El virrey Francisco de Toledo organizó el virreinato del Perú e implementó nuevas leyes y administración después de recorrer el territorio. Ordenó concentrar a los indígenas en pueblos llamados reducciones para contarlos y saber la cantidad de tributo que debían pagar. También estableció el Santo Oficio de la Inquisición, reorganizó la Universidad de San Marcos y determinó el tributo indígena mediante un censo.