Los medios de cultivo selectivos y diferenciales se diseñan para recuperar gérmenes específicos que pueden estar presentes en una mezcla. El agar MacConkey es selectivo para bacterias gramnegativas y diferencia las que fermentan lactosa de las que no. El agar sal-manitol es selectivo para estafilococos y S. aureus puede fermentar manitol dando colonias amarillas. El agar XLD permite diferenciar salmonella y shigella por su capacidad de fermentar carbohidratos. El medio de Lowenstein-Jensen y el agar Middlebrook