fastq序列质量Q30统计软件

FaQCs 使用perl编写，R画图。不仅可以统计质量，Q30，还可以trim序列。安装简单准备好两个需要的perl 模块,下载github上的文件，然后直接cd lib;./INSTALL.sh。
https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCs

fastqc java写的，速度快，结果清晰，但结果没有Q30比值
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

BGI的Reseqtools 他们说很好用，还没试
https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools

统计fastq序列数与碱基数
C编写的，速度特别快，下载后直接编译就能用gcc -lz -o kseq_fastq_base kseq_fastq_base.c
https://github.com/billzt/readfq

python统计fastq序列的Q30，可以直接使用gzip的fastq文件
https://github.com/dayedepps/q30

readfq http://not.farbox.com/post/readfq
介绍faqcs的论文https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-014-0366-2
欢迎交流 quan575@qq.com

作者：quan575
链接：https://www.jianshu.com/p/dff6cabb5f94
來源：简书
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C 语言实现
https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6397627.html