【剪裁Patch】已标注的WSI剪裁Patch的处理流程（以QuPath软件得到的标注信息为例）

1. 整体处理思路

整体处理流程如图所示，概括来说就是：根据标注信息将WSI区分为肿瘤区域和正常区域，对这个区域进行采样裁剪得到具有Patch级别标签的Patch。
当然，这里的Patch标签是根据标注信息决定的，如果标注的是癌症亚型信息，那么也可以将不同亚型的Patch区分出来。

那么下面就对每个步骤进行介绍以及提供具体的Python代码。

2.详细步骤（提供代码）

2.0 标注文件示例

以下是用QuPath软件标注的肺癌WSI示例，图中红色区域是肿瘤区域。（声明：肿瘤区域的标注没有任何根据，仅用作下面步骤的可视化演示！！！）

2.1 掩码文件的制作

这一步能够明确哪些区域属于肿瘤区域，并排除背景区域等无关的部分。

2.1.1 根据未标注的WSI文件生成整体组织区域掩码文件

首先，对标注前的WSI使用大津法（Otsu）对每个颜色通道（R、G、B）分别进行处理，对于每个通道，分别计算其阈值。通过逻辑运算，将三个通道的背景区域