uniprot数据库使用及氨基酸属性

此外，可能需要提到常见的工具或数据库，如UniProt、Pfam，以及它们如何提供特征数据。 总结，氨基酸残基特征每个残基对应多个特征值，通常以向量形式存储；蛋白质序列特征则是整个序列的统计量或编码，可能为向量...

### 批量下载PDBQT文件的方法 为了实现从UniProt批量下载PDBQT文件，需要注意的是，UniProt本身并不提供PDBQT格式的直接下载。然而，可以先通过UniProt获取对应的PDB结构文件，再转换成PDBQT格式。以下是具体的操作流程： #### 获取PDB文件 1. 使用Python脚本结合`biopython`库来查询并下载所需的PDB文件。这一步骤可以通过访问UniProt数据库获得目标蛋白的相关信息，并进一步链接到RCSB PDB数据库以获取具体的三维结构。 ```python from Bio import SeqIO, ExPASy import requests def fetch_pdb_from_uniprot(uniprot_ids): pdb_files = [] base_url = "https://www.uniprot.org/uniprot/" for uniprot_id in uniprot_ids: url = f"{base_url}{uniprot_id}.xml" response = requests.get(url) if response.status_code == 200: entry = SeqIO.read(ExPASy.retrieve_sprot_raw(uniprot_id), 'swiss') pdbs = [ref.dbname.split(';')[1].strip() for ref in entry.annotations['references'] if hasattr(ref,'dbname') and 'PDB' in getattr(ref,'dbname','')] for pdb in set(pdbs): # 去重处理 pdb_response = requests.get(f"https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb") if pdb_response.status_code == 200: with open(f'{pdb}.pdb', 'wb') as file: file.write(pdb_response.content) pdb_files.append(f'{pdb}.pdb') return pdb_files ``` 此代码片段展示了如何基于给定的一系列UniProt ID去检索关联的PDB条目，并将其保存为本地`.pdb`文件[^1]。 #### 转换至PDBQT格式 一旦获得了PDB文件，则需利用如AutoDock Tools (ADT) 或者 Open Babel这样的软件包来进行格式转换。这里给出一个简单的命令行指令用于说明目的；实际应用时可能还需要考虑更多的参数配置，比如加氢、计算电荷等预处理操作。 ```bash obabel -i pdb input.pdb -o pdbqt -O output.pdbqt --partialcharge gasteiger ``` 上述命令使用了Open Babel工具链中的`obabel`命令完成从PDB到PDBQT格式的转变过程。