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长糖链皂苷生物合成研究取得重要进展，揭示其多样糖链结构的形成机制。近期研究发现，肥皂草中八糖皂苷Saponarioside B的生物合成涉及14种酶，包括新型喹诺糖转糖酶SoGH1。与QS-21等疫苗佐剂的合成途径相比，不同植物长糖链皂苷的生物合成展现出趋同进化特征。研究还发现，糖基化酶类型多样（UGT、CSL、转糖酶等），且常与母核修饰酶形成基因簇。这些发现为长糖链皂苷的合成生物学制造提供了关键酶元件，但其异源合成仍面临糖基化酶定位差异、糖供体需求复杂等挑战。该研究为开发新型佐剂和药物分子奠定了基础。

Pyrus pyrifolia，常被称为沙梨，是温带地区重要的经济水果树种，拥有丰富的遗传资源，有助于梨的果实品质改良。然而，关于梨等水果物种在抗性与果实质量性状之间关系的研究仍然有限。全转录组能够有效捕捉编码区域的遗传信息，并反映个体之间基因表达的变化。在本研究中，我们基于来自沙梨不同组织的506个样本构建了全转录组，并探讨了表型之间的内在关系以及基于表达存在/缺失变异（ePAVs）在育种过程中对抗病性的选择。研究中的全转录组包含156,744个转录本，其中新转录本在防御反应中表现出显著的富集。

迈向生物界范围的基因表达分析：机遇与挑战 近年来，植物转录组学数据呈指数增长，NCBI序列读取档案库（SRA）中已有超过30万个RNA-seq实验公开可用，涵盖藻类、苔藓、蕨类及开花植物等数百个物种。现代计算工具使全王国范围的基因表达矩阵构建成为可能，为跨物种比较分析提供了 unprecedented 资源。通过整合多物种表达数据，研究者能够揭示基因功能的保守性与分化、发现新通路，并解析植物进化机制。然而，数据分布不均（集中于双子叶和单子叶植物）、元数据缺失及分析方法标准化仍是主要挑战。未来方向包括开发高效

ESPript（Easy Sequencing in PostScript）是一款专为蛋白质或核酸序列比对结果提供高质量图形化展示的工具，广泛应用于结构生物学和分子生物学研究。其主要功能包括将Clustal、MAFFT、T-Coffee等程序的比对结果转换为可发布的高分辨率图像（如PostScript、PDF、SVG），支持结合三维结构信息进行注释，并根据保守性或理化性质自动着色。ESPript支持多种输入格式（如Clustal、FASTA、MSF），并可协同ENDscript工具提取结构注释信息。用户可通

何首乌（Reynoutria multiflora）是中国广泛使用的药用植物。其药用成分主要是芪类化合物（stilbenes）和蒽醌类化合物（anthraquinones），具有抗衰老、抗炎和抗氧化等重要药理活性，但其生物合成途径仍未完全阐明。在本研究中，我们报道了何首乌的近乎完整的基因组组装，大小为1.39 Gb，contig N50为122.91 Mb，仅剩一个空隙。

BAHD 超家族酰基转移酶在植物中催化和调控次级代谢中发挥着重要作用。然而，关于大麦中 BAHD 超家族的研究相对较少。在本研究中，我们从大麦基因组中鉴定出 116 个 HvBAHD 酰基转移酶基因。基于系统发育分析及在模式单子叶植物和双子叶植物中的分类，我们将这些基因分为八个类群：I-a、I-b、II、III-a、III-b、IV、V-a 和 V-b。值得注意的是，包括与植物抗赤霉菌有关的胍丁胺香豆素转移酶（ACT）在内的 IV 类基因，在拟南芥中并不存在。

PartitionFinder2 是目前针对大中型数据集（核苷酸、氨基酸、形态数据）最理想的分区检测和进化模型选择工具。其推演的最优进化模型结果与 jModelTest2（核苷酸）和 ProTest3（氨基酸）的结果较为接近。注意：安装的是tables而不是pytables。PartitionFinder2 的核心配置文件需严格按照格式编写。

可在下载适用于各平台的安装包。立即下载中文下载链接。

LAST 是为中等规模的数据（如基因组、DNA 序列、蛋白质组）设计的工具。，如富含 AT 的 DNA，因为它可以根据数据调整参数并计算显著性。，得益于参数拟合、灵敏的种子匹配及显著性计算。可以比其他方法更严格地完成这一任务。指示比对中每列的置信度/不确定性；以严格的方式利用序列质量数据。，特别是蛋白质化石。

而在趋异进化的情况下，物种之间的亲缘关系较近，但它们在不同的环境中逐渐演化出显著的差异。在人工选择过程中，科学家可以通过趋同进化的策略来促使不同物种或品种进化出相似的功能特征（如抗病性、产量提高等），而通过趋异进化的策略，则可以促进品种间的多样性，如选择不同的耐旱性或抗虫性状，满足不同环境下的需求。例如，两个物种可能生活在不同的环境中，一个是森林中捕食昆虫的捕食者，另一个是草原上捕食小型哺乳动物的捕食者，它们的猎物捕捉策略、社交行为等可能会有显著不同，反映了它们各自适应的生态环境。

发邮件至David Nelson命名（CYP450命名委员会，如下为官网。

水杨酸（Salicylic Acid, SA）是一种重要的植物激素，在由各种病原体（如引起黄龙病（Huanglongbing, HLB）的柑橘黄龙病菌(CLas)）触发的植物先天免疫中起关键作用。WRKY是一类植物特有的转录因子（TF）家族，在植物应对生物胁迫中具有重要功能。尽管多种柑橘物种的基因组已经被解析，但WRKY家族在水杨酸处理和CLas感染条件下的进化历史、功能和表达模式在柑橘中的研究仍然不足，因此需要对该家族进行全面的基因组和表达分析。

ANA进化阶由早期发育的被子植物谱系组成，包括无油樟目（Amborellales）、睡莲目（Nymphaeales）和木兰藤目（Austrobaileyales），在进化上具有重要地位。ANA基因组数据库（ANAgdb）

背景黄杞属（胡桃科）是一个具有重要生态和经济价值的属，广泛分布于东亚的热带和亚热带地区。尽管之前基于多个分子标记的研究为黄杞属的物种界定和种群地理学提供了深刻的见解，但黄杞属的母系基因组进化以及其在胡桃科中的系统发育仍需全面评估。在本研究中，我们对来自8种黄杞属植物的14个样本及外群植物四川崖摩的质体基因组进行了测序，并结合胡桃科36种和6种外群植物的已发布数据，以测试系统发育解析度。此外，还进行了质体基因组的比较分析，以探讨黄杞属及整个胡桃科的质体基因组进化。结果。

这个脚本适用于Python 3，输入为VCF文件，并利用SNP基因型生成用于系统发育分析的矩阵，支持PHYLIP（松弛版）、FASTA、NEXUS或二进制NEXUS格式。例如，在我们的测试中，它处理了一个20GB的VCF文件（大约3百万个SNP × 650个个体），用时约27分钟。最初版本的脚本仅生成PHYLIP矩阵，但现在已增加了其他常用格式，包括二进制NEXUS文件（仅适用于二倍体基因型），以便在BEAST中的SNAPP插件中进行SNP分析。压缩的VCF文件（.vcf.gz）也可以直接分析。

三萜类化合物在医药和农业领域有广泛的应用。通过UDP-糖基转移酶（UGTs）催化三萜类化合物的糖基化是一种重要方法，用于生产具有增强功能的有价值衍生物。然而，已报道的仅有少数UDP-葡萄糖基转移酶能够在C3-OH位合成带有线性三糖的稀有三萜类化合物。本研究发现，UGT91H亚家族主要促进三萜类化合物的2"-O糖基化，且具有很高的区域选择性，随后通过祖先序列重建（ASR）进一步扩展了其底物范围。以祖先酶UGT91H_A1为模型，研究了序列-结构-功能关系。

4-香豆酸：辅酶A连接酶（4CL）由一个小型的多基因家族编码，能够催化羟基肉桂酸类与辅酶A（CoA）的连接，这是代谢物进入类黄酮或单木质素途径的分支点。在本研究中，我们从。

茶树（Camellia sinensis L.）的叶片能够合成并积累大量的没食子酰化儿茶素（如EGCG和ECG）和非没食子酰化儿茶素（如EGC、儿茶素和表儿茶素），总共占干叶质量的8%–24%。没食子酰化儿茶素是茶叶中可溶性儿茶素的主要成分（可达75%），对绿茶的涩味和苦味以及其对人类健康的药理活性有着重要贡献。然而，茶树中儿茶素没食子酰化的分子机制在很大程度上尚不清楚。先前的研究表明，葡萄糖基转移酶和丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶（SCPL）可能参与这一过程。

重测序数据分析，假设一个基因组，15个个体~

常用的outfmt6，每次忘记，不能忘记，第三列是蛋白相似度！

准确的分歧时间对于解释和理解谱系演化的背景至关重要。在过去的几十年里，有关冠被子植物推测的分子年龄（通常估计为晚侏罗世至二叠纪）与化石记录（将被子植物置于早白垩纪）之间的差异，引发了广泛的争论。如果冠被子植物早在二叠纪甚至三叠纪就已经出现，这将对生命之树中最具影响力的类群之一的起源的古生态背景产生重大影响。我们在此论证，并通过模拟展示，分子数据和松弛时钟模型推测的较老年龄受到谱系特异性速率异质性的误导，而这种异质性是由于在维管植物演化过程中多次发生的生活史变化导致的。

其他 LASTZ 发布版本，包括 2021 年 9 月之前的所有版本，可以在 [http://www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz](http://www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz) 找到（以压缩包的形式提供）。官方发布版本已打上标签，可以在 [https://github.com/lastz/lastz/releases](https://github.com/lastz/lastz/releases) 找到。

推荐官网，一个和无油樟一样没发生过全基因组复制事件的代表性物种。

参考这篇文章的有意思的分析脚本~如何严格定义单拷贝基因的类型，值得思考。genome。

茄科植物通过3α-和3β-托品醇的酯化生成托品烷生物碱（TAs）。尽管已知Littorine合酶负责3α-托品醇的酯化，进而导致莨菪碱的生物合成，但与3β-托品醇酯化相关的基因尚不清楚。在此，我们报告了来自颠茄的一个BAHD酰基转移酶，惕佫酰假托品合酶（TS），催化3β-托品醇和巴豆酰辅酶A（tigloyl-CoA）形成惕佫酰假托品，这是打碗花精生物合成的关键中间体，也是治疗神经退行性疾病的潜在药物。与其他定位于细胞质的BAHD酰基转移酶不同，TS定位于线粒体。通过分子对接和定点突变揭示了TS的催化机制。

肉苁蓉属是列当科的重要属类，具有重要的药用、经济和防治荒漠化的价值。然而，肉苁蓉属的系统发育关系尚不清晰。迄今为止，还没有有效的分子标记能够有效区分报道的肉苁蓉属近缘种类。在本研究中，我们获得并表征了来自中国的四种肉苁蓉属植物的叶绿体基因组，以澄清该属内的系统发育关系，并开发用于物种鉴定的分子标记。

在这里，我们介绍我们的新代码RAxML-NG（RAxML下一代）。它结合了RAxML和ExaML的优势和概念，并提供了我们在下一节中将描述的几项额外改进。所以，ML建树的最新一代版本软件，横空出世，一代版本一代神，代代版本ML树！