UNIVERSIDAD NACIONAL

AUTÓNOMA DE MÉXICO

FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES

ZARAGOZA

QUÍMICA FARMACÉUTICO BIOLÓGICA

SÍNTESIS DE FÁRMACOS Y MATERIAS PRIMAS – I

(Laboratorio)

Informe 1: “Modelado Molecular asistido por

computadora con el programa Spartan 14’ ”

Asesor: Q. Francisco Silva Flores

Alumna: Rojo López Jovanna

Gpo. 2401

Fecha de entrega: 08/02/2018

  Introducción

La química computacional es una rama de la química que utiliza computadoras para ayudar a estudiar y
resolver problemas químicos a través de la aplicación de modelos y simulaciones computacionales de sistemas
moleculares. Utiliza teorías, conceptos y modelos de la química teórica, basados en tratamientos físicos de la
materia provenientes de la física clásica, cuántica y la mecánica estadística, incorporados en software científico
especialmente diseñado para calcular la estructura y/o las propiedades estáticas y dinámicas de moléculas y
agregados moleculares en estado gaseoso y en solución y de cuerpos sólidos.

Mientras sus resultados complementan la información que puede obtenerse

en experimentos químicos, pueden, en otros casos, predecir fenómenos químicos no observados a la fecha,
orientando el diseño de nueva actividad experimental o sustituyendo la ausencia de otro conocimiento
empírico en problemas donde el diseño experimental tiene asociado un alto costo económico y/o el
experimento empírico resulta impracticable en los términos actuales. La química computacional es
ampliamente utilizada desde hace varias décadas en el diseño de nuevos medicamentos y materiales.

El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas
computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de las moléculas. Las técnicas y métodos
utilizados se encuentran en un amplio rango de campos de la física, la química computacional y
la bioquímica para el estudio de sistemas moleculares que abarcan desde pequeños sistemas químicos a
grandes moléculas biológicas y materiales cristalinos.

Los cálculos más simples pueden ser realizados a mano, pero inevitablemente se requieren
computadoras para realizar el modelado molecular de cualquier sistema medianamente complicado. La
característica particular de las técnicas de modelado es la descripción a nivel atómico de los sistemas
moleculares; el menor nivel de información es por átomos individuales (o un pequeño grupo de átomos).

Existen varios softwares en los que pueden apoyarse:

 CHARMM  Molsoft ICM

 Millsian  Oscail X
 BALLView  PyMOL
 Cerius2  VMD
 InsightII  SPARTAN
 Sybyl  GROMOS
 MOE  Gaussian
 Ghemical  Sirius
 MMTK  NOCH
 Agile Molecule
 OBJETIVO

Aprender a manejar el programa Spartan 14’ mediante el estudio de moléculas de interés en la materia de
Síntesis de Fármacos y Matrias Primas-I en el laboratorio.
  Características del programa Spartan’ 14

 INTERFAZ GRÁFICA DE USUARIO. Spartan dispone de una sofisticada y completa interfaz gráfica de
usuario, pero de uso sencillo, que permite construir y manipular moléculas, lanzar cálculos de mecánica
molécular y química cuántica y visualizar los resultados: Constructor orgánico - Constructor inorgánico -
Constructor de péptidos - Constructor de nucleótidos - Constructor de sustituyentes - Constructor 2.D
(acceso a ChemDraw) - Estado de transición automático - Librería de estado de transición - Acceso a las
bases de datos - Acceso al portapapeles - Detección automática de tautómeros -Extracción de ligandos
unidos -Descriptores de función química -Mostrar/manipular modelos estructurales -Medir geometrías,
áreas, volúmenes – Animaciones - Alineación molecular - Hoja de cálculo y representaciones de datos -
Análisis de regresión lineal.

 FORMATOS COMPATIBLES. Importar/exportar: SYBYL MOL y MOL2 – PBD – MACROMODEL - MDL SKC,
TGF y SDF - SMILES – ficheros CIF y XYZ; Guardar/exportar: JPEG – PNG - BMP – AVI.
 TAREAS REALIZABLES CON SPARTAN. Cálculo de Energía de Reacción y de Activación – Determinación de
Geometría de Equilibrio – Determinación de Geometría del estado de Transición – Cálculo de las
Frecuencias Vibracionales y Intensidades – Identificación de la distribución energéticas de los Conformeros
– Alineamiento de Moléculas – Generación de Secuencias de Reacción – Identificación de Tautomeros –
Estudio de las Coordinadas Geométricas y Energías– Termoquímica - Análisis de similitud.
 ESPECTROS. Importar/exportar: SYBYL MOL y MOL2 – PBD – MACROMODEL - MDL SKC, TGF y SDF -
SMILES – ficheros CIF y XYZ; Guardar/exportar: JPEG – PNG - BMP – AVI.
 PROPIEDADES. Energía de solvatación – LogP - Area superficie polar - Area polar por ESP - Cargas Muliken
- Cargas atómicas naturales - Cargas ajuste electrostático - Momentos dipolo - Momentos superiores –
Polarizabilidades – Hyperpolarizabilidades – Electroganitividad - Qmenos y Qmas - Area y volumen
molecular - Forma molecular - Entalpía, entropía y energía libre - Recuento grupos dadores y aceptores de
hidrógeno - Recuento centros ionizables..
 MÉTODOS/CONJUSTOS BASE. Mecánica molecular, métodos semiempíricos, cálculos ab-initio, funcional
de la densidad. SYBYL - MMFF94 - MMFF94aq - MNDO, MNDO(d) - AM1 - PM3, PM3 extensiones metales
de transición - RM1 - Hartree-Fock - DFT (local, BP, BLYP, EDF1, B3LYP) - TDDFT (local, BP, BLYP, EDF1,
B3LYP) - MP2, MP3, MP4, LMP2 - Resolución de la imagen MP2 (RI-MP2) - CCSD CCSD(T), OD, OD(T) -
QCCSD, QCCSD(T) - CISD, CISD(T) - QCISD, QCISD(T) - T1 - G2, G3, G3(MP2) - STO-3G - 3-21G - 6-31G* - 6-
311G* - cc-pVTZ – Pseudopotenciales – Funciones polarización – Funciones difusas – Conjuntos de base
adicionales y personalizados – Conjuntos de base duales.
 MODELOS GRÁFICOS. Orbitales superficies, contornos, mapas – Densidad superficies, contornos –
Densidad espín superficies, contornos – Mapas potencial ionización localizado – Potencial electrostático
superficies, contornos, mapas – Resaltar regiones accesibles – Animaciones – Biopolímeros estilo cinta –
Planos definidos – Mostrar enlaces hidrógeno.
 CARACTERÍSTICAS ADICIONALES. Simetría – Restricciones y/o átomos congelados – Inversión automática
centros quirales – Centrado automático en pantalla – Acceso portapapeles cortar/pegar – Enviar
moléculas como lista simple – Capacidad envío remoto de cálculos – Acceso en linea a PDB – Espectros
experimentales IR y UV/vis del NIST - Espectros experimentales RMN de U. Colonia.
 BASE DE DATOS MOLECULARES SPARTAN (SDB). 140.000 moléculas – Búsqueda por nombre – Búsqueda
por fórmula, isómero, peso – Espectros – Base de datos de Reacciones Spartan.
  ¿CÓMO SE UTILIZA EL SPARTAN?

Existen diversos tutoriales –incluido el que viene junto con el programa- donde se muestra cómo utilizar el
software, la mayoría está en inglés, aquí en la UNAM, la Facultad de Química tiene una especie de “manual” en
línea, disponible en la siguiente liga: http://depa.fquim.unam.mx/amyd/archivero/taller_10339.pdf , en la FES
Zaragoza el profesor Francisco Silva, tiene otro manual o tutorial, disponible en la siguiente liga:
https://quimicafeszaragozaprofesilva.blogspot.mx/2017/08/practicas-de-modelado-molecular_3.html .

 UN POQUITO DEL PROGRAMA

Fig. 1. Dibujo de una molécula en 2D con ayuda del programa Spartan

Fig. 2. Estructura molecular en 3D de la

benzoína.

 MI OPINIÓN PERSONAL SOBRE EL SOFTWARE

Es una herramienta educativa muy impresionante, ya que el modelado molecular o se limita al pizarrón y a la
imaginación, sino que, ya se puede visualizar la molécula y su arreglo en el espacio, además de que el programa
puede calcular diversas variables, como el ángulo de enlace, la distancia entre cada átomo, los espectros IR y
RMN teóricos, además se puede observar la densidad electrónica, el confórmero más estable, etc…

En sí, este programa es un complemeto muy útil para el laboratorio de SFMP-I, ya que se pueden ver
las propiedades de solubilidad, potencial electrónico, la estructura en 3D y si se trata de fármacos, se puede
buscar en el Protein Data Bank (PDB) la proteína a la que se une dicho fármaco, estudiar la diana
farmacológica, además de extraer el ligando unido a proteína:
 Fig. 3. Molécula de Sulfatiazol unida a la
proteína 3TYE.

Fig. 3. Molécula de Sulfatiazol extraída

de la proteína 3TYE.

 CONCLUSIONES

Se cumplió con el objetivo de aprender a manejar el programa (algunas funciones, no todas), pero como dijo el
profesor Silva, con el tiempo nos volveremos unos “expertos” en el manejo, es una herramienta muy valiosa
para el estudio de las moléculas y sobre todo, un extra académico para comprender mejor el comportamiento
de diversos grupos funcionales.

 BIBLIOGRAFÍA
 Silva Flores F. Prácticas de modelado molecular asistido por computadora "Química Orgánica" [Internet].
Quimicafeszaragozaprofesilva.blogspot.mx. 2018 [consultado 6 Febrero 2018]. Disponible en:
https://quimicafeszaragozaprofesilva.blogspot.mx/2017/08/practicas-de-modelado-molecular_3.html
 Reyes Trejo L. Introducción al Modelado Molecular [Internet]. UNAM-DGAPA: FQ; 2008 [consultado 6
Febrero 2018]. Disponible en: http://depa.fquim.unam.mx/amyd/archivero/taller_10339.pdf
 Software: Spartan 14 [Internet]. Addlink.es. 2018 [consultado 6 Febrero 2018]. Disponible en:
https://www.addlink.es/productos/spartan#spartan-14
 AQM 11 [Internet]. Posgradoeinvestigacion.uadec.mx. 2018 [consultado 6 Febrero 2018]. Disponible en:
http://www.posgradoeinvestigacion.uadec.mx/AQM/No.%2011/3.html