François Jacob, La Logique du vivant, 1970.

Introduction : Le programme

Phénomène le plus manifeste du vivant = production du semblable par le

semblable. Culture, élevage = interpréter et exploiter la permanence des formes à
travers les générations. Ms à côté de cette maîtrise de idée d'hérédité, superstitions
qui persistent jusqu'au XIXe / Ajd hérédité se dit en termes d'information, messages,
codes : ce qui est transmis, ce sont les instructions spécifiant les structures
moléculaires = plans d'architecture du futur organisme + moyen de les mettre à
exécution et de coordonner les activités du système.
Organisme = réalisation d'un programme prescrit par l'hérédité, dessein
qu'aucune intelligence n'a choisi, qui tend vers un but = préparer un programme
identique pr génération suivante. Organisme = transition, dont la reproduction
constitue l'origine et la fin (cause et but). Ds l'idée de programme se fondent 2
notions que l'intuition avait associées aux vivants : projet et mémoire.
Mémoire. Ce qui caractérise les êtres vivants, c'est leur aptitude à conserver
l'expérience passée et à la transmettre. [2 pts de rupture de l'évolution : émergence
du vivant, puis celle de la pensée et du langage => correspondent chacun à
l'apparition d'un mécanisme de mémoire, celui de l'hérédité et celui du cerveau. Ont
ts 2 été sélectionnés pour accumuler l'expérience et la transmettre + l'information ne
se perpétue que ds la mesure où elle est reproduite à chaque génération. Mais
différence : par la souplesse de ses mécanismes, la mémoire nerveuse se prête à la
transmission des caractères acquis / la rigidité de l'hérédité s'y oppose]. Programme
génétique = combinatoire d'éléments essentiellement invariants : tous les
phénomènes qui contribuent à la variation de l'organisme et des populations se
produisent en ignorance de leurs effets, sans liaisons avec les besoins de
l'organisme pour s'adapter. Pr chaque individu le programme résulte d'une cascade
d'événements tous contingents. => le programme ne reçoit pas les leçons de
l'expérience
Projet Avant le XVIIe, vivant = système à régulation externe, dc ni l'origine ni
la finalité des êtres vivants ne soulèvent de difficulté. / Physique du XVIIe fait naître
opposition entre l'interprétation mécaniste de l'organisme et l'évidente finalité de
certains phénomènes (dvpt d'un oeuf ou comportement des animaux).
C. Bernard : "Les phénomènes vitaux ont bien leurs conditions physico-chimiques
rigoureusement déterminées ; mais en même temps ils se subordonnent et se
succèdent dans un enchaînement et suivant une loi fixés d'avances : ils se répètent
avec ordre, régularité, constance, et s'harmonisent, en vue d'un résultat qui est
l'organisation et l'accroissement de l'individu, animal ou végétal. Il y a comme un
dessin préétabli de chaque être et de chaque organe, en sorte que si, considéré
isolément, chaque phénomène de l'économie est tributaire des forces générales de
la nature, pris dans ses rapports avec les autres, il se révèle un lien spécial, il
semble dirigé par quelque guide invisible dans la route qu'il suit et mené dans la
place qu'il occupe." => avec la description de l'hérédité comme un programme chiffré
dans une séquence de radicaux chimiques, la contradiction a disparu.
 Il y a des plantes qui sont identiques à ce que montrent des fossiles du
secondaire / si de surcroit survient dans le système un élément qui se trouve
"améliorer" le programme et faciliter la reproduction de certains descendants, ceux-
ci héritent le pouvoir de se multiplier mieux => la finalité du programme transforme
ainsi certains changements du programme en facteurs d'adaptation. Les
modifications du programme surviennent à l'aveugle ; c'est après-coup seulement
qu'intervient un triage par le fait que tout organisme qui apparaît est mis à l'épreuve
de la reproduction. La sélection naturelle n'exprime que la régulation imposée à la
multiplication des organismes par ce qui les entoure. Si le monde vivant évolue à
l'encontre du monde inanimé (càd se dirige non vers le désordre, mais vers un ordre
croissant) c'est grâce à cette exigence imposée aux êtres vivants de se reproduire
tjs plus, tjs mieux : ce qui conduirait immanquablement un système inerte à la
désagrégation devient, chez le vivant, source de nouveauté et de diversité.

2 grandes attitudes en biologie, qui finissent par s'opposer radicalement :

1) intégriste, ou évolutionniste. Pr elle, non seulement l'organisme n'est pas
dissociable en ses constituants, mais il y a souvent intérêt à le regarder comme
l'élément d'un système d'ordre supérieur (groupe, espèce, population, famille
écologique) : s'intéresse aux relations organisme-milieu, cherche la cause des
caractères existants, décrit le mécanisme des adaptations => préciser les forces qui
ont conduit les systèmes vivants à la faune et flore d'ajd. Pr le biologiste intégriste la
biologie ne peut se réduire à la physique et à la chimie, parce qu'à tous les niveaux
l'intégration donne aux système des propriétés que n'ont pas leurs éléments : le tout
n'est pas seulement la somme des parties.
2) tomiste, ou réductionniste. L'organisme est bien un tout, mais qu'il faut
expliquer par les seules propriétés des parties => s'intéresse à l'organe, tissus,
molécules, pour rendre compte des fonctions par les seules structures. Voit l'unité de
composition et de fonctionnement derrière la diversité des êtres vivants + voit dans
les performances de l'organisme l'expression de réactions chimiques => il s'agit
d'isoler les constituants d'un être vivant et de trouver les conditions qui lui permettent
de les étudier ds un tube à essai. Ne nie pas les phénomènes d'intégration et
d'émergence, mais veut en rendre compte par la structure même des constituants et
leur agencement.
=> l'une cherche à établir un ordre parmi les organismes, l'autre au sein de
l'organisme. Les 2 viennent s'articuler au niveau de l'hérédité : d'un côté il s'agit
d'analyser la structure de programme, sa logique, son exécution. De l'autre il importe
de chercher l'histoire des programmes, les lois qui régissent leur changement à
travers les générations en fonctions des systèmes écologiques. Ms c'est la finalité de
la reproduction qui justifie aussi bien la structure des systèmes vivant actuellement
que leur histoire => c'est la reproduction qui fonctionne comme opérateur principal
du monde vivant. Elle constitue un but pour l'organisme, et elle oriente l'histoire sans
but des organismes. Lgtps le biologiste s'est trouvé devant la téléologie comme
auprès d'une femme dont il ne peut se passer, mais en compagnie de qui il ne veut
pas être vu en public. À cette liaison cachée, le concept de programme donne
maintenant un statut légal.
Biologie moderne = nouveau mécanisme, qui a l'ambition d'interpréter les
propriétés de l'organisme par la structure des molécules qui le constituent.
Programme = modèle emprunté aux calculatrices électroniques. Matériel
génétique d'un oeuf = bande magnétique. Mais ces 2 sortes de programmes
diffèrent : - ds un programme magnétique l'info s'ajoute ou s'efface en fonction des
résultats obtenus / la structure nucléique n'est pas accessible à l'expérience acquise.
- les instructions de la machine ne portent pas sur les structures physiques ou les
pièces qui la composent / celles de l'organisme déterminent la production de ses
propres constituants = les organes chargés d'exécuter le programme - même si on
créait une machine capable de se reproduire, elle se reproduirait en l'état et s'userait
à la longue / reproduire un être vivant n'est pas reproduire le parent mais créer un
nouvel être : mettre en route une série d'événements qui conduisent à l'état des
parents, à partir du minimum vital = la cellule. Dans le programme sont contenues
les opérations qui parcourent chaque fois le cycle tout entier, conduisent chaque
individu de la jeunesse à la mort. Mais souplesse : bien souvent, le programme ne
fait qu'établir des limites à l'action du milieu, ou donner à l'organisme la capacité de
réagir, le pouvoir d'acquérir un supplément d'information non innée. Des
phénomènes comme la régénération ou les modifications induites par le milieu chez
l'individu montrent bien une certaine souplesse dans l'exécution du programme. A
mesure que se compliquent les organismes et que s'accroit leur système nerveux,
les instructions génétiques leur confèrent des potentialités nouvelles, comme la
capacité de se souvenir ou d'apprendre. Ms ds l'apprentissage par ex le programme
détermine ce qui peut être appris et quand peut avoir lieu l'apprentissage au cours
de la vie => la rigidité du programme varie selon les opérations, mais en fin de
compte, c'est le programme lui même qui fixe son degré de souplesse et la gamme
des variations possibles.

2 manières de faire l'histoire de la biologie :

- y voir une succession d'idée et leur généalogie, en y cherchant le fil qui a
guidé la pensée jusqu'aux théories en fonction d'aujourd'hui. => retracer la
démarche assurée d'un progrès vers ce qui apparaît maintenant comme la solution.
Ms n'explique pas par ex la survie de l'idée de génération spontanée quand
plusieurs biologistes l'avaient successivement remise en cause
- chercher comment les objets sont devenus accessibles à l'analyse,
permettant à de nouveaux domaines de se constituer en science. D'où préciser
nature des objets + attitude de ceux qui les étudient + obstacles culturels =>
l'importance d'un concept se mesure à sa valeur opératoire = rôle qu'il joue pour
diriger l'observation et l'expérience. Plus de filiation d'idées, mais un domaine que la
pensée s'efforce d'explorer : constituer un monde de relations abstraites en accord,
non seulement avec les techniques, mais aussi les pratiques, les valeurs, les
interprétations en vigueur.
Chaque époque se caractérise par le champ du possible (théorie, croyances, objets
offerts à l'analyse, équipement pr les étudier) : c'est dans les limites ainsi fixées que
peut évoluer la logique, que manoeuvrent les idées. On choisit parmi tous les
énoncés possibles celui qui intègre au plus près les résultats de l'analyse. Individu =
recherche d'une fissure par quoi se révèle une autre forme, qui une fois acceptée
réorganise le domaine du possible. D'où Darwin n'est plus simplement le fils de
Lamarck et le petit fils de Buffon : l'apparition d'une théorie de l'évolution devient un
produit du milieu du XIXe ds son ensemble. Fait intervenir le concept d'histoire dans
la connaissance des êtres, d'où ne peut survenir qu'une fois délimitée l'espèce,
éliminée la série des transitions qui conduisent insensiblement des organismes les
plus simples aux plus complexes : en brisant le vieux mythe de la chaîne des êtres
vivants, Cuvier a peut-être plus fait pour rendre possible une théorie de l'évolution
que Lamarck.
Théorie de l'évolution lie entre elles toutes les disciplines qui s'intéressent aux êtres
vivants => fournit une explication causale du monde vivant et de son hétérogénéité
1) tous les organismes descendent d'un seul, ou de quelques rares systèmes
vivants qui se sont formés spontanément
2) les espèces ont dérivé les unes des autres par la sélection naturelle des
meilleurs reproducteurs.
Grave défaut pr une théorie scientifique : comme elle se fonde sur l'histoire, elle ne
se prête à aucune vérification directe. Ms caractère scientifique : elle reste soumise
au démenti que peut lui apporter l'expérience.
Ms ce qu'ont montré la physiologie et la biochimie du XXe s, c'est d'abord l'unité de
composition et de fonctionnement du monde vivant : qu'il s'occupe d'organismes, de
cellules ou de molécules, il n'est pas un biologiste ajd qui n'ait à se référer à
l'évolution pr interpréter les résultats de son analyse.
Les autres théories de la biologie (par ex, l'hérédité), font intervenir une part
modeste d'abstraction : pas d'entité abstraite comme le "gène" sans qu'on lui
substitue des éléments matériels, particules ou molécules.

Bien distinguer l'accès à l'analyse d'objets nouveaux pr la biologie et l'apparition

d'une technique nouvelle : pr qu'un objet soit accessible à l'analyse, il ne suffit pas
de l'apercevoir ; il faut encore une théorie qui soit prête à l'accueillir. C'est tjs la
théorie qui engage le dialogue avec l'expérience : c'est elle qui détermine la forme
de la ?°, dc les limites de la réponse. Pasteur : "Le hasard ne favorise que les esprits
préparés" => les observations faites par accident (et non afin de vérifier la théorie)
ne prennent sens que si la théorie est déjà là, qui permet d'interpréter l'accident.

Plan : Ds le vivant, il s'agit "d'expliquer du visible compliqué par de l'invisible simple"

(Jean Perrin) / c'est un invisible à tiroirs : il n'y a pas une organisation du vivant, mais
une série d'organisations emboîtées comme des poupées russes
=> au-delà de chaque structure accessible à l'analyse finit par se révéler une nvelle
structure, d'ordre supérieur, qui intègre la 1e et lui confère ses propriétés. On
n'accède à celle-ci qu'en décomposant l'espace de l'organisme pour le recomposer
selon d'autres lois : à chaque niveau d'organisation ainsi mis en évidence
correspond une manière nouvelle d'organiser la formation des êtres vivants.
I. début XVIIe = agencement des surfaces visibles
II. fin XVIIIe = "organisation", qui sous-tend organes et fonctions et finit par se
résoudre en cellules
III. début XXe = chromosome et gènes, structure au coeur de la cellule
IV. milieu XXe = ADN, sur quoi reposent ajd la conformation de tt organisme,
ses propriétés, sa permanence à travers les générations.

Chap. I : La structure visible

XVIe siècle : il n'existe pas de lois de la nature, on ne distingue pas entre la

nécessité des phénomènes et la contingence des événements. Si le chat naît du
chat, ce n'est pas l'effet d'un mécanisme permettant aux êtres vivants de produire
des copies d'eux-mêmes : le mot et le concept de reproduction n'apparaissent que
fin XVIIIe. Avant, les êtres ne se reproduisent pas : ils sont engendrés => la
génération est toujours le résultat d'une création, qui exige l'intervention directe des
forces divines. Pour expliquer le maintien des structures visibles par la filiation, le
XVIIe renvoie la formation de ts les individus d'une même espèce à une série de
créations simultanées, réalisées sur le même modèle à l'origine du monde : une fois
créés, les futurs êtres attendent l'heure de la naissance, dc pas d'irrégularité. Ms
jusqu'au XVIIe la formation d'un être est un événement unique, immédiatement
soumis à la volonté du créateur, comme la production d'un objet par l'H.

La génération

Pas d'évolution de la connaissance du vivant de l'Antiquité à la Renaissance :

au XVIe chaque corps se décrit tjs comme une combinaison particulière de matière
et de forme. cf. Fernel, De abditis rerum causis, 1637. La matière se compose tjs
des 4 éléments, et seule la forme caractérise un corps : quand il périt seule la forme
disparait ; si la matière elle-même s'évanouissait le monde aurait depuis lgtps
disparu. Ce qui place la forme dans la matière, c'est la Nature, qui n'est qu'un agent
d'exécution, un principe opérant sous la direction de Dieu. De même qu'une église
ne peut exister sans sculpteur pr la réaliser, de même un arbre ne peut exister sans
une Intelligence qui, ayant décidé de fr un monde, le maintient en état et le dirige
constamment.
Pr connaître les choses, ils faut als discerner les signes visibles déposés à leur
surface par la nature, déceler le réseau d'analogies par quoi s'ouvre un accès à
certains secrets de la nature. Porta (Phytognomonica, 1650) : "de la similitude des
choses on peut déduire les intentions divines" => grâce aux similitudes et aux
signatures, il est possible de l'infiltrer du monde des formes dans celui des forces.
La similitude traduit une communauté de qualité => derrière la similitude se cache la
nature des choses (la ressemblance d'une plante avec les yeux est signe qu'il faut
l'utiliser pour traiter les maladies des yeux).
=> la ressemblance de l'enfant avec les parents n'est qu'un aspect particulier de
toutes celles par quoi se lient en secret les êtres et les choses. L'ordre instauré dans
un être vivant ne se distingue pas de celui qui règne dans l'univers. L'être vivant ne
peut se réduire à sa seule structure visible puisqu'il représente une maille de ce
réseau secret : chaque individu vivant devient une sorte de corps protéiforme qui se
prolonge dans les autres êtres, les étoiles, les activités humaines, etc.
Tout apparaît continu ds la nature et, plus que des catégories, c'est une
hiérarchie qu'on y trouve. On conserve l'arrangement d'Aristote : l'âme permet de
rendre compte de l'évidente différence par quoi les être vivants se distinguent des
minéraux. Parmi les vivants, on distingue plantes, animaux, H, selon les diverses
sortes d'âmes que Dieu y place. Mais dans la hiérarchie des êtres, la progression se
fait par d'imperceptibles écarts : difficile de décider où commence et où finit chaque
domaine. La seule coupure que le XVIe n'hésite pas à tracer ds le monde vivant,
c'est entre l'H et "les bêtes brutes".
Il n'existe pas d'espèce, comme permanence des structures visibles par la
filiation. Les propriétés des êtres exigent l'intervention directe des forces qui
régissent le monde, par deux intermédiaires : l'âme, propre à chaque individu, et de
qualité variable selon la place qu'occupe celui-ci dans la hiérarchie des êtres ; et la
chaleur innée qui est commune à tous les êtres vivants et perceptible.
Cette chaleur est répartie par le créateur en 2 jeux : 1) placé ds les animaux et
les plantes qui possèdent le pouvoir d'engendrer leur semblable : ds la semence
mâle, capable d'activer et de donner la forme à la matière contenue dans la
semence femelle. 2) placé dans le soleil, dont la chaleur peut activer directement les
éléments pr donner naissance aux êtres vils : selon Fernel, serpents, taupes, vers et
tout ce qui nait spontanément de matière putride et de fange. => Aux yeux du XVIe
la génération spontanée est aussi naturelle et compréhensible que la génération par
les semences : seule la perfection des formes peut justifier la complication des
processus.
Pr décrire la génération le XVIe utilise des images empruntées aux 2
activités créatrices de l'H : l'alchimie et l'art. Utilisation de la chaleur pr transformer la
matière (aussi bien ds génération spontanée que génération par semence) =
méthode des alchimistes. Fernel : "tout ce que font les parents, c'est d'être le siège
des forces qui unissent la matière à la forme. Au-dessus des parents, il y a un
Ouvrier plus puissant. C'est lui qui envoie la forme en soufflant le souffle" ; la nature
travaille comme "un sculpteur qui tire la forme du bronze et des pierres"

Les monstres dont regorgent les descriptions du monde vivant au XVIe

reflètent tjs le connu : leurs parties répondent à des animaux différents. Ne sont pas
imputables à Dieu : chaque monstre découle d'une faute et témoigne d'un acte ou
d'une intention qui ne se conforment pas avec l'ordre du monde. Physique ou moral,
chaque écart hors de nature donne un fruit contre nature.
= > Tout ce que peut percevoir l'expérience sensible s'arrange en un ensemble
où chaque chose s'insère dans le réseau que tisse la Volonté suprême : la
connaissance des objets ne peut se séparer de la foi.

Le décryptage de la nature

À l'âge classique la production d'un être vivant se produit tjs par la génération,
ms celle-ci change de rôle et de statut : les corps vivants se décapent, càd se
débarrassent de leur couche d'analogies pour apparaître dans la nudité des lignes et
des surfaces que leur assigne la vue. L'aspect des êtres vivants, leur structure
visible devient alors objet d'analyse et de classification. La génération représente le
moyen par lequel est assuré le maintien des formes, donc la permanence des
espèces. => elle devient l'expression d'une loi qui témoigne de la régularité de
l'univers.
XVIIe = transformation de la nature même de la connaissance : il ne s'agit plus
de trouver les indices qui témoignent des intentions 1e de la Nature, mais de
pénétrer celle-ci, d'en saisir les phénomènes, de les lier entre eux par des lois dans
la mesure où l'esprit humain peut y parvenir. Descartes : "Il ne faut prendre en
considération que deux choses, nous qui connaissons et les objets eux-mêmes qui
doivent être connus" (Règles pour la direction de l'esprit). Le premier rôle passe de
la volonté divine à l'esprit humain + l'intérêt se concentre, non plus sur la création de
la nature, mais sur son fonctionnement à l'état présent. Au lieu d'une contemplation,
d'une exégèse, d'une devinette, la science de la nature devient un décryptage.
Leibniz : "l'art de découvrir les causes des phénomènes, ou les hypothèses, est
comme l'art de déchiffrer où souvent une conjecture ingénieuse abrège bcp de
chemins" => plus qu'à la volonté divine, la science de la nature s'intéresse
désormais à la découverte du chiffre, à la grille que la nature humaine tente de
placer sur la nature pour en déceler l'ordre. Ce qui importe, ce n'est plus tellement le
code utilisé pour créer la nature que celui cherché par l'H pr la comprendre ; et les 2
ne coïncident pas nécessairement :
 Descartes : "Si quelqu'un, pr deviner un chiffre écrit avec les lettres ordinaires,
s'avise de lire un B partout où il y aura un A, et de lire un C partout où il y aura un B,
et ainsi de substituer en place de chaque lettre celle qui la suit en l'ordre de
l'alphabet, et que, le lisant en cette façon, il y trouve des paroles qui aient du sens, il
ne doutera point que ce soit le vrai sens du chiffre qu'il aura ainsi trouvé, bien qu'il se
pourrait faire que celui qui l'a écrit y en ait mis un autre tout différent en donnant une
autre signification à chaque lettre" => c'est la plénitude du sens, c'est sa cohérence
qui mesurent l'exactitude du chiffre découvert.
La méthode du décryptage tire son origine de la combinatoire qui constitue
l'outil essentiel de l'enquête scientifique : pour établir un alphabet de la pensée,
comme le souhaite Leibniz, il faut en ramener la complexité à la simplicité des unités
qui la composent. De même qu'un nombre quelconque doit se concevoir comme un
produit de nombres premiers, de même toute opération logique doit se réduire à une
combinaison d'éléments. C'est la combinaison de la logique qui donne la mesure du
possible.
Ca demande certitude que la grille ne change pas en cours d'opération : la
nature ne peut alors se concevoir que comme une harmonie où le comportement
des êtres et des choses suit nécessairement les règles d'un jeu désormais immuable
; sinon, pas de science possible. => l'univers est soumis à certaines lois ou groupes
de loi que nul, même Dieu, ne peut plus changer et dont la logique s'articule en un
ordre de la nature. Qu'à l'origine les lois de la nature aient été ou non imposées par
un décret divin, ce monde existe et il fonctionne : tout s'y ordonne, non plus du
dehors sous l'effet de quelque force à laquelle n'a pas accès la raison humaine, mais
du dedans par l'enchaînement même des lois.
Dès lors:
- Déchiffrer la nature, c'est se limiter à l'analyse des seuls phénomènes pour
entre trouver les lois
- Les causes 1e s'effacent derrière les causes efficientes
- La connaissance se fonde, non plus sur le discours de Dieu, ms sur celui de
l'homme
- Le signe n'est plus la trace déposée ds les choses par le Créateur pr
permettre à l'H de déceler ses intentions : c'est une partie intégrante de
l'entendement humain, à la fois produit de la pensée pour l'analyse et outil
nécessaire à l'exercice de la mémoire, de l'imagination ou de la réflexion => pour
analyser les objets, les soumettre à la combinatoire et en trouver lourder et la
mesure, il faut pouvoir les représenter dans un système de signes.
Le plus parfait des systèmes de signe est celui de mathématiques : permet de
découper le continu des choses, de les analyser, de les recomposer en
combinaisons variées. Galilée : le grand livre de la nature "est écrit dans la langue
mathématique et les caractères en sont des triangles, des cercles et autres figures
géométriques". Newton = abandon de l'univers géométrique. Mais là encore, seule la
mise en forme mathématique des mesures physiques peut faire admettre
l'intervention d'une force mystérieuse, la gravitation, dont l'origine est inconnue mais
qu'exige le calcul pour lier la mécanique du ciel et celle de la terre. Si la physique
joue un rôle décisif aux XVIIe et XVIIIe siècles, ce n'est pas seulement par la
transformation qu'elle apporte à l'univers, ni par les fonctions nouvelles qu'elle
assigne à l'expérience et au raisonnement, mais c'est surtout que, seule parmi les
sciences de la nature, elle peut s'exprimer dans le langage des mathématiques. De
Galilée à Newton, la physique justifie les efforts de la pensée pour établir un ordre
dans le monde.
 Le mécanisme

À l'âge classique se précisent 2 courants ds l'étude des êtres vivants :

1) physiologie, issue de la médecine, qui se constitue en science parce que la
pensée d'als favorise les structures visibles
2) histoire naturelle, liée à l'inventaire des objets du monde, qui reste limitée
faute de concepts suffisants.
Pendant tout l'âge classique, le fonctionnement des êtres vivants ne peut
s'appréhender que dans la mesure où il reflète ce qui est déjà connu dans celui des
choses.
Le XVIIe se retrouve dans un univers ou les astres et les pierres obéissent aux
lois de la mécanique qu'expriment le calcul. Dès lors, pour assigner une place au
vivant et en exprimer le fonctionnement, OU BIEN les êtres sont des machines ds
lesquelles il n'y a à considérer que figures, grandeurs et mouvements ; OU BIEN ils
échappent aux lois de la mécanique mais il faut alors renoncer à toute unité, à toute
cohérence ds le monde => les H de science n'hésitent pas : toute la nature est
machine, comme la machine est nature. Descartes : "Lorsqu'une montre marque les
heures par les moyens des roues dont elle est faite, cela ne lui est pas moins naturel
qu'il n'est à un arbre de produire des fruits". Ce n'est pas là une analogie : c'est une
identité.
Jusqu'au XVIIIe pas de frontière bien nette entre es êtres et les choses. Buffon
(De la manière d'étudier et de traiter l'histoire naturelle, 1774-79) : on peut
"descendre par degrés insensibles de la créature la plus parfaite jusqu'à la matière
la plus informe, de l'animal le mieux organisé jusqu'au minéral le plus brut." Ni au
XVIIe ni pendant presque tout le XVIIIe on ne reconnait cette qualité particulière
d'organisation qu'appellera vie le XIXe : il n'y a pas encore de grandes fonctions
nécessaires à la vie ; il y a des organes qui fonctionnent, dont la physiologie doit
mettre au jour les rouages et l'agencement.
Seul ce qui ressortit clairement aux lois du mouvement dans le corps des
animaux est accessible à l'analyse. On dit souvent qu'en montrant l'analogie du
coeur avec une pompe et celle de la circulation avec un système hydraulique,
Harvey a contribué à l'installation du mécanisme dans le monde vivant. Mais on
inverse ainsi l'ordre des facteurs : en réalité, c'est parce que le coeur fonctionne
comme une pompe qu'il est accessible à l'étude. Car lorsque Harvey s'attaque au
problème de la génération qui ne relève pas de cette forme de mécanisme, il ne peut
rien en tirer.
=> au XVIIe la théorie des animaux machine est imposée par la nature même de la
connaissance. Il a pu y avoir chez les grecs (Aristote ou les Atomistes) quelque
avant goût de mécanisme, mais celui-ci avait un caractère fort différent :
- chez les Grecs il s'agissait surtout d'analogies à usage didactique / à l'âge
classique il importe d'unifier les forces qui régissent le monde
- pour Aristote le moteur de tout mouvement dans un corps vivant réside dans
l'âme / pour Descartes les propriétés des objets ne peuvent provenir que de
l'arrangement de la matière => le mécanisme doit s'appliquer à ts les aspects de la
physiologie.

Très vite les ressources dt dispose le mécanisme de l'âge classique

apparaissent insuffisantes pr expliquer le fonctionnement des êtres vivants. L'image
qu'il donne des êtres vivants, celle d'une machine composée de rouages capables
seulement de transposer le mouvement reçu, ne peut conduire qu'à chercher en
dehors de la machine sa cause et sa fin. Une machine ne s'explique que du dehors.
Aussi les tentatives qui se manifestent à l'âge classique, soit pour accentuer le
mécanisme, soit pour le limiter, relèvent-elles moins d'une attitude rendue possible
par la science d'alors que de la métaphysique. Dans sa description du monde vivant,
Descartes avait réservé 2 domaines : Dieu qui, ayant créé le monde et lui ayant
communiqué le mouvement initial, n'intervient plus ; et la pensée humaine. 2 pts que
cherchent à réfuter le matérialisme et le vitalisme.

ANIMISME DE L'ÂGE CLASSIQUE

1) besoin de valoriser ce qui vit : vivant imbibé de magie, où se résument
toutes les forces de la nature, où la matière est activée, transformée => qui vaut bcp
plus que l'inanimé : phénomènes non seulement plus complexes, mais plus parfaits.
Ce besoin se traduit par deux sortes d'anthropomorphisme, soit qu'on prolonge la
hiérarchie des êtres vers l'infini d'une intelligence souveraine, soit au contraire qu'on
reporte sur l'ensemble des formes vivantes des qualités propres à l'H. [Ex. Les
interprétations que donne le XVIIIe de la régularité "admirable" trouvée aux rayons
de miel dans les ruches d'abeilles. 2 attitudes possibles 1) on s'émerveille, soit
qu'on attribue à l'abeille des qualités de l'H (qualités d'architecte, sens de l'économie
appuyée sur de solides connaissances mathématiques ! ) cf. Réaumur. Soit qu'on
pose comme Fontenelle la nécessité de "remonter jusqu'à une Intelligence infinie qui
les fait agir aveuglément sous ses ordres".
2) on cherche une explication dans quelque modèle mécanique. Buffon cherche
dans quelles conditions apparaissent les agencements géométriques que sont les
alvéoles, et montre qu'on la trouve souvent chez les corps minéraux, dans certaines
fleurs, ou dans l'estomac des ruminants, etc. Fait des expériences qui cherchent à
réaliser des modèles mécaniques dans lesquels des corps cylindriques ou
sphériques sont soumis à des pressions égales : met des graines dans de l'eau qu'il
fait bouillir ; "chaque graine, dont la figure est cylindrique, tend à occuper le plus de
place possible dans un espace donné ; elles deviennent donc toutes nécessairement
hexagonales par la compression réciproque. Chaque abeille cherche à occuper de
même le plus d'espace possible dans un espace donné […]" : la forme des alvéoles
peut être considérée sans référence à la moindre intelligence.]
2) réaction contre le mécanisme cartésien et les abus qui en sont faits. La
perfection des êtres, leurs propriétés, leur génération exigent un principe inconnu, un
X placé hors de toute connaissance. Il faut une force spirituelle (psyché) pour
exécuter les volontés divines, car on ne peut trouver d'autre justification à la finalité
des êtres vivants. Change de nature fin XVIIIe pr devenir la "force vitale" : ce n'est
plus un principe central, un pouvoir installé au coeur de l'organisme qui en régit les
activités, mais une qualité particulière de la matière constituant les êtres vivants.
Toute partie du corps possède alors un "sentiment", une "disposition" qui sous-tend
ses activités.
/ l'animisme de l'âge classique ne fonctionne guère comme opérateur de
connaissance : ce n'est pas als une théorie qui guide l'observation ; il intervient le
plus souvent après l'observation, pour interpréter. En fin de compte, apparaît plus
comme une philosophie et une morale que comme une attitude de l'enquête sc.
Ce qui compte à l'âge classique, c'est d'abord de transformer les êtres et les
choses en objets de connaissance, les ramener dans les limites du visible et de
l'analysable. C'est pourquoi, malgré l'insuffisance des moyens dont il dispose, le
mécanisme présente la seule attitude alors en accord avec la connaissance.
NEWTON : le mécanisme change de nature, et donne naissance à une chimie. Ds
sa représentation du monde inanimé, la physique combine les lois du mouvement et
la nature corpusculaire de la matière : celle-ci n'est plus un substrat homogène
divisible à l'infini mais se compose d'un nbre sans limite de particules isolées,
séparées les unes des autres et non identiques. A la matière et au couvrement qui
constituaient le monde de Descartes, s'ajoute l'espace dans celui de Newton, càd un
vide dans lequel se meuvent des particules. Ce qui maintien les particules en place,
c'est l'attraction, qui tisse un réseau de dépendances qui donne au monde sa
cohésion. C'est le concept d'attraction qui fournit aux chimistes la force permettant
de remplacer les influences astrales par quoi l'alchimie avait lié les métaux aux
étoiles et aux planètes => quand on mélange des substances, celles ci sont
déplacées les unes par les autres, et on observe des relations qui les font s'unir plus
ou moins aisément. On appelle "affinité" la force qui lie ainsi certains corpuscules de
nature différentes, qui est une propriété des corps mesurables.
On peut dès lors classer les substances en familles de corps ayant en commun
certaines propriétés comme les acides ou les bases : c'est ce que fait Lavoisier en
suivant la même méthode que celle utilisée par Linné pour la classification des
plantes = Reconnaitre le caractère principal des substances et les nommer en
fonction de ce caractère. Le mot doit faire naître l'idée et l'idée doit peindre le fait,
car la chimie est avant tout une science de l'analyse "Une méthode analytique est
une langue et une langue est une méthode analytique" (Lavoisier, Traité de chimie).
Avec cette forme modifiée du mécanisme c'est un domaine nouveau de la
physiologie qui peut devenir objet d'étude : la digestion et la respiration. Réaumur :
la digestion "est opérée par la seule action d'un dissolvant et par la fermentation qu'il
fait naître" ; la respiration d'un oiseau est comparée par Lavoisier à la combustion
d'une bougie. Ca lui permet de rapprocher la respiration de la digestion : il n'y a pas
de feu sans combustible ; de la circulation (pr acheminer le combustible) ; de la
transpiration (pour que soit évité l'accroissement de température) => pour Lavoisier
l'animal s'analyse en terme de machine, non plus fonctionnant seulement par figure
et mouvement, mais selon des principe d'une extrême variété. Modèle = machine à
vapeur, avec une source de chaleur qu'il faut alimenter, un système de
refroidissement et des mécanismes pour harmoniser l'action des parties. Les
modèles utilisés contribuent à transformer radicalement la représentation que se fait
des êtres vivants la fin du XVIIIe : non pas une juxtaposition d'organes qui
fonctionnent, mais un ensemble de fonctions qui répondent à des exigences
précises. Ce qui donne leurs propriétés aux êtres, c'est un jeu de relations unissant
les parties pour que fonctionne le tout.
=> l'organisation cachée derrière la structure visible.

Les espèces

Âge classique = la connaissance des choses s'établit sur leurs %, sur leurs
identités et leurs différences, mis au jour ds l'étude de leur structure visible. Pr faire
de l'histoire naturelle, il faut d'abord observer les êtres et les décrire, càd faire la part
des détails, à omettre, et des éléments essentiels, qui doivent être présentés
exhaustivement. Il faut tirer le réseau des ressemblances non des organismes dans
leur entier, mais de leurs parties après analyse. Pour ce qui est d'abord des
végétaux (plus facile), la description doit s'élaborer selon Linné "par l'emploi des
seuls termes de l'art, s'ils suffisent, en dépeignant les parties selon le nombre, la
figure, la proportion, la situation", et ce en vue d'éliminer ce qui n'offre pas la plus
grande garantie à la généralisation => en fin de compte, chaque plante peut se
représenter comme un assemblage d'éléments en nombre et proportion donnés : la
botanique devient une sorte de combinatoire. Ce sont ces assemblages d'éléments
qu'il s'agit de classer. Difficultés :
- diversité du vivant
- continuité du vivant : jusqu'au XIXe non seulement il n'y a pas de barrière
nette entre les êtres et les choses, mais le monde vivant forme une trame
ininterrompue ; la nature ne fait pas de saut. On peut bien ranger les êtres ds des
catégories, ms la nature ne connait pas de classes : c'est seulement notre ignorance
qui nous masque certains maillons de la chaîne
- "il n'existe réellement dans la nature que des individus, et les genres, les
ordres et les classes n'existent que dans notre imagination", Buffon
Pour classer les plantes, il faut pouvoir les représenter dans un système de
symboles, càd les nommer => nommer une plante, c'est déjà la classer. Linné : "la
plante se connaît par le nom, et réciproquement le nom par la plante ; c'est l'effet du
caractère propre de l'une et de l'autre, tracé dans celle-là, écrit dans celui-ci"
La classification représente tjs une pyramide, qui comprend des jeux de
classes placées à des niveaux différents. Au XVIIIe l'ensemble du monde vivant se
dispose dans une hiérarchie à 5 niveaux : le Règne, la Classe, l'Ordre, le Genre et
l'Espèce. C'est une simple convention, qui signifie qu'un organisme ne doit être
considéré comme classé de façon convenable que s'il peut être rangé dans un
groupe défini à chaque niveau.
2 techniques de classification :
1) les systèmes, qui descendent d'Aristote. Ca demande déjà une certaine idée
de la nature des objets à classer comme des relations qui s'établissent entre eux. Le
nombre de variables permet d'ajuster la classification aux données empiriques selon
la précision désirée. On cherche la relation logique qui se prête à la meilleure
articulation des classes, et on fonctionne par combinaison
2) la méthode, où il suffit de comparer les objets et d'en dégager les différences
: on choisit arbitrairement une plante de référence, puis on repère tous les écarts
avec les autres plantes ; la masse des ressemblances reste comme un fond ignoré
d'où émerge la saillie des différences => en se groupant naturellement, celles-ci
laissent apparaître des lignes de séparation.
=> si la démarche diffère, le langage est commun et le résultat semblable,
puisqu'on a ds les 2 cas la même hiérarchie à 5 niveaux. Ds les 2 cas, l'une des
étapes comporte un choix arbitraire. Toute classification nouvelle vise à réduire
l'arbitraire pour retrouver l'ordre véritable qui existe dans la nature. Ca demande de
distinguer l'essentiel de l'accidentel. => pour lier la classification à la réalité de la
nature il faut faire appel à un élément extérieur qui ne repose pas uniquement sur la
structure visible des êtres mais sur la permanence de cette structure à travers les
générations. De là le concept d'espèce.
Ce qui fait de l'espèce une catégorie privilégiée, c'est qu'elle n'est pas
seulement fondée sur une certaine ressemblance entre les individus, mais aussi sur
la succession des générations qui produisent tjs le semblable. (Il faut exclure de
l'espèce tous les hybrides stériles). Les opérations de la nature dans le monde vivant
comme dans le monde inanimé se déroulent avec régularité : elles obéissent à des
lois dont l'espèce n'est qu'une expression. Ds la mesure où il "existe" des espèces,
celles-ci donnent une assise commune et universellement admise à toutes les
classifications dont elle constitue l'unité de base. + la permanence des espèces à
travers les générations assure que le monde vivant tel qu'on le voit ajd reflète celui
qui a été instauré de fondation. Linné : "nous comptons autant d'espèces qu'il y a eu
au commencement de formes diverses créées" ; Buffon : "un individu n'est rien dans
l'univers […] Les espèces sont les seuls êtres de la nature ; être perpétuels, aussi
anciens, aussi permanents qu'elle ; qu'on peut considérer comme un tout
indépendant du monde, un tout qui a été compté pour un dans les ouvrages de la
création et qui, par conséquent, ne fait qu'une unité dans la Nature".

La préformation

Pour l'âge classique la génération ne peut s'envisager qu'à travers la structure

visible des êtres vivants et les lois de la mécanique. Pour Descartes, cela ne
représente aucune difficulté particulière : comme la matière est la même dans tous
les corps du monde, les êtres ne diffèrent des choses que par l'agencement de cette
matière : un peu de chaleur ou de pression suffisent pour animer celle-ci. La matière
s'agence progressivement, organe par organe, par génération spontanée ou
génération par semence : chez les êtres qui engendrent leur semblable toute la
mécanique est déjà préparée par l'arrangement de la matière dans la semence : "Si
on connaissait bien quelles sont toutes les parties de la semence de quelque animal
en particulier, par ex de l'H, on pourrait déduire de cela seul, par des raisons
certaines et mathématiques, toute la figure et conformation de chacun de ses
membres".
/ A la fin du XVIIe l'observation a fait apparaître que les vers, les mouches ou
les anguilles naissent des vers, des mouches ou des anguilles : en bonne logique la
génération spontanée devrait disparaître ; ms elle se réfugie ds le monde invisible
des animalcules, aperçus à l'aide du microscope ; pour l'en déloger il ne suffira pas
de faire de nouvelles expérience : il faudra que soit affermi le concept d'espèce.
Le seul aspect de la génération que peut aborder l'âge classique c'est le
contenu de la semence. À force d'examiner les corps on finit par déceler dans les
"testicules" des femelles vivipares de petites masses comme des blancs d'oeufs, qui
jaunissent après l'accouplement (on montrera au XIXe que celles-ci sont en vérité
les follicules entourant les vrais oeufs) => fin XVIIe toutes les femelles possèdent
des oeufs, le processus est le même pour tous les vivants, on trouve toujours la
même anatomie. Le microscope révèle ds la semence mâle des créatures sans
nombre. Les animalcules dans l'eau de gouttière, on ne sait pas quoi en faire / dans
la semence mâle c'est un peu ce que la raison cherchait. Ms si l'on veut par les
seules lois du mouvement, organiser les particules des semences pour les
transformer en animal, le problème est sans solution. Malebranche : "On peut bien
croire que les lois générales de la communication du mouvement suffisent pour
dvper et faire croitre les parties des corps organisés, mais on ne peut se persuader
qu'elles puissent jamais former une machine si compliquée"
Ce qu'il faut expliquer dans la génération, c'est le maintien d'une génération à
l'autre de cette structure primaire => pour qu'il y ait continuité de la forme, il faut que
la semence contienne déjà le "germe" de l'être à venir, qu'il soit déjà "préformé".
Germe = projet du futur corps vivant, non pas en puissance, mais déjà matérialisé
comme une miniature de l'organisme à venir => la fécondation ne fait que
déclencher la croissance de ce modèle réduit inerte. Ds bcp de graines on aperçoit
en effet distinctement la miniature de la future plante. On peut soutenir als avec
autant de force que le germe se trouve dans la semence mâle ou femelle. Si faute
de tout recours à une structure secondaire cachée, la préformation des gènes
représente le seul moyen d'assurer la permanence des structures visibles par
filiation, elle ne reculer le pb d'un cran : la véritable génération devient als la
formation du gène ds la semence, et la difficulté reste la même. Le XVIIe en vient
ainsi à reléguer la véritable génération dans le domaine des causes premières dont il
refuse de s'occuper. L'idée de préexistence des germes s'accorde
naturellement au concept d'espèce : l'espèce devient cette collection de germes,
cette réserve d'exemplaires fabriqués sur le même modèle. Création définitive et
achevée ; depuis la chiquenaude initiale, le système fonctionne avec la régularité
qu'expriment les lois de la nature, sans autre intervention divine.
=> pendant tout le XVIIe, tant qu'on s'en tient à la structure visible, la préformation et
la préexistence constituent la seule solution possible au problème de la génération.
Parthénogenèse étudiée par Charles Bonnet chez les pucerons pousse le XVIIIe à
attribuer à l'oeuf le 1e rôle dans la génération / rôle du sperme reste incertain, on
fabrique des caleçons pour grenouille qui permettent d'obtenir séparément les
semences masculines et féminines, ce qui rend possible la fécondation artificielle,
outil nécessaire à toute analyse expérimentale. On examine le dvpt d'un embryon : il
s'agit de distinguer entre l'accroissement d'un germe préformé et l'élaboration
progressive de ce qui deviendra la structure visible par une épigenèse. =>
observations de C. F. Wolff montrent que la structure visible s'organise peu à peu
par toute une séquence d'opérations mécaniques / reste ignoré => il faut attendre le
XIXe et les travaux de von Baer.

L'hérédité

Tout en étant ds l'impossibilité d'abandonner préexistence et préformation, le

XVIIIe se trouve en mesure d'en démontrer l'insuffisance : impossible de penser des
germes aussi petits + ne rend pas compte des phénomènes de la régénération =
pouvoir que possèdent certains animaux de reformer un corps entier à partir de
morceaux. On peut hacher un polype, en quelques semaines chacun des morceaux
produit un nouveau polype parfait ; une fois coupées, les jambes de l'écrevisse se
reforment : il repousse exactement ce qui manque, et le phénomène peut se
reproduire plusieurs fois. Préformationisme ne rend pas compte non plus des
phénomènes de l'hérédité : régularité des ressemblances familiales, particulièrement
incompatible avec hypothèse d'une préformation quand on fait s'accoupler un âne et
une jument par ex. Réaumur constate l'impossibilité de faire se reproduire une poule
et un lapin => c'est bien sur la filiation qu'il faut fonder la notion d'espèce. Il limite
dc ses ambitions à l'accouplement d'animaux de même espèce mais différant par
certains traits faciles à repérer : on a tout le procédé expérimental qui permettra à
Mendel de fonder une science de l'hérédité. On commence même, dans
l'observation des phénomènes de l'hérédité chez l'H (étude de la reproduction des H
à 6 doigts par Maupertuis), à utiliser le langage et les méthodes mathématiques.

=> Au cours du XVIIIe l'étude du vivant passe des médecins aux naturalistes,
ms n'est pas encore parvenue à trouver des méthodes, des concepts, un langage
qui lui soient propres. Progrès taxonomie : instaurer un ordre ds le visible ; progrès
physiologie laissent deviner un ordre caché => le XVIIIe fournit une grille à 2
dimensions dans laquelle peut s'insérer le monde vivant.
La préexistence des germes, c'était en quelque sorte l'aveu d'une impossibilité à
rendre compte de la génération par l'effet des seules lois du mouvement agissant
sur une matière passive. Mais l'étude du vivant, suivant l'ex de la physique, substitue
la logique des faits à la logique des systèmes. C'est de ces observations qui
remettent en cause le préformationisme que naît le concept de reproduction. Buffon
+ Maupertuis : il faut faire intervenir une structure secrète pour lier les éléments du
visible et les organiser.

chap. II : L'organisation

Avec la 2nde moitié du XVIIIe et le siècle suivant se transforme la nature de la

connaissance empirique : l'analyse et la comparaison tendent à s'exercer non plus
seulement sur les objets mais sur les rapports internes qui s'établissent entre ces
éléments => c'est au dedans des corps que vient se loger la possibilité même de
leur existence ; c'est l'interaction des parties qui donne au tout sa signification. Ce
qui régit la forme, les propriétés, le comportement d'un être vivant, c'est son
organisation = ce qui le distingue des choses, une structure d'ordre supérieur à quoi
se réfère tout ce qui se perçoit des êtres.

La mémoire de l'hérédité

Milieu XVIIIe on commence à désigner les vivants comme "êtres organisés",

ms on entend par là un degré élevé de complexité ds la structure visible. Physique
de Newton : à la combinatoire visible des surfaces et des volumes répond une
combinatoire secrète des corpuscules qui constituent la matière => comme celle des
choses, la structure visible d'un être organisé doit reposer sur l'agencement de
particules ("molécules organiques" chez Buffon) et sur leur union sous l'effet d'une
force semblable à l'attraction qui donne à l'ensemble sa cohésion. Ces unités ne
sont pas des atomes : ce sont des particules d'un type spécial, réservé au vivant =>
la composition des êtres ne se distingue de celle des choses que par la nature de
leurs constituants élémentaires. Quand meurt un être organisé, les particules qui le
constituent ne périssent pas et deviennent disponible pour entrer dans une
combinaison nouvelle. Les particules vivantes se trouvent partout dans la nature,
elles sont avalées ou inhalées par les organismes qui trient les molécules
organiques et rejettent les molécules brutes ; d'abord utilisées pr la croissance, à
l'âge adulte le surplus sert à constituer la semence pour la reproduction.
Maupertuis : "la liqueur séminale de chaque espèce contient une multitude
innombrable de parties propres à former par leur assemblage des animaux de la
même espèce" ; Buffon : "l'assemblage de ces parties forme à nos yeux des êtres
organisés et par conséquent la reproduction ou la génération n'est qu'un
changement de forme qui se fait et s'opère par la seule addition de ces parties
semblables, comme la destruction de l'être organisé se fait par la division de ces
mêmes parties". Ce qui est reproduit à l'image des parents, c'est l'agencement des
molécules organiques = l'organisation.
C'est la force d'attraction qui assemble les particules des semences pour
constituer l'enfant ; chaque partie de celui-ci se forme par la réunion des particules
de même type qui, issues du père et de la mère, se reconnaissent et s'unissent
grâce à leur affinité élevée. On a voulu y voir une anticipation de l'appariement
spécifique que le XXe a observé entre chromosomes homologues / pour les
généticiens la combinaison des traits héréditaires et leur rassortiment au cours des
générations exigent le recours à des facteurs indépendants, distincts des
caractères ; chez Maupertuis les particules présentes dans la semence se
confondent avec celles qui constituent le corps de l'organisme.
Le XVIIIe perçoit qu'un système où à chaque génération la forme des parents
est reproduite par l'assemblage d'unités élémentaires exige une mémoire pour
guider l'assemblage des particules. Pour le leibnizien Maupertuis, la mémoire qui
dirige les particules vivantes pour former l'embryon ne se distingue pas de la
mémoire psychique : la matière elle-même est douée de mémoire, "d'intelligence, de
désir ou d'aversion". Les particules vivantes sont attirées entre elles par leur affinité,
mais seule la mémoire qu'elles possèdent explique leur localisation dans l'embryon. /
pour le matérialiste Buffon, ce qui conserve l'image des parents c'est non pas une
vertu de la matière mais une structure particulière. La reproduction des vivants exige
un moule intérieur, pour "imiter l'intérieur des corps". Expression qui paraît
contradictoire et qui fait signe vers la difficulté de rendre compte d'une croissance
des organes qui se fait en trois dimensions. Le dvpt ne peut se faire par la seule
addition de molécules aux surfaces : il faut que la matière utilisée pour la croissante
pénètre à l'intérieur de chaque partie et dans toutes les dimensions selon "un certain
ordre et avec une certaine mesure telle qu'il n'arrive pas plus de substance à un
point de l'intérieur qu'à un autre point".
L'enfant se forme ainsi par une épigenèse, mais ce n'est plus une production
totalement nouvelle, comme la voyaient Aristote et le XVIe siècle, dans la mesure où
le souvenir de l'organisation déjà réalisée chez les parents est conservé par la
continuité du moule intérieur. / Au XVIIIe siècle l'idée d'une composition élémentaire
des êtres vivants reste hors de portée de l'observation, et Buffon ne convainc
personne. En outre, il faut bien attribuer une origine à ces unités vivantes distinctes
des atomes : malgré Buffon qui en rend compte par l'activation de la matière par la
chaleur, on ne voit que les causes finales pour en assurer la création.
Ni Maupertuis ni Buffon ne songent à faire de la métaphysique : ils cherchent à
fonder les propriétés des êtres vivants sur les lois de la physique, à accorder
l'interprétation mécaniste du monde vivant à l'interprétation newtonienne de l'univers.
Il en est des corps vivants comme des substances chimiques : seuls les éléments
possèdent une individualité ; les composés n'ont de personnalité que transitoire.
L'étude des êtres devient alors la recherche des lois régissant les combinaisons de
ces unités. => derrière la diversité des structures, des processus, des moeurs qui
s'observent parmi les êtres, il faut chercher une unité de composition et de
fonctionnement dans l'ensemble du vivant.

L'architecture cachée

- Physiologie de Lavoisier : il n'est plus possible d'étudier indépendamment foi

ou rein : l'être vivant est un tout dont les parties dépendent les unes des autres, et
remplissent chacune une fonction particulière dans l'intérêt général.
- Histoire naturelle de Daubenton : il ne suffit plus d'analyser la patte du cheval,
mais la confronter à la jambe de l'homme. Lier l'organe à la fonction, préciser les
analogies dans le nbre des os, leur figure, leur rôle. Ou encore, comme Vicq d'Azur,
mettre en parallèle la structure des dents et celle de l'estomac, pour en établir les
rapports. Ce qui importe n'est plus la différence en surface mais la ressemblance en
profondeur. Nouvelle hiérarchie des caractères dans les classifications, non plus
arbitraire mais fondée sur l'importance effective des caractères dans l'organisme : en
tête, la nutrition et la reproduction.
 => à la fin du siècle, ce qui devient accessible à l'analyse par la comparaison
des organismes, c'est un systèmes de rapports qui s'articulent dans l'épaisseur de
l'être vivant pour le faire fonctionner. Derrière le visible des formes se profile une
architecture secrète imposée par nécessité de vivre : l'organisation, qui ramasse en
une même cohérence ce qui se voit et ce qui se cache ; qui donne aux êtres vivants
la loi interne régissant la possibilité de leur existence.

Conséquences de l'installation du concept d'organisation au coeur du vivant :

- la totalité de l'organisme apparaît comme un ensemble intégré de fonctions
(organes). Si l'on peut reconnaître aux parties une valeur et une importance inégale,
c'est tjs en se référant à la totalité.
- l'être vivant s'insère dans la nature avec laquelle il entretient des relations
variées : pour que vive un être, il faut un accord entre les organes chargés de ses
fonctions et les conditions extérieures. Il faut que l'organisation réagisse à ce que
Lamarck nomme les "circonstances" = "la diversité des milieux dans lesquels ils
habitent"
- coupure radicale dans les objets du monde. Jusqu'alors, 3 règnes : animal,
végétal, minéral => les choses se trouvent sur le même pied que les êtres, ce que
justifiaient les transitions insensibles reconnues entre ces règnes. / Avec Lamarck,
ou Goethe la fin du XVIIIe redistribue les productions de la nature en 2 groupes, que
distingue le seul critère de l'organisation. Lamarck : "On remarquera d'abord un
grand nombre de corps composés d'une matière brute, morte, et qui s'accroit par la
juxtaposition des substances qui concourent à sa formation, et non par l'effet
d'aucun principe externe de dvpt. Ces êtres sont appelés en général êtres
inorganiques ou minéraux. […] D'autres êtres sont pourvus d'organes propres à
différentes fonctions et jouissent d'un principe vital très marqué et de la faculté de
reproduire leur semblable. On les a compris sous la dénomination générale d'êtres
organiques."
Une fois les êtres isolés des autres corps mais réunis entre eux par
l'organisation, le pb de la genèse du monde vivant ne se pose plus dans les mêmes
termes que celle du monde inanimé. On peut comme le propose Lamarck non plus
faire créer simultanément dans leur complexité toues les formes vivantes mais les
faire dériver les unes des autres par une série de variations successives. Grâce à
l'accumulation des effets exercés sur la structure même des organismes par la
tendance de la nature à la progression, la série continue des êtres dans l'espace
peut résulter d'une série continue de transformations dans le temps. L'émergence
des êtres et leur variété reposent ainsi sur une caractéristique du vivant : son
pouvoir de variation et d'adaptation.
Peu à peu se dégage l'objet d'une science : non plus les végétaux ou les
animaux mais l'être vivant, à qui une certaine organisation confère des propriétés
singulières. Apparaît le terme de biologie. Lamarck : "Les considérations qui
appartiennent à la biologie sont dont tout à fait indépendantes des différences que
les végétaux et animaux peuvent offrir dans leur nature, leur état et les facultés qui
peuvent être particulières à chacun d'entre eux". => Ainsi pourvue d'un nom et d'un
objet d'étude, la science nouvelle va au cours du XIXe dégager ses concepts et
techniques propres. Déceler les caractères communs au vivant et trouver un
contenu à ce qui désormais s'appelle la vie.

La vie
 Rationalisme : la connaissance repose sur une concordance objet-sujet.
/ Kant = apparition du champ transcendantal, qui accroit le rôle du sujet dans
son enquête de la nature. Plus d'harmonie préétablie, mais une domination de la
faculté de connaître sur les objets à connaître.
Nvelle exigence ds la connaissance de la nature : il faut que les données
empiriques s'articulent en profondeur, qu'elles s'étagent en fonction de leur rapport à
un élément d'unification, qui se trouve à la fois condition de toute connaissance mais
hors de la connaissance. C'est la vie qui sert de référence, de transcendantal, pour
permettre à la conscience de lier les représentations => permet d'atteindre les
vérités a posteriori et d'effectuer une synthèse.
On ne peut plus penser l'organisation sans une fin, qui s'identifie avec la vie.
L'idée d'organisation exige une finalité dans la mesure où l'on ne peut dissocier la
structure de sa signification. cf figure géométrique sur le sable : les éléments ne sont
pas rassemblés par hasard. Vent, pluie : le dessin tend à s'effacer / la structure ne
peut se former et se maintenir que grâce à une force interne qui lutte contre le
hasard et la destruction. Ms pas une finalité imposée de l'extérieur : la finalité trouve
son origine dans l'idée même d'organisme, parce que les parties doivent se produire
réciproquement, qu'elles doivent se lier entre elles pr former le tout => Kant : "les
êtres organisés doivent s'organiser eux-mêmes". Reprend l'argument de Fontenelle :
dans une montre, un rouage n'est jamais la cause efficiente d'un autre rouage. Un
être organisé n'est dc pas simplement une machine, car la machine possède
uniquement une force de mouvement, tandis que l'organisme contient en soi une
force de formation et de régulation et la communique aux matériaux qui le
constituent.
Début XIXe on n'a plus comme tâche de démontrer l'unité de l'univers : l'étude
des êtres ne peut plus être traitée comme un prolongement de la science des
choses => il faut des méthodes et un langage propre, car les mots véhiculent des
idées qui viennent des sciences physiques et ne s'accordent pas aux phénomènes
de la biologie.

Dans l'idée d'organisation, il y a à la fois ce qui permet la vie et ce qui est

déterminé par elle. Mais bien qu'à la source de tout être, la vie échappe à l'analyse
de leurs propriétés et de leurs fonctions : c'est la force obscure qui confère leurs
attributs aux corps organisés, qui retient ensemble leurs molécules malgré les forces
extérieures qui tendent à les séparer. La vie n'est autre que ce principe de lutte
contre la destruction. Pr Cuvier, c'est "la force qui résiste aux lois qui gouvernent les
corps bruts". La mort est la défaite de ce principe de résistance, et le cadavre est le
corps vivant retombé sous l'empire des forces physiques.
Alors que les propriétés physiques de la matière sont éternelles, les propriétés
vivantes d'un être sont temporaires. La matière brute passe dans les corps vivants
pour s'y pénétrer des propriétés vitales. Pendant la vie d'un être, les propriétés
physiques sont "enchaînées" par les propriétés vitales, elles se trouvent empêchées
de produire les phénomènes qu'elles tendraient naturellement à produire. Le vivant
se réduit à un tas de matière que la vie vient effleurer un instant : par le fait même
qu'il est en vie, l'organisme est promis à la mort. Mais si les propriétés vitales s'usent
dans l'être, elles se conservent à travers le monde vivant : la vie se transmet d'être
en être sans interruption.
Différence avec l'animisme du siècle précédent : le recours à un principe vital
découle de l'attitude même de la biologie, de la nécessité de fonder la séparation
des êtres et des choses non sur la matière, dont l'unité est reconnue, mais sur des
forces. La vie joue un rôle précis dans le savoir : elle est ce qu'on interroge dans
l'animal ou la plante, l'objet même de l'analyse, cette fraction d'inconnu par quoi la
biologie est autre que la physique.

La chimie du vivant

"Chimie organique" : une immense variété de composés qui contiennent tjs du

carbone et de l'hydrogène, souvent de l'oxygène, parfois de l'azote, du soufre et du
phosphore (soit les constituants des êtres vivants, soit les produits de leurs
excréments ou décomposition).
Pour que se constitue une chimie de l'organisme, il faut que la biologie
commence à préciser l'unité du monde vivant : tant que celui-ci représentait une
infinité de structures, on ne pouvait espérer y trouver qu'une infinité de composés.
Mais si le vivant se caractérise par une certaine organisation et un certain
fonctionnement, on peut rechercher la nature des composés qui le distinguent du
non vivant, comme celle des réactions par quoi il transforme les aliments pour les
incorporer à sa propre substance. => un domaine se délimite, qui recoupe la chimie
(puisque les substances des êtres sont formées des éléments constituants
universels de la matière), et rejoint la biologie (puisque ces substances se
distinguent radicalement de celles qu'on étudie en chimie minérale. Leibig : "On peut
considérer que les réactions des corps simples et des combinaisons minérales
préparées dans nos laboratoires ne peuvent trouver aucune espèce d'application
dans l'étude de l'organisme vivant". )
1e tâche de la chimie organique : étudier les transformations subies par les
substances au sein des organismes, reconnaître la nature des éléments et de leurs
combinaisons lorsqu'ils y entrent et en sortent. Mais ces transformations défient les
lois de la chimie ordinaire : unis selon d'autres combinaisons, les éléments qui
composent les êtres présentent des propriétés totalement différentes. La chimie
organique doit identifier et analyser les substances qui composent et traversent le
vivant, mais elle n'est pas tenue de fournir la preuve des transformations par la
synthèse. Car selon Leibig : "tous les actes de l'économie sont subordonnés à une
activité immatérielle dont le chimiste ne peut disposer à son gré."
Les combinaisons des mêmes éléments possèdent des propriétés différentes
suivant qu'il s'agit de substances minérales ou organiques => il existe chez les êtres
vivants une force particulière pour déterminer dans la matière un changement de
forme et de mouvement, pour déranger et détruire l'état de repos chimique qui
maintient en combinaisons les éléments des substances alimentaires offertes à
l'organismes : c'est la force vitale. On ne peut attribuer la vitalité à aucun organe,
tissu, ou molécule en particulier : c'est une propriété du tout, qui dépend de
l'organisation de l'être vivant.

Pour comprendre l'importance de cette force vitale début XIXe, il faut voir
qu'elle joue un rôle que la physique attribuera à 2 concepts nveaux. Aujourd'hui, les
êtres vivants apparaissent comme un triple flux de MATIERE, d'ENERGIE et
d'INFORMATION. A ses débuts, la biologie est en mesure de reconnaître un flux de
matière, mais à la place des 2 autres il lui faut recourir à une force particulière.
Jusqu'au milieu du XIXe les relations entre chaleur et travail restent imprécises : si
Carnot montre que la chaleur s'associe au mouvement des corpuscules qui
constituent les corps, son oeuvre, considérée plus tard comme l'acte de naissance
du second principe de la thermodynamique, reste ignorée. En attendant, il faut
trouver un facteur pour neutraliser les forces d'affinité agissant entre les molécules
des éléments, pour redistribuer ces éléments par des liaisons chimiques différentes,
pour regrouper les atomes en combinaisons nouvelles.
Ex des plantes : Liebig a recours à une "force vitale" pour expliquer le fait que les
plantes séparent l'oxygène des éléments pour lesquels il a le plus d'affinités, et le
rejettent à l'état de gaz ; ajd la biochimie dit la même chose, en remplaçant "force
vitale" par "énergie".

Dans chaque substance d'un être organisé, on retrouve toujours un mélange

de carbone, d'hydrogène, d'oxygène et d'azote, en proportions rigoureusement
constantes, auquel s'ajoutent des quantités variables d'autres éléments. Il faut donc
admettre que tous les tissus vivants sont formés par un même constituant de base,
capable de fixer d'autres éléments en quantités différentes. Ce sont ces
combinaisons qui donnent leurs caractéristiques aux différents organes et tissus. À
ce constituant de base, Mulder donne le nom de protéine, pour en souligner la
primauté. C'est par la production de protéine et ses combinaisons avec certains
éléments que s'échafaude l'architecture des êtres vivants. Liebig : "Il faut admettre
comme une loi démontrée par l'expérience que les plantes élaborent des
combinaisons protéiques, et que ce sont ces combinaisons que la force vitale
façonne, sous l'influence de l'oxygène atmosphérique et des principes de
l'eau, pour créer tous ces nombreux tissus, tous les organes de l'économie
animale".
Mais si des substances de composition semblable possèdent des propriété
distinctes, on doit invoquer un principe nouveau. Ds les molécules, c'est la position
des atomes qui détermine la nature et les propriétés de celle-ci. A cette différence de
structure pour une identité de composition qui caractérise les substances
organiques, Berzélius donne le nom d'isomérie.
Les mécanismes des réactions qui se déroulent dans les êtres vivants diffèrent
de ceux que réalisent le chimiste en laboratoire. Il existe ds les êtres certains
principes, certains substances, auxquelles on donne elle nom de ferments ou
diastases, et qui dirigent les réactions chimiques pour remanier les laissons entre
éléments et transformer ainsi un corps en produits nouveaux. On peut envisager le
mode d'action de ces éléments soit, comme Liebig, en considérant que certains
corps sont capables de transmettre à d'autres quelques unes de leurs propriétés.
Les ferments sont als des substances dt les atomes st en état de gde agitation et qui
sont capable de transmettre leur mouvement. Soit, comme Berzélius, en liant les
propriétés de ces ferments à une force chimique nouvelle qui se révèle dans la
transformation de certains composés. On a observé en effet que bcp de corps
pouvaient modifier des relations entre les atomes d'une substance sans jouer eux-
même un rôle chimique dans la réaction puisqu'on les retrouve intacts à la fin de
celle-ci (ex. l'acide sulfurique transforme l'amidon en sucre). A ce type de réaction
d'origine inconnue, Berzélius donne le nom de catalyse : "certains corps peuvent,
par leur seule présence, réveiller des affinités chimiques qui autrement resteraient
inactives à température considérée. […] Elle agit donc un peu comme la chaleur". =>
"Il est probable qu'il se produit chez la plante ou chez l'animal vivant des milliers de
processus catalytiques différents, grâce auxquels les matériaux bruts uniformes du
suc végétal ou du sang donnent lieu à une quantité de combinaisons chimiques
différentes".
=> La chimie organique donne la mesure de l'écart entre les choses et les
êtres, ce qui est accessible aux lois de la physique et ce qui ne l'est pas. C'est
précisément cet intervalle qui va se réduire au XXe grâce à 2 manières nouvelles de
concevoir l'ordre de la matière : celle que la mécanique statistique tirera du désordre
des molécules, et celle que la chimie physique insérera dans la structure des
molécules.

Le plan d'organisation

Pour étudier l'organisation d'un animal, il ne suffit pas de le disséquer ; il faut

analyser le rôle des organes dans l'organisme entier. Cuvier : "les machines qui font
l'objet de nos recherches ne peuvent être démontées sans être détruites". Si la
fonction répond à une exigence fondamentale de la vie, et ne souffre en cela aucune
fantaisie, l'organe n'est qu'un moyen d'exécution, et conserve donc quelques degrés
de liberté. En parcourant le règne animal, il y a dc moyen de déceler ce qui est
constant et ce qui change, de déterminer ce que la fonction tolère en fait de
variations dans l'organe => repérer, derrière la diversité des formes, la communauté
des fonctions. Ca fait ressurgir le concept aristotélicien d'analogie. Pr G. Saint-Hilaire
et Cuvier le mot analogie recouvre 2 aspects différents qu'Owen distinguera par les
termes d'homologie et d'analogie. L'homologie décrit la correspondance entre les
structures, l'analogie celle des fonctions. Sont homologues des organes qui
occupent la même position et jouent un rôle voisin dans des espèces différentes (la
main de l'homme et l'aile de l'oiseau).
Cuvier : c'est "dans la dépendance mutuelle des fonctions, dans le secours
qu'elles se prêtent réciproquement, que sont fondées les lois qui déterminent les
rapports de leurs organes, et qui sont d'une nécessité égale à celle des lois
métaphysiques ou mathématiques". On n'analyse plus une structure quelconque,
mais un système de relations. Le véritable but de la zoologie devient l'étude des
différentes manières de remplir ces fonctions, et son outil principal l'anatomie
comparée.

2 façons de faire de l'anatomie comparée :

- opérer presque exclusivement par l'étude de la morphologie. La référence à la
physiologie se fait en limitant l'analyse à de grands secteurs fonctionnels, ce que C.
Saint-Hilaire appelle des "régions". On cherche als ds une série d'espèces les
correspondances de structures, les analogies région par région. En se rapportant à
l'espèce où la région considérée présente le dvpt maximum, on tente de mettre en
série les autres types morphologiques selon les déplacements et déformations qui
s'y dessinent. S'il n'y a aucune possibilité de constituer une série (quand manquent
les formes de transition), on a recours aux "connexions" pour identifier une pièce et
en connaître les analogies. Car la caractéristique la plus constante d'une région
réside dans les rapports qui s'établissent entre les parties : quels que soient les
changements que subit une pièce anatomique, elle conserve tjs les mêmes relations
de voisinage. Le principe des connexions permet alors d'identifier une pièce que l'on
voit surgir ds une espèce ; le plus souvent, un dvpt inhabituel d'une formation qui
existe aussi ailleurs. + il existe un "balancement des organes" tel que le dvpt
excessif d'un élément se répercute sur les voisins, "qui dès lors ne parviennent plus
à leur dvpt habituel" (St-Hilaire) ; ms tous sont néanmoins conservés. Si même la
recherche des connexions ne permet pas la détermination des homologies, il faut
analyser la disposition des régions chez l'embryon : il arrive svt qu'au cours du dvpt
embryonnaire apparaissent des particularités anatomiques qui disparaissent ensuite
chez l'adulte.
 - associer plus étroitement la physiologie et la morphologie. Les organismes st
als considérés ds leur ensemble, et l'anatomie devient un outil pr atteindre "les lois
de l'organisation des animaux et les modifications que cette organisation éprouve
dans les différentes espèces" (Cuvier). "Il n'est aucune fonction qui n'ait besoin de
l'aide et du concours de presque toutes les autres" => toute modification d'une
structure exerce une influence sur les autres. De la liaison des fonctions se déduit la
"loi de coexistence" qui détermine les rapports entre organes" : "Un animal qui ne
digère que la chair doit avoir la faculté de voir son gibier, le poursuivre, le vaincre, le
dépecer. Donc, il faut une vue perçante, un odorat fin, une course rapide, de
l'adresse et de la force dans les pattes et dans la mâchoire. Ainsi, jamais des dents
tranchantes et propres à découper la chair ne coexistent dans la même espèce avec
un pied enveloppé de corne qui ne peut que soutenir l'animal et avec lequel il ne
peut saisir". Dès lors des sabots indiquent des molaires à couronne plate, et un
canal alimentaire allongé. Les structures s'étagent en profondeur, s'ordonnent à
travers une règle secrète qu'il faut tenter d'atteindre au travers des analogies. Ca
sert en paléontologie : "Il n'est presque aucun os qui varie dans ses facettes, dans
ses courbures, dans ses proéminences, sans que les autres subissent des variations
proportionnées ; et on peut aussi à la vue d'un seul d'entre eux conclure jusqu'à un
certain point celle de tout le squelette".

Seules peuvent se réaliser les combinaisons qui satisfont aux exigences

fonctionnelles de la vie. La structure d'un organisme doit se conformer à un plan
d'ensemble, à un plan d'organisation qui coordonne les activités fonctionnelles.
- pour Geoffroy Saint-Hilaire : "La nature emploie constamment les mêmes
matériaux et n'est ingénieuse qu'à en varier les formes. Comme si, en effet, elle était
soumise à de 1e données on la voit tendre tjs à faire reparaître les mêmes éléments,
en même nombre, dans les mêmes circonstances et avec les mêmes connexions."
=> comme si la composition de tous les organismes du règne animal obéissaient à
un plan unique, un "plan général". Les vertébrés et invertébrés par ex diffèrent par
un changement de forme, et non des éléments constituants qui conservent leurs
arrangements et leurs connexions. Ce qui sous-tend l'idée d'un plan unique, c'est
encore la vieille notion de continuité du monde vivant.
- Cuvier vient rompre cette chaîne du vivant. Le plan d'organisation devient le
lieu où s'articulent 2 séries de variables, l'une intérieure, l'autre extérieure aux corps
vivants. "Les différentes parties de chaque être doivent être coordonnées de
manière à rendre possible l'être total, non seulement en lui-même, mais dans ses
rapports avec ce qui l'entoure". 1) Il faut considérer les "conditions d'existence" de
l'organisme : "sa sphère s'étend au-delà des limites du corps vivant lui-même" ; un
jeu d'interaction se noue entre ce qui vit et ce qui permet de vivre. 2) Organisation du
corps. C'est par l'intermédiaire des fonctions que se distribuent les analogies à
travers le monde vivant. Toutes réunies dans les espèces supérieures, elles
disparaissent les unes après les autres quand on considère des formes de plus en
plus simples. Si l'on suit chaque organe séparément, on le voit se dégrader
progressivement tout au long du monde vivant. Mais tous les organes ne suivent pas
le même ordre de dégradation parmi les animaux : ce qu'on trouve en parcourant
l'ensemble du règne animal, ce n'est pas une série linéaire progressant d'une d'une
extrémité à l'autre, mais des masses discontinues. Si l'on retrouve les mêmes
fonctions, celles-ci obéissent à des hiérarchies différentes et son exécutées par des
organisations différentes => "il existe 4 plans principaux […] d'après lesquels ts les
animaux semblent avoir été modelés et dont les divisions ultérieures ne sont que
des modifications assez légères". Par ex, les céphalopodes ne sont "sur le passage
de rien" : ils n'ont pu résulter du dvpt d'autres animaux et leur dvpt n'a rien produit de
supérieur à eux => la nature a fait un saut, il y a là un "hiatus manifeste" entre ses
productions. Cuvier parle "d'embranchement" : c'est seulement à l'intérieur de
chaque groupe, en parcourant chaque embranchement, que l'on peut trouver des
séries, et encore ne sont-elles pas linéaires.
La continuité se loge désormais dans les fonctions, non dans les moyens de
les remplir. Pour accorder l'organisation des êtres à leurs conditions d'existences, la
nature procède par sauts. Un animal est ramassé autour d'un "foyer d'organisation",
d'un centre qui commande l'agencement en profondeur de ses structures. Il se
dispose en masses concentriques autour d'un noyau. A partir du centre viennent
s'étager les organes, les importants au fond, les accessoires à l'extérieur. Le coeur
de l'organisation en peut pratiquement pas varier car pour le modifier il faut tout
changer, remplacer le plan par un autre ; les organes secondaires peuvent varier
d'autant plus librement qu'ils sont moins importants. Les êtres d'un même groupe st
dc semblables par le caché, et divergent par le visible.
=> Ce qui change au début XIXe, c'est la manière dt les vivants st disposés ds
l'espace : l'espace où se déploie l'ensemble des êtres est morcelé en îlots ; l'espace
où s'installe l'organisme, formé de couches successives autour d'un noyau, qui se
prolongent au-dehors et le lient à tout ce qui l'entoure.

La cellule

Pour le XVIIIe, le constituant élémentaire des corps vivants, c'était le terme

ultime de l'analyse anatomique, ce qu'on trouvait en dissociant les muscles, nerfs,
tendons : c'était la fibre. Avec Haller, il n'existait qu'une sorte de fibre pour composer
tous les organes, en se disposant de manières différentes. XIXe : à la similitude des
fonctions doit répondre une unité de structure ; inversement, avec Bichat, les divers
organes qui dans un même être vivant jouent des rôles différents ne peuvent plus
avoir la même composition : ils ont un tissu spécifique. Le tissu caractérise, non pas
l'organe, mais le "système" nerveux, vasculaire, musculaire, etc. Le système
représente, en quelque sorte, le lieu d'articulation entre l'anatomie et la physiologie,
grâce à la qualité du tissu dans lequel il est taillé. Quels que soient la localisation
d'un organe et les rapports de voisinage, il faut le rapporter à la fois à son système
pour en trouver le rôle et à son tissu pour en comprendre les qualités. La diversité
apparente des tissus se réduit à un petit nombre de type, de 10 à 21 selon les
anatomistes. C'est dans les tissus que se logent les propriétés vitales et dans leur
association les attributs de l'organisme.
=> avec Bichat apparaît un niveau supplémentaire d'organisation, un
intermédiaire entre l'organe et la molécule de Buffon et Maupertuis. Les propriétés
d'un organisme ne sont pas inhérentes aux molécules de la matière qui le forme,
puisqu'elles disparaissent dès que les molécules perdent leur organisation. C'est
l'agencement de ces molécules en tissu qui donne au vivant ses qualités propres.

La continuité du tissu répond en quelque sorte à la totalité de l'être vivant, telle

que l'exige la biologie début XIXe. Le corps vivant ne peut plus se concevoir comme
un simple association d'éléments ainsi que le voyaient Maupertuis et Buffon. Même
quand Oken envisage à nouveau une composition élémentaire des êtres, il s'agit
d'unités fondues dans la totalité de l'organisme, et non pas autonomes et accolées.
L'idée nouvelle d'Oken (d'où va émerger la théorie cellulaire) c'est d'établir un
rapprochement entre le corps des gros animaux et les êtres microscopiques, de
concevoir le vivant complexe comme formé par l'association du vivant simple. Pour
Oken, les petits animaux, les "infusoires", qui apparaissent lors de la décomposition
de la chair des animaux et des tissus végétaux, sont en réalité les éléments dont
sont constitués le vivant : disposés en alvéoles ou en cellules, ils en forment les
tissus.
=> Pour le XVIIIe l'idée de particules vivantes réunies en un être organisé ne
représentait qu'un aspect de la combinatoire par quoi se constitue chaque corps de
l'univers. / au XIXe, en s'intéressant à l'organisation du vivant et non plus aux formes
des êtres, la biologie peut établir un rapprochement entre les organismes complexes
et simples. En faisant du petit l'unité élémentaire du gros, elle cherche le diviseur
commun à tous les êtres vivants. Cette unité ne peut plus être un simple morceau de
matière : c'est déjà un être vivant, une formation complexe, capable de se nourrir, se
reproduire, etc. Pour considérer un organisme, avec son unité, ses régulations,
comme composés d'éléments vivants, il faut admettre que ceux-ci ne sont pas
simplement accolés mais intégrés.