Support Mib 342 Replication
Support Mib 342 Replication
TREI
V:REPLI
CATI
ONDUGENOME
PLAN
I
V-1GENERALI
TESSURLAREPLI
CATI
ON
I
V-2REPLI
CATI
ONCHEZLESBACTERI
ES
I
V-3REPLI
CATI
ONCHEZLESEUCARYOTES
I
V-4REPLI
CATI
ONCHEZLESVI
RUS
I
V-5REPLI
CATI
ONDEL’
ADNMI
TOCHONDRI
ALETCHLOROPLASTI
QUE
Unr épli
con
Uneuni téder épli
cat
ionour épli
conestuneporti
ond’ADN quicommenceparune
origi
ne de répli
cati
on ets’achève parun si
te de t
erminai
son de l
ar épli
cati
on.
Lespr ocar
yotesontuneseul emoléculed'ADN ci
rcul
air
equicont i
entuneseul e
origi
neder épli
cati
on.Cechromosomeestunseulr épli
con.Chezlesar
chées, i
lpeut
yav oiruneoupl usieur
sor i
ginesder épl
i
cati
onparr épli
con.Leseucaryot
esont
plusieur
s origi
nes de répl
icati
on surchaquechromosome ,soi tenv i
ron 1000
répli
conspourl ’
ensembledugénome.
L’or
igineder épli
cati
on
Lar épli
cation démarreàunpoi ntpréci
sappeléor i
gineder épl
icat
ionaussiappelée
«ori »;c’estuneséquenceuni qued'ADNpermet t
antl'i
nit
iati
ondelaréplicati
on.Des
protéinessef i
xentauni veaudecetteséquenceetper mettentl
'
ouvertur
edel 'ADNet
l
edémar ragedel arépli
cati
on.
L'or
igineder épli
cati
ond’Escheri
chi
acoliestconnuesousl enom d'ori
Cets' ét
endsur
245pai resdebases( pb).El
lecont
ientdeuxt y
pesdeséquencesr épétéesde13pb
répétéest r
oisfoissui
viesdeséquencesrépétéesquatrefoisde9pb.
Semi conser
vat
ive
Aucour sdelar
éplicat
ionl
amoléculemèredonneundesesbri
nsàchaquemol
écul
e
fi
l
lequiestcompl étéeparunbri
nnouv el
l
ementsynt
hét
isé;end’
autr
ester
mesune
moléculed’ADN doublebri
nestt ouj
oursconst
it
uéed’
unbr i
nparent
aletunbri
n
nouvell
ementsynthéti
sé.
Bidir
ecti
onnal
ité
Apar ti
rdel’
ori
gine,l
arépli
cati
onavancedansl
esdeuxsens;Il
sef or
mealorsdans
chaquedirect
ionunest r
uctur
eenYappeléefour
chederépl
icat
ion.Ondi
talorsque
l
ar épli
cat
ionestbidi
recti
onnel
le.
Sour
cei
l
lust
rat
ionsht
tp:
//t
p-sv
t.pagesper
so-
orange.
fr
/repl
i
cat
ion_
fichi
ers
Danschaquedi r
ectionl asynthèseestdi t
econt i
nuesurl ebrin«av ancé»quiut ili
se
l
amat ri
ceorientée5’ -
3’ ;l
ebr inencour sdesy nt
hèseestal or
sal longéàpar ti
rde
l
’amor ceendirecti
ondesi t
edet er
minaison.Surl ’
autr
ebr i
njust
eenf aceor i
enté3’-5’
appel é brin« r etardé»àmesur equel asynthèsedubr i
nav ancépr ogresse,la
primasesy nthétiseunepr emi èreamorcesurl ebr inr etar
déquel ’ADN pol ymér ase
rallongedansl esenscont rair
edubr inav ancéjusqu’àl ’
ori
gineder éplicati
on.Auf ur
etàmesur equel asy nthèsedubr i
nav ancépr ogresseunedeuxi èmeamor ceest
sy nthéti
séesurl ebr i
nr etardépui sral
longécommepr écédemment .Lesdi ff
érents
fragment sobt enusl orsdel asy nt
hèsedubr inr etardésontappel ésf ragment s
d’OKAZAKI ,il
smesur entenv i
ron2000nucl éoti
des.
L’amorcedelarépli
cati
onestuneséquenced’
ARN dequelquesnucléot
ides,
àlaf
in
duprocessustouteslesamorcessontdégr
adéesetl
esri
bonucléot
idessont
remplacéspardesdésoxynucléot
ides.
Etapesdel aréplicat
ion
Larépli
cationcompr end3ét apes:
l ’
init
iati
onaucour sdel aquel
leilyaouv ert
uredurépl
iconauni v
eaudel’or
igi
ne
derépli
cationetsy nt
hèsedel ’
amor ceparlaprimasesurlebrinavancé,
l ’
élongationqui consisteàallongementdel ’
amorceparl ’
ADNpol y
mérase
j
usqu’ausitedet erminaisondel arépli
cat
ion
Lat erminaisonaucour sdelaquell
el’ADNpol y
mérasesedécr ochedela
matri
ce,lesamor cessontr etiréesetremplacésparl’
ADN.
Vitesse
Chez l es bactéri
es l a vi
tesse moy enne de r éplicat
ion est de 1000 pb
/seconde/f
ourche;i lfautenvir
on40mi netdeuxf ourchespourr épl
iquerl
at otal
it
é
duchr omosome.( al orsquechezcer t
ainesbactériescommeE.col idansdes
conditi
onsdecul t
uret rèsfavor
ablesladivi
sioncel
lul
airenedur e que 20mi nutes).
Lav it
essederépli
cat i
ondansl escell
uleshumaineestde100pb/ secondeetilfaut8
heureset1000f ourchesder épli
cati
onpourr épl
i
querlat otal
itédugénome.
ENZYMESDELAREPLI
CATI
ON
Pourréali
serleursactiv
itéspol y mérasi
quescesenzy mesontbesoi nd’uneamor ce
(pet
it
eséquencedenucl éotidesouol igonucl
éotide)etd’unemat r
ice(séquence
modèleàr ecopier
)
Toutesontuneact iv
itépol ymér asi
que5’ -
3’.SeulesPolIetI
IIquisonti
mpliquées
danslarépli
cati
on ontaussi uneactivit
éexonucléasique3’-
5’,maisseulePolI
possèdeenpl usuneactivitéexonucléasique5’ -
3’.
Endehor sdespolymérases,
lesaut r
esenzymessontl agy rasequidér ouleladoubl
e
héli
ce,leshéli
casesresponsablesdel ’
ouvertur
edel adoubl ehélice,lapr i
mase
responsabl
edelasy nt
hèsedel ’
amor ce(l
orsdel arépl
icat
ionl’amorceestunepet it
e
séquenced’ARN),laRNaseH quiél iminel’ARN (notammentl ’
amor ce)dansun
hybri
deARN/ ADN,laligasequicr éedesl i
aisonsphosphodi esterentredeuxbr i
ns
d’ADNconsécuti
fs.Lesenzymesl esmieuxconnussontceuxdespr ocaryotes.
I
V-3REPLI
CATI
ONSCHEZLESPROCARYOTES
.L’i
niti
ati
ondel ar épl
icationdémar reparlaf i
xati
ondel aprotéine dnaAquir econnait
l
’ori
gineder épli
cation et f acil
it
elafusi
onpourouv ri
rl adoublehélice.L’
ini
ti
ationpeut
alor
sdémar rergrâce au compl exe d’
i
nit
iati
on appelé pr i
mosome.Ce der ni
erestun
compl exebienzy matiqueconst i
tuédel’
ADN hél i
case ( ouADN gy rase) quidér oul
ela
double héli
ce etl a primase quisy nt
hétise l
’amorce.Les br i
ns séparés sontai nsi
maintenusgrâceàdespr ot éinesseli
antàl’
ADNsi mplebr i
n( Ssbpsinglestr
andsbi ndi
ng
prot
eins)quiempêchentl ’appar i
ementdesbr i
nsdissociés.
L’
él
ongati
on
Aprèsl
asy nt
hèsedel ’amorcelapri
maseestremplacéeparl’
ADN polyméraseIIIqui
aj
outedesdésoxy
ribonucléot
idessurlesbr
insr
etar
dés etav
ancésjusqu’àattei
ndrel
e
sit
edet er
minai
sondel arépl
i
cat i
on.L’ADN PolIprend alorslerel
aisetsuppr
imeles
amorcesARNgr âceàsonacti
vit
éexonucléasique5’-
3’etlesrempl
aceparl’
ADN.Pol
Iest
rel
âchéetl
ali
gasemetalor
senpl acelesli
aisonsphosphodiest
erfi
nales.
Terminaison
Chaque f ourcheder épli
cat ion s’arrêt
eauni veaudel aséquencedet erminaison.Chez
E.Colilesséquencest erE, D,Aassur entl aterminaisondel ’unedesf ourches( fourche1),
tandisqueTerC, Bassur entl ater
mi naisondel afourche2.Lapr ot éineTus( t
ermi nator
util
i
sati
onsubst ance)reconnaî tlesséquencesd’ arr
êtdel aréplicat
ionetbl oquel ’
héli
case
(enzymequidér oul
el adoubl ehélice).Lat opoi
somér aseIVi nter
v ientpoursépar erl es
deuxbr ins.Lesbr insnouv ellementsy nthéti
séessontenf i
n mét hylésparune ADN
mét hyl
tr
ansférasequirepr oduitsurcesbr i
nsl améthylati
onluesurl ebr inmat r
ice.
Lesdeuxmol éculesfil
l
esr estentattachéesàunepr otéi
nemembr anai re,l
esdeuxpoi nts
d’att
achementsesépar entetl amembr anesedi vi
seenent raînantchacuneunemol écule
d’ADNv ersunecel l
ulefi
ll
e
Lav i
tessed’ i
ncor porati
ondesnucléotideslorsdelarépl
icat
ionattei
ntles1000/ seconde;
l
es er reurs sontév i
tées ou minimisées grâce à la possibi
li
té que possèdentl es
polymér asesrépl i
cativespourcorri
gercesév ent
uel
leserreurs.Cesenzymespossèdent
l
’acti
vit
éexonucl éasique3’-5’quipermettentdesupprimerunnucl éoti
deerroné.Let aux
d’er
reurd’ i
ncorpor at
ionestdel’or
drede10-8.
REMARQUEl’ensembledesenzy
mesimpli
quésdi
rect
ementoui
ndi
rect
ementdansl
e
pr
ocessusderépli
cat
ionfor
mentleREPLI
SOME.
Répli
cat
iondesplasmidesbact
éri
ens
Il
sserépli
quentdedeuxmanières:El
l
epeutsef
air
esoi
tdef
açonbi
dir
ect
ionnel
l
eou
alor
smonodirect
ionnel
le.
Lar épl
icati
onbi dir
ectionnell
eut i
l
isel er épli
somecellul
air
e,ellesedér oul
e
alor
scommecel uiduchr omosomepr i
ncipal.Lesgènespor t
ésparl esplasmideset
quiintervi
ennentdansl ar épli
cati
onassur entj ust
el econt
rôledel ’i
nit
iat
iondel a
répl
icati
onetlar épart
it
ionent relescel
lulesfi
llesdespl asmi
desrépli
qués.Lapl upart
despl asmidesdesbact ér
iesGr am négatifser épli
quentdecettefaçon;( voi
rfigur
e
ci-
dessous)
Parcontrelamajori
tédespl
asmidesdesbact ér
iesGram posi
tifserépli
quent
de façon uni
dir
ecti
onnell
e;ilen estde même des pl asmides conjugat
ifs de
l
’ensembledesbactér
ies..Cety
pederépli
cati
onestaussiut i
l
isépourl adupl
icat
ion
decertai
nsplasmidesetgénomesdesbact ér
iophages,etcert
ainsviruspossédant
ungénomeARNetquel
quesv
irusi
nfect
antdescel
l
uleseucar
yot
es
ht
tp:
//www.
ncbi
.nl
m.ni
h.gov
/books/
NBK21113/
bin/
ch13f
6.j
pg
Cemodederépli
cat
ionuni
dir
ect
ionnel
estappel
éleCERCLEROULANTqui
condui
tà
uni
nter
médi
air
esimplebri
n
Larépl i
cati
ondet y peRolli
ngci rcleestunpr ocessusdedupl i
cationd’ aci de
nucléiquesADNouARNdonnantpl usi eur scopi esdemol éculesci r
culai resd’ ADNou
ARN
Chez l abact éri
e,l ar épli
cat ion ci rculaire de l ’
ADN esti nit
iée parune pr otéi
ne
i
niti
atricecodéeparunpl asmi deoubi enunbact ériophagequiv acr éerunecoupur e
simplebr i
nauni veaudecequel ’onappel lel’ori
ginedoubl ebr i
n( doubl e-strandor igin
ouDSOenangl ai
s) .Laprotéi nei nit
iatricer esteassoci éeàl ’
extrémi t
é5’ phosphat edu
bri
n coupé al ors que l ’
ext r
émi té 3’OH estl i
bérée pourser vird` amor cepourl a
synthèsed’ ADN parl ’
ADN pol ymér asedet ypeI II
.Enut i
li
santl ebr innoncoupé
commemat r
ice,lar épli
cat i
ondel ’ADN s’ effectuel el ongdel amol éculed’ ADN
cir
culairedépl açantl ebrincoupési mpl ebr in.Ledépl acementdubr i
ncoupési mpl e
bri
nestr éaliséparunehél icaseappel éePcr A( Plasmi dcopyr educedA)expr i
mée
parl a cellule hôte.La sy nt hèse cont i
nue d’ ADN peutgénér erpl usi eurs copi es
simplesbr insdel amol éculed’ ADNor iginalear r
angéesenconcat émèr e.Cescopi es
l
inéairespeuv entêt reconv ertiesenmol écul esdoubl esbr i
ns.Pourcel a,l apr otéi
ne
i
niti
atrice génèr e une nouv elle coupur e si mpl e brin pourt ermi nerl a synthèse
cir
culairedubr i
ndi rect(l
eadi ngst r
andenangl ais),cet t
ecoupur eestappel éeor i
gine
simplebr in( single-str
andedor iginouSSO) .Ensui te,unepr imasesy nthétiseune
amor ce ARN quiser t à décl encher l a dupl i
cation de l ’
ADN par une ADN
polymér asedet ypeI I
.Unef oisl ’
amor ceARN r empl acéepardel ’ADN,uneADN
l
igasev al
ierlesext rémitéspourf ormerunemol éculed’ADNdoubl ebr in.
D-loopr epl i
cationi sapr ocessbywhi chchl or oplastsandmi tochondr i
ar epl
icatethei
r
genet icmat eri
al.Ani mpor tantcomponentofunder standingD- l
oopr eplicat
ionisthat
many chloroplast sandmi t
ochondr iahav easi ngle
cir
cul archr omosomel i
kebact eri
ai nsteadoft helinearchr omosomesf ound
i
neukar yotes.Howev er,manychl oroplast sandmi tochondr iahav ealinear
chromosome, andD- l
oopr epl i
cati
oni snoti mpor t
anti ntheseor ganelles.
Inmanyor ganisms, onest randofDNAi nt hepl astidcompr i
ses
heav iernucl eotides( relati
vel ymor epur ines: adeni neandguani ne).Thisst r
andi s
calledt heH( heav y )str
and.TheL( light)strandcompr i
sesl i
ght ernucleot i
des
(pyrimidi nes:thy mi neandcy t
osine).Repl i
cat ionbegi nswi thr epl i
cati
onoft heheav y
strandst arti
ngatt heD- loop( alsoknownast hecont rolregion) .Anor i
gi nof
replicationopens, andt heheav ystrandi sr eplicatedinonedi r
ect i
on.Af terheavy
strandr epl i
cationhascont inuedf orsomet ime, anewl i
ghtst randi salsosy nthesi
zed,
throught heopeni ngofanot heroriginofr eplicat i
on.Whendi agr amed, theresulti
ng
structurel ooksl iket hel et
terD.
Repli
cat i
ondesv ir
us
Legénomev i
ral doitêt
retranscr i
t, t
raduitetrépli
qué.Pourcel a,legénomev irall
ibéré
prendladi r
ectiondessy nt hèses,dansl acel l
ule.Ilsesubst itueent ot
alitéouen
parti
e au génome cel l
ulaire quij usqu'alors organisai
tl es sy nthèses cell
ulaires.
Désormai sdiri
géeparl egénomev i
ral,
lacellulevadét ournerlamachi ner
iecel l
ulair
e
aupr ofitduv irusetv aai nsipr oduiredesv ir
usent rai
nantdanscer tai
nscasune
i
nhibit
iondessy nthèsesd’ ARNetd’ ADNcel l
ulai
res.
Pluspr écisément ,lacellulev af ai
redescopi es,(répli
ques)dugénomev iral
,des
répl
iquesdepr otéinesvir
ales, protéinesdecapsi deetgl ycoprotéinesd’enveloppe.
Lastr
atégiedemult
ipl
i
cat
ionestdépendant
edel
anat
ureetdel
ast
ruct
uredu
matér
ielgénét
ique:
ADNDOUBLEBRI N
Transcri
pti
onlesARNm dansunepremièr
ephaseappeléephaseprécocesont
envoyésaucy t
opl
asmepourt r
aduct
ionentr
aducti
onenprotéi
nesnonstructurales
puisrépl
icat
iondel
’ADNviral
parlapol
ymérasecel
lul
air
eetlor
sdel a2ephasel es
ADNnéof ormésvontser
virdematri
cepourl
asynthèsedesprot
éinesstr
ucturales
Lesvir
usàADNdoubl ebri
nsui
ventdesmécani
smesdemul t
ipl
i
cat
ionqui
se
rappr
ochentdeceuxobser
véspourl
esgènescel
lul
air
esADNouARN
Vir
usaARNapol ari
teposi ti
ve
Le genome estdi rect ementt radui ten pr oteines dontl ’
ARN pol ymérase- ARN
dépendanteour éplicase.Lar épl i
casev asy nthétiserunbr i
n(-)pourabout iràl a
for
mer épli
cat i
veconst i
tuéed’ unbr in( -
)etd’unbr in(+)appar i
ésendoubl ehél i
ce.Le
bri
n( -
)v aser vi
ràl asy nthèsedenouv eauxbr ins( +)toujoursgrâceàl ar éplicase
dansuncompl exeappel é«i nt ermédi ai
reder épli
cation» .Cesnouv eauxbr ins( +)
vontêtreencapsidésaf i
ndef ormerdenouv eauxv iri
ons.
Vir
usaARNapol ari
tenegat ive
Latranscri
ptiondesgènesestr éal iséeparl ’
ARNpol ymér aseassociéeauv i
ri
on
Les ARN messager s sontt radui ts en pr otéines.Lor sque l
a concentration de
nucl
éopr ot
éines( protéineN)at teintuncer t
ainseui l,cell
escisef ixentsurl’ARN( +)
nouvell
ementsy nthétiséetper met tentàl ’
ARN pol ymér asedef abri
quer unARN
génomiqueent i
er.
Lamul t
ipli
cationdesv i
rusut i
lisantl atranscri
ptasei nversepourleurrépli
cati
on
Unef oi
sent r
édansl acel
lul
e,l'
ARNv i
ralvaêtr
erétrot
ranscr i
tdansl ecy t
oplasmeen
ADNparl at
ranscriptasei
nversevir
ale(TI
).LaTIdégradel '
ARNv i
ralpuiscopiel '
ADN
vi
ralmonocat énair
eenADNdoubl ebri
nquipassedansl enoy audel acellul
e.Gr âce
àl'i
ntégraseviral
e,l'
ADNchr omosomi queestcli
véetl '
ADNv ir
als'i
ntègredanscet
ADN chr omosomi queausei ndunoy audel acel
luleinfectée,sousl enom d' ADN
provi
ral.Unefoisintégréetsiilyaacti
vati
ondelacellule,l
'ADNpr oviralesttranscri
t
enARN messager setenARN génomi queparl'
appar eil
l
agedet r
anscripti
ondel a
cell
ule