Orange3实战教程：生物信息---注释器

最新推荐文章于 2025-07-17 19:35:44 发布
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注释器（Annotator）

该小部件提供基于标记基因对细胞类型进行注释的功能。

输入

  • 参考数据（Reference Data）：包含基因表达值的数据集。
  • 次级数据（Secondary Data）：实例的子集（可选）。
  • 基因（Genes）：标记基因。

输出

  • 选定数据（Selected Data）：从图中选中的实例。
  • 数据（Data）：包含注释、聚类和投影信息的附加列的数据。

该小部件接收基因表达数据、二维空间映射以及标记基因。它通过曼-惠特尼U检验（Mann-Whitney U test）为每个细胞选择表达量最高的基因，并基于选定的统计检验计算每个细胞类型的p值。它可视化细胞群，并为每个群组展示少数几种最常见的细胞类型。

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  1. 属性选择与注释设置
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Orange3实战教程：生物信息---基因
err2008的专栏
07-09 83
《基因信息匹配工具使用指南》 该工具用于将基因ID与NCBI数据库中的Entrez ID进行匹配。用户需提供包含基因数据的表格，并指定基因位置（行/列）、Entrez ID和生物分类ID。工具会输出包含基因详细信息的数据表，用户可选择子集进行后续分析。操作时需注意：1）确保数据已正确注释；2）使用"作为特征存储"选项指定基因标签位置。示例展示了如何加载和分析brown-selected.tab数据文件，匹配后可在NCBI查看基因详情。该工具适用于生物信息学数据分析流程。
Orange3实战教程：生物信息---数据库更新
err2008的专栏
07-08 13
摘要：数据库更新组件用于管理和更新本地系统生物学数据库（如基因本体、蛋白质网络等），支持在线更新、批量下载和本地数据集添加。用户可查看数据库详情，选择性更新或从服务器下载全部数据。本地文件可通过指定数据域、生物体和标签进行添加，并存储于缓存目录。该工具集成于Orange平台，提供便捷的生物信息学数据管理功能。（150字）
Orange3实战教程：生物信息---GEO 数据集
err2008的专栏
07-08 708
GEO数据集组件提供对NCBI基因表达综合数据库的访问。该组件允许用户浏览和下载GEO数据库中的基因表达数据集，并输出为可分析格式。用户可以选择样本或基因作为行，合并基因测量值，并自定义输出名称。组件支持自动/手动提交，提供数据集搜索过滤功能，显示实验描述和样本注释信息。示例展示了如何选择"咖啡因效应"数据集并输出数据供后续分析。所有下载数据集会在本地缓存以便快速访问。
Orange3实战教程：生物信息---基因集
err2008的专栏
07-11 11
摘要：基因集小部件提供从MSigDB、Gene Ontology等数据库选择基因集的功能，支持创建自定义基因集并进行基因富集分析。示例工作流展示了如何导入人类同源基因数据创建自定义基因集，并将其应用于卵巢癌基因表达数据分析。该工具可实现基因注释、基因集筛选及单样本评分等功能，数据预处理为Orange格式并托管于指定链接。
Orange3实战教程：生物信息---聚类分析
err2008的专栏
07-14 182
摘要： 聚类分析小部件用于识别差异表达基因，支持T检验、曼-惠特尼检验等方法比较特定聚类间的基因表达。用户可配置参数（如P值阈值、基因数量）并选择自定义基因集进行富集分析。示例展示了多西他赛治疗耐药/敏感的乳腺癌数据集分析流程，结果可连接t-SNE可视化或数据表查看。该工具适用于生物信息学中的聚类差异基因挖掘与功能注释。 （字数：150）
Orange3实战教程：生物信息---基因标记
err2008的专栏
07-15 1141
本文介绍了标记基因小部件的功能和使用方法。该工具整合了PanglaoDB、CellMarker和DictyBase三大公共标记基因数据库，支持按物种、细胞类型或功能筛选基因。用户可通过交互界面选择目标基因，查看详细信息，并与其他分析工具（如注释器）联动进行细胞类型标注。文章还提供了从GEO数据库加载数据、使用t-SNE可视化到完成细胞注释的完整工作流程示例。所有预处理数据可在线获取，并支持本地更新。该小部件为单细胞RNA测序数据分析提供了便捷的标记基因查询和注释解决方案。
Orange3实战教程：生物信息---GO浏览器
err2008的专栏
07-10 374
GO浏览器是一个用于基因本体(GO)富集分析的工具，可帮助识别基因集相关的生物学过程。它接受聚类基因数据和可选参考数据集作为输入，输出选定GO节点的基因数据和富集分析报告。该工具提供三种GO本体类型选择（生物过程、细胞组分、分子功能），并支持通过P值、FDR和基因数量等参数筛选显著GO术语。用户可选择不同的显著性检验方法和注释基因输出方式，包括直接/间接注释、术语特异性基因或共同术语基因。典型应用场景是将差异表达分析结果输入GO浏览器，识别显著富集的生物过程及其相关基因。
Orange3实战教程：生物信息---同源基因
err2008的专栏
07-14 10
同源基因（Homologs）是指具有共同祖先的基因或蛋白质，存在于不同物种中。这个小工具用于查找输入基因在目标物种中的同源基因，支持进化研究和功能分析。输入数据集后，选择目标生物体即可获得同源基因列表。典型应用包括：分析小鼠基因数据时，查找对应的人类同源基因，并通过数据表查看结果。该工具可自动或手动提交，整合到生物信息学工作流中，为比较基因组学和实验设计提供支持。
Orange3实战教程：生物信息---单样本评分
err2008的专栏
07-15 12
摘要：单样本评分（ssGSEA）是一种基于单个样本基因表达数据进行基因集富集分析的方法，通过对基因表达矩阵排序计算富集分数。该分析需输入基因表达数据和自定义基因集，输出包含富集分数的结果数据集。典型应用包括分析乳腺癌治疗耐药性样本，结合基因注释和基因集选择工具完成分析流程。工作流示例展示了从数据选择到结果可视化的完整过程，相关文件可下载参考。该方法源于Nature发表的单样本扩展GSEA技术（doi:10.1038/nature08460）。
【字节跳动】数据挖掘面试题0013：怎么做男女二分类问题， 从抖音 app 提供的内容中。
kngines
07-08 1811
核心目标基于抖音内容特征（文本、视觉、音频、用户交互）预测目标受众性别（男/女二分类）。该任务本质上是监督学习问题，需依赖标注数据集。技术关键点数据层面：需融合多模态特征，尤其用户行为与视觉内容算法层面推荐Transformer+Attention的融合模型评估层面：关注F1-score及跨场景鲁棒性实施建议启动期：用朴素贝叶斯快速验证文本特征有效性成长期：引入视觉模型提升准确率（尤其对时尚/美妆类）成熟期：构建端到端多模态系统，结合实时用户反馈更新潜在风险。
【线性回归（最小二乘法MSE）】——机器学习
最新发布
weixin_70972767的博客
07-17 314
虽然这个案例中n=8,但是常常令n=2,因为是一个常数 求最小值时n随便取哪个正数都不会影响W结果,但是求导过程可以约掉前面的系数,会加速后面的计算。被爱:11 学习指数:14 抗压指数:8 运动指数:10 饮食水平:5 金钱:10 权利:8 压力:1。3.进行求导(注意X,y都是已知的,W是未知的)是欧几里得范数的平方，也就是每个元素的平方相加。分别用W各项乘以新的X 就可以得到y健康程度。高斯把公式给了,但是何时loss最小呢?5.矩阵没有除法,使用逆矩阵转化。那么karen的健康程度是多少?
基于Scikit-learn的机器学习建模与SHAP解释分析
huanghm88的专栏
07-15 184
摘要： 本项目基于Scikit-learn实现完整机器学习流程，包含数据预处理、特征工程、模型训练与SHAP解释分析。采用400条记录的数据集，首先进行缺失值填充（数值用中位数，分类用众数）、异常值处理（Z-score检测+中位数替换）和特征标准化/归一化。通过方差阈值（0.01）移除低方差特征，并剔除相关系数>0.7的高相关特征。使用Lasso回归、随机森林和XGBoost三种算法，结合SHAP值进行模型可解释性分析。关键步骤包括：数据探索（分布可视化）、特征选择（Lasso系数筛选）和模型评估.
从高斯噪声的角度分析MAE和MSE
哪惧明天，风高路斜
07-17 1187
特性MSEMAE对离群点敏感度高（平方放大误差）低（线性处理误差）噪声分布假设高斯分布拉普拉斯分布梯度特性梯度随误差减小而衰减梯度恒定（除零点外）稀疏性不易产生稀疏解易产生稀疏解优化稳定性平滑优化，数值稳定性好非光滑优化，可能需要特殊处理在实际应用中，如果数据包含较多离群点或需要进行特征选择，MAE是更合适的选择；如果追求预测精度且噪声近似高斯分布，MSE通常表现更好。
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这里是一位在代码世界深耕多年的 “老江湖” 的自留地。​ 岁月在履历上添了厚度，却没磨掉敲代码时眼里的光。从调试第一行 hello world 的生涩，到架构复杂系统的从容，那些在键盘敲击声里流过的日夜，都想在这里慢慢梳理
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图片增强是计算机视觉任务中非常重要的一环，通过上述几种常见的图片增强方式，可以有效地扩充数据集，提高模型的泛化能力。在实际应用中，可以根据具体任务和数据特点选择合适的增强方式，也可以将多种增强方式组合使用，以获得更好的效果。希望本文能帮助你更好地理解和应用图片增强技术。
图机器学习（7）——图神经网络 (Graph Neural Network, GNN)
盼小辉丶的博客
07-15 778
图神经网络 (Graph Neural Network, GNN) 是一类专门处理图结构数据的深度学习方法。这类方法也被称为几何深度学习 (geometric deep learning)，在社交网络分析、计算机图形学等众多领域正受到日益广泛的关注。在本节中，我们介绍了 GNN 的核心原理，将卷积等经典深度学习范式拓展至非欧几里得图空间，实现了局部结构与全局特征的层次化提取。
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基于大数据电信诈骗行为分析与可视化预测系统的设计与实现【海量数据、多种机器学习对比、数据优化、过采样】
迷茫与徘徊只会让你陷入绝境，欢迎私信博主，带你开始提升变现价值！
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本文介绍了一个电信诈骗预测与分析系统，通过整合大数据处理、机器学习与交互式可视化技术，构建了一套综合性反诈骗解决方案。系统包含数据预处理、可视化分析、预测建模（随机森林/XGBoost/LightGBM）和用户界面四大模块，具备实时预警、多维分析和报告生成功能。技术亮点包括分布式计算、模型优化和流数据处理，应用价值覆盖运营商风控、监管决策和公众防护。未来计划拓展NLP分析、移动端应用和区块链技术，致力于构建更安全的通信环境。系统代码与部署支持可通过私信获取。
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07-16 847
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