Illumina 测序标识符

最新推荐文章于 2025-01-07 11:44:12 发布
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分类专栏： NGS bioinfo 文章标签： Illumina 标识符
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认识fastq文件格式

FASTQ格式文件中每个read由四行描述，如下所示:
在这里插入图片描述
第一行 ： 其中第一行以“@”开头，随后为Illumina 测序标识符 (Sequence Identifiers) 和描述文字 (选择性部分) ；
第二行 ： 是碱基序列；
第三行 ： 以“+”开头，随后为Illumina 测序标识符 (选择性部分) ；
第四行 ： 是对应碱基的测序质量，该行中每个字符对应的 ASCII 值减去 33，即为对应第二行碱基的测序质量值

Illumina 测序标识符详细信息

  • 详见下表
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

Q30 是什么？

碱基测序质量值 (Phred quality score,Q ) 是测序错误率 (base-calling error probabilities,P)的整数映射，
映射关系为：Q = -10log §

在这里插入图片描述

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09-04 1628
在 C4 单细胞测序中，oligo和cDNA的作用
使用C语言快速统计fastq文件q20、q30、GC含量
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01-15 2966
快速统计fastq文件q20、q30、GC含量 二代测序的分析过程中，经常需要统计原始下机数据的数据量，看数据量是否符合要求；另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标； 在kseq.h 的基础上稍加改造，就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能，而且速度非常的快 kseq.h下载地址： fastq_stat.c文件内容 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #i
基因组、宏基因组测序数据质量检测（Q30、Q20、GC%）
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《全基因组测序WGS数据分析——3.数据质控》学习笔记
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06-16 9101
整个完整的流程分为以下6部分： 原始测序数据的质控 read比对，排序和去除重复序列 Indel区域重（“重新”的“重”）比对 碱基质量值重校正 变异检测 变异结果质控和过滤 数据质控的意义 现在的NGS测序，以illumina为首基本都是运用边合成边测序的技术。碱基的合成依靠的是化学反应，这使得碱基链可以不断地从5’端一直往3’端合成并延伸下去。但在这个合成的过程中随着合成链的增长，DNA聚合酶的效率会不断下降，特异性也开始变差，这就会带来一个问题——越到后面碱基合成的错误率就会越高【注】，这也是为
肿瘤生信数据分析知识积累
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07-13 1150
其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。即当值为30时，其Q等于0.001，表示0.001的错误率，所以当纵轴的值越大时，其质量越好。第四行，是质量信息，和第二行的序列相对应，每一个序列都有一个质量评分，根据评分体系的不同，每个字符的含义表示的数字也不相同。横轴为上副图的纵轴，纵轴为read的数量，可以看到该条序列大部分read的质量都在30左右，所以质量还可以。横轴代表长度，纵轴代表数量。
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04-30 1339
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计算生物学与生物信息学漫谈-3-FastQC及FASTX-toolkit详解
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THAPBI PICT（Phytophthora ITS1 Classifier Tool）是基于序列的诊断和分析工具，旨在鉴定Illumina测序数据中所含的疫霉菌种。它属于英国树木健康和植物生物安全计划（THAPBI）的一部分。 5. Illumina测序技术: ...
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本文基于illumina官方发布的原理进行更细致讲解，更适合中国宝宝体质~
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大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了，但这是不够的。 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式，因为你可能会经常用到，有时还会亲自去处理它们。 本文主题：Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1 ATGTAT...
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你能给别人讲清楚这个概念吗？ 二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比。例如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。         Q20值是指的测序过程碱基识别（Base...
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ASCII码表文字版（模板）
STOP
04-12 1300
ASCII值控制字符ASCII值控制字符ASCII值控制字符ASCII值控制字符0NUT32(space)64@96、1SOH33!65A97a2STX34"66B98b3ETX35#67C99c4EOT36$68D100d5ENQ37%69E101e6ACK38&amp;70F102f7BEL39,71G103g8BS40(72H104h9HT41)73I105i10LF42*74J106j11...
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