Biologie Moléculaire : Réplication et Expression du Matériel Génétique

Chapitre 1 : Concepts de Base

1. Matériel génétique :

o Procaryotes : ADN circulaire et extra-chromosomique (plasmides), conférant

résistance aux antibiotiques.

o Eucaryotes : ADN linéaire, double brin, antiparallèle.

2. Dogme central de la biologie moléculaire :

o ADN → Transcription → ARN → Traduction → Protéine

o ADN → Réplication → ADN

Chapitre 2 : Réplication du Matériel Génétique

I. Rappels

Un gène s'exprime pour donner un phénotype. La réplication produit deux molécules filles identiques
à partir d'une molécule mère. Si les séquences changent, le phénotype peut également être modifié.

II. Mécanisme de la Réplication

1. Modèles de Réplication :

o Semi-conservatif (confirmé par Meselson et Stahl) : chaque molécule fille contient un

brin parental et un brin nouvellement synthétisé.

2. Expérience de Meselson et Stahl :

o Basée sur l’ultracentrifugation avec des isotopes d'azote (^15N et ^14N) pour
démontrer la nature semi-conservative de la réplication.

III. Réplication chez les Procaryotes

1. Origine et Direction :

o Une origine de réplication (ORI) et un site de terminaison opposé.

o Mode bidirectionnel (expériences de Cairns avec la thymidine tritiée).

2. Mode Thêta (θ) :

o Formation d’un œil de réplication au niveau de l’ORI, s’élargissant avec la progression

des fourches de réplication.

3. Mode Sigma (Cercle roulant) :

o Utilisé par certains plasmides et phages. Débute par une coupure du brin ADN (+) au
niveau de l’ORI.
IV. Réplication chez les Eucaryotes

• Plusieurs origines de réplication (réplicons multiples), nécessaires pour répliquer rapidement

un ADN de grande taille.

Réplication de l'ADN : Étapes

1. Initiation

L'initiation est le point de départ de la réplication.

a. Identification de l’origine de réplication (ORI)

• Chez les procaryotes, il existe une seule ORI (ex. : E. coli).

• Chez les eucaryotes, il y a plusieurs ORI pour accélérer la réplication des longues molécules
d'ADN.

b. Formation de l'œil de réplication

• Les hélicases déroulent la double hélice de l’ADN au niveau de l’ORI en rompant les liaisons
hydrogène entre les bases complémentaires.

• Les protéines SSB (Single-Strand Binding Proteins) se lient aux brins simples pour empêcher
leur réassociation.

c. Élimination des superenroulements

• Les topoisomérases relâchent la tension créée par le déroulement de l’ADN en cassant

temporairement un ou deux brins et en rétablissant leur continuité.

2. Élongation

L'élongation implique la synthèse des nouveaux brins d'ADN.

a. Synthèse des amorces

• Une primase (ARN polymérase) synthétise de courts segments d’ARN (amorce) sur les brins
matrice, nécessaires pour initier la polymérisation.

b. Synthèse des nouveaux brins d'ADN

• ADN polymérase III (chez les procaryotes) ou les polymérases équivalentes chez les
eucaryotes s’occupent de la synthèse des nouveaux brins.

• La synthèse se fait dans le sens 5' → 3'.

o Brin directeur : Synthèse continue dans le même sens que la fourche de réplication.

o Brin discontinu : Synthèse discontinue sous forme de fragments d’Okazaki.

c. Remplacement des amorces d'ARN

• ADN polymérase I (chez les procaryotes) retire les amorces d’ARN grâce à son activité
exonucléase 5' → 3' et les remplace par de l'ADN.

d. Liaison des fragments d’Okazaki

 • ADN ligase lie les fragments d’Okazaki pour former un brin continu en utilisant une liaison
phosphodiester.

3. Terminaison

La terminaison varie entre procaryotes et eucaryotes.

a. Procaryotes

• La réplication s’arrête lorsqu’un site de terminaison (TER) est atteint.

• Des protéines spécifiques (comme Tus chez E. coli) se lient aux sites TER pour bloquer la
progression des fourches.

b. Eucaryotes

• La réplication se termine lorsqu’une fourche rencontre une autre fourche provenant d’un
réplicon adjacent.

• Les télomères (séquences répétées aux extrémités des chromosomes linéaires) nécessitent
l’intervention de la télomérase pour compléter la réplication des extrémités.

Résumé des enzymes clés

Enzyme/Protéine Rôle

Hélicase Déroule l'ADN en brisant les liaisons H.

SSB Stabilise les brins simples d'ADN.

Topoisomérase Relâche les tensions dans la double hélice.

Primase Synthétise les amorces d’ARN.

ADN polymérase III Synthèse du nouvel ADN (brin directeur et fragments d'Okazaki).

ADN polymérase I Remplace les amorces d’ARN par de l’ADN.

ADN ligase Relie les fragments d’Okazaki.

Télomérase Ajoute des séquences aux télomères (eucaryotes).

Transcription : Synthèse d’ARN à partir de l’ADN

La transcription est le processus biologique fondamental par lequel une séquence d’ADN est copiée
en ARN. Cela se fait grâce à une enzyme appelée ARN polymérase.

A. ARN polymérase : L’enzyme clé de la transcription

Qu’est-ce que l’ARN polymérase ?

• C’est une enzyme capable de lire une séquence d’ADN (brin matrice) pour assembler une
molécule d’ARN complémentaire.

• Contrairement à l’ADN polymérase, elle n’a pas besoin d’une amorce pour commencer la
synthèse d’un nouvel brin.

Types d’ARN synthétisés :

1. ARN ribosomique (ARNr) : Constitue les ribosomes, structures responsables de la synthèse

des protéines.

2. ARN de transfert (ARNt) : Transporte les acides aminés vers les ribosomes pour la traduction.

3. ARN messager (ARNm) : Porteur des informations génétiques nécessaires à la synthèse des
protéines.

Rôle de l’holoenzyme et du facteur σ :

• L’holoenzyme ARN polymérase se compose du cœur de l’enzyme et d’un facteur appelé σ

(sigma).

• Le facteur σ est responsable de la reconnaissance des promoteurs, qui sont des séquences
spécifiques sur l’ADN servant de points de départ pour la transcription.

B. Promoteur : Le point de départ de la transcription

Définition du promoteur :

• Le promoteur est une séquence d’ADN située en amont du site d’initiation (+1), où l’ARN
polymérase se fixe pour commencer la transcription.

Structure d’un promoteur :

1. Site d’initiation de la transcription (+1) : Le premier nucléotide transcrit en ARN.

2. Séquences conservées (-10 et -35 chez les procaryotes) : Ces séquences, appelées séquences
consensus, sont essentielles pour la fixation de l’ARN polymérase.

o Exemple chez les procaryotes : TATAAT (-10) et TTGACA (-35).

o Chez les eucaryotes : Séquences similaires aux positions -25 et -75

Technique de Foot-printing : Identifier le promoteur

Cette technique permet de déterminer quelles séquences d’ADN sont protégées par l’ARN
polymérase. Voici comment elle fonctionne :

1. Action des nucléases : Les enzymes comme la DNase I coupent l’ADN de manière aléatoire.

2. Protection par l’ARN polymérase : Lorsqu’elle se fixe sur le promoteur, l’ARN polymérase
protège cette région des coupures.

3. Analyse par électrophorèse : La comparaison des fragments d’ADN protégés et non protégés
permet d’identifier le promoteur.

C. Étapes de la transcription

1. Initiation : Formation du complexe de transcription

• L’ARN polymérase reconnaît le promoteur grâce au facteur σ.

• Une fois fixée, elle commence à dérouler l’ADN pour exposer le brin matrice.

• Détermination du site +1 :

o Par la technique de nucléase S1, qui détruit les brins d’ADN non hybridés à l’ARN.

o Après hybridation, seule la partie du gène transcrit est protégée.

2. Élongation : Synthèse d’ARN

• Le facteur σ est libéré après l’initiation.

• Le cœur de l’enzyme assure l’élongation, ajoutant des nucléotides à l’extrémité 3’ de la chaîne

naissante.

• Direction de la synthèse : L’ARN est synthétisé dans le sens 5’→3’.

Expérience pour prouver le sens 5’→3’ :

1. On utilise des nucléotides radioactifs pour suivre la synthèse.

2. Après l’ajout de nucléotides non marqués, la radioactivité diminue du côté 5’, confirmant que
la synthèse progresse dans ce sens.

3. Terminaison : Fin de la transcription

La transcription s’arrête lorsque l’ARN polymérase rencontre des séquences spécifiques appelées
terminateurs.

A. Terminaison indépendante de Rho :

• Implique une structure secondaire de l’ARN appelée hairpin loop (tige et boucle).

• Cette structure déstabilise l’interaction entre l’ARN polymérase et l’ADN, stoppant ainsi la
transcription.

• Exemple : Séquences palindromiques telles que CTTAAG.

B. Terminaison dépendante de Rho :

 • Nécessite une protéine appelée Rho, qui interagit avec l’ARN simple brin.

• Le facteur Rho utilise l’énergie de l’ATP pour se déplacer le long de l’ARN et détacher l’ARN
polymérase.

Résumé des concepts clés et applications

Concept Application

ARN
Catalyse la synthèse d’ARN en utilisant l’ADN comme matrice.
polymérase

Point de fixation de l’ARN polymérase, contenant des séquences essentielles à

Promoteur
l’initiation.

Technique pour identifier les séquences promotrices protégées par l’ARN

Foot-printing
polymérase.

Hairpin loop Structure formée par l’ARN pour arrêter la transcription indépendante de Rho.

Facteur Rho Protéine qui interrompt la transcription dépendante de Rho.

III- Traduction
1. Qu'est-ce que la traduction ?

La traduction est un processus biologique où une cellule fabrique des protéines en utilisant une
information génétique contenue dans une molécule appelée ARN messager (ARNm).

• Cette étape suit la transcription, où l'ADN est transcrit en ARNm.

• La traduction transforme le langage des nucléotides (bases azotées : A, U, G, C) en langage

des protéines (acides aminés).

Objectif :

Assembler une chaîne d’acides aminés pour former une protéine fonctionnelle.

2. Le Code Génétique

a. Les triplets de nucléotides

Le code génétique est une correspondance entre des groupes de trois bases (appelés codons) et des
acides aminés.

• Exemple :

o AUG → Méthionine (initiation).

o UUU → Phénylalanine.

• Chaque triplet de bases détermine un seul acide aminé.

b. La dégénérescence

• Il existe 64 codons possibles (4 bases, combinées par groupes de 3).

• Cependant, seulement 20 acides aminés sont utilisés dans les protéines.

• Ainsi, certains acides aminés peuvent être codés par plusieurs codons :

o Ex. Sérine (Ser) → codée par 6 codons différents.

c. Codons spéciaux

• AUG : codon d’initiation, qui commence la traduction.

• UAA, UAG, UGA : codons stop, qui marquent la fin de la traduction.

d. Propriétés

1. Universel : Le code génétique est identique pour presque tous les êtres vivants, des bactéries
aux humains.

2. Flexible : Certaines mutations dans les bases peuvent ne pas affecter le choix de l'acide
aminé.

3. Les outils de la traduction

a. Les ribosomes

• Les ribosomes sont les structures où a lieu la traduction.

• Ils sont constitués de deux sous-unités :

o Petite sous-unité : lit l'ARNm.

o Grande sous-unité : assemble les acides aminés en une chaîne protéique.

b. L'ARN de transfert (ARNt)

L’ARNt est une molécule qui joue un rôle essentiel en transportant les acides aminés vers le ribosome.

• Chaque ARNt possède deux parties :

o Un anticodon : Une séquence de 3 bases complémentaire au codon de l’ARNm.

o Une extrémité 3’ : Où se fixe un acide aminé spécifique.

• Exemple :

o Un ARNt avec l’anticodon UAC se lie au codon AUG de l’ARNm et transporte la

méthionine.

4. Étapes de la traduction

a. Initiation

1. Reconnaissance de l’ARNm : La petite sous-unité du ribosome se fixe sur l’ARNm.

 2. Fixation de l’ARNt initiateur : L’ARNt portant la méthionine (Met) se fixe sur le codon AUG.

3. Assemblage du complexe : La grande sous-unité ribosomale s’ajoute.

Un signal appelé séquence Shine-Dalgarno (chez les procaryotes) permet d'aligner correctement le
ribosome avec l'ARNm.

b. Élongation

1. Le ribosome glisse le long de l’ARNm.

2. À chaque codon, un nouvel ARNt arrive avec un acide aminé correspondant.

3. Une enzyme ribosomale lie les acides aminés ensemble pour former une chaîne peptidique.

Exemple :
Si la séquence de l’ARNm est AUG-GCU-CUU :

• AUG → Méthionine (fixée au site P).

• GCU → Alanine (arrive au site A).

• Une liaison se forme entre méthionine et alanine.

c. Terminaison

1. La traduction s’arrête lorsqu’un codon stop (UAA, UAG ou UGA) arrive au site A.

2. Des facteurs de libération déconnectent la chaîne protéique finie du ribosome.

5. Régulation traductionnelle

La traduction est un processus régulé pour répondre aux besoins de la cellule.

Exemple avec les plasmides (fragments d'ADN circulaire chez les bactéries) :

• Les plasmides contrôlent leur nombre de copies pour éviter des déséquilibres dans la cellule.

Mécanisme de régulation

1. En absence d'ARN antisens :

o Une structure en épingle à cheveux se forme sur l’ARNm.

o Cela bloque la fixation du ribosome et empêche la traduction.

o Résultat : La protéine de réplication n’est pas produite, et le nombre de copies

diminue.

2. En présence d'ARN antisens :

o L’ARN antisens se lie au palindrome de l’épingle à cheveux.

o Cela libère la séquence Shine-Dalgarno, permettant au ribosome de se fixer.

o Résultat : La protéine de réplication est produite, et le nombre de copies augmente.
1. Définition de la mutation

Une mutation est une modification permanente de la séquence d’ADN d’un organisme. Ces
changements peuvent survenir spontanément ou être causés par des agents externes.

• Mutation spontanée :

o Origine inconnue ou naturelle.

o Exemples :

▪ Erreurs lors de la réplication de l’ADN.

▪ Réactions chimiques naturelles (désamination des bases).

• Mutation induite :

o Provoquée par un agent mutagène identifiable (chimique ou physique).

o Exemples :

▪ Radiations UV provoquant des liaisons anormales entre bases d’ADN.

▪ Produits chimiques interférant avec la structure de l’ADN.

2. Types de mutations

a. Mutation ponctuelle (affecte un seul nucléotide)

1. Substitution :

o Un nucléotide est remplacé par un autre.

o Sous-types :

▪ Transition : Remplacement d’une purine par une autre (A ↔ G) ou d’une

pyrimidine par une autre (C ↔ T).

▪ Transversion : Remplacement d’une purine par une pyrimidine (A ↔ T) ou

vice-versa.

o Exemple : Une mutation dans l’ADN change le codon "AAG" (lysine) en "AGG"
(arginine).

2. Insertion ou délétion (indel) :

o Ajout ou suppression d’un nucléotide.

o Effet : Si le nombre de nucléotides ajouté ou supprimé n’est pas un multiple de trois,

cela provoque un décalage du cadre de lecture (frameshift mutation).

b. Effets des mutations ponctuelles

 1. Mutation silencieuse :

o Le codon est modifié, mais il code toujours pour le même acide aminé (grâce à la
redondance du code génétique).

o Exemple : GAA et GAG codent tous deux pour l’acide glutamique.

2. Mutation faux-sens :

o Le codon muté code pour un acide aminé différent, ce qui peut altérer la fonction de
la protéine.

o Exemple : La drépanocytose est causée par une substitution dans le gène de

l’hémoglobine (GAG → GTG).

3. Mutation non-sens :

o Le codon muté devient un codon stop, entraînant l’arrêt prématuré de la synthèse de

la protéine.

o Exemple : Certaines mutations causant la fibrose kystique.

3. Agents mutagènes

a. Agents physiques

1. Rayons UV :

o Causent des dimères de thymine (deux thymines adjacentes liées de façon

anormale).

o Effet : Perturbe la réplication de l’ADN, entraînant des erreurs ou des cassures.

2. Rayons ionisants (rayons X, gamma) :

o Causent des cassures simple ou double brin dans l’ADN.

o Potentiellement létal pour la cellule.

b. Agents chimiques

1. Analogues de bases :

o Ressemblent chimiquement aux bases normales, mais s’apparient incorrectement.

o Exemple : Le 5-bromo-uracile peut remplacer la thymine et s’apparier avec la

guanine.

2. Agents intercalants :

o Se glissent entre les bases de l’ADN, provoquant des insertions ou des délétions.

o Exemple : Acridines.

4. Conséquences des mutations

 1. Sur le promoteur :

o Affecte l’initiation de la transcription.

o Effet : La protéine peut ne pas être exprimée ou exprimée à des niveaux incorrects.

2. Sur la région codante (ORF – Open Reading Frame) :

o Modification de la séquence d’acides aminés.

o Effets possibles :

▪ Altération de la fonction protéique.

▪ Protéine tronquée non fonctionnelle.

5. Réversions (suppression des mutations)

Une réversion est un mécanisme qui restaure le phénotype sauvage, annulant les effets d’une
mutation initiale.

a. Réversion intragénique

• La mutation et la réversion se produisent sur le même gène.

• Exemple :

o Une délétion de 1 nucléotide suivie d’une addition rétablit le cadre de lecture.

• Effet : Restaure partiellement la fonction de la protéine, mais la séquence entre les deux
mutations reste modifiée.

b. Réversion extragénique

• La réversion se produit sur un gène différent, souvent grâce à un ARNt suppresseur.

• Exemple :

o Une mutation non-sens (codon stop prématuré) est supprimée par un ARNt muté,
permettant la traduction de la protéine complète.

Visualisation des mutations dans une séquence

Séquence normale :

ATG-GAA-TCC-TGA (codon stop)

Type de mutation Séquence mutée Effet

Silencieuse ATG-GAA-TCT-TGA Aucun effet sur la protéine.

Faux-sens ATG-GAC-TCC-TGA Modifie un acide aminé (Glu → Asp).

Non-sens ATG-TAA-TCC-TGA Arrêt prématuré de la traduction.

Type de mutation Séquence mutée Effet

Frameshift (délétion) ATG-GAT-CCT-GA Décalage complet du cadre de lecture.