INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

Laboratorio de Genética Microbiana

Práctica 1: Marcadores
genéticos.
Elaborado por:
• Martínez Torres Ricardo.
• Mendoza Gallegos Natalia Verónica.

E Q U I P O 7

S E C C I Ó N 2

G R U P O 6 Q V 1
 Genoma
Material genético Repositorio de la información hereditaria
total codificada en el DNA (o RNA) de un
organismo o de una entidad no biológica.

Secuencia de DNA de cada cromosoma (Krebs

et al, 2018)

Todo el material genético contenido en un

organismo (NIH, 2017)
 Un cromosoma es una molécula muy larga de
ADN

Genoma

El cromosoma contiene
muchos genes
Gen(es)
Segmento de DNA cromosomal o extra
Cada gen es
cromosomal que puede originar un
parte de una producto funcional; ya sea RNA o un
continua de DNA
polipéptido (Krebs et al, 2018).

Inicio del
Fin del gen
gen

Figura recuperada de Krebs, J., Goldstein, E. & Kilpatrick, S., 2018, p.71
 Enzima “P”
funcional

Enzima “P”

Forma
alternativa 1

Genes Enzima “P” Alelos Célula 1 con

genes para
Célula 2 con
No funcional genes para
enzima P enzima P no
funcional funcional

Genotipo de
cada organismo
Forma
alternativa 2
 GENOTIPO
Información codificante

Puede Secuencia de nucleótidos en el DNA que

expresarse o
no expresarse define a cada organismo o a una cepa
silvestre (Snyder y Champness, 2007 ).

ó
Catálogo de todos los genes en un
organismo (Birge, 2006).

Genotipo Genoma

Información codificante
e información no Constitución alélica de un organismo
codificante para un carácter dado (Klug et al, 2013).
GENOTIPO Genes de un organismo que se
encuentran expresándose al
momento y cuya expresión se puede
poner de manifiesto.

FENOTIPO
Características (rasgos)
observables y/o medibles de un
organismo (Dale y Park, 2010).
 ¿De dónde provienen?
Entorno silvestre
Adaptación
Entorno controlado,
Cepa uniforme y artificial

silvestre
• Organismos que poseen un
genotipo característico de su
especie.
• Características perfectamente
conocidas y definidas (estándar Clase
y/o referencia). especializada de
• Punto de comparación para organismo
medir variaciones en genotipo y domesticado
fenotipo. Población
ancestral

Holmes, 2017
 Cambio en la Descendencia con
secuencia de DNA cambios respecto a la cepa
madre con posibilidad de
Cepa heredar dichos cambios.
No hay
silvestre recombinación

Cambios Cambios no
observables observables

Mutante
Respecto a una característica

Snyder y Champness, 2007

 Antes de la década de 1960, todo era caos…

1965 Una propuesta de nomenclatura

uniforme en genética bacteriana.

M. Demerec Philip E. Hartman E.A. Adelberg

Demerec y colaboradores desarrollan

por aproximadamente una década
una nomenclatura estándar para la
genética de bacterias.
 Nomenclatura del fenotipo en bacterias
1. La característica o rasgo que ha sido comprobado se expresa con tres letras; la primera
de ellas en mayúsculas. Las letras hacen referencia a la característica analizada.

Caracteres más
comunes en el
fenotipo de bacterias

Capacidad de biosíntesis Resistencia o

Uso de fuentes de de un aminoácido u otro
sensibilidad a un
carbono compuesto fundamental
para el crecimiento antibiótico

• Lac (lactosa). • Ala (alanina). • Amp (ampicilina).

• Ara (arabinosa). • Cys (cisteína). • Str (estreptomicina).
• Gal (galactosa). • Pro (prolina). • Tet (tetraciclina).
• Mal (maltosa). • His (histidina). • Cam (cloranfenicol).
• Glu (glucosa). • Bio (biotina). • Pen (penicilina).
• Mal (maltosa).
• Srl (sorbitol).
• Put (prolina). Maloy et al, 1994
 2. Adicionalmente, se indica con un superíndice:
• (+) para la característica de la cepa silvestre o para denotar la presencia de dicho carácter en la
bacteria.
• (-) para la característica mutante (ha sufrido un cambio con respecto a la cepa silvestre) o para la
ausencia de ese rasgo.

Lac+ Lac- Trp+ Trp-

Capacidad para Incapacidad para Capacidad para Incapacidad para
metabolizar la metabolizar la biosíntesis de biosíntesis de
lactosa lactosa triptófano triptófano

Presente en cepa Presente en cepa Presente en cepa Presente en cepa

silvestre mutante silvestre mutante

Igualmente, en superíndice se indica la letra “r” y la letra “s” para expresar sensibilidad o
resistencia ante un antibiótico.

Azir Azis Rifr Rifs

Resistencia Sensibilidad Resistencia Sensibilidad
ante la ante la ante la ante la
azitromicina azitromicina rifampicina rifampicina

Maloy et al, 1994

 Nomenclatura en el genotipo en bacterias
GENES
1. Cada gen se escribe en tres letras minúsculas en cursiva (o subrayado). Las letras hacen
referencia a la función del producto resultado de la expresión o al producto en sí mismo de la
expresión del gen (relación con el fenotipo).

his pro dam gal *Se harán unas

observaciones
más adelante
Participa en Participa en Codifica para Participa en el con respecto a
este punto
la biosíntesis la biosíntesis la DNA metabolismo de
de histidina de prolina metilasa la galactosa

2. Diferentes genes afectando una misma función/vía o varios genes que codifican para un
mismo producto se les agrega una letra mayúscula en itálica seguida de las tres letras.

galE galK
Epimerasa que participa Cinasa que participa
lacZ, lacY, lacA
Metabolismo
en la conversión de la de la en la fosforilación de
UDP galactosa a UDP galactosa la galactosa en
glucosa galactosa 1-fosfato

Ruiz, s.f.
 3. La condición del gen en la que el producto expresado es totalmente funcional o no posee
ninguna alteración (cepa silvestre) se denota con un superíndice (+)

proA+

proB+ pro+ Pro+

Expresión Bacteria con
capacidad de
proC+ usada para
el genotipo biosíntesis de prolina

4. En caso de que el producto expresado por el gen no sea totalmente funcional o posea alguna
alteración con respecto a la cepa silvestre , se omite el superíndice

pro+ pro rpoB+ Rifs rpoB Rifr

Genotipo de Genotipo de Gen alterado Resistencia a la
Gen que codifica Sensibilidad a la rampificina
bacteria capaz de bacteria incapaz
para una rampificina
biosíntesis de de biosíntesis de
subunidad de la (bloquea la
prolina prolina
RNA polimerasa síntesis de RNA)
(cepa silvestre) (cepa mutante)

American Society of Microbiology, s.f.

 MUTACIONES
Un mismo gen puede tener diferentes variaciones (mutantes) por lo que se
requiere identificar cada alelo (versión de un gen). Todos los posibles alelos tiene
un número específico seguido del gen

Alelo hisA4 hisA4 Mutación 4 en el

gen hisA

Existen registros en línea para dar seguimiento a los alelos de diferentes organismos como
Escherichia coli o para géneros como Bacillus o Salmonella

Deleción
Pérdida de pares de bases hasta genes completos en un segmento de DNA; pérdida de
funcionalidad en el producto o fusionando el gen con otro.

Δgen/alelo afectado
ΔhisA4 Δ(lac-proAB)
American Society of Microbiology, s.f. Snyder y Champness, 2007
 Inserción
Introducción de segmentos de DNA desde una región del genoma otra debido a los
transposones/elementos transponibles

gen donde hay inserción::elemento transponible (no itálicas)

galK::Tn10
galT236::Tn5
Para inserciones para experimentos genéticos:

pBR322Ω::kan
Plásmido pBR322 al cual se le ha
insertado un gen de resistencia a
la kanamicina

Snyder y Champness, 2007

 Sustitución
Cambio en la secuencia de nucleótidos de una cadena de DNA por
errores en la replicación, recombinación o en la reparación

Sitio de mutación

hisA4 c. 360 T>A

Gen o Número Cambio de
Sustitución alelo de base
nucleótido
en el gen
donde hay
sustitución
Figura recuperada de National Human Genome Research
Institute https://www.genome.gov/genetics-
glossary/Substitution
 Marcador genético
Segmento de DNA (codificante o no codificante) que cuenta con una
localización física identificable en el cromosoma y que puede
llevarse un seguimiento de su herencia (Allison, 2007).

Fácil de detectar y rastrear

Carácter detectable u
Puntos de variación que permiten
diferenciar/identificar: observable a nivel
experimental
• Poblaciones.
• Especies.
• Individuos/organismos

FENOTIPO

Nature, s.f.
 Tipos de marcadores
Moleculares: Proteínas (antígenos e isoenzimas) y el DNA (genes conocidos o
fragmentos de secuencia y función desconocida).

Monomórfico Es invariable en todos los organimos estudiados

Polimórfico: Presenta diferencias en el peso molecular, actividad enzimática,

estructura, o sitios de restricción.

Hipervariable: Grande variaciones

Morfológicos: Son las características fenotípicas de fácil identificación visual tales

como forma, color, tamaño o altura.

M. Gonzalo Claros Díaz (s.f)

 Tipos de marcadores

Bioquímicos: Estos incluyen diversos tipos de proteínas como isoenzimas,

aloenzimas y proteinas no enzimaticas. En donde se da por electroforesis.

Sánchez Amador, S. A. (2020, 3 noviembre).

 Marcadores
más
utilizados

Capacidad de
Uso de fuentes biosíntesis de Resistencia o
factores de
de carbono crecimiento
sensibilidad

Auxotrofía Protrofía
 Protrofía
Capacidad de biosíntesis de Capacidad de metabolizar

factores de crecimiento; sustancias necesarias para el

crecimiento: fuentes de
vitaminas, aminoácidos o
carbono, nitrógeno, fósforo,
nucleótidos etc.

Bio+, Cyt+,Pro+ Lac+, Mal+,Ace+

Snyder y
Champness, 2007
 Auxotrofía
Incapacidad de biosíntesis Incapacidad de metabolizar

de factores de crecimiento; sustancias necesarias para el

crecimiento: fuentes de
vitaminas, aminoácidos o
carbono, nitrógeno, fósforo,
nucleótidos etc.

Bio-, Cyt-,Pro- Lac-, Mal-,Ace-

Snyder y
Champness, 2007
 Resistencia
Capacidad de una bacteria para crecer en presencia de fagos,
antibióticos u otras sustancias tóxicas.
MECANISMOS DE EJEMPLOS
RESISTENCIA A
ANTIBIÓTICOS

Modificaciones Acetilación, fosforilación, adenilación. Enzimas modificadoras de

en la molécula aminoglucósidos (AME)
Destrucción de β-Lactamasas
la molécula
Disminución en Cambios en las porinas; tipos de porinas, grado de expresión y
la permeabilidad deterioro en la función de la porina
Bombas de flujo Bombas en E.coli que expulsan la tetraciclina usando el flujo de
protones
Cambios en los Protección del sitio de acción
sitios de acción
Modificación de los sitios de acción; mutaciones, alteraciones
enzimáticas en el sitio de unión, reemplazo del sitio.

Sensibilidad
Capacidad de una bacteria para crecer en presencia de antibióticos por
la falta de mecanismos como los previamente descritos

Munita y Arias,
2016
Azir Azis Rifr Rifs
 Tipos de resistencia
• Naturales o intrínsecas: Propiedad específica de las bacterias (todas las
bacterias de la misma especie son resistentes a un antibióticos).

• Adquirida: Producto de la adquisición de DNA externo; transformación,

transducción (mediada por fagos) y conjugación.

Fernández Riverón, et. al (2003)

 Medios de cultivo
Sustrato o solución que proporciona los compuestos
necesarios para el crecimiento y replicación de los
microorganismos.
Medios de
cultivo

Composición Consistencia Función/Aplicación

Definidos Líquidos Mínimo

Complejos Sólidos Rico

Semisólidos Enriquecido

Selectivo

Diferencial
 Función/Aplicación

Mínimo Rico Enriquecido Selectivo Diferencial

- Más de una -Más de una fuente de - Varias fuentes de C y

- 1 fuente de carbono carbono y nitrógeno N (según sea el caso)
(glucosa) fuente de carbono - Varias fuentes de C
y nitrógeno - Factores de - Factores de yN
crecimiento crecimiento
-Sales (fuente de N - Factores de -Factores de
- Nutrientes - Sales, colorantes, crecimiento
inorgánica) crecimiento especiales para antibióticos, fagos,
heterótrofos compuestos tóxicos - Indicadores
fastidiosos - Nutrientes
- Agar nutritivo asimilables sólo por un
tipo de
Medio mínimo - Agar tripticasa de microorganismo
mineral (MMM) soya -Agar eosina azul de
- Agar chocolate
- Agar LB metileno (EMB)
- Agar sangre
- Agar sal manitol
-Löwenstein-Jensen
Determinar auxotrofía y -MacConkey Determinar auxotrofía
prototrofía y prototrofía

Determinar sensibilidad y
resistencia
 Medio mínimo:
• Fuente de carbono
• Sales minerales

Tabla recuperada
de Tamarin, R.,

Medio rico
2001, p.153

Crecimiento de Crecimiento de
protótrofos y protótrofos
auxótrofos
Medio mínimo+ factor de crecimiento
específico (ej, cisteína)

Crecimiento de
protótrofos y auxótrofos
a la cisteína (Cys+)
 Cepas de colección
Microorganismos definidos por lo menos a nivel género y especie.
Son depositados y mantenidos en una colección de cultivos o centro de
recursos biológicos y catalogados con el acrónimo de la colección seguido
de un número identificado.

• Perfectamente caracterizados; conocimiento

total y absoluto de genotipo y fenotipo.
• Estabilidad genética.
• Pureza.
• Facilidad de cultivo.
• Máxima velocidad de reproducción.
• Facilidad de manipulación y conservación
• Marcadores orientados a un propósito en el
laboratorio.

Comisión de Normalización y Validación (2006).

Tabla 1 De acuerdo a la WDCM (World Data Centre for
Lista de algunas colecciones culturales importantes y sus
posesiones. Microorganisms) en 2003 existían 647 colecciones de
microorganismos en 70 países registrados:
País. Retención total Numero de colecciones

•253 financiados por universidades.

•252 por gobiernos.
•56 organizaciones semi-gubernamentales.
•39 por organizaciones privadas.
•20 por industrias

Tabla recuperada de Sharma & Shouche.,

2014, p.129 González G., D. M., & Jiménez Q, J. N. (2013).
 Conservación
de la
diversidad
microbiana

Materiales
Construcción
biológicos de
de bases de
alta
datos para la
calidad/fidelid
comunidad
ad en
científica
investigación

IMPORTANCIA

Resguardar
cultivos de Seguimiento y
alta registro de los
importancia o microorganis
de mos alrededor
distribución del mundo
restringida

Selección de
las cepas más
adecuadas
para un
propósito
 Ejemplo de cepas de colección
Produce ß-lactamasa; control de calidad de discos que contienen
combinaciones de ß-lactámicos e inhibidores de ß-lactamasa. Cepa
DSM 5923
de control de calidad según DIN 58959-7 (6924). Cepa de control de
calidad para EUCAST. (Medio 381, 37°C).

CCUG 30600 - Escherichia coli

Produce ß-lactamasa . Control de calidad del disco que contiene

combinaciones de ß-lactámicos e inhibidores de ß-lactamasas, Vitek
AST-N029. en Agar sangre, aerobio, 30°C.

(Escherichia coli, 2023)

 OBJETIVOS
GENERAL PARTICULARES
• Identificar los marcadores moleculares
• Identificar los diferentes marcadores
que se utilizan con mayor frecuencia en
genéticos en cepas microbianas de
cepas microbianas: sensibilidad y
bacterias y la relación entre genotipo y
fenotipo. resistencia a antibióticos, auxotrofía y
prototrofía, utilización de fuentes de
carbono, tipo sexual en levadura etc.
• Interpretar el genotipo de un
microorganismo, deducir el fenotipo y
diseñar de los medios de cultivo para
comprobar los marcadores.
 Práctica 1: Marcadores genéticos.

Cepas Fenotipo relevante

1. Escherichia coli DH10B 1. Lac-, AmpS

2. Escherichia coli DH10B/pCR 2.1-TOPO 2. Lac+, AmpR

3. Cef R
3. Escherichia coli K12J53
4. RifR
4. Klebsiella pneumoniae ATCC600603
5. Trp+
5. Pantoea aglomerans
6. Trp-
6. Serratia nematodiphila
Medios de cultivo empleados en la practica
• Caldo LB (Luria Bertani)

• Agar LB

• Agar LB + ampicilina 100 μg/mL (LB - amp)

• Agar LB + ceftazidima 32 μg/mL

• Agar LB + rifampicina 200 μg/mL

• Agar MacConkey con lactosa

• Medio mínimo mineral sólido (MMM)

• Medio mineral mínimo + triptófano (MMM - Trp)

DESARROLLO EXPERIMENTAL

Día 1

Luria Bertani contiene peptona de caseína y

extracto de levadura.
Día 1
Día 2
 BIBLIOGRAFÍA CONSULTADA
• Birge, E.A. (2006). Bacterial and Bacteriophage Genetics (5a ed). Springer Science+Business Media: Arizona,
USA.
• Krebs, J., Goldstein, E. & Kilpatrick, S. (2018). Lewin’s genes (12a ed.). Jones & Bartlett Learning: Massachusetts,
Estados Unidos de América.
• Tamarin, R. (2001). Principles of Genetics (7a ed.). The McGraw-Hill Companies: USA.
• Klug, W.S., Cummings, M.R., Spencer, C.A. y Palladino, M.A. (2013). Genética (10a ed.). PEARSON EDUCACIÓN;
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