Las bacterias pueden clasificarse según su morfología, estructura de la pared celular, necesidades de oxígeno y tinción de Gram. Algunas bacterias como los estafilococos son gram positivas y colonizan principalmente la piel, mientras que las enterobacterias como E. coli son gram negativas y colonizan el tracto digestivo. La tinción de Gram se basa en las diferencias en la composición de la pared celular que determina si la bacteria retiene o no el colorante.