Li‘s 核磁共振影像数据处理-30-高级医学影像配准软件ANTs安装

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ANTs安装

ANTs这类科研软件一般按官方指导的方法安装即可。真正困扰大家是安装中遇到的“意外”。
官方指导：
https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac-OS
中文参考：
https://blog.csdn.net/zuzhiang/article/details/104930000
https://zhuanlan.zhihu.com/p/117609588

安装git

非必须，但如果按照ANTs官方给出安装方法是要用到的。而且这个也没什么难点，在终端输入下面命令即可。

sudo apt-get install git

下载、安装cmake

Cmake的安装就有的说法了。如果像上面那样用apt-get进行下载安装，那你很可能安装到较老版本的cmake。因此建议下载指定版本后，安装使用。
可以去cmake官方手动下载。
https://cmake.org/files/

也可以wget下载。

wget https://cmake.org/files/v3.16/cmake-3.16.0-Linux-x86_64.sh

这里使用的3.16版本经验证，适配目前的ANTs版本。
下载后在终端执行命令：

sh cmake-3.16.0-Linux-x86_64.sh

安装cmake完成后，通过下面命令安装ccmake。

sudo apt-get install cmake-curses-gui

如果出现OpenSLL的问题，进行如下安装。

sudo apt-get install libssl-dev

接下来就可以正式安装ANTs了。建议大家根据官方介绍的方法安装。我个人安装过程中，一开始参照了中文社区不同人介绍安装方法，均出现各种各样的问题。
打开终端，下载ANTs。

git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git

创建ANTs安装文件夹。

mkdir antsbin

终端工作路径调整到antsbin文件夹。

cd antsbin

cmake构建配置。

ccmake ../ANTs

在交互界面中点击“c”。在下一页面中将“SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL”，“RUN_LONG_TESTS” 和 “RUN_SHORT_TESTS”改为OFF（选择到相应条目后按回车），再按“c”，再按“g”。

编译。

make 2>&1 | tee build.log

耗时可能较长，没报错即成功。
接下来官方建议方法是使用命令复制二进制文件。

cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

我手动复制也没有问题。
复制方式和文件：
在antsbin文件夹内新建“bin”文件夹。
将antsbin/ANTS-build/Examples内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
将antsbin/staging/bin/内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
将ANTs/Scripts内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
最后设置环境变量。
打开Home下.bashrc文件（隐藏文件，按ctrl+h显示），将下面代码添加到文件最后。

export ANTSPATH=/home/maitian/antsbin/bin
export PATH=${ANTSPATH}:$PATH

保存后关闭文件。
在根目录打开终端输入下面代码，激活新的环境配置。

source ~/.bashrc

在终端输入

which antsRegistration

如输出antsRegistration所在路径则安装配置成功。

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