23/10/2017
Chapitre III
COURS DE GENETIQUE Le fonctionnement du gène
1ère année Sciences biologiques
Dr Jacques KABORE
La synthèse protéique comprend 2 étapes : I. La transcription de l'ADN ou la synthèse de l'ARN
de l'ADN à ARNm qui est la transcription La transcription correspond au mécanisme par lequel
de l'ARNm à la protéine qui est la traduction une séquence d’ADN est copiée en ARN.
On dit que l’ADN est transcrit en ARN.
L’ARN synthétisé est appelé un transcrit
La synthèse de l’ARN est réalisé par des ARN
polymérases qui utilisent l’ADN comme matrice.
L’ARN est synthétisé par polymérisation de sous-unités
Un seul brin de l’ADN, le brin non-codant est transcrit au
ribonucléosides triphosphates (UTP, CTP, ATP, GTP).
cours d’une transcription.
Le premier ribonucléotide (habituellement ATP ou GTP)
La séquence d’ARN est donc complémentaire de celle du
s’apparie au nucléotide complémentaire de l’ADN.
brin transcrit, et est identique à celle du brin non-codant sauf
Le nucléotide suivant se lie au premier par une liaison
que l’ARN présente des bases uraciles (U) au lieu de bases
phosphodiester.
thymines (T) dans l’ADN.
La polymérisation se fait dans le sens 5’ => 3’ selon l’anti-
On parle aussi de brin sens (+) pour le brin codant et de brin
parallélisme des chaînes, l’ARN polymérase se déplaçant
antisens (-) pour le brin matrice.
dans le sens 3’ => 5’
1
23/10/2017
La transcription se réalise au sein d’une « bulle de On appelle unité de transcription la séquence allant du
transcription » à l’intérieur de laquelle l’ADN est déroulé sur
promoteur au terminateur.
une courte région et où l’ARN polymérisé s’apparie au brin
matrice dont il est complémentaire.
Une unité de transcription peut contenir plusieurs gènes.
Il se forme un hétéroduplexe sur moins d’un tour d’hélice où
les 2 molécules d’ARN et d’ADN sont liées par des liaisons On décrit trois étapes dans la transcription :
hydrogène.
L’initiation: la transcription est initiée au niveau d’un
La bulle progresse le long de l’unité de transcription sur la
matrice d’ADN, et le duplexe d’ADN se reforme après son site spécifique nommé promoteur, l’ARN polymérase
passage, déplaçant l’ARN sous forme d’une chaîne
se lie à l’ADN au niveau de ce site spécifique;
polynucléotidique simple brin.
Par définition, le brin sens est le brin d’ADN qui a la même
L’élongation: l’ARN polymérase se déplace le long de
séquence que l’ARN messager.
la molécule d’ADN en déroulant l’ADN et en séparant
Dans ce dernier, les bases T sont évidemment remplacées
les deux brins, et synthétise un brin complémentaire par les bases U.
d’ARN; Le brin anti-sens est le brin opposé.
Pour le brin d’ADN: 5’-A-G-C-T-T-A-A-C-G-C-G-T-A-3’, on
La terminaison: la transcription s’arrête au niveau d’un
parle de brin non transcrit, il ne sert pas de brin-matrice de
signal spécifique ou séquence de terminaison ou lecture à l’ARN polymérase.
terminateur signifiant l’arrêt de la synthèse d’ARN. Par contre le brin d’ADN orienté en sens inverse: 3’-T-C-G-A-
A-T-T-G-C-G-C-A-T-5’ est appelé brin transcrit.
Il sert de brin-matrice de lecture à l’ARN polymérase.
Par référence à la synthèse des protéines, on
appelle également le brin non transcrit, le brin
codant pour l’information génétique et le brin
transcrit, le brin non codant pour l’information
génétique.
2
23/10/2017
Transcription chez les Procaryotes
1. L’ARN polymérase
L’ARN polymérase de E. coli possède 5 sous-unités : 2
sous-unités , une sous-unité , une sous-unité ’ et une
sous-unité sigma .
L’ensemble des 4 sous-unités 2 ’ constitue le core
enzyme (noyau de l’enzyme).
On nomme holoenzyme ( 2 ) la forme complète de
l’ARN polymérase d’E. coli.
Le facteur sigma est indispensable dans la reconnaissance
du promoteur et assure une fixation stable de l’ARN
polymérase au niveau de ce site.
Il est donc essentiel à l’initiation de la transcription =
Seul le core enzyme (noyau de l’enzyme) assure
l’élongation de l’ARN.
2. Etapes de la transcription
Le promoteur est une séquence d’une centaine de
nucléotides située dans la région régulatrice et désignant le
début de la transcription.
Il est situé en amont du site d’initiation et porte des éléments
de séquence reconnus par l’ARN-polymérase et déterminant
le sens de la transcription.
Le promoteur est constitué de courtes séquences conservées
d’une unité de transcription à l’autre et appelées séquences
consensus :
3
23/10/2017
Une séquence consensus d’une dizaine de
nucléotides, placée en –35 du +1 de transcription =
boite GC.
Une séquence en –10 du +1 de transcription = boite
TATA (Pribnow).
Cette dernière facilite la dissociation des deux brins d’ADN,
car riche en A et T.
Ces deux séquences correspondent au PROMOTEUR
MINIMUM.
a. Initiation
L’ARN polymérase déroule ensuite la double hélice sur 17
L’initiation s’effectue au niveau du promoteur, paires de bases environ : c’est le complexe ouvert.
immédiatement en amont de la séquence codante.
La sous-unité reconnait une séquence consensus dans le
promoteur du gène classiquement, la « Pribnow-Box »
[TATAAT], se fixe sur l’ADN et recrute les autres parties du
complexe enzymatique.
Une fois l’ARN polymérase mise en place, la sous-unité
se détache du complexe et la sous-unité ’ assure la liaison
à l’ADN : c’est le complexe fermé.
b. Elongation
La phase d’élongation peut commencer en remplaçant le
départ de la sous-unité par une Nus A.
Le complexe enzymatique synthétise alors le brin d’ARN
complémentaire du brin codant.
4
23/10/2017
c. Terminaison
La terminaison de la transcription se fait au niveau du
terminateur, localisé après la séquence codante.
Des séquences d’ADN riches en paires G-C avec 3 liaisons
hydrogènes, par conséquent plus fortes, ralentissent la
progression de l’ARN polymérase, et d’autre part la
formation d’une boucle à épingle à cheveux entre deux
régions de l’ADN bloque l’enzyme.
Enfin une protéine de terminaison (Rho) libère la
molécule d’ARN.
3. Particularités de la transcription procaryote
L’ARNm ainsi produit est directement utilisable par la
a. Transcription polycistronique
machinerie cellulaire pour être traduit
b. Couplage avec la traduction Transcription chez les Eucaryotes
1. Les ARN polymérases
Chez les eucaryotes, les mécanismes de la transcription
sont proches de ceux décrits chez les procaryotes.
Les différences portent sur la complexité de l’initiation,
l’absence d’une terminaison aussi bien définie que chez
les procaryotes, et la présence de trois enzymes
polymérases réalisant un certain type de transcription.
5
23/10/2017
Ainsi,
L’ARN polymérase I synthétise les grands ARNr (28S,
18S, 5,8S)
l’ARN polymérase II synthétise les ARN pré-messagers
l’ARN polymérase III synthétise les petits ARN (ARNt,
ARNr 5S, ARNsn).
La transcription se déroule en 2 étapes : formation d’un
ARN pré-messager et puis maturation de cet ARN pré-
messager pour former un ou plusieurs ARN messagers.
Certaines séquences du promoteur (surnommées "boites")
2. Formation d’un ARN pré-messager
ont une importance particulière parce que ces séquences
La transcription des gènes se déroule selon trois phases sont reconnues spécifiquement par différentes protéines
principales : phase d’initiation, d’élongation et de terminaison appartenant au complexe d'initiation :
la "boite TATA", la plus importante, est située vers -25
a. Initiation de la transcription
à -30 nt du site de démarrage de la transcription (noté
Le promoteur
+1);
Le promoteur correspond à une région non transcrite de des éléments proximaux :
l'ADN, généralement juste en amont du début de la région • la "boîte CAAT" (facultative), est située vers -120 à -
80 nt du site de démarrage de la transcription .
transcrite, dont la séquence permet le recrutement de l'ARN
• la "boîte GC" (facultative également), peut être
polymérase II. présente entre la boîte CAAT et la boîte TATA..
Le complexe d’initiation
La TBP est la première protéine qui reconnait une
Contrairement à ce qui se passe chez les procaryotes, l'ARN
séquence spécifique de l'ADN initiatrice de la transcription
polymérase II des eucaryotes ne reconnaît pas seule le
(la boite TATA).
promoteur proximal.
Elle effectue ce travail en compagnie de nombreux co-
facteurs protéiques qui se recrutent les uns les autres et qui Arrivée de TF IID
forment avec elle un complexe d'initiation.
Ces facteurs sont notés TFIIA, TFIIB, etc... pour
Transcription Factor for RNA polymerase II.
Ils correspondent aux facteurs généraux de la transcription
car ils s'assemblent sur tous les promoteurs utilisés par
l'ARN polymérase II.
6
23/10/2017
Recrutement de l’ARN polymérase associée à TF IIF
Le facteur TFIIB semble impliqué dans la sélection
précise du site d'initiation (nucléotide à partir duquel se
déroule la transcription).
Arrivée de TF IIB et TF IIA
Le facteur TF IIH comporte plusieurs activités enzymatiques :
une activité hélicase permettant l'ouverture de la double
hélice d'ADN au niveau du promoteur,
Arrivée de TF IIE et H complétant le complexe de pré-initialisation
une activité kinase responsable de la phosphorylation
de la queue C-terminale de l'ARN polymérase II.
Cette phosphorylation entraîne une modification de la
structure tridimensionnelle de l'ARN polymérase entraînant la
dissociation du complexe d'initiation et le début de la
transcription.
Phosphorylation de l’ARN polymérase II, dissociation du complexe
TFII = Transcription Factor for RNA polymerase II (Facteurs et début de la transcription
généraux de la transcription pour l'ARN polymérase II);
TBP = TATA box-Binding Protein (Protéine de liaison à la
boite TATA).
La liaison du complexe de transcription au promoteur
Ces protéines activatrices ou inhibitrices se lient à des
proximal provoque l'ouverture et le déroulement des deux
brins de son ADN, tout en indiquant le brin qui va être promoteurs distaux, séquences spécifiques de l'ADN,
transcrit.
appelées « enhancer » lorsqu'ils recrute des cofacteurs
Intervention de facteurs spécifiques de la transcription activateurs, ou silencer lorsqu'ils recrutent des cofacteurs
Le complexe d'initiation composé de l'ARN polymérase II et
inhibiteurs.
des différents TFII est suffisant pour obtenir une activité
transcriptionnelle in vitro mais à très faible taux.
Ces promoteurs distaux peuvent être situés à des milliers de
L'augmentation de cette activité basale (ou sa répression)
nucléotides du promoteur proximal et agissent sur le
est sous la dépendance de facteurs spécifiques qui vont
interagir avec le complexe d'initiation. promoteur proximal par le jeu de courbures de l'ADN.
7
23/10/2017
La régulation spécifique de la transcription
Ces interactions sont rendues possibles par la courbure de
l'ADN qui rapproche des éléments situés à de grandes
distances les uns de autres.
Cette activation est spécifique du gène et utilise une
multitude de facteurs de transcriptions spécifiques (les
protéines activatrices) qui agissent généralement sous forme
Les enhancers (activateurs) sont des séquences situées
dimérique).
parfois à plusieurs milliers de nucléotides d'un promoteur qui
Une répression spécifique peut agir selon le même type de
activent ce dernier par un jeu d'interactions protéiques qui
stabilisent le complexe d'initiation. modalité.
Mais d'autres participants existent encore. b. Elongation
On trouve ainsi des promoteurs proximaux alternatifs et des
L'ARN polymérase II est équipée de facteurs protéiques
promoteurs distaux, situés à des milliers de nucléotides du
d'élongation qui facilitent sa progression au travers d'une
promoteur proximal.
chromatine dont ils relâchent la structure.
Malgré la distance qui sépare les promoteurs proximaux des
Un ARN pré-messager complémentaire du brin matrice de
promoteurs distaux, ces derniers agissent sur le promoteur
l'ADN (brin antisens), donc identique au brin codant de
proximal comme activateurs ou répresseurs (silencers) par le
l'ADN (brin sens) aux riboses et uraciles près, commence
jeu de courbures de l'ADN, des facteurs de transcription et du
à être synthétisé selon la direction 5'-3'.
médiateur qui maintient liés tous ces acteurs.
La phase d'élongation de la transcription
c. La terminaison
L'ARN polymérase II est également équipée de facteurs
protéiques de terminaison, et reconnaît ainsi un ou plusieurs
signaux de terminaison portés par le brin progressivement
parcouru et qui annoncent la fin de la transcription sur le brin
L'ARN polymérase lit le brin antisens qui est complémentaire
d'ADN matrice (TTATTT par exemple, parfois aussi plus en
du brin codant (ou brin sens) depuis son extrémité 3' vers son
extrémité 5'. aval ATACAAC...).
Le brin d'ARN néosynthétisé est donc identique au brin
Elle arrête bientôt son travail de transcription et libère l'ARN
codant d'ADN, aux uraciles et riboses près.
pré-messager qu'elle vient d'assembler.
8
23/10/2017
3. Maturation d’un ARN pré-messager Il existe trois grands types de modifications, catalysées
chacune par des enzymes de nature protéique ou
Le transcrit primaire n'est pas utilisé tel quel pour la synthèse ribonucléique.
protéique (la traduction). L'addition d'une coiffe en 5'
Il doit subir des modifications qui répondent à plusieurs
Elle a lieu dès le début de la transcription avant que la
impératifs (augmentation de la demi-vie, modification de la
chaîne ne compte plus de 30 nucléotides.
séquence).
Elle consiste en l'ajout d'un nucléotide à guanine sur
Toutes ces modifications sont réalisées au fur et à mesure de l'extrémité 5' de l'ARN suivi de sa méthylation sur l'azote 7
la progression de la synthèse du pré-ARNm dans le de la base, ainsi que de la méthylation en 2' du ribose des
nucléoplasme. un ou deux premiers nucléotides du transcrit primaire.
La particularité de cet ajout consiste dans le type de liaison Elle est également nécessaire à l'exportation de l'ARNm
vers le cytoplasme et à la liaison de ce dernier avec la
mis en jeu.
petite sous-unité du ribosome lors de l'étape d'initiation de
Il en résulte que l'extrémité 5' de l'ARNm n'est pas porteuse
la traduction.
des trois acides phosphoriques libres habituels, mais d'un
GMP, ce qui limite la réactivité de cette extrémité et sa
reconnaissance par les exonucléases (protection contre la
dégradation).
Cet ensemble sert de coiffe protectrice à l'extrémité 5' de
l'ARNm.
Structure de la coiffe d'un ARN Ce nucléotide à guanine est relié à la chaîne nucléotidique
par une liaison inhabituelle : au lieu d'être reliés par une
La coiffe se caractérise par liaison ester-phosphorique entre le groupement OH porté
l'ajout d'un nucléotide à guanine par le carbone 3' du ribose du nucléotide à guanine et l'acide
à l'extrémité 5' du brin d'ARN. phosphorique alpha du premier nucléotide de l'ARN natif, les
deux nucléotides sont reliés par une liaison anhydride
d'acide entre les acides phosphoriques des deux
nucléotides.
Par la suite, le cycle imidazole de la guanine terminale est
méthylé sur son azote 7.
9
23/10/2017
Par ailleurs, le ribose du premier nucléotide de l'ARN natif L'excision-épissage
est méthylé sur l'oxygène porté par le carbone 2'. Chez les eucaryotes, les archéobactéries et les
Ce peut également être le cas du nucléotide suivant. cyanobactéries, les gènes sont morcelés : constitués d'une
alternance d'exons (parties codantes du gène) et d'introns
(parties non codantes, bornées par des séquences de
bases spécifiques : 5'GU et 3'AG),
Ils sont d'abord intégralement recopiés dans l'ARN pré-
messager, puis subissent une opération d'excision des
introns (ainsi que celle parfois de petits morceaux d'exons)
suivi d'un épissage (splicing), c'est à dire la réunion bout à
bout des exons restants qui constituent l'ARNm.
Ce remaniement se déroule au fur et à mesure de la
progression de la transcription.
L'excision des introns s'opère par l'entremise d'une
formation dite "en lasso".
Excision de l'intron par formation d'un lasso : vue d'ensemble du mécanisme
L'excision-épissage est réalisée par réaction d'un
nucléotide à adénine (A) situé dans l'intron avec un
nucléotide à guanine situé en 5' de l'intron.
Cela entraîne la séparation de l'intron d'avec l'exon 1 (situé
en amont) et la formation d'une structure en lasso interne à
l'intron.
Ensuite, l'extrémité 3' de l'exon 1 réagit avec l'extrémité 5'
de l'exon 2 permettant l'épissage des deux exons et la
libération du lasso qui sera dégradé par des ribonucléases.
Excision de l'intron par formation d'un lasso : le
splicéosome
10
23/10/2017
Mais l'épissage n'est pas seulement constitutif : il existe
Le splicéosome fait appel à des facteurs spécifiques :
également des épissages alternatifs, dans lesquels
ribonucléoprotéines contenant des petits ARN (snRNP),
l'élimination des introns (ou des portions d'exons) peut faire
ribozymes (ARN ayant des propriétés catalytiques), des
se lier entre eux des exons différents.
enzymes spécifiques (maturases)...
C'est ce mécanisme qui démultiplie les capacités codantes
La structure secondaire du transcrit I met en contact trois
d'un gène.
séquences de l'intron : la séquence du début de l'intron
(extrémité 5'-GU ou site donneur), la séquence de la fin de
l'intron (extrémité 3'-AG ou site accepteur) et un nucléotide à
adénine (A du branchement) 40 nucléotides avant le site
receveur.
L'addition d'une queue polyA en 3'
Le site de polyadénylation est codé au niveau du gène.
Exemple d'épissage alternatif
Le site de clivage déterminé par le dinucléotide CA est
entouré par une séquence AAUAAA très conservée située 10
A partir du même pré-ARNm peuvent être obtenus deux
ARNm matures différents codant pour deux isoformes de la à 30 nucléotides en amont du site de clivage, et par une
troponine, une molécule impliquée dans la structure des séquence DSE (DownStream Element) riche en U ou en GU
myofibrilles.
situé une trentaine de nucléotides en aval du site de clivage.
La séquence AAUAAA est reconnue spécifiquement par un
complexe protéique appelé CPSF (Cleavage and
Polyadenylation Specific Factor), et la séquence DSE par
un complexe CstF (Cleavage Stimulation Factor).
Ces deux complexes et d'autres composants, comme l'ARN
Le complexe de clivage impliqué dans la maturation en 3' du pré-ARNm
polymérase II et la poly(A) polymérase (PAP), vont interagir
CPSF = Cleveage and Polyadenylation Specific Factor, CstF =
en formant le complexe de clivage qui va cliver la molécule
Cleavage Stimulation Factor, PAP = Poly(A) Polymerase, CF =
de pré-ARN au niveau du site de clivage.
Cleveage Factor, DSE = Downstrem Element.
11
23/10/2017
La PAP va alors ajouter environ 200 nucléotides, une poly(A) Cette queue poly(A) confère de la stabilité au futur ARNm
binding protein II (PABP2) qui interagit avec la PAP se et se perd au fur et à mesure qu'il est traduit.
chargeant d'activer l'enzyme et de contrôler la longueur de
cette queue poly(A).
Il est intéressant de noter que cette polymérase n'utilise pas
de matrice ADN pour créer cette séquence poly(A).
La queue Poly(A) n'est donc pas codée par le génome.
Notons que ce n'est pas un exemple isolé, d'autres
mécanismes comme l'éditing ou la modification enzymatique
de certaines bases (cytosine en uracile par exemple) étant
encore beaucoup plus intrigants.
Conclusion
La formation de l'ARN pré-messager puis de l'ARNm a été
élucidée dans ses grandes lignes au prix d'un formidable
travail dont Joseph Goldstein a rendu compte de façon très
amusée, en 2003, lors de l'attribution du prix Lasker à l'un
de ses contributeurs, Robert Roeder.
Son mécanisme dépend à la fois d'une foule de protéines et
de ribonucléoprotéines, elles-mêmes codées par une foule
de gènes, et des séquences d'ADN avec lesquelles elles
interagissent.
Bibliographie
On devine à quel point la moindre mutation se produisant à Références :
l'un ou l'autre de ces niveaux peut avoir des conséquences Housset C. et Raisonnier A. Cours (2006-2007) de biologie moléculaire du CHU
Pitié Salpêtrière.
majeures sur la transcription.
Sabine Caussanel. (2003) Contribution à l'étude du rôle de CKIP-1 dans la
différenciation musculaire régulée par PI3-K - Identification des ARN messagers
correspondant aux formes de la protéine CKIP-1 Mémoire de l’Ecole Pratique des
Hautes Etudes.
Gottlieb S. (2003) The splice of life Nature Horizon.
Discours de Joseph Goldstein présentant le Prix Lasker de Robert Roeder. (2003)
Fondation Lasker.
Quelques livres généraux :
Alberts B. (2004). "Biologie moléculaire de la cellule", 4ème édition. Flammarion.
Médecine sciences, ISBN 2257161211.
Campbell N.A. et Rice J.B. (2004). " Biologie ", 2ème édition. De Boeck Université
12
