Las misiones religiosas en Baja California tenían el objetivo de evangelizar a los grupos indígenas de la región y brindarles ayuda humanitaria. Los franciscanos establecieron las primeras misiones a finales del siglo XVII, incluyendo Loreto, la primera misión fundada en 1697. Otras misiones notables fueron San Javier, Mulegé, San Ignacio y San Borja, esta última fundada en 1762 como la última misión en la península. Aunque las misiones lograron evangelizar con éxito,