La organización de la escuela es compleja, con elementos institucionales y personales. Aunque todas las escuelas comparten características genéricas, cada una tiene una fisonomía única. Los integrantes de la comunidad educativa conocen lo que sucede en la organización y pueden transformarla para hacerla más abierta, democrática y dinámica. La organización puede ser un obstáculo para el cambio o un elemento que lo dinamice. Se proponen procesos de reflexión e innovación organizativa para favorecer la flexibilidad y mejora continua.