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Faculté de Médecine d’Alger

Enseignement de 1ère Post-graduation
1ère Année de Microbiologie et 3ème Année de Biologie Clinique
Pr. A. BENSLIMANI
Année Universitaire 2007-2008

Bactéries Pathogènes inhabituelles

Introduction

Cette catégorie de microorganismes regroupe des agents bactériens pour

la plupart mal connus car de culture difficile (fastidious bacteria) .
Leur taxonomie reste incertaine et non définitive.
Ce sont les progrès en matière de techniques microbiologiques et de biologie
moléculaire qui ont permis de révéler leur existence et de les étudier.
Leur incrimination en pathologie infectieuse est :
- Soit le propre du terrain immunodéprimé, dans le rôle d’agents pathogènes
opportunistes ;
- Soit rare, comme agents d’infections très graves, telles septicémies ou
endocardites infectieuses ;
Il peut également s’agir de bactéries fréquemment responsables d’infection mais de
classification encore incertaine :
c’est le cas de Gardnerella vaginalis .

I- Actinobacillus sp.
A- Taxonomie :
Actinobacillus est une bactérie d’intérêt essentiellement vétérinaire. En effet, la
majorité des espèces d’Actinobacillus sont incriminées dans des infections chez
l’animal.
Sur les 5 espèces composant le genre Actinobacillus , seule l’espèce
actinomycetemcomitans, décrite par KLINGER en 1912 sous le nom de Bacterium
actinomycetemcomitans , est impliquée en pathologie humaine .
Selon l’édition 1984 du Bergey’s manual , le genre Actinobacillus fait partie de la
famille des Pasteurellaceae , au même titre que Pasteurella et Haemophilus .
Le GC% de l’ADN de ce genre est compris entre 40 et 43 .

Famille Pasteurellaceae

Genre Actinobacillus
Autres espèces
A. lignieresii A. equuli A..suis A.capsulatus A.actinomycetemcomitans

L’espèce Actinobacillus actinomycetemcomitans a été reclassée dans le genre

Haemophilus grâce à des données taxonomiques récentes.
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B- Habitat :

Haemophilus actinomycetemcomitans , c’est une bactérie commensale de la cavité

buccale de l’homme et n’est isolée , ni dans l’environnement , ni chez l’animal .

C- Caractères bactériologiques :
1- C.Morphologiques :
H.actinomycetemcomitans se présente sous forme de petit bacille (coccobacille) à
gram négatif, immobile, asporulé , acapsulé .

2- C.culturaux :

Les flacons d’hémoculture devront être incubés jusqu’à 1 mois car le délai de
positivité est long. La culture se manifeste par la présence de grains sédimentés au
fond du flacon ou adhérents aux parois de verre du flacon d’hémoculture.
Les repiquages se font sur milieu au sang frais et sur gélose au sang cuit.
L’incubation se fait à 37°C en jarre à CO2 pendant 4 à 5 jours.

Caractères culturaux :
- Aerobie-anaerobie facultatif avec tendance à la microaerophilie en primo culture
- Culture en 2 à 3 jours sur gélose au sang sous 10% CO2
- Colonies étoilées très adhérentes à la gélose

3- C.biochimiques :
- Catalase +, Oxydase variable, Nitrate réductase +,
- uréase -, Indole -, Décarboxylases –

- Glucose +, Fructose +, Mannose +

- Lactose -, saccharose -, Esculine –

L’identification se fait sur mini galerie ( API 20 E , NH …) ensemencée avec un

inoculum lourd et incubée sous CO2.

4- C. antigéniques :
Ils ont été étudiés de façon approfondie chez les souches vétérinaires, cependant
l’imprécision de la structure antigénique ne permet pas actuellement de proposer un
sérodiagnostic fiable .

D-Pouvoir pathogène :
Avec 93 cas rapportés dans la littérature, H.actinomycetemcomitans est le plus
fréquent agent d’Endocardite du groupe HACCEK .
Une affection dentaire a été retrouvée chez 46% des patients atteints d’EI à ce germe,
soulignant l’importance de la porte d’entrée dentaire. En effet, ce germe serait
responsable d’atteintes du periodonte et de caries dentaires et une mauvaise
hygiène bucco-dentaire est souvent notée.
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70% des patients ont une cardiopathie sous-jacente préexistante.

Le taux de mortalité est compris entre 9 et 15%.
Un remplacement valvulaire a été nécessaire chez 28% des patients, à cause d’une
insuffisance cardiaque aiguë, une infection persistante ou une embolie systémique.
D’autres formes cliniques sont observés : Abcès du cerveau , sinusite , pleurésie
purulente , Infection urinaire , Abcès vertébral .

Les autres espèces d’Actinobacillus sont impliquées dans les Actinobacilloses

animales. Ces zoonoses surviennent de façon sporadique et touchent diverses
espèces animales : Bovins, Ovins, Rongeurs, canins, Equidés …
L’agent pénètre via une porte d’entrée : plaie de la muqueuse buccale, érosion du tube
digestif …, la source du germe pouvant être exogène ou, le plus souvent endogène
(portage fréquent).
Les manifestations cliniques sont des lésions suppuratives chroniques, des
avortements septiques, des mammites et d’autres formes cliniques.
Les Actinobacilloses animales touchent rarement l’homme.

E- Sensibilité aux antibiotiques :

En cas d’Endocardite à H.actinomycetemcomitans, on utilise un traitement antibiotique
bactéricide choisi en fonction des résultats de l’antibiogramme.
Il faut noter la fréquente résistance à la Pénicilline et à l’Ampicilline.

L’Actinobacillose animale est traitée aux antibiotiques, associés parfois à une exérèse
chirurgicale en cas de lésion bien individualisée.
Les Actinobacilles vétérinaires sont sensibles à : Ampicilline
Chloramphénicol
Tetracyclines
Cotrimoxazole (SXT)
La Pénicilline est peu active.
Il n’y a pas de vaccination et la prophylaxie passe obligatoirement par l’élimination des
animaux malades.
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Tableau 1 : Caractères d’identification des principales espèces du genre Actinobacillus

A.actinomyce A.lignieresii A.equuli A.suis A .ureae A.hominis

temcomitans
Culture sur _ + + + d _
MacConkey

Béta- _ _ d + _ _
Hémolyse
Sur sang
de mouton

Oxydase d + d d (+) +

Catalase + d d + d _

Production _ _ _ _ _ _
d’indole

Urease _ + + + + +

Fermentati + + + + + +
on avec
incubation
48h à 37°C

Gaz en (+) _ _ _ _ _
Glucose

H2S _ + d _ ? ?

Lactose _ + tardif + + _ +

ONPG _ d d (+) _ +

ODC _ _ _ _ _ _

Exigence _ _ _ _ _ _
en facteur
V

Mannitol d + + _ + +

Esculine _ _ _ + _ d
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II) Cardiobacterium hominis :

1- Taxonomie:
Bactérie classée dans le Sub Group 4 : other Genera (15)
Elle fait partie de la flore commensale de l’homme .Son habitat est le nez, la gorge,
l’arcade dentaire et parfois, les voies génitales.

2- Pouvoir pathogène :
C.hominis causerait 5-10% des cas d’endocardite sur valve native.
Porte d’entrée : Foyer buccal ( lésions oropharyngées ou soins dentaires)
Cette bactérie est incriminée dans des cas d’endocardite subaiguë de diagnostic
souvent tardif. 76 cas d’EI à cet agent ont été rapportés dans la littérature avec une
notion de soins dentaires ou d’infection de la cavité buccale chez 44% d’entre eux.
Une cardiopathie antérieure a été retrouvée chez 75% des malades.
Le décès est survenu chez 13% des patients et le remplacement valvulaire a été
nécessaire chez 30% des malades.

3- Caractères bactériologiques :

a- C.morphologiques :
Bacilles à Gram négatif assez épais (0.6 à 0.7 µ de Ø et de longueur variable) .
On retrouve souvent un renflement ovalaire à une extrémité , donnant au bacille un
aspect de larme qui coule .
Les bacilles peuvent se regrouper en amas (forme d’oursin ).
Dans une coloration de Gram , les renflements restent volontiers Gram (+).
Les bacilles sont immobiles .

b- C.culturaux :
Le diagnostic positif est posé par l’hémoculture .
L’incubation des flacons devra être d’1 mois en raison d’un long délai de culture (15
jours). De plus, la culture ne donne pas de trouble visible du bouillon : On retrouve un
dépôt grisâtre au dessus de la couche d’hématies au fond du flacon.
On doit donc pratiquer des repiquages systématiques des flacons d’hémoculture, sur
milieu au sang cuit +polyvitex avec incubation prolongée (48 h à 72 h) sous CO2 et
humidité.

C.hominis est une bactérie non exigeante mais elle cultive très mal sur les milieux
non enrichis. On utilise une gélose au sang frais ou une gélose Chocolat + Polyvitex
L’incubation se fait à 37°C en atmosphère enrichie de CO2 et humidifiée.

En milieu solide : Les colonies sont visibles en 24 h, atteignant 1 à 2 mm en 48 h.

Elles sont lisses et translucides, avec de fins prolongements périphériques.
En milieu liquide : La culture est très lente, faite d’un dépôt granuleux.

c-C. biochimiques :
Germe aérobie –anaérobie facultatif, Oxydase (+), Catalase (-), à métabolisme
fermentaire et oxydatif
Autres caractères : Nitrate réductase (-) , Indole (+) , Glucose(+) , Mannitol(+) ,
Saccharose(+)
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4- Sensibilité aux antibiotiques :

C.hominis est sensible à la plupart des antibiotiques. La Pénicilline G seule ou

associée à un Aminoside, est habituellement active dans l’Endocardite infectieuse à
cet agent.

III) Le Genre CAPNOCYTOPHAGA

1-Taxonomie, habitat :
Ce germe est classé dans : Ordre des Cytophagales
Genre Capnocytophaga

3 espèces :
C. ochracea
C.sputigena
C.gingivalis
Habitat : Cette bactérie fait partie de la flore dentaire .

2- Caractères bactériologiques :
a-C.morphologiques : Bacilles à Gram négatif , polymorphes selon les
conditions de culture : Courts et fusiformes ou longs et flexibles avec des
renflements en boule.
Ils sont dispersés ou groupés en amas.
Ce sont des bactéries capables de glisser sur les surfaces solides , mais sont
dépourvus de flagelles .

b-C. culturaux et biochimiques d’orientation :

Bactéries exigeantes en CO2 , elles cultivent aussi bien en aérobiose qu’en
anaérobiose mais la culture est meilleure en jarre anaérobie avec système générateur
de H2+CO2 et atmosphère humidifiée .
Le milieu de culture est une gélose Chocolat +Polyvitex.
Les colonies sont visibles au bout de 24 h à 32 °C : elles sont très petites puis
s’étendent en nappe les jours suivants. Elles sont pigmentées en jaune .
Les caractères biochimiques d’orientation sont :
Oxydase (-) Catalase (-) Esculine (+) Urease (-) Indole (-)
Glucose (+) Mannose (+) Maltose (+) Saccharose (+) par fermentation .

3 -Pouvoir pathogène et Diagnostic :

Capnocytophaga serait impliqué dans la genèse des parodontites .
Par ailleurs , c’est un agent pathogène opportuniste chez le sujet atteint de troubles
de la fonction granulocytaire ( Leucémie , Diabète , Agranulocytose…) .
La porte d’entrée chez ces patients en serait des lésions buccales .
Les manifestations cliniques les plus fréquentes sont les suppurations de la sphère
buccale , de l’appareil respiratoire , des os …
On a aussi rapporté quelques cas de septicémie et d’endocardite infectieuse.
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4- Sensibilité aux antibiotiques :

Capnocytophaga sp. est sensible à de nombreuses molécules dont les
Betalactamines .
On note une résistance habituelle de cet agent au Metronidazole et au Aminosides .

Tableau 2 : Caractères d’identification des principales espèces du genre

Capnocytophaga

Réduction des Nitrates Hydrolyse Amidon Lactose

C.ochracea _ + +

C.sputigena + - -
C.gingivalis - - -

IV) Eikenella corrodens :

1- Taxonomie, habitat :
A l’origine, cette bactérie était apparentée à l’espèce anaérobie Bacteroïdes
corrodens.
Elle fut ensuite appelée HB-1 (Haemophilus-like bacteria).
Sur la base du séquençage RNAr et des travaux d’hybridation RNA-DNA, cette
bactérie a été récemment affiliée aux Neisseria species.
Actuellement, on la considère comme faisant partie de la famille des Neisseriaceae.
On lui connaît 12 espèces.
Bactérie de la flore dentaire décrite en 1948 , E.corrodens n’a été reconnue en
pathologie humaine qu’en 1971.

2- Habitat :
C’est un bacille à gram négatif exigeant, pouvant jouer un rôle comme agent
d’infection, en association avec d’autres germes.
Bien qu’essentiellement agent de la cavité buccale de l’homme sain (plaque supra-
gingivale et sub-gingivale), l’isolement de cette bactérie dans la flore génito-urinaire et
gastro-intestinale a également été rapporté.

3- Manifestations cliniques et pronostiques : Du fait qu’il fasse partie de la flore

buccale et gingivale, ce germe est impliqué dans des suppurations d’origine dentaire.
La localisation de l’infection à la tête et au cou est souvent rapportée, avec une notion
de traumatisme.
Ce germe peut également disséminer dans le sang via des microlésions de la
gencive et de la muqueuse buccale ou encore après brossage ou soins dentaires.
Il peut alors causer des suppurations au niveau du cerveau, poumon, foie, os et il a
été incriminé dans des cas d’endocardite et de méningite.
Cette bactérie est responsable d’endocardite surtout chez les toxicomanes qui se
nettoient la peau avec leur salive avant de s’injecter de la drogue .
L’EI est souvent polymicrobienne, associant E.corrodens à Streptococcus spp.
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On retrouve parfois une valvulopathie sous-jacente, une valve prothétique ou une

notion d’immunodépression (leucémie).
La valve tricuspide est préférentiellement touchée.
L’évolution est insidieuse mais rarement fatale (15% de décès depuis 1972 et
seulement un remplacement valvulaire sur 19 patients traités).

4- Caractères d’identification :
4-1- Morphologie : Bacilles fins, très réguliers avec quelques formes allongées, à
Gram-, immobiles, asporulés, acapsulés.
4-2- Caractères culturaux : Aérobies- anaerobies facultatifs, cultive sur gélose
Chocolat enrichie de Polyvitex sous CO2 et humidité ; L e CO2 est bénéfique pour la
culture mais non indispensable .
Le délai de culture est de 3-4 jours.
Bêta hémolytique sur gélose au sang frais de mouton.
Aspect caractéristique des colonies : sèches, centre saillant et bombé, bords aplatis :
aspect de « trous dans la gélose », Contours irréguliers et creusant la gélose,
Couleur jaune, odeur de colle forte
4-3- Caractères biochimiques : Oxydase +, catalase –, Nitrate réductase +
Glucose -, LDC + , ODC +, Indole-,
Identification par mini-galerie API 20E ensemencée avec une suspension laiteuse en
extrait globulaire .
Le diagnostic différentiel se pose avec :Haemophilus sp.

5- Sensibilité aux antibiotiques :

Cet agent est sensible à de nombreux antibiotiques comme la Pénicilline G et
l’Ampicilline,
cependant, on a rapporté des cas de résistance à ces molécules par production de
Bêtalactamase .
La sensibilité à la Céfalotine est variable. La germe est sensible à la Céfoxitine ,
Ceftriaxone , Cefuroxime , Cefotetan , Tétracycline , Chloramphenicol, Ciprofloxacine
et Norfloxacine.
Il est résistant à la Clindamycine , Metronidazole , Aminosides et Erythromycine.
L’infection à Eikenella peut mimer une infection à anaérobie strict ce qui conduit alors
à une antibiothérapie inadéquate à base de Metronidazole et/ou de Clindamycine.

V) Kingella kingae

1- Taxonomie et habitat :

Famille des Neisseriaceae

Genre Kingella
3 Espèces : K. kingae
K. indologenes
K. denitrificans
K.indologenes a été reclassée comme Suttonella indologenes et une
nouvelle espèce a été rajoutée : K.oralis

Habitat : Muqueuses du tractus respiratoire supérieur de l’homme .

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2- Caractères bactériologiques :
a-C. morphologiques :
Bâtonnets groupés par paires ou en courtes chaînettes ,Gram (-) avec
décoloration difficile , immobiles mais pouvant présenter une mobilité par glissement
par le biais de fimbriaes , asporulés .

b-C. culturaux :
Bactéries aérobies mais pouvant cultiver en anaérobiose sur gélose au sang .
La température optimale de croissance : entre 33 °C et 37°C.
On peut observer 2 types de colonies , toutes les deux béta-hémolytiques :
* rugueuses , corrodant la gélose ( présence de fimbriaes)
* lisses et convexes ( absence de fimbriaes)
Après 2 jours d’incubation , le type corrodant la gélose montre une diffusion
périphérique et laisse un trou dans la gélose à l’extraction de la colonie.

3- C. biochimiques :
Oxydase (+) (sur Tetramethyl –paraphenylène-diamine)
Catalase (-)
Uréase (-)
Glucose (+) avec acidification mais Gaz(-)

Le diagnostic différentiel se pose entre Kingella et Moraxella :

Les caractères différentiant les 2 genres sont :
Activité saccharolytique , catalase (-) , composition différente en acides gras , absence
de cires, pas de transformation possible , hétérogénéité génomique par hybridation
ADN/ADN.
De même , Kingella peut être confondue avec :
- Streptococcus bêta-hémolytique
- Eikenella corrodens

4-Pouvoir pathogène et diagnostic :

K.kingae est l’espèce la plus pathogène du genre et elle est fréquemment associée
à l’arthrite septique, l’ostéomyélite, l’endocardite et la septicémie.
Cette espèce a également été incriminée comme agent causal de méningite,
infections ophtalmologiques, pneumonies et abcès de la tête, du cou et du sternum.
Les infections des os et des articulations à Kingella surviennent le plus souvent chez
les enfants de moins de 6 ans alors que les endocardites touchent surtout les adultes
de plus de 16 ans , avec notion de valvulopathie préexistante .
A noter que K.kingae fait partie de la flore buccale normale et que son incrimination
dans des infections serait secondaire à une pathologie inflammatoire de l’oropharynx.

5- Sensibilité aux antibiotiques :

Pénicilline G et à Ampicilline sont les antibiotiques de choix dans le traitement des
infections à Kingella sp.
A noter que Sordillo et coll (1993) ont rapporté l’isolement d’une souche
bêtalactamase positive.
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VI) Rothia dentocariosa

1 – Taxonomie :
C’est une bactérie de morphologie corynéforme , appartenant au genre Rothia , avec
une seule espèce : dentocariosa .
Des étude moléculaires récentes placent le genre Rothia dans la famille des
Micrococcaceae sub order Micrococcineae, ordre Actinomycetales, subclass
Actinobacteridae, class Actinobacteria.

2- Fréquence :
A l’origine , elle a été isolée de caries dentaires chez l’homme (1949) et a
longtemps été considérée comme un agent de la flore normale de la cavité buccale .
En 1969 , la présence de cette bactérie a été rapportée dans le LCR, le sang , la
gorge , les crachats , les caries dentaires les urines et de divers prélèvements
cliniques mais n’a pas été considérée comme pathogène vu l’échec des tentatives
d’expérimentation chez l’animal .
Un rôle pathogène chez l’homme a été établi en 1975 , lorsque le microorganisme a
été enfin mis en culture à partir d’un pus d’abcès abdominal . Ce germe a également
été incriminé dans des cas de pneumonies et de septicémies chez les sujets immuno-
déprimés .
Seulement une quinzaine de cas d’Endocardite Infectieuse à Rothia dentocariosa
ont été rapportés à ce jour dans la littérature anglaise.

3- Caractères d’identification :
a- Morphologie :
Aspect Coccoïde à diphtéroïde (corynéformes) dans les cultures liquides, filamenteux
en gélose ; pouvant former des filaments ramifiés
Isolés, par paires, en amas ou en chaînettes, à Gram positif, immobiles, non sporulés.
b- Culture :
La culture est plus rapide en aérobiose et ne nécessite pas de CO2.
Le délai de culture est de 24 à 48h.
Colonies non hémolytiques, non pigmentées, pouvant adhérer à la gélose;

c- C.biochimiques :
Métabolisme fermentaire (Acide lactique et Acide acétique) et Respiratoire.
Fermentation du Fructose, Glucose, Maltose et Sucrose
α Glucuronidase +
Pyrazinamidase +
Oxydase – Catalase +
Uréase - , Indole -, LDC - ODC -
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VII) Le Genre Bartonella

A-Définition , Taxonomie :

Les Bartonella font actuellement partie de l’ordre des ALPHA-2 PROTEOBACTERIA

et de la famille des BARTONELLACEAE qui renferme le seul genre Bartonella .
Ce genre est proche des genres Brucella, Afipia, Agrobacterium et Rhizobium, mais
plus éloigné du genre Rickettsia .

Le genre Bartonella comprend actuellement 21 espèces validées.

Parmi elles, 4 espèces ont été incriminées comme agent causal d’ Endocardite chez
l’homme :
- Bartonella henselae
- Bartonella quintana
- Bartonella elizabethae
- Bartonella vinsonii

Les bactéries du genre Bartonella sont considérées comme des micro- organismes
intracellulaires facultatifs.
In vivo, B. bacilliformis et B. quintana peuvent être observées dans les érythrocytes
de patients bactériémiques ;
B.henselae, B. clarridgeiae, B. koehlerae peuvent être isolées et détectées dans le
sang et les globules rouges de chats bactériémiques.
Ces bactéries possèdent également un tropisme pour les cellules endothéliales, ce qui
semble corrélé à leur capacité à induire des lésions angioprolifératives (veruga
peruana pour B. bacilliformis, et angiomatose bacillaire pour B. henselae et B.
quintana).

B. henselae a pour réservoir le chat, qui présente des bactériémies chroniques à cette
bactérie. Elle est transmise à l’homme par les griffures ou les puces de chat.
B.quitana a pour réservoir l’homme et se transmet par les poux du corps .

Ces bactéries ont été incriminées dans des affections dont certaines étaient déjà
connues depuis fort longtemps ( Fièvre des tranchées ) , ou dans des formes
cliniques de découverte récente (Angiomatose bacillaire , Endocardites).
Les infections à Bartonella sont donc considérées comme des maladies émergentes
ou reémergentes .

Les bactéries du genre Bartonella sont définies comme de petits bacilles

polymorphes, à gram négatif , immobiles sauf B.bacilliformis et B.clarridgeiae qui
sont les seules espèces à posséder des flagelles .
Les Bartonella sont des germes intra-cellulaires facultatifs : B.bacilliformis est
retrouvé dans les érythrocytes humains , B.henselae dans les érythrocytes de chat ,
B.quintana et B.henselae ont été observées dans les cellules endothéliales au cours
d’endocardites humaines .
Les Bartonella ont la capacité d’induire des pseudo-tumeurs vasculaires (lésions
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angioprolifératives d’aspect tumoral) , ce qui représente une caractéristique chez ces

bactéries.
L’apport du Diagnostic moléculaire par PCR et séquençage du gène 16S RNA
ribosomal est primordial dans l’identification de ces bactéries de culture difficile.

B- Habitat :
Espèces Réservoir Vecteur
B.henselae Chat Puce

B.quintana Homme Poux du corps

B.bacilliformis Homme Phlebotome

B.clarridgeiae Chat Puce

L’épidémiologie des autres espèces est encore en cours d’étude .

C- Fréquence :

• France , Canada, Grande Bretagne : Bartonella quintana est incriminé dans 1 à

3 % des cas d’Endocardite infectieuse et touche surtout les SDF.

• Algérie : Méconnue car de culture difficile , Bartonella quintana a été

incriminée dans 14 cas d’Endocardite infectieuse d’une série de 110 cas
d’Endocardites enregistrés à Alger entre 2000 et 2003 ( 13 % des cas) (voir
thèse du Dr.A.Benslimani -2006) . Elle a été ainsi classée comme 2ème
étiologie d’Endocardite infectieuse dans cette série algérienne.
Il est à noter qu’Aucun des patients de la série n’était SDF , cependant les
conditions socio-économiques des patients étaient en majorité mauvaises.
L’émergence de cette bactérie est à rapprocher de celle de Rickettsia
prowazeki , agent du Typhus Exanthématique , récemment rapporté en Algérie
et également transmis par le pou et les mauvaises conditions d’hygiène.

• Afrique : Bartonella quintana a été récemment rapportée en Tunisie (SFAX).

Aucune étude n’a été faite sur cette bactérie dans les autres pays d’Afrique.

D- Caractères bactériologiques :

1- C. morphologiques : petits Bacilles à Gram négatif , immobiles sauf

B.bacilliformis et B.clarridgiae , pleiomorphes , souvent incurvés .
Au niveau des lésions, les bacilles sont mis en évidence par la coloration argentique
de WARTHIN STARRY ou encore en Microscopie électronique.
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2- C. culturaux : Bactéries cultivables en milieu inerte, mais il s’agit de germes

fastidieux , de culture difficile .

Les milieux de culture utilisés sont :

- milieux liquides : Sérum de cheval
Bouillon peptoné
Bouillon Trypticase soja
Ces 2 derniers milieux liquides doivent être enrichis d’extrait de FILDES et
de sérum de cheval .
L’Hémine représente un facteur de croissance pour les espèces B. henselae et B.
quintana , à raison de 250µg/ml pour B.henselae et 40µg/ml pour B.quintana , en
bouillon trypticase soja .

- milieux gélosé : Gélose au sang de mouton

Gélose Chocolat +Polyvitex

Les géloses doivent être incubées entre 35°C et 37°C en atmosphère humide sous
5% de CO2. Le sang de lapin serait d’un meilleur apport que le sang de mouton .

La primoculture est lente puisque l’incubation doit durer jusqu’à 45 jours. On incube
les boites en sachet plastique individuel afin d’éviter la dessiccation.

Aspect cultural : En général , le délai de culture est de 12 à 14 jours :

D’abord minuscules , les colonies s’élargissent avec le temps. Blanchâtres , elles sont
enchâssées dans la gélose ( caractère retrouvé chez B.henselae) , ont une surface
rugueuse en choux fleur et se dissocient difficilement .
Il n’y a pas d’hémolyse visible .
En subculture , les bactéries cultivent plus vite , les colonies perdent leurs
caractéristiques , devenant plus lisses et moins adhérentes .

Il est préférable d’utiliser une culture sur lignées cellulaires pour cultiver cette
bactérie telle la lignée de cellules endothéliales d’artère pulmonaire de bœuf ou
encore la lignée de cellules VERO.

3-C. biochimiques : B.henselae et B. quintana sont oxydase (-) et catalase (-).

La lenteur de croissance rend difficile l’étude des caractères biochimiques de ces
bactéries à l’aide des galeries biochimiques usuelles .
L’addition de 100 µg/ml d’ Hémine à la suspension microbienne est nécessaire .

D - Pouvoir Pathogène : Les principales infections à Bartonella sont : La fièvre des

tranchées (B.quintana) , l’Angiomatose bacillaire , la Maladie des griffes du chat
(B.henselae) , les Endocardites à hémoculture négative ( B.quintana et B. henselae),
la Maladie de CARRION.
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Espèces Formes cliniques Terrains de survenue

B.quintana Fièvre des tranchées Guerre, SDF, poux

Angiomatose bacillaire , SIDA , poux
Endocardites à hémoc(-) SDF , poux , alcoolisme
Adénopathie chronique Bactériémie à B.quintana +
granulomateuse chat porteur de puces
B. henselae Maladie des griffes du chat Présence d’un chat
Angiomatose bacillaire , SIDA, présence d’un chat
péliose hépatique SIDA , présence d’un chat
Endocardites à hémoc(-) Valvulopathie préalable ,
présence d’un chat
B. bacilliformis Fièvre de Oraya Séjour au Pérou
(Maladie de CARRION) Verruga peruana Séjour au pérou

B.clarridgeiae Maladie des griffes du chat Chat

B.elizabethae Endocardite à hémoc(-) 1 seul cas rapporté

Pouvoir Pathogène de Bartonella quintana :

• Période d'incubation pouvait varier de 6 à 22 jours.

• La fièvre des tranchées, primo-infection, correspondant au premier contact
avec la bactérie, est caractérisée par l'apparition d'une fièvre persistant 1 à 3
jours, avec des rechutes tous les 4 à 6 jours, associée à des céphalées, des
douleurs dans les tibias et des vertiges.
• Suite à cette primo-infection, un certain nombre de sujets va présenter une
bactériémie chronique (jusqu'à 78 semaines). Au cours de cette phase, la
bactérie circule dans le sang, le plus souvent sans provoquer aucun symptôme.
Elle est alors retrouvée dans les globules rouges .
• Après cette phase bactériémique prolongée, quelques sujets vont développer
une endocardite à B. quintana, c'est-à- dire une infection des valves
cardiaques. Il n'existe cependant à l'heure actuelle pas de preuve définitive du
lien entre bactériémie et endocardite.
• L'endocardite à B. quintana est responsable d'un taux de mortalité de plus de
10%.

E- Diagnostic Bactériologique :

1- Le Diagnostic Bactériologique direct :

*Les prélèvements : Hémocultures, biopsies ganglionnaires, biopsies de

valve cardiaque, sang sur tube hépariné

* Examens directs :
- frottis de tissu colorés à la coloration argentique de WARTHIN - STARRY
- frottis de sang coloré au Giemsa
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* Ensemencement : Prélèvement broyé dans du PBS : culture sur

Bouillon enrichi de sérum de cheval ou d’extrait de Fildes
Gélose au sang frais
Gélose chocolat +PVX
Incubation sous CO2 à 37 °C pendant 6 semaines

* Le Diagnostic direct par culture cellulaire : Le sang hépariné ou

l’échantillon tissulaire sont ensemencés sur lignée cellulaire L929, HeLa, VERO ou
des cellules endothéliales.

*Le Diagnostic sérologique :

Deux techniques peuvent être utilisées : IFI (la plus utilisée)
Elisa

L’IFI utilise comme antigènes, des bactéries cultivées, soit sur cellules VERO,
soit sur gélose au sang.
Le seuil de positivité est : > 1/100ème pour Maladie des GDC et Fièvre des
tranchées
1/800ème en faveur d’une Endocardite.
La technique ELISA utilise comme antigènes, des extraits de bactéries cultivées
sur gélose au sang, des extraits de membrane externe ou des bactéries entièrement
formolées.

A noter : Réactions croisées entre B.henselae et B.quintana

Réactions croisées entre Bartonella et d’autres germes : Coxiella burnetti et
Chlamydia sp.

Le diagnostic sérologique pose une diagnostic d’infection à Bartonella sans spécifier

l’espèce en cause.
Le western blot avec adsorption croisée permet de poser le diagnostic
d'endocardite et d'identifier l'espèce en cause.

*Le Diagnostic par PCR : il consiste à mettre en évidence après

amplification , la présence du génome de la bactérie dans le prélèvement (biopsie ,
poux). L'amplification directe par PCR à partir de différents prélèvements biopsiques
est la technique la plus spécifique pour effectuer le diagnostic d'infection à
Bartonella en particulier pour le diagnostic des endocardites à partir du sang ou de la
valve.
Ce sont des techniques invasives, nécessitant la pratique de biopsies tissulaires.
Différents gènes on été utilisés.
La technique utilisée au centre de référence des Rickettsies à Marseille est :
amplification génique de trois gènes spécifiques, le gène pap31, le gène groEl et le
gène ITS, par une technique de PCR quantitative en temps réel à l'aide de sondes
d'hydrolyse. Quel que soit le gène amplifié, la spécificité des fragments amplifiés doit
être vérifiée, soit par séquençage, oit par hybridation avec une sonde spécifique.
 16

Examens biologiques dans le diagnostic des infections à Bartonella

Forme clinique Coloration de Culture PCR sérologie

Warthin Starry

Fièvre des tranchées non sang poux oui faible

Angiomatose bacillaire peau peau, sang peau Non
Péliose hépatique foie sang biopsie Non
Endocardite valve sang , valve valve oui+++
Maladie des GDC ganglion ganglion+/- ganglion oui

E- Sensibilité aux antibiotiques : Elle a été testée sur 14 souches de Bartonella sp.
Elle retrouve : Sensibilité de toutes les souches aux :
Betalactamines
Aminosides
Macrolides
Tétracyclines
Rifampicine
Par contre , les CMI sont élevées avec les C1G et la Clindamycine . Elles sont très
variables avec les Fluoroquinolones .A noter que Seuls les Aminosides sont
bactéricides in vitro.

Vu le tropisme intra-cellulaire de ces germes , les régimes antibiotiques recommandés

utilisent des molécules à diffusion intra-cellulaire telles les Macrolides , les C3G , les
Tétracyclines et les Fluoroquinolones , seuls ou en association.
Il est difficile, vu la diversité des formes cliniques, de proposer un traitement
antibiotique standardisé des infections à Bartonella .Il faut cependant ne pas omettre 2
points essentiels :
Utiliser un Aminoside , car seul bactéricide reconnu
Prolonger la durée du traitement pour éviter les récidives.

Dans le traitement antibiotique des endocardites à Bartonella , BROUQUI et al

proposent un protocole comportant un Aminoside, en association avec, soit
Doxycycline, soit Ceftriaxone pendant une durée prolongée (6 semaines) .
CASALTA et al préconisent l’association Amoxicilline (12g/j) et Gentamicine (3mg/kg/j)
pendant 3 semaines puis un relais par Amoxicilline en monothérapie pendant 3
semaines supplémentaires.
Le traitement antibiotique administré doit être associé à une chirurgie de remplacemen
valvulaire, vu les importantes lésions valvulaires occasionnées par ces germes.
Recommandations thérapeutiques pour le traitement des infections à Bartonella
quintana (d'après Rolain et al)
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Maladie Adultes Enfants

Doxycycline 200 mg/d pendant
Fièvre des 4 semaines
tranchées et et
Bactériémie Gentamicine 3 mg/kg/d pendant Inconnu
chronique à B. 2 semaines
quintana

Erythromycine 2 g/j pendant

Angiomatose Erythromycine 2 g/j pendant
3 mois
bacillaire 3 mois
Erythromycine 2 g/j pendant
Péliose 4 mois Erythromycine 2 g/j pendant 4
hépatique mois

Gentamicine 3 mg/kg/j pendant 3

semaines et amoxicilline 12 g/j
Endocardite pendant 6 semaines ou inconnu
doxycycline 200 mg/j pendant 6
semaines

F- Prévention :
On doit évoquer la possibilité d'une infection à B. quintana chez les sujets ayant une
pédiculose, ou infestation par les poux de corps.
Les sujets infestés le nient souvent, et la pédiculose peut donc difficilement être
recherchée par l'interrogatoire.
La recherche des poux dans les vêtements (encolure des T-shirts, ceinture des
slips ou caleçons, chaussettes) est un bon moyen diagnostic lorsqu'elle est faite par
une personne expérimentée.
Le moyen le plus simple repose sur la recherche de lésions de grattage, typiquement
retrouvées au niveau de la nuque, du thorax, de la ceinture, des chevilles.
La prévention globale des infections à B. quintana repose sur l'élimination des poux
de corps. Le traitement de l'infestation par les poux de corps, ou pédiculose, se fait
simplement par le changement complet de tous les vêtements portés, ou par
l'utilisation de poudres insecticides type DDT. Ces méthodes n'empêchent pas les
réinfestations dans les situations de promiscuité.

B.henselae : Eviter les chats surtout jeunes et parasités par des puces
B.bacilliformis : effet prophylactique de l’Erythromycine pour l’Angiomatose bacillaire.
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VIII) Tropheryma whippelii

A- Définition , Taxonomie :
Tropheryma whippelii est l’agent causal de la maladie de Whipple , affection
rare dont 52 cas ont été colligés en France entre 1967 et 1994 .
C’est un microorganisme pathogène de découverte récente grâce aux progrès des
techniques diagnostiques et à l’apport indiscutable de la Biologie moléculaire et de la
Biologie cellulaire en matière de diagnostic étiologique .
C’est un pathogène émergent intracellulaire , reconnu par les techniques
histologiques, la Microscopie électronique et les techniques d’amplification
génomique .
Les techniques d’isolement par culture cellulaire , de cet agent , sont encore en cours
d’étude .Elles permettent d’ouvrir la voie à la caractérisation fine , aux tests
antibiotiques , à la mise au point d’outils diagnostiques immunologiques et à la
Sérologie .
Sur le plan taxonomie , l’analyse moléculaire a permis de confirmer que l’espèce
bactérienne associée à la Maladie de Whipple représentait une espèce nouvelle ,
faisant partie du Phylum des Actinomycetes , c’est à dire des bactéries à Gram + , à
haut contenu en Guanine plus Cytosine , représentant un nouvel embranchement
relativement proche de 2 espèces connues en pathologie humaine : Actinomyces
pyogenes et Rothia dentocariosa .

B- Habitat :
Tropheryma whippelii apparaît comme un microorganisme de l’environnement .
Aucune transmission interhumaine n’a été prouvée pour ce germe.
Il a été récemment confirmé que cet agent est présent dans l’environnement et plus
particulièrement dans l’eau .
Les données de Biologie moléculaire appliquées à la détection de ce microorganisme
dans l’environnement , suggèrent certaines niches écologiques plus spécifiques du
germe .
A partir de l’environnement , le germe pénètre dans l’organisme via une porte d’entrée
digestive . Les macrophages de la sous-muqueuse sont colonisés d’où destruction
,par contre le germe survit dans les plasmocytes à IgA de la muqueuse jéjunale .
La bactérie va se distribuer dans tout le corps et on peut la détecter dans le sang , le
LCR , le vitrée et le liquide pleural .Il s’agit donc bien , chez certains patient , d’un
pathogène invasif , capable de multiplication intra-cellulaire en dehors du tube digestif.

C- Les Caractères d’identification :

Tropheryma whippelii est une bactérie non cultivable en milieu inerte , du fait de
son caractère intra-cellulaire obligatoire.
Des souches de ce germe ont été isolées en culture cellulaire à partir de valves
cardiaques . Ainsi ,on a pu cultiver le germe sur des macrophages dont les fonctions
microbicides ont été désactivées par Dexamethasone + IL4 + IL10 .
Après isolement , les bactéries ont été cultivées sur lignée humaine de
monoblastes Sig M5 avec un délai de 8 à 10 jours .
Le diagnostic est suspecté par les données de l’Histologie : La présence de
Macrophages spumeux PAS positif au niveau des tissus infectés est
pratiquement pathognomonique de la maladie de Whipple intestinale .
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Actuellement , l’isolement en culture de Tropheryma whippelii ne peut pas être

considéré comme outil de diagnostic .
L’absence de technique sérologique fait que ce sont les techniques de Biologie
moléculaire qui sont réellement spécifiques : on effectue une amplification
enzymatique par PCR et séquençage direct ou après clonage du fragment amplifié ,
du gène 16 S RNA r et de l’Interrégion 16S-23S.
Les prélèvements utiles au diagnostic moléculaire sont des ponctions de tissu sanguin
, de LCR, de liquide pleural et de liquide synovial , de tissu vitréen , de biopsies
tissulaires , digestives ainsi que des biopsies-exérèses ganglionnaires et valvulaires.
Les biopsies fraîches congelées à –70°C sont préférées.

D- Pouvoir Pathogène :
Le diagnostic de Maladie de Whipple doit être évoqué dans le diagnostic
différentiel de :
Entérites chroniques
Arthrites chroniques
Méningoencéphalites chroniques
Fièvre prolongée avec perte de poids
Uvéite chronique
EI à hémoculture négative

C’est une maladie à plusieurs localisations tissulaires.

E- Traitement antibiotique :
On ne connaît pas la sensibilité in vitro de T.whippelii aux antibiotiques .A noter
cependant que l’évolution sans traitement antibiotique est mortelle . Des échecs ont
été observés avec la Pénicilline , Péni+Strepto et Tétracycline.
Seul , le Trimethoprim-Sulfamethoxazole n’est pas associé aux échecs et il
représente actuellement le traitement antibiotique de référence pour une durée
recommandée de 1 an.

IX) Gardnerella vaginalis

A-Taxonomie , habitat :
Bactérie classée dans la catégorie « B. inhabituelles » car dans une position
intermédiaire entre Gram(+) et Gram (-) .
En effet , elle a d’abord été classée dans le genre Haemophilus comme H. vaginalis
responsable de Vaginite non spécifique , puis dans le genre Corynebacterium comme
espèce C. vaginale .
Finalement , elle a été individualisée dans un genre à une seule espèce :
G. vaginalis .

Ce germe peut être retrouvé en portage dans le milieu vaginal .

B-Caractères bactériologiques :
1- C.morphologiques :
Coccobacilles à Gram (-) , à décoloration difficile surtout en culture
jeune , ce qui donne un gram « variable », immobiles , asporulé .
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La coloration d’Albert peut mettre en évidence des granulations métachromatiques .

2- C. culturaux :
Bactéries aérobie – anaérobies facultatives .
L’incubation doit se faire en atmosphère humidifiée et enrichie de CO2 (
jarre à bougie) . Parfois , l’ anaérobiose totale apparaît nécessaire à la croissance de
certaines souches .
La culture devient visible au bout de 48 h , sous l’aspect de très fines
colonies sur gélose Columbia ou Mueller-Hinton , enrichis de 10 % de sang de
mouton .

Il n’y a aucune hémolyse du sang de mouton , par contre , le germe donne

une béta-hémolyse sur gélose au sang humain ou de lapin .

3- C. biochimiques :

Oxydase (-) , catalase (-)

Sensible au SPS , Metronidazole 50 µg ,
Résistante à la colistine 10 µg
Hippurate (+)
Fermente : Glucose , Galactose , Maltose , Amidon ….
Betagalactosidase (+)
Lipase (+) sur gélose à l’œuf

C) Pouvoir pathogène :
Pour des raisons mal connues , cet agent peut proliférer et occasionner des
vaginites sans réaction inflammatoire donc non purulentes , à type de leucorrhées
grisâtres , fluides et très fétides , donnant un test à la potasse positif.
On retrouve habituellement une association avec des bactéries anaérobies strictes.

Autres types d’infection : Septicémies puerpérales , atteintes néonatales ,

rares cystites. Chez l’homme : rares urétrites

D) Etapes diagnostiques :
Frottis d’écoulement vaginal coloré au Gram :
Rares Polynucléaires
Rares Lactobacilles
Très nombreuses cellules épithéliales dont le cytoplasme est bourré de cocco-
bacilles donnant un aspect caractéristique de Clue-cells ou cellules cloutées
(appelées aussi cellules indicatrices).

La mise en culture du prélèvement se fait sur :

Columbia (ou MH) + 10% sang humain + ANC ( Acide nalidixique +colistine)
( milieu de culture sélectif )
Columbia (ou MH) + 10 % sang humain (milieu non sélectif)
Ces milieux sont incubées 48 h sous 5% de CO2

L’identification est confirmée par les caractères suscités .

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Le diagnostic différentiel se pose avec :

Mobiluncus : Bacilles fins et incurvés , très mobiles
Haemophilus para-influenzae : forte réaction inflammatoire , pas de culture en milieu
ANC
Bifidobacterium sp. :Résistant au SPS et au Metronidazole

E) Sensibilité aux antibiotiques :

On note une sensibilité habituelle aux Betalactamines , Macrolides ,

Cyclines ; Il y a résistance aux Sulfamides , Colistine , Acide nalidixique et parfois aux
Aminosides .
A souligner que le traitement antibiotique comporte habituellement du Métronidazole
ce qui conforte le fait que G.vaginalis n’exerce un pouvoir pathogène qu’en association
avec une flore anaérobie stricte , dont l’éradication est primordiale dans la conduite du
traitement .

Conclusion :
Les bactéries que nous avons passé en revue ne représentent qu’un modeste
échantillon d’une impressionnante liste de microorganismes dont beaucoup ont été à
l’origine de manifestations cliniques chez l’homme et parmi lesquels nombreux sont
encore à découvrir.

Bibliographie :
Bactériologie médicale L.Leminor et M. Véron 2ème édition
Bactériologie médicale Techniques usuelles B.Carbonelle et Coll.
Feuillets de Biologie 1997 Vol.XXXVIII n°219 P25-31
La Presse médicale 28 n°8 Fev.1999 P429-439
Inf.Med. 17 (6) :2000
Emerging Infectious Diseases 2005, 11(2) : 216-224