nnunet 直接预测的结果是nni.gz格式的数据而不是概率值,解决办法
nnunet predict 时加上–npz就会在输出目录中多生成.npz文件和pkl文件
但是npz文件的尺寸是裁剪过的无法与原始图像对应,pkl里面存储了 裁剪的方式和如何进行了缩放
可以根据这些信息进行尺寸的恢复
此外,nnunet的官网也给除了一种方式将概率softmax的npz数据恢复成nni.gz,我没有尝试
https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/issues/1141
目标,因为我需要计算ROC曲线,需要nnunet输出的概率值,我又不想进行数据恢复,我将如下两个文件夹的数据用于ROC曲线的计算,
在nnunet有已经裁剪好的npz数据的GT,我们预测输出NPZ数据的预测pred,这两个都是相同尺寸的GT和pred,用于计算ROC,
在训练时已经处理好的数据 标注npz数据 nnUNet_raw_data_base/nnUNet_cropped_data/Task500_MRSeg