生物信息学专栏(BioMooc)

有以下呈现方式，

R语言的极限在哪里

目的：为展示不同数据分布的差异。

单细胞分析。

复杂热图的画法。

色彩组合列表

ggplot环形图，就是百分比堆叠柱状图，极坐标环化。

给定一组颜色，模拟查看其在单细胞上的效果。

主要参数：scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = c(‘#330066’,‘#336699’,‘#66CC66’,‘#FFCC33’))

WNN多模态整合算法流程。

vst算法的手工实现

CentOS7.9 安装 Seurat 5

建库流程需要特别注意，参考10x官网：https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/tutorials/cr-tutorial-neutrophilshttps://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360004024032-Can-I-process-neutrophils-or-other-granulocytes-using-10x-Single-Cell-applications-

云雨图，半边散点，半边小提琴图

左边是默认，右边是自定义颜色后。

DiffusionMap （扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。数据计算主要包括以下几步：A.由四种不同细胞类型组成的 n × G 单细胞表达矩阵。矩阵右侧的最后一列代表每个细胞的类型;B.在G维基因空间中，由高斯函数表示每个细胞。由于高斯波干扰，具有相对高概率密度的连续路径在数据流形上形成扩散路径;C.计算 n × n 的细胞间马尔可夫转移概率矩阵;

单细胞 批量火山图展示高表达基因

细胞周期相关基因总结。

cell marker list