Sédimentation
de
la matière organique
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Sédimentation de la matière organique
La matière organique est un constituant banal des sédiments
mais l’intérêt économique de son accumulation (combustibles
fossiles) mérite une étude particulière.
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La matière organique continentale
En domaine continental, la production de matière organique (MO) est principalement assurée par les
végétaux supérieurs, les algues et les bactéries, via leur activité photosynthétique. La MO produite est
donc essentiellement localisée dans les sols sur lesquels repose la végétation. La nature de cette
dernière, ainsi que la production associée sera en première approximation contrôlée par la zonation
climatique latitudinale depuis les forêts équatoriales très productives aux basses latitudes jusqu’aux
toundras peu productives aux hautes latitudes.
L’hydrosphère continentale est également un lieu de production de MO, notamment le domaine
lacustre dont on admet qu’il est en moyenne plus productif que les océans.
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La production de matière organique dans l’océan
La matière organique est la plupart du temps en faible concentration dans les sédiments. En
moyenne les sables et les grès en contiennent de l’ordre de 0,05%, les calcaires 0,3% et les argiles
environ 2%, les sédiments fins présentent systématiquement, dans tous les environnements , des
teneurs en carbone organique total (COT) plus fortes. Des sédiments carbonatés contenant au moins
0,3 à 0,6% de carbone organique et des sédiments argileux en contenant de 0,5% à 1%sont des roches
mères potentielles des pétroles.
La photosynthèse est le processus fondamental de production de matière organique à partir de
l’énergie lumineuse, de l’eau et du CO2 .les réactions sont complexes mais peuvent se résumer, en
prenant le glucose comme exemple, par la formule:
Energie lumineuse
6CO2 + 6H2O C6H12O6 + 6O2 5
La production annuelle de matière organique (productivité primaire) dans la nature actuelle est
estimée entre 3 et 15 . 1010 tonnes de carbone organique, réparties en proportion pratiquement égale
entre les continents et les océans. De façon un peu identique à ce que nous avons vu pour la silice, la
matière organique produite est généralement très rapidement recyclée et moins de 1% de la production
est incorporée dans les sédiments.
De fait, on distingue donc deux sous-cycles dans le cycle général du carbone organique:
➢ Un cycle biologique à rotation rapide où se fait la production de la matière organique
principalement par photosynthèse, sa dégradation par des processus biochimiques et physico-
chimiques et son recyclage dans les chaînes alimentaires. La biomasse est réduite d’environ un
facteur 10 à chaque étape de la chaîne:
1 000kg phytoplancton 100kg zooplancton 10kg crustacés 1kg poissons 6
➢ Un cycle sédimentaire, alimenté par des fuites infimes du cycle biologique (1%), à rotation très
lente au cours duquel la matière organique de structure complexe va évoluer, sous l’action de
l’enfouissement et de la température, vers un mélange constitué d’un résidu carboné et de molécules
simples telles CH4, CO2, H2O, N2, H2S. Les pétroles et les gaz naturels sont des sous-produits de ces
transformations tandis que les charbons et la matière organiques des schistes bitumineux en sont des
résidus à différents stades.
les eaux de surface des océans sont donc avant tout le siège du recyclage de la matière organique et
la production primaire, qui est difficile à quantifier, n’a que peu d’intérêt en géologie. Les
sédimentologistes utilisent le concept de production nouvelle pour caractériser la part qui échappe au
recyclage .
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On peut définir la production nouvelle comme le flux de carbone organique présent en dessous de la
zone photique (environ100m). Elle se mesure assez facilement à partir de la quantité de particules
organiques recueillies dans les pièges. Les zones où la production nouvelle est importante sont
extrêmement étroites, il s’agit des ceintures de haute productivité (équateur, divergences subpolaires et
zones d’upwellings côtiers).
Entre 100m et le fond de l’océan, le flux vertical de particules organiques se réduit encore car la
matière organique est décomposée dans cette tranche d’eau par des processus physico-chimiques et
biologiques notamment au niveau de la zone à oxygène minimum. La ZOM correspond, en effet, à la
profondeur où la densité de l’eau de mer est maximale. La chute des particules organiques est donc
ralentie et leur oxydation favorisée.
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La production de MO résiduelle à une profondeur
donnée est appelée production exportée. En
géologie, c’est la production exportée sur le fond
qui est importante à connaître. Enfin, une part
importante de la MO sera encore détruite, à
l’intérieur du sédiment, dans la zone de
bioturbation. Les taux de sédimentation
importants, en limitant la bioturbation, favorisent
donc la préservation de la MO dans les sédiments.
La teneur en MO influe sur la teinte des sédiments,
ainsi les conditions d’oxygénation de
l’environnement de dépôt influencent la couleur
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des sédiments .
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Les modalités de la conservation de la matière organique
✓ Les facteurs de la conservation
La conservation de la matière organique est difficile car elle se dégrade, en présence d’oxygène,
directement ou grâce à des micro-organismes. Il se déroule une suite de processus complexes qu’on
peut schématiser par la réaction :
CH2O + O 2 CO2 + H2O
Par analogie aux processus biochimiques se déroulant dans les sols, on parle souvent de
minéralisation de la MO, c’est -à -dire sa transformation en substances minérales comme le CO2.
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la conservation de la matière organique continentale , directement en contact avec l’air , sera donc
beaucoup plus difficile que celle de la matière organique marine. Cependant, même sous une tranche d’eau
oxygénée, les sédiments contiennent, à une profondeur plus au moins grande, des eaux interstitielles
anoxiques. A partir d’une certaine profondeur dans le sédiment, la vitesse de consommation d’oxygène par
les micro-organismes qui attaquent la MO est plus forte que la vitesse de diffusion d’oxygène de l’eau de
mer, à travers les sédiments. L’épaisseur de la couche de sédiments oxiques n’est que de quelques
millimètres si le taux de sédimentation est élevé, mais elle peut se développer sur plusieurs de centimètres
en cas de ralentissement de la sédimentation.
L’anoxie des eaux de fond favorisera aussi la conservation de la MO en limitant la bioturbation qui remet
les sédiments au contact de l’eau de mer. De plus, la dégradation de la matière organique peut continuer
même dans des conditions anoxiques, grâce à des fermentations bactériennes anaérobies à partir des
nitrates puis des sulfates. 12
La production primaire jouera évidemment un rôle important, plus la production de MO sera
importante dans la zone photique plus la probabilité d’échapper à la minéralisation sera grande pour la
MO.
Ainsi on admet qu’il faut atteindre un seuil de production de l’ordre de 100g/m2/année pour qu’une part
conséquente (en moyenne 20 %) de la MO puisse échapper au recyclage dans la zone photique et
participer à la production nouvelle.
Le rendement de la production primaire dépend de facteurs climatiques (température et lumière ) et de
facteurs d’environnement comme la teneur en CO2 et en nutriments (nitrates, phosphates et
oligoéléments). Dans les zones où les nutriments sont abondants (estuaires, plateaux continentaux et
zones d’upwelling), il peut exister des véritables explosions, saisonnières ou non, de la productivité
planctonique.
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La production globale actuelle de l’océan est en moyenne de l’ordre de 30 gigatonnes; on estime que
la moitié, voire les deux tiers, proviennent de ces zones de hautes productivités qui ne représentent
que moins d’un tiers de la surface de l’océan.
Il existe donc une relation complexe entre l’anoxie et la matière organique puisque le déficit du
milieu de sédimentation en oxygène est une condition favorable à la conservation de la MO tandis
qu’une forte production entraîne le développement de conditions anoxiques (ZOM) lors de la
destruction (oxydation) de la Matière organique.
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✓ Les modèles de milieux à préservation de matière organique
Trois grands types de configurations semblent permettre une accumulation de matière organique:
❖ Le modèle euxinique :ce modèle vient d’Euxenos Pontos (Pont-Euxin), nom grec de la mer
noire, où la productivité de la surface n’est que moyenne mais où il règne des conditions
réductrices sur le fond. Ce modèle s’applique à des bassins fermés ou à communications
difficiles avec l’océan ouvert; c’est le cas de la mer Noire, de la baie de kaoe (Insulinde), de
certains fjords, pour la nature actuelle ou de la Méditerranée orientale au quaternaire.
Dans la mer Noire, les eaux sont stratifiées par densité. En surface, elles sont oxygénées et
dessalées (17‰ apport des grands fleuves). Les eaux de fonds, plus salines (23‰ ), résultent des
apports de la Méditerranée à travers le Bosphore. L’anoxie se développe à partir de -200m et l’on
observe des sédiments sombres laminés (absence de bioturbation) contenant des teneurs en COT et
de l’ordre de 5%. Ce régime s’est progressivement installé entre -5000 et -1000 ans, au cours de la15
remontée du niveau marin (déglaciation) qui a permis le rétablissement des communications entre la
Méditerranée et le lac (oxygéné) préexistant à la mer Noire. Les sapropèles que l’on trouve dans les
sédiments quaternaires de la Méditerranée Orientale auraient la même origine. Ils correspondent à des
phases cataglaciaires où une stratification des eaux était réalisée par les apports du Nil, soumis à un
régime de mousson dans sa haute vallée, et dont les eaux douces s’étalaient en surface de la
Méditerranée.
Dans un modèle euxinique, l’H2S, produit par les bactéries sulfato-réductrices, apparaît dans la colonne
d’eau alors qu’habituellement il n’est présent que dans la colonne sédimentaire. Dans tels
environnements, la MO va fixer le soufre ainsi disponible (sous la forme S2- , ion sulfure) augmentant
ainsi la préservation de la matière organique face à la dégradation bactérienne: c’est le principe de
sulfuration de la matière organique.
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❖ Le modèle à couche d’oxygène minimum
C’est un modèle de production moyenne et d’anoxie partielle sur le fond applicable aux domaines
océaniques ouverts. On peut en trouver des exemples dans le golfe du Mexique ou dans l’océan indien.
Au niveau de la ZOM , l’oxygène a été consommé par la décomposition microbienne des particules
organiques. Cette masse d’eau, qui n’a pas de contact avec l’air, ne peut renouveler son oxygène que
par échange avec les masses d’eau avoisinantes. La rigueur de l’anoxie dépend de l’âge de la masse
d’eau (plus une eau profonde est ancienne, plus elle est appauvrie en O2), de l’intensité des courants et
de la productivité de surface. Des sédiments laminés anoxiques se développent sur les fonds baignés
par la ZOM. On trouve ainsi dans le golfe de Mexique des sédiments contenant entre 1 et 1,5 % de
COT vers -500m de profondeur. Il faut toutefois noter que, l’océan actuel, la ZOM se développe
surtout entre -800 et -1200m, profondeurs peu favorables à l’accumulation sédimentaire. L’application
de ce modèle aux concentrations fossiles de MO suppose donc une extension de la ZOM par
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ralentissements des circulations.
❖ Le modèle d’Upwelling
Il permet la préservation de MO grâce à une productivité de surface forte à très forte malgré des
conditions oxydantes sur le fond.
Le régime des vents alizés permet le développement d’un système d’upwelling (remontée d’eaux froides
riches en nutriments ) et les conditions locales conduisent au dépôt de sédiments riches en MO (jusqu’à
10% de COT), accompagnés de précipitation de sulfures (Fe, Pb, Zn) et associés à des dépôts de
phosphates. Il y a conjonction de plusieurs facteurs:
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✓ Une productivité élevée sur toute la marge (production moyenne 1,1g/m2/jour de COT avec des
pointes à 2 g/m2/jour de COT dans les zones d’upwelling intense);
✓ Un système de courants et une topographie des fonds permettant l’accumulation des sédiments
terrigènes;
✓ Une décarbonatation des sédiments pélagiques du fait de la libération d’une quantité importante
de CO2 par l’oxydation de la MO.
C’est dans ces environnements que sont observées les plus fortes teneurs en carbone organique des
sédiments récents, jusqu’à 15 ou 20% dans les sédiments des marges namibienne, péruvienne ou
arabique. 21
✓ Des périodes favorables à la préservation de la matière organique
La distribution des niveaux riches en MO n’est pas homogène dans les séries sédimentaires. Certaines
périodes paraissent particulièrement propices à la sédimentation organique et à la formation de
roches mères. Divers auteurs ont insisté sur la coïncidence existant entre les périodes de transgression
et les périodes d’accumulation significative de MO dans les sédiments marins. Ces périodes seraient
caractérisées par le développement vertical de la zone à oxygène minimum de l’océan (périodes
anoxiques). Cela suppose un ralentissement des circulations océaniques et des conditions climatiques
favorables à une haute productivité.
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Ces niveaux sont pour la plupart des roches mères de pétrole et
correspondent à des maxima transgressifs de second ordre. Dans
les sédiments pélagiques, une excursion positive du rapport
isotopique du carbone des carbonates est contemporaine de ces
événements (car la MO piège, du fait de la photosynthèse,
préférentiellement l’isotope léger 12 C, même dans les régions
où il n’y a pas de manifestations sédimentologiques de l’anoxie
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La caractérisation chimique de la matière sédimentaire
Après destruction de la fraction minérale par les acides, on peut séparer une fraction (5 à 20%) de
matière organique soluble dans les solvants organiques (dont l’extrait obtenu par évaporation est appelé
bitume) et une fraction insoluble appelée kérogène. Le kérogène regroupe une série de molécules de
structure très complexe et de masse moléculaire très forte (géopolymères), se formant par remaniement
biochimique (condensation, polymérisation) des débris organiques animaux ou végétaux
(biopolymères) au cours des premiers stades de la diagenèse.
L’origine (continentale, lacustre ou marine) des kérogènes peut être déduite de leur teneur en C, H et O,
selon leur position sur un diagramme H/C vs O/C (diagramme de Van Krevelen) par rapport à 3 séries
de référence.
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Pour la caractérisation de la matière organique, les séries types de référence sont:
Type I: la série des Green River Shales (Etats Unis) censée représenter l’origine lacustre. Cette MO
‘riche en lipide d’origine algaire) est caractérisée par un fort rapport H/C (donc un indice IH élevé) et
un faible rapport O/C (indice IO bas). Ce type de kérogène est relativement rare;
Type II: la série liasique du Bassin de Paris pour l’origine marine (phytoplancton, zooplancton et
bactéries). Ce type de kérogène, à rapport H/C et O/C intermédiaires, représente la source principale de
pétrole;
Type III: le crétacé supérieur du Cameroun et le Wesphalien du nord du bassin de Paris pour l’origine
continentale. Cette MO, qui représente des rapports H/C faibles et des rapports O/C élevés,
proviennent principalement des plantes supérieures. Elle ne génère pratiquement pas d’huile mais peut
produire du gaz lors de l’enfouissement .
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Les principales roches carbonées
✓ Houille, lignite et tourbe
o Les Houilles
Elles sont formées à la fois de matière organiques ayant subi une houillification ou charbonisation et
des substances amorphes riches en carbone.
L’accumulation de débris végétaux peut s’être réalisée de deux façons:
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▪ Sur place (formation autochtone du charbon);
on observe alors la superposition de séquences
(cyclothèmes) comprenant à la base un mur
schisto-gréseux à troncs encore en place aux
racines dichotomiques (Stigmaria); une couche
de houille intermédiaire et, au toit, du grès, parfois
conglomératiques, ou des schistes fins.
L’alternance des cycles est beaucoup plus
vraisemblablement commandée par des variations
de l’espace disponible où interviennent aussi les
fluctuations eustatiques de hautes fréquences; sous
contrôle climatique. 28
▪ Après transport fluviatile (formation
allochtone du charbon) des végétaux et
accumulation dans un delta, comme le
montre la structure de certains petits
bassins comme celui de Commentry, sur
la bordure nord du Massif central. On y
trouve alors des bancs lenticulaires
livrant parfois des troncs en désordre,
associés à des grès et conglomérats
devenant plus fins sur les marges du
gisement.
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o Le lignite
C’est une roche carbonée moins évoluée que la houille. Il en existe de nombreuses variétés , les unes à
débris végétaux bien reconnaissables , les autres formées de durain, élément constitutif de la houille
(riche en carbone 70%).
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▪ Soit dans les tourbières basses des vallées à fond plat des pays calcaires à partir des mousses, qui
meurent et se tassent à leur base pendant qu’elles se développent à la partie supérieure. L’eau y est
limpide et alcaline (PH8);
▪ Soit dans les tourbières hautes, ainsi appelées à cause de leur profil bombé. On trouve donc surtout
des tourbières hautes dans les montagnes et plateaux granitiques ou siliceux, ainsi que dans les régions
circumarctiques.
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✓ Le pétrole
Le pétrole (huile de pierre) est un mélange complexe d’hydrocarbures contenant une faible quantité
d’azote , d’oxygène, de soufre et d’hélium. Les composés gazeux corespondent aux 4 premiers
termes des carbures d’hydrogène et constituent les gaz de pétrole ou gaz naturels C8H2n+2. les
composés solides constituent les asphaltes et les paraffines.
o La genèse des pétroles
L’origine des pétroles ne fait plus l’objet de débat. Les théories abiogéniques n’ont plus qu’un intérêt
historique car ses principaux arguments ont été réfutés. On envisageait alors l’action de l’eau sur des
carbures métalliques. Les théories biogéniques reposent sur trois arguments principaux: la richesse
en MO des sédiments, la présence de porphyrines (pigments dérivés de la chlorophylle) et le
phénomène de la polarisation rotatoire que présentent les pétroles naturels.
La première condition pour leur genèse est donc l’accumulation de matière organique dans une boue
sapropélique noire (black shales). Sous l’action de bactéries anaérobies, les lipides et les protides se
transforment en hydrocarbures. Il s’agit là d’uen diagenèse biochimique qui conduit à la formation de kérogène.
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A la phase de diagenèse ( kérogène, protopétrole) , succède la phase de catagenèse qui voit la
transformation de kérogène en hydrocarbures. Elle intervient vers 1500 à 2 000m. Elle débute à 60°C,
s’accélère jusqu’à 100°C (3 000m) et diminue ensuite jusque vers 135-150°C ( 4 000m), c’est la
fenêtre à huile des géologues pétroliers. Ces transformations se traduisent par la perte de CO2, d’H2O
et de N2 en même temps que des hydrocarbures de plus en plus légers sont libérés.
Au-delà de 150°C (phase de matégenèse), se
subsistent que des gaz secs (craquage naturel) et,
à la limite de destruction des gisements , du
méthane qu’accompagne un carbone solide
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o La mise en place des gisements de pétrole
Le pétrole formé dans la phase de catagenèse s’accumule dans les parties les plus poreuses de la
roche mère (migration primaire). Ensuite, à cause de sa faible densité, de son non-miscibilité à l’eau
et de sa volatilité, le pétrole a tendance à migrer dans les zones superficielles et à s’échapper à l’air
libre (migration secondaire). Pour qu’il soit conservé, il faut au minimum deux conditions:
▪ L’existence d’un toit imperméable qui arrête son ascension
▪ D’une roche poreuse susceptible de le retenir.
Cette roche magasin est le plus souvent un sable ou un grès, ou un calcaire grainstone ou dolomitique
(porosité secondaire voir dolomitisation). Les meilleurs pièges à pétrole sont constitués par les
anticlinaux à grand rayon de courbure, les zones de failles inverses, les discordances angulaires et
dans certains cas de diapirs.
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o Autres hydrocarbures fossiles
▪ Les schistes bitumineux
Les schsites bitumineux ne sont la plupart du temps ni schisteux ni bitumineux, ce sont des
laminites organiques à structure varvée qui contiennent une certaine proportion de kérogène. Par
distillation à l’abri de l’air, vers 500°C, ils donnent de 40 à 150 litres de pétrole liquide par tonne.
Les schistes bitumineux constituent une source potentielle d’hydrocarbures dont les ressources
excèdent largement celle disponibles dans les gisements classiques.
▪ L’ambre
L’ambre est une résine fossile , formée de chaînes hydrocarbures, qui renferme un faible
pourcentage d’acide succinique. C’est un solide jaune (succin) généralement translucide. Certains
ambres renferment des insectes et des restes de poissons, mammifères et de plantes qui sont des
merveilles de conservation. 36
A retenir
➢ La production de la matière organique comporte deux sous-cycles :
- Un cycle biologique (production photosynthétique et dégradation et recyclage dans les chaines
alimentaires)
- Un cycle sédimentaire, alimenté par des fuites infimes du précédent (production nouvelle), qui aboutit
à l’enfouissement et à la minéralisation de la MO.
➢ Au cours de leur chute dans la colonne d’eau , les particules de MO continuent d’être dégradées,
notamment au niveau de la zone à oxygène minimum (ZOM) et au final seul 1% de la production
primaire arrive sur le fond.
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➢ Le diagramme de Van Krevelen permet de caractériser, par rapport à 3 séries tests, l’origine de la
MO sédimentaire (lacustre, continentale, marine). La concentration de MO en quantité d’intérêt
économique est exceptionnelle et suppose des environnements et des périodes particulières
(modèles euxiniques, à couches à oxygène minimum, à upwelling)
➢ Les roches carbonées sont les houilles, les lignites et les tourbes. L’accumulation de débris
végétaux peut se réaliser sur place (charbons autochtones) en bordure de mer (bassin), sous
forme de couches répétitives (cyclothèmes) liés aux fluctuations eustatiques hautes fréquences.
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➢ La formation du pétrole suppose tout d’abord l’accumulation de MO dans une roche mère (boue
sapropélique, black shale) où sa diagenèse biochimique conduit au kérogène. La diagenèse ne
doit pas être trop poussée sous peine de destruction du pétrole. Il y a ensuite une migration et
accumulation dans une roche poreuse (roche-réservoir) qui constitue le gisement.
➢ Les schistes bitumineux représentent une source potentielle d’hydrocarbures importante mais
qui nécessite une technologie d’exploitation potentiellement dangereuse pour l’environnement.
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