GaussView高级技巧.pdf

一本非常有用的GaussView教程，　Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外，Gview还可读入CHEM3D，HYPERCHEM和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。 ### GaussView高级技巧详解 #### 一、GaussView简介及功能概述 GaussView是一款专为配合Gaussian计算软件而设计的专业分子建模与可视化工具。它不仅能够帮助用户构建Gaussian所需的输入文件，还能以图形化的方式展示计算结果。此外，GaussView还支持读取多种格式的文件，例如CHEM3D、HYPERCHEM以及晶体数据等，这极大地扩展了它的应用场景和与其他图形软件的兼容性。 #### 二、GaussView高级技巧汇总 ##### 1. 变形工具的应用 GaussView提供了三个强大的变形工具：“键长”、“键角”和“二面角”。这些工具能够帮助用户精确调整分子结构。例如，“键长”工具用于调整两个原子之间的距离；“键角”工具用于调整三个原子之间的角度；而“二面角”工具则用于调整四个原子之间的角度。为了更好地控制变形过程，GaussView还提供了三种不同的原子移动模式：“平移全组”、“平移原子”和“固定”。 - **平移全组**：选择该模式后，所有选中的原子将作为一个整体进行移动。 - **平移原子**：此模式允许单独移动选中的原子，而不影响其他原子。 - **固定**：使用此模式可以选择固定的原子，使得在变形过程中这些原子保持不动。 通过合理运用这些变形工具和移动模式，用户可以轻松创建复杂的分子结构。 ##### 2. 添加虚原子 虚原子在GaussView中是一个非常有用的特性，主要用于定义参考原子或参考旋转轴。在构建特定分子结构时，可以通过添加虚原子来辅助定位其他原子的位置。完成操作后，可以通过“原子列表”编辑器删除虚原子，确保模型的简洁性。 ##### 3. 加氢工具的应用 加氢工具是构建复杂分子结构的关键之一。它可以用于添加氢原子，并且通过不断尝试，找到最合适的成键位置。一旦找到了理想的氢原子位置，就可以使用加氢工具继续构建所需的分子基团。 ##### 4. 基团取代工具 GaussView提供了多种基团取代工具，包括元素基团、环状基团、R基团、生物基团以及自定义基团。这些工具可以帮助用户快速构建复杂的有机化合物。用户可以通过点击“当前基团”面板中的“Hot”位置来选择取代位置，进一步提高构建效率。 ##### 5. 点群工具 点群工具是GaussView中一个非常重要的特性，它可以帮助用户调整分子的对称性，使分子具有某种点群对称性。通过设置适当的容差值，用户可以调整分子的对称性，甚至指定笛卡尔坐标轴的定向。此外，还可以选择“始终跟踪点群对称性”的选项，这样在进行变形或删除操作时，GaussView会自动调整相关参数以保持对称性。 ##### 6. 晶体工具 晶体工具不仅可以用于构建一维至三维的晶体结构，还可以实现分子的平移复制。通过调节晶格参数和晶轴方向，用户可以在特定方向上复制分子，这对于模拟晶体材料尤其有用。 #### 三、实例应用 以构建乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例： 1. **构建乙烷的重叠式构象**：首先使用加氢工具添加氢原子并调整成键位置，然后利用基团取代工具添加碳原子和其他氢原子，最终通过调整二面角实现重叠式构象。 2. **构建二茂铁结构**：使用虚原子定位参考点，通过变形工具精确调整碳环的位置和方向，结合基团取代工具添加铁原子，最后调整整体结构以确保分子的对称性和稳定性。 通过掌握GaussView的高级技巧，用户可以更加高效地构建复杂的分子结构，这对于化学研究和教学都具有重要意义。