stk在计算机仿真中的应用_正电子发射断层成像仿真中应用的软件

摘要：正电子发射断层成像（Positron Emission Tomography, PET）是一种核医学成像技术，也是一种分子成像技术。它能够对一些放射性核素产生的正电子经过湮灭反应产生的γ光子对进行探测记录，利用断层成像技术，能够呈现放射性核素在体内的分布情况，从而实现对生理过程、疾病等方面的监测。PET在肿瘤学、神经精神病学和心脏病学展现出广阔的应用前景。PET扫描仪系统结构和重建算法复杂，应用蒙特卡洛仿真的对系统配置参数进行优化，研究和评估重建算法或者校正方法来提高成像质量是一种重要且有效的手段。本文将介绍完成PET仿真所需软件及其应用。

关键字：PET；蒙特卡洛；GATE

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前言

正电子发射断层成像的过程主要包括：探测数据的生成、数据的获取与存储、数据的处理与重组、图像的重建以及图像的显示与处理。探测数据的生成、获取与存储可以通过GATE[1]软件完成；数据的处理与重组则可以通过ROOT[2]软件来实现；图像的重建由STIR[3]软件进行；最后生成的图像则可以选择ImageJ[4]图像分析软件进行显示与处理。下面将分别介绍主要应用软件及其应用。

GATE

GATE（Geant4 Application Tomography Emission）作为一个医学影像专用的工具包已经在发射断层成像领域得到了很多的应用。GATE主要用于PET、SPECT[5]、光学成像以及计量学方面的仿真。GATE能够对几何结构、物理过程、信号转换等等进行精确地建模。其所建立仿真模型的精确性已经得到比较充分的验证。很多商用PET扫描仪，比如，Philips Allegro PET[6]、GE ST PET/CT 、SIEMENS Biograph 2 PET/CT[7]等，以及小动物PET，如Philips Mosaic animal PET、SIEMENS Inveon micro PET等，这些系统都得到了精确的仿真模拟，并且他们的空间分辨率、敏感度、散射系数、计数率等性能参数也得到了验证。通过对PET系统的精确仿真模拟，使得成像方面的一些研究能够更加方便可控的完成。PET仿真模型可以应用于系统配置参数的最优化[8]、成像质量影响也因子的研究、图像重建算法和采集协议的优化以及运动伪影的校正[6]等研究中。这些研究都取得以一定的成果，GATE仿真模型为其提供了便捷的路径，使得研究变量能够得到更加灵活的控制。除此之外，还被应用于肿瘤治疗的剂量监控中[9]。GATE软件已经成为PET相关研究的有力工具。

ROOT

GATE工具包对于PET的仿真可以生成ROOT形式的数据。ROOT是一款模块化的科学软件工具包，提供了各种函数，可以用于大数据的存储压缩和处理、函数绘图以及统计计算等方面。ROOT主要由C++编写，并且可以结合其他语言，比如Python和R语言。在GATE的仿真工作中得到广泛的应用。

STIR

STIR（Software for Tomographic Image Reconstruction）作为一款开源医学图像重建软件，通过C++编写，包含各种类、函数和实例，在图像重建方面，尤其是3D PET图像重建，具有广泛的应用。STIR工具包通过其实例可以对数据进行FBP或者迭代算法的重建[10]。除此之外，STIR还可以应用于SPECT的图像重建、动力学模型中的直接或者间接参数的重建、运动的校正、数据的处理与计算等方面。

ImageJ

ImageJ是生物图像领域重要的分析软件，可以对重建的图像进行可视化和相关参数的计算。ImageJ可以读取各种格式的文件，通过STIR重建得到的图像文件可以通过此软件便捷地打开并进行相关的计算。

总结

通过GATE、ROOT、STIR和ImageJ的结合可以实现对于PET扫描仪系统，从数据产生于获取、数据的处理与重组、图像的重建与显示分析计算整个过程的仿真。这些仿真将会为未来的PET扫描仪结构设计、算法评估、采集协议等方面的研究有所提供支持。

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参考文献

[1] G. Santin, D. Strul, and D. Lazaro, “GATE, a Geant4-based simulation platform for PET integrating movement and time management,” … Rec. 2002 IEEE, no. May 2014, 2002.

[2] R. Brun and F. Rademakers, “ROOT - An object oriented data analysis framework,” Nucl. Instruments Methods Phys. Res. Sect. A Accel. Spectrometers, Detect. Assoc. Equip., vol. 389, no. 1–2, pp. 81–86, 1997.

[3] K. Thielemans et al., “STIR: Software for tomographic image reconstruction release 2,” Phys. Med. Biol., vol. 57, no. 4, pp. 867–883, 2012.

[4] C. A. Schneider, W. S. Rasband, and K. W. Eliceiri, “NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis,” Nat. Methods, vol. 9, no. 7, pp. 671–675, 2012.

[5] S. Li et al., “GATE simulation of a LYSO-based SPECT imager: Validation and detector optimization,” Nucl. Instruments Methods Phys. Res. Sect. A Accel. Spectrometers, Detect. Assoc. Equip., vol. 773, pp. 21–26, 2015.

[6] J. He et al., “The application of GATE and NCAT to respiratory motion simulation in allegro PET,” IEEE Nucl. Sci. Symp. Conf. Rec., vol. 4, pp. 2589–2593, 2007.

[7] N. Karakatsanis et al., “Comparative evaluation of two commercial PET scanners, ECAT EXACT HR+ and Biograph 2, using GATE,” Nucl. Instruments Methods Phys. Res. Sect. A Accel. Spectrometers, Detect. Assoc. Equip., vol. 569, no. 2 SPEC. ISS., pp. 368–372, 2006.

[8] Q. Wei, R. Zhou, Z. Wu, S. Wang, and Y. Liu, “Monte Carlo simulation based on GATE program to verify MicroPET system design,” in 第十届全国蒙特卡洛方法及其应用学术会议.

[9] S. David et al., “A review of the use and potential of the GATE Monte Carlo simulation code for radiation therapy and dosimetry applications,” Med. Phys., vol. 41, no. 6Part1, p. 64301, 2016.

[10] S. Lee, M. E. Noz, and G. Q. M. Jr, “Dynamic PET visualization of bone remodeling using NaF-18,” 2015.