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Bioquímica 2023
TP nro. 1: AA y proteínas
Guía de estudio RESUELTA
1) a) Indique cuáles de los aminoácidos proteicos son:
i) alifáticos
ii) aromáticos
iii) polares sin carga (marque el grupo polar)
iv) polares positivos
v) polares negativos
b) ¿Qué tipo de interacciones estabilizará cada uno de ellos durante el plegamiento de una
proteína?
a) i) Los aminoácidos alifáticos son: glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina y prolina.
ii) Los aminoácidos aromáticos son: fenilalanina, tirosina y triptófano.
iii) Los aminoácidos polares sin carga son: serina, treonina, cisteína, asparagina y glutamina. Estos
aminoácidos tienen grupos funcionales polares en sus cadenas laterales que pueden formar enlaces
de hidrógeno con otras moléculas polares.
iv) Los aminoácidos polares positivos son: lisina, arginina e histidina. Estos aminoácidos tienen
grupos funcionales cargados positivamente a pH 7 en sus cadenas laterales.
v) Los aminoácidos polares negativos son: ácido aspártico y ácido glutámico. Estos aminoácidos
tienen grupos funcionales cargados negativamente a pH 7 en sus cadenas laterales.
b) Los aminoácidos interaccionan entre sí para formar la estructura tridimensional de la proteína. Las
interacciones que estabilizan la estructura de la proteína son principalmente de cuatro tipos:
i) Interacciones hidrofóbicas: Los aminoácidos alifáticos son hidrofóbicos, es decir, no interactúan
con agua. Por lo tanto, en una proteína, los aminoácidos alifáticos se agruparán en la parte interior
de la proteína, alejados del agua, y se estabilizarán mediante interacciones hidrofóbicas.
ii) Interacciones aromáticas: Los aminoácidos aromáticos contienen anillos aromáticos que pueden
interactuar entre sí mediante enlaces de hidrógeno y fuerzas de Van der Waals. Estas interacciones
aromáticas también pueden estabilizar la estructura de la proteína.
iii) Enlaces de hidrógeno: Los aminoácidos polares sin carga, tanto en las cadenas laterales como en
el extremo N-terminal y C-terminal de la proteína, pueden formar enlaces de hidrógeno con otras
moléculas polares, lo que ayuda a estabilizar la estructura tridimensional de la proteína.
iv) Interacciones electrostáticas: Los aminoácidos cargados positivamente y negativamente pueden
interactuar entre sí mediante enlaces iónicos o atracciones electrostáticas, lo que también puede
estabilizar la estructura de la proteína.
2) a) ¿Qué es el punto isoeléctrico (pI)? Escriba la fórmula para calcular el pI de un aminoácido
neutro.
b) Mediante una curva de titulación explique dónde se encuentra la zona de capacidad buffer (rango
útil de amortiguación).
c) ¿Cuál (es) de los aminoácidos formadores de proteínas podría tener importancia como
amortiguador de pH dentro del rango fisiológico (7,40)?
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a) El punto isoeléctrico (pI) es el pH en el cual una molécula cargada, como un aminoácido o una
proteína, tiene una carga neta igual a cero. En el pI, la molécula no migrará en un campo eléctrico y
no tendrá un pH efectivo. Para un aminoácido neutro, el pI se calcula promediando los valores de pK
de los dos grupos ionizables (grupo amino y grupo carboxilo) y se expresa como:
pI = (pKa1 + pKa2) / 2
Donde pKa1 es la constante de disociación ácida del grupo carboxilo (COOH) y pKa2 es la constante
de disociación ácida del grupo amino (NH3+).
b) Una curva de titulación es una representación gráfica de cómo varía el pH de una solución a medida
que se le añade un ácido o una base. En la curva de titulación de un aminoácido, se pueden identificar
varios puntos importantes, incluyendo el punto isoeléctrico (pI) y la zona de capacidad buffer (rango
útil de amortiguación).
La zona de capacidad buffer es una región de la curva de titulación donde la solución es capaz de
resistir cambios en el pH cuando se le agregan pequeñas cantidades de ácido o base. Esta zona se
encuentra alrededor de los valores de pH que están a una unidad de distancia de los valores de pK de
los grupos ionizables del aminoácido.
c) El aminoácido que podría tener importancia como amortiguador de pH dentro del rango fisiológico
es la histidina. La histidina tiene un pK de aproximadamente 6,0 para su grupo imidazol y puede actuar
como un amortiguador de pH en un rango cercano a su pK. La histidina es un aminoácido importante
en muchas proteínas, especialmente en las proteínas que participan en reacciones enzimáticas y en la
regulación de la función celular.
3) a) ¿Que grupos funcionales están involucrados en un enlace peptídico? ¿Químicamente de qué
tipo de unión se trata?
b) Enuncie las principales características del enlace peptídico
c) Explique por qué la estructura primaria determina la estructura secundaria de una proteína
a) Un enlace peptídico está formado por la unión entre el grupo carboxilo (COOH) de un aminoácido
y el grupo amino (NH2) de otro aminoácido. Es una unión covalente entre los átomos de carbono y
nitrógeno que forman el enlace.
b) Las principales características del enlace peptídico son:
• Es un enlace covalente que se forma mediante la pérdida de una molécula de agua
(deshidratación o condensación).
• El enlace es plano y rígido debido a la resonancia electrónica que ocurre en la molécula, lo que
significa que la molécula del péptido tiene una geometría plana.
• El enlace es relativamente estable, debido a la resonancia electrónica que distribuye la carga a
través de los átomos de la molécula del péptido.
• El enlace peptídico es polar debido a la electronegatividad del átomo de oxígeno en el grupo
carbonilo y la polaridad del átomo de nitrógeno en el grupo amino.
c) La estructura primaria de una proteína, que es la secuencia lineal de aminoácidos, determina la
estructura secundaria de la proteína porque el enlace peptídico es rígido y plano. Como resultado, las
proteínas se pliegan en estructuras tridimensionales específicas basadas en las propiedades químicas
y físicas de los aminoácidos individuales que componen la secuencia lineal. La estructura secundaria
es el primer nivel de plegamiento de una proteína y está determinada por la secuencia de aminoácidos
en la estructura primaria. Los átomos que forman el enlace peptídico tienen ángulos de torsión
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específicos, que determinan la forma en que los aminoácidos individuales interactúan entre sí y, por
lo tanto, la estructura tridimensional de la proteína en general.
4) a) Defina los niveles de estructura primario, secundario, terciario y cuaternario de una proteína e
indique que fuerzas estabilizan cada nivel de estructura y los grupos químicos entre las que se
establecen.
b) Marque en la siguiente representación de la estructura de una proteína los distintos niveles de
estructura proteica que pueda observar:
a) Los niveles de estructura de una proteína son los siguientes:
o Estructura primaria: es la secuencia lineal de aminoácidos en una proteína. La estructura
primaria está determinada por la información genética contenida en el ADN. Los enlaces
peptídicos son los únicos enlaces covalentes en la estructura primaria.
o Estructura secundaria: es la conformación tridimensional de segmentos de la proteína que se
pliegan sobre sí mismos. Los dos tipos principales de estructura secundaria son las hélices alfa
y las láminas beta plegadas. Estas estructuras secundarias son estabilizadas por enlaces de
hidrógeno entre los grupos amino e hidroxilo de los aminoácidos adyacentes en la hélice o la
lámina.
o Estructura terciaria: es la conformación tridimensional completa de la proteína. Esta
estructura se forma por la interacción entre los segmentos de la proteína que tienen
estructura secundaria. Las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria fundamentalmente
por interacciones hidrofóbicas, además otras interacciones que incluyen enlaces de
hidrógeno, interacciones iónicas y puentes disulfuro.
o Estructura cuaternaria: es la conformación tridimensional de una proteína compuesta por
múltiples subunidades. Estas subunidades pueden ser iguales o diferentes y se mantienen
unidas por enlaces covalentes, como los puentes disulfuro, o no covalentes, como las
interacciones hidrofóbicas, las interacciones iónicas y los enlaces de hidrógeno.
5) a) Cuál es la diferencia entre desnaturalizar e hidrolizar una proteína? ¿Qué uniones se rompen
al hidrolizar una proteína?
b) ¿Podría diferenciar a los péptidos glicil-valina y valinil-glicina mediante el análisis de sus
productos de hidrólisis? Justifique.
a) La desnaturalización de una proteína se refiere al proceso mediante el cual una proteína pierde su
estructura tridimensional y, por lo tanto, su función biológica. Esto puede ser causado por factores
como el cambio de pH, la temperatura, la presencia de ciertos reactivos químicos, entre otros. La
proteína aún mantiene su secuencia de aminoácidos original, pero su estructura se ha alterado.
Por otro lado, la hidrólisis de una proteína se refiere al proceso mediante el cual se rompen las uniones
peptídicas entre los aminoácidos que componen la proteína. Las uniones peptídicas son enlaces
covalentes que unen los aminoácidos a través de grupos carboxilo y amino. Al romper estos enlaces
mediante hidrólisis, se obtienen aminoácidos individuales o péptidos más pequeños.
b) Los péptidos glicil-valina y valinil-glicina son isómeros, lo que significa que tienen la misma fórmula
molecular pero una estructura química diferente. Por lo tanto, pueden ser diferenciados mediante el
análisis de sus productos de hidrólisis.
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Cuando se hidrolizan los péptidos, las uniones peptídicas se rompen y se obtienen los aminoácidos
individuales que componen los péptidos. En el caso de glicil-valina, se obtendrían los aminoácidos
glicina y valina. En el caso de valinil-glicina, se obtendrían los aminoácidos valina y glicina. Por lo tanto,
al analizar los productos de hidrólisis, se podría determinar cuál es el péptido original.
Además, si se utilizan técnicas de separación como la cromatografía, se podría separar los aminoácidos
obtenidos y determinar su cantidad y proporción relativa, lo que también ayudaría a diferenciar entre
los dos péptidos.
6) a) Describa las características de las proteínas globulares y fibrosas. Mencione ejemplos de cada
una de ellas.
b) Discuta la sensibilidad de cada una de ellas a los agentes desnaturalizantes
a) Las proteínas globulares son proteínas plegadas en una estructura compacta y esférica, y son
solubles en agua y otros solventes polares. Estas proteínas se utilizan comúnmente como enzimas,
transportadores, anticuerpos y otras funciones que requieren una forma compacta y una interacción
específica con otras moléculas. Algunos ejemplos de proteínas globulares incluyen la hemoglobina, la
mioglobina, la lisozima y la tripsina.
Por otro lado, las proteínas fibrosas son proteínas alargadas y fibrilares que forman estructuras
resistentes y estables, y son insolubles en agua. Estas proteínas se utilizan comúnmente para
funciones estructurales como soporte mecánico, protección y movimiento. Algunos ejemplos de
proteínas fibrosas incluyen la queratina, el colágeno, la elastina y la fibroína.
b) Las proteínas globulares y fibrosas tienen diferentes sensibilidades a los agentes desnaturalizantes.
Las proteínas globulares son más sensibles a los cambios de pH y temperatura, así como a los reactivos
químicos como el urea y los detergentes. Estos agentes pueden desestabilizar la estructura compacta
de la proteína y hacer que se despliegue o se desnaturalice. Por otro lado, las proteínas fibrosas son
más resistentes a los cambios de pH y temperatura, y requieren agentes más fuertes como ácidos
fuertes y sales fuertes para desnaturalizarse.
Además, los solventes orgánicos como el alcohol y el cloroformo pueden desnaturalizar tanto las
proteínas globulares como las fibrosas al interrumpir las interacciones hidrofóbicas e hidrofílicas de la
proteína. En general, las proteínas globulares son más sensibles a los agentes desnaturalizantes
debido a su estructura compacta y su dependencia de interacciones precisas para mantener su
estructura y función, mientras que las proteínas fibrosas son más resistentes debido a su estructura
extendida y repetitiva.
7) Con respecto a la espectrofotometría UV-visible
a) ¿Cuál es la utilidad de la técnica? ¿Cuál es su fundamento?
b) ¿Cómo se relacionan el color de una solución (absorbancia) con la concentración del analito a
cuantificar?
c) ¿Cuál es el fundamento de la medida de Absorbancia a 280 nm como técnica para la cuantificación
de proteínas? Justifique.
a) La espectrofotometría UV-visible es una técnica ampliamente utilizada en química y bioquímica
para cuantificar la cantidad de luz absorbida por una muestra en función de la longitud de onda. Esta
técnica es útil para determinar la presencia y la cantidad de compuestos como proteínas, ácidos
nucleicos y otros compuestos orgánicos e inorgánicos. Su fundamento se basa en la absorción de la
radiación electromagnética por los compuestos que se encuentran en la muestra.
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b) La relación entre el color de una solución (absorbancia) y la concentración del analito a cuantificar
se puede describir mediante la ley de Lambert-Beer. Esta ley establece que la absorbancia de una
muestra es directamente proporcional a la concentración del analito y al camino óptico (espesor de la
muestra) y es inversamente proporcional a la constante de proporcionalidad molar conocida como
coeficiente de extinción molar (ε). Por lo
tanto, si se conoce el ε de un compuesto
a una longitud de onda determinada, se
puede utilizar la ley de L-B para
cuantificar su concentración en una
muestra.
c) La medida de absorbancia a 280 nm es una técnica
comúnmente utilizada para cuantificar la cantidad de
proteínas en una muestra. Esto se debe a que los aminoácidos
aromáticos como el triptófano, la tirosina y la fenilalanina
tienen máximos de absorción en el rango de 280 nm, y la
cantidad de estos aminoácidos en una proteína es proporcional
a su masa molecular. Por lo tanto, la medida de la absorbancia
a 280 nm se puede utilizar para estimar la cantidad de proteína
presente en una muestra.
8) Explique el fundamento de la técnica de
electroforesis.
La electroforesis es una técnica que se utiliza para
separar moléculas según su tamaño y carga
eléctrica. El fundamento de esta técnica se basa en
la aplicación de un campo eléctrico a través de una
matriz porosa, lo que provoca que las moléculas se
muevan hacia el electrodo opuesto en función de
su carga eléctrica y su tamaño. Las moléculas más
grandes y/o con una mayor carga eléctrica se
mueven más lentamente a través de la matriz y se
separan de las moléculas más pequeñas y/o con
una menor carga eléctrica.
En la electroforesis, las
moléculas se separan en
función de su tamaño y
carga eléctrica debido a
que la matriz porosa
contiene una carga neta y
limita el movimiento de las
moléculas en función de su
tamaño. La matriz más
comúnmente utilizada es
un gel de poliacrilamida o
agarosa, que tiene una
estructura porosa que
permite el paso de las moléculas a través de ella. Las moléculas se pueden visualizar mediante la
adición de tintes específicos, como el bromuro de etidio, que intercalan en los ácidos nucleicos y las
proteínas y los hacen fluorescentes bajo luz UV.
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