质-蛋白质相互作用的常用方法及其技术优势
这些技术各具特色，从捕获稳定和瞬时相互作用的AP-MS，到解析动态相互作用的PL-MS，再到提供结构信息的LiP-MS和TPP，它们为研究天然免疫系统中的PPIs提供了多样化的工具。该方法通过将目标蛋白与标记酶融合，在激活酶后产生短寿命的自由基，与邻近蛋白质形成共价键，然后通过链霉亲和素亲和纯化和质谱分析鉴定标记的蛋白质。近年来，基于质谱（MS）的技术已成为研究 PPIs 的有力工具，凭借其卓越的灵敏度和特异性，这些方法能够系统性地解析蛋白质复合物，并在复杂的信号转导网络中揭示相互作用的对应关系。
2025-04-15 16:29:58
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原创 STRING Viruses数据库——病毒与宿主互作的“百科全书”
作为国际知名数据库STRING的专精分支，STRING Viruses专注于收录病毒蛋白与宿主蛋白的相互作用信息，涵盖HIV、HPV、流感病毒等超200种病原体。在PubMed摘要中的共同提及（Co-Mentioned in PubMed Abstracts）在人工整理数据库中的关联（Association in Curated Databases）凭借其权威的病毒-宿主蛋白互作数据，已成为全球科研者的“利器”。⭐免费数据下载：团队持续补充最新研究成果，互作信息均可免费下载。
2025-04-15 14:23:21
167
原创 TPP技术：解锁癌细胞中药物-蛋白质相互作用的钥匙
未来，随着TPP技术的不断发展和完善，其在癌症治疗中的应用前景将更加广阔，有望为癌症患者带来更加有效的治疗方案和更高的生存率。例如，通过监测抗癌药物处理后相关蛋白的热稳定性变化，TPP能够揭示药物与靶点的直接相互作用，为新型抗癌药物的开发提供关键靶点信息。例如，研究通过TPP技术成功筛选出HnRNP A2/B1作为雷公藤内酯（Triptolide, TP）抗肿瘤作用的潜在直接靶点，不仅揭示了TP的多靶点协同机制，还为天然产物药物靶点的快速筛选提供了新的技术手段。
2025-04-14 16:35:35
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原创 热蛋白质组分析（TPP）：解锁蛋白质相互作用的全新视角
是一种创新的生物物理技术，它基于蛋白质在加热时的热稳定性变化，揭示蛋白质相互作用的动态网络。TPP的独特之处在于，它不仅能够检测稳定的蛋白质复合物，还能捕捉传统方法难以发现的瞬时和弱相互作用。例如，在研究热休克蛋白（HSP90）的客户蛋白网络时，TPP成功揭示了这些瞬时相互作用的动态特性，为理解蛋白质折叠和细胞应激反应提供了全新视角。例如，在病毒-宿主相互作用研究中，TPP技术帮助研究人员深入理解病毒如何通过改变宿主蛋白质的热稳定性来调控感染过程，为抗病毒药物的开发提供了新的靶点。则是细胞功能调控的基石。
2025-04-09 13:48:35
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原创 TPP实验：药物靶点筛选的精准导航
结合高分辨率质谱（MS）技术，TPP实现了全蛋白质组水平的定量分析，为药物靶点的精准筛选提供了强大的技术支持。例如，在抗炎药物机制研究中，TPP技术能够揭示药物与炎症相关蛋白的直接相互作用，从而为新型抗炎药物的开发提供关键靶点信息。随着技术的持续优化，TPP有望成为药物靶点发现和药物开发的标准化工具，为复杂疾病的治疗提供创新性解决方案。总体而言，组织TPP通过整合动物整体水平的蛋白质组状态和相互作用，为理解药物治疗和生物现象的影响提供了全局视角，为表型组织研究开辟了新的路径。
2025-04-08 14:14:50
719
原创 深度解析宿主-病毒互作奥秘 | STRING Viruses数据库如何助力感染性疾病研究？
用于收集冠状病毒与宿主的物理相互作用基因，这些基因数据与遗传风险基因及生物调节基因一起，被整合到一个方向性病毒-宿主互作网络中。本文研究了结直肠癌（CRC）中病毒与宿主的相互作用，通过分析病毒宿主网络和CRC蛋白质组数据，揭示了核心病毒网络特征，并筛选出潜在的抗病毒小分子。研究意义：这篇文章通过整合多源数据构建方向性网络，创新性地筛选出具有潜在治疗效果的药物，为冠状病毒相关疾病的药物重新定位提供了新策略，有助于加速COVID-19治疗药物的开发并减少药物副作用。
2025-04-08 10:42:01
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原创 TPP与蛋白质翻译后修饰：开启蛋白质研究的新维度
TPP（Thermal Proteome Profiling）实验又名热蛋白组学分析，是一种基于热稳定性的蛋白质组学分析技术，通过测量蛋白质在不同温度下的热稳定性变化，揭示蛋白质与小分子药物、代谢物或其他分子的相互作用。TPP实验与蛋白质翻译后修饰的结合为研究蛋白质的动态行为和功能调控提供了强大的工具。通过揭示PTM对蛋白质热稳定性的影响，TPP实验能够深入解析蛋白质的功能调控机制，并在药物研发、疾病机制解析和蛋白质功能研究中展现出广阔的应用前景。为研究蛋白质的动态行为和功能调控提供了独特的视角。
2025-04-07 14:28:33
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原创 TPP实验技术的实验原理与流程
TPP技术基于小分子与蛋白质结合后，改变蛋白质的热稳定性。具体来说，当细胞或细胞提取物被分为多份，分别在一系列不同温度下加热后，与小分子结合的蛋白质会表现出更高的热稳定性，其热变性中点温度（Tm）会相应提高。1.不适用于热不敏感蛋白：一些蛋白质需要在极端的温度条件下才会表现出热稳定性变化，还有一些蛋白质与配体结合后不会明显改变其热稳定性，这种情况下用TPP的方法不可能将这些蛋白质识别。3.硬件上的局限性：TPP是基于质谱的蛋白组学测定，仍然是一种低通量方法，并且缺乏对低丰度蛋白质检测的敏感度。
2025-04-01 13:48:55
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原创 CETSA技术的实验原理及流程
最终，利用蛋白免疫印记法（Western blotting），可以检测到与药物结合的靶点蛋白，从而验证药物与靶蛋白的相互作用。CETSA是一种前沿生物技术，无需标记或修饰蛋白质，可在生理条件下直接评估药物与靶点的结合。CETSA能够验证药物是否与预期的靶蛋白结合，通过比较药物处理组和对照组的蛋白降解情况，可以确定药物与靶蛋白的结合效率。在疾病的研究过程中，CETSA技术可用于组织裂解液，对比正常和病变组织蛋白质热稳定性差异，筛选生物标志物，如可以从肿瘤组织中筛选出热稳定性不同的蛋白质可用于肿瘤诊断。
2025-03-31 15:52:32
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原创 组学数据分析实操系列 | （六）蛋白相互作用域可视化分析
A：相比而言，小分子-蛋白对接的可靠性更高，而蛋白-蛋白对接因为蛋白结构较大，而且会有结构柔性变化，因此较难预测。通过图片，我们可以观察到ENOA与GAPDH的相互作用依赖于其相互作用界面的氨基酸残基，总共涉及到ENOA蛋白上的10个氨基酸残基与GAPDH上的9个氨基酸残基间的相互作用（如GAPHD的第45位TYR45与ENOA的第399位ARG399和第401位GLU401相互作用）（图12）。A：如果有完整序列的PDB结构，优先使用PDB结构，如果没有，则可以使用AlphaFold结构。
2025-03-31 10:41:57
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原创 组学数据分析实操系列 | （五）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）
即Protein–protein interaction(PPI) network，是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂，每一个蛋白都是一个节点，多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构，故称之为蛋白互作网络。分析蛋白互作网络的目的是什么呢？主要有两点：一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作用关系，这一点对于一些IP-MS研究很重要；另一方面，我们还能筛选出一些处于蛋白互作网络上关键节点的蛋白，这对于生物标志物的筛选具有指导意义。
2025-03-25 17:31:20
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原创 组学数据分析实操系列 | （四）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）
我们对今天的分享内容做一下总结，STRING数据库分析结合Cytoscape绘图是当下进行蛋白互作网络分析所使用的主流方法，对于PPI网络的美化及进阶处理可以多借助一些插件，细节部分则可以根据个人喜好进行调整，最后就能做出既美观又高端的蛋白互作网络图啦。分析的起点是一组蛋白（名称或者ID号），它们可以来源于我们蛋白IP-MS筛选出来的所有互作蛋白，也可以是我们差异分析所筛选出来的全部差异表达蛋白，通常50-300个蛋白可以获得较好的图形展示效果。这就是今天我们介绍的蛋白互作网络分析构建的全部内容。
2025-03-24 16:00:32
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原创 Cell子刊 IF48.8 | 绘制 949 种癌细胞蛋白质组全景图，AI 算法锁定千种潜在药物靶点
从更广泛的层面来看，蛋白质和转录测量之间的相关性在不同基因之间存在差异，整体相关性并不强，中位数蛋白质-转录组皮尔逊相关系数为0.42。研究结果显示，对来自28种组织和超过40种遗传和组织学上不同的癌症类型的949种人类癌细胞系的蛋白质组，进行了定量并构建了泛癌症蛋白质图谱。蛋白质水平和转录水平之间的整体相关性并不强，而蛋白质组数据更能够捕获转录后调控和蛋白质稳态网络的影响，且某些蛋白质的表达水平与基因突变状态密切相关，表明了蛋白质水平的研究对于理解癌症的分子机制具有重要意义。
2025-03-21 10:39:20
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原创 组学数据分析实操系列 |（四） 富集气泡图的绘制
，我们介绍了利用Metascape零代码实现富集分析，但是Metascape的富集分析结果是以柱状图的形式展示的。”的形式外，该网站工具还提供了其它的富集分析结果可视化方式，下图展示的是其中两种形式。上一步点击后的页面分为两个部分，左边用于粘贴数据和调整参数，右边是对数据输入格式的说明。如果我们想把上述富集柱状图改为气泡图形式，或者在拿到富集分析结果表格后，经过调整阈值筛选进行重新绘图，该如何操作呢？这些工具提供了丰富的可视化选项，据以优化(富集) 分结果的展现形式，方便读者更好地理解和解释数据。
2025-03-19 14:28:39
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原创 如何轻松导出二级谱图？PDV工具来帮忙！
在搜索栏中输入目标蛋白的肽段序列或谱图编号（谱图编号可在搜库产生的combined文件夹中的evidence.txt文件的“MS/MS scan number”列中找到）。PDV（Proteomics Data Viewer）是一款基于java的可视化工具，它以简洁的界面和强大的功能，为蛋白质组学数据分析提供了极大的便利。在蛋白质组学研究中，二级谱图是鉴定蛋白质的“金钥匙”。找到目标谱图后，点击谱图下方的“Export”选项，选择“Spectra”可导出原始数据，选择“MGF”则生成对应的mgf文件。
2025-03-17 10:51:16
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原创 盘点【2024年中科院2区中药方剂机制研究文章】思路及工作量
使用Sybyl 1.3和AutoDock Vina对Rg1与121个潜在靶点的结合能进行评估，筛选出19种高分蛋白（总分>5.0，结合能≤-7 kcal/mol），包括PAH，MAPK1，DAPK1，MMP8，PYGL，ADK等，这些蛋白可能是Rg1的潜在结合靶点。在这种背景下，如何在中药方剂的机制研究中脱颖而出，发表高影响因子文章？，展示GO富集分析条形图、弦形图，以及KEGG富集分析气泡图和桑基图，并将药物关键活性成分与核心靶点进行分子对接，揭示药物作用的分子机制及具体靶点信息，助力后续实验验证。
2025-03-14 15:02:15
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原创 LiP-MS与TPP——探索药物靶点筛选新路径
LiP-MS适用于精确检测小分子与蛋白质的结合位点及动态构象变化，而TPP擅长评估小分子对蛋白质整体热稳定性的影响。具体来说，小分子与蛋白质结合可能使蛋白质局部结构更紧密或松散，改变蛋白酶识别和切割的位点。通过比较药物处理组和对照组蛋白质酶切片段的差异，可识别出与小分子结合的蛋白质及其作用位点。TPP技术基于小分子与蛋白质结合后，改变蛋白质的热稳定性。2.基于蛋白质性质变化：都依赖于小分子与蛋白质结合后引起的蛋白质性质变化，LiP-MS关注构象变化导致的酶切位点可及性改变，TPP关注热稳定性变化。
2025-03-12 11:04:31
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