本文介绍了如何使用OrthoMCL Pipeline自动化寻找直系同源基因和旁系同源基因。 OrthoMCL虽然久未更新，但通过Pipeline可以简化复杂的安装和运行流程。文章详细讲解了安装Perl依赖、BLAST、MCL和OrthoMCL，以及配置MySQL数据库的过程，并提供了测试和运行的步骤。
OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因 (Paralog) 的软件。同源基因 (homolog) 的区别见下图，这里就不细说了。
OrthoMCL 的最新版本是2013年7月公布的v2.0版本，已经很久没更新过了。根据官网的教程至少得十多步才能完成整个运行流程，包括Mysql数据库配置、修改OrthoMCL配置文件、转换序列格式、过滤、比对、解析结果和聚类等步骤，特别麻烦。
OrthoMCL Pipeline (https://github.com/apetkau/orthomcl-pipeline) 可以很好的帮我们解决这个痛点。Pipeline安装有点复杂，但是安装完成后，使用就炒鸡方便了！！！
安装OrthoMCL Pipeline
直接去github下载zip安装包，或者直接使用git命令下载
git clone https://github.com/apetkau/orthomcl-pipeline.git安装perl依赖包
使用cpan或者cpanm安
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
