depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别

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在chip_seq的分析结果中，经常会通过igvtools或者UCSC等基因组浏览器对样本的测序深度分布进行可视化，方便直观的比较样本间的差异，示意如下

比对基因组之后会产生一个bam文件，我们可以根据bam文件可以计算得到测序深度，所谓测序深度，指的是基因组每个bp的碱基上覆盖到的reads数目,samtools计算测序深度的用法如下

samtools depth input.bam > depth.txt

输出文件的内容如下

chr1    11714   1
chr1    11715   1
chr1    11716   1
chr1    11717   1
chr1    11718   1
chr1    11719   1

第一列为染色体，第二列为染色体上的每个碱基的位置，第三类为覆盖该位点的reads数目。以人类基因组为例，基因组大小约为3G, 如果在文件中记录每个位置上的测序深度，那么该文件的体积是非常大的，为了更加有效的记录测序深度的信息，科学家提出了两种新的文件格式，bedgraph和wiggle。

首先来介绍下bedgraph格式，这种格式实际上就是用窗口的方