Las tres complicaciones más comunes en pacientes con SIDA causadas por infecciones de protozoos son la toxoplasmosis, criptosporidiosis e isosporiasis. La toxoplasmosis es causada por el parásito Toxoplasma gondii y puede causar daño en el cerebro, ojos, corazón y pulmones. La criptosporidiosis es causada por Cryptosporidium parvum y causa diarrea aguda. La isosporiasis es causada por Isospora belli y también puede causar diarrea grave.