El museo cuenta con una colección de objetos y restos de diferentes culturas precolombinas de Cochabamba y sus alrededores, desde sociedades precerámicas hasta los imperios de Tiwanaku e Inca. También exhibe textiles, momias, piezas de metalurgia y paleontología, así como pergaminos y discos de arcilla usados por la iglesia para evangelizar. Muestra la evolución cultural cronológica de la región a través de los tiempos.