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Test de Conformité

Le test de conformité détermine si une population respecte l'équilibre de Hardy-Weinberg. Il compare les effectifs génotypiques observés et théoriques à l'aide du test du Khi-deux. Le document décrit les étapes du test, incluant le calcul des effectifs théoriques, l'estimation du Khi-deux calculé et théorique, et la décision d'accepter ou rejeter l'hypothèse nulle d'équilibre.

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Test de Conformité

Le test de conformité détermine si une population respecte l'équilibre de Hardy-Weinberg. Il compare les effectifs génotypiques observés et théoriques à l'aide du test du Khi-deux. Le document décrit les étapes du test, incluant le calcul des effectifs théoriques, l'estimation du Khi-deux calculé et théorique, et la décision d'accepter ou rejeter l'hypothèse nulle d'équilibre.

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I.

Test de conformité

Le test de conformité est un test qui permet de déterminer si une

population s’aligne à l’équilibre de Hardy-Weinberg ou non. Il s’agit du test

statistique X² ou Khi-carré (khi-deux) qui permet de comparer les effectifs

des différents génotypes d’une population donnée et les effectifs théoriques

correspondants en cas d’une population en état d’équilibre, et décider si la

différence entre les deux populations est significative ou non.

Ce test est utilisé tant que chacun des effectifs théoriques est supérieurs ou

égales à 5.

Pour réaliser ce test, il existe un certain nombre d’étapes à suivre :

1- Elaboration des hypothèses possibles

Il existe deux hypothèses mutuellement exclusives, H0 et H1 :

H0 : La répartition des génotypes observés est très proche de la répartition

des effectifs théoriques qui sont en équilibre Hardy-Wienbrg, donc, la

population observée est en équilibre Hardy-Weinberg

H1 : La répartition des génotypes observés est significativement différente

de la répartition des effectifs théoriques en équilibre Hardy-Wienbrg, donc,

la population observée n’est pas en équilibre Hardy-Weinberg.

2- Calcul des effectifs théoriques

Les effectifs théoriques sont calculés à partir de la formule suivante :

Effectif théorique = Fréquence génotypique à l’équilibre X effectif total

Pour calculer les fréquences génotypiques à l’équilibre (p², q², et 2pq), il faut

tout d’abord estimer les fréquences alléliques p et q à partir des données.


3- Estimation du X² calculé

Le X² calculé est estimé selon la formule suivante :

4- Détermination du X² théorique (ou X² seuil)

Le X² seuil est estimé en déterminant deux paramètres : le coefficient de

risque et le degré de liberté, et en se référant au tableau statistique du X².

>> Le coefficient de risque α correspond généralement à 0.05, parfois à

0.01. Il s’agit du risque de se tromper lorsqu’on rejette l’hypothèse H0

>> Le degré de liberté (ddl) correspond à la différence entre le nombre des

génotypes possibles et le nombre des allèles étudiés. Dans, le cas d’un gène

biallélique, le nombre des génotypes est 3, le degré de liberté sera alors :

ddl = 3-2 = 1

La valeur du X² théorique correspond alors à la valeur indiqué dans

l’intersection de la colonne du risque α et la ligne du degré de liberté (ddl)

choisis.
5- Décision d’acceptation ou de rejet de l’hypothèse H0

Si : X² calculé < X² théorique  on accepte l’hypothèse H0

La population est en équilibre HW

Si : X² calculé > X² théorique  on rejette l’hypothèse H0

La population n’est pas en équilibre HW

6- Correction de Yates

Si certains des effectifs théoriques sont inférieurs à 5 mais supérieurs ou

égaux à 3, dans ce cas une correction doit être apportée à la formule de

calcul du X².

X²corrigé =∑
(|𝑒𝑓𝑓𝑒𝑐𝑡𝑖𝑓𝑠 𝑜𝑏𝑠𝑒𝑟𝑣é𝑠−𝑒𝑓𝑓𝑒𝑐𝑡𝑖𝑓𝑠 𝑡ℎé𝑜𝑟𝑖𝑞𝑢𝑒𝑠|−0.5)²
𝑒𝑓𝑓𝑒𝑐𝑡𝑖𝑓𝑠 𝑡ℎé𝑜𝑟𝑖𝑞𝑢𝑒𝑠

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