Exercice 1
A quoi correspondent les séquences contenues dans le dossier A. Quelles sont leurs fonctions
respectives? (BLAST)
Exercice 2
1/ Parmi les enzymes de restriction suivantes lesquelles peut-on utiliser dans un processus de
clonage avec comme vecteur le plasmide pUC18 (dossier B)? HaeIII, PvuII, PstI, HindIII,
AcuI, BfuI, PfeI.
2/ Le pUC18 comporte un marqueur de résistance antibiotique. De quel antibiotique s’agit-il
parmi les antibiotiques suivants : Chloramphénicol, Ampicilline, Tétracycline?
3/ Localiser ce marqueur de résistance sur le pUC18.
4/ Localiser le site multiple de clonage sur le pUC18 sachant qu’il se trouve entre les sites
EcoRI et HindIII.
5/ On désir cloner le fragment Ft1 dans le pUC18. Localiser sur le Ft1 le gène qu’on désir
cloner sachant qu’il code pour une protéine de 420 aminoacides.
6/ Quelles sont les enzymes de restriction qu’il convient d’utiliser? Expliquer de façon claire
votre démarche.
Exercice 3
Parmi les 7 souches (Dossier D), deux se ressemblent génétiquement. A partir des profils de
restriction, ou empreinte génétique obtenus après digestion des séquences du gène 16S avec
ScaI et/ou HindIII ou EcoRI trouver ces deux souches.
Exercice 4
1/ Désignez des amorces permettant de cibler les trois gènes de résistance aux antibiotiques
(cf exercice 2).
2/ Avec ces amorces, rechercher et identifier par PCR virtuelle, le gène de résistance porté
par le plasmide pUC18.
Exercice 5
1/ A partir de l’arbre phylogénétique, commenter les liens de parenté entre les différentes
souches dossier C.
Exercice 6
La séquence signal est un peptide qui se situe à l’extrémité N-terminale d’une protéine
immature. Après la synthèse protéique, la séquence signal doit être clivée pour que la
protéine acquière sa maturité fonctionnelle et biologique.
Dans le but, de rechercher et d’identifier la séquence signal d’une protéine un chercheur fait
des expérimentations et obtient les données suivantes (Dossier E).
Donner la séquence protéique prévisible à partir des séquences nucléotidiques du dossier.
L’une des deux séquences (Xco_3 et Xco_4) représente la protéine mature, et l’autre la
protéine immature. Identifiez-les. Combien de résidus aminoacide comporte la séquence
signal ?
Déterminer la voie d’adressage de cette protéine. On donne le tableau suivant.
Voie d’adressage et destination Séquence signal
Noyau KGHKKVRTKKKPRCGN
Membrane plasmique NRFENIVVDADGLHNVGP
Mitochondrie MIIPTRGSTNADKKFSECQ
SWKD NRFENIVVDADGLHNVGP
SWKD NRFENIVVDADGLHNVGP
Exercice 7 (4 points)
On considère le fragment d’ADN dont la séquence est donnée en fichier numérique DK_12.
1/ Etablir la carte de restriction des enzymes CdpI, AjuI et EagI sur ce fragment à l’aide de
serial cloner 2.6.1, (reproduire la carte sur votre feuille de copie).
2/ Localiser les sites de coupure de ces enzymes.
3/ Si on veut cloner la portion d’ADN comprise entre 1090 et 2633 pb, quelles sont parmi ces
trois enzymes, celles qu’il faudra choisir? Justifier.
Exercice 8 (4 points)
Identifier à partir d’un BLAST, et à l’aide d’une banque de données de votre choix, les
séquences contenues dans le dossier ECH_L3.
Exercice 9 (7 points)
On veut digérer avec l’enzyme de restriction SacI, les fragments d’ADN dont les séquences
sont contenues dans le dossier FingerPrinting_L3.
1/ Donner le nombre et la taille des fragments générés à partir de chaque fragment d’ADN.
2/ Représenter le profil électrophorétique de ces fragments après électrophorèse sur le même
gel d’agarose.
3/ Trouver à partir de ces profils les séquences génétiquement proches ; justifier.
4/ Donner le pourcentage d’identité ou de similarité ou le score d’alignement de ces
séquences proches.
Exercice 10
Une infection d’origine bactérienne sévit dans un cheptel de moutons, conduisant à
une baisse considérable du nombre de têtes en moins de deux mois. Pour faire face à cette
pathologie, on isole du sang des individus malades, la souche bactérienne inf1 responsable de
l’infection dont le profil electrophorétique du gène 16S digéré avec l’enzyme de restriction
ScaI est donné dans l’Annexe 2.
Par la suite, on isole dans une autre localité, d’autres souches bactériennes type Str
susceptibles de déclencher un nouveau foyer infectieux, dont le profil electrophorétique du
gène 16S également digéré avec la même enzyme de restriction est donné dans l’Annexe 2.
1/ En comparant le profil de restriction du gène 16S de ces souches, indiquez les souches
susceptibles de déclencher effectivement un nouveau foyer infectieux. Justifier.
2/ a/ En utilisant le logiciel serial cloner, indiquez les pourcentages de similarité entre les
souches Str et la souche inf1 dont les séquences des gènes 16S sont données dans le dossier
numérique SeqB? (On peut utiliser l’arbre phylogénétique pour la comparaison seaview)
b/ Justifiez avec ces nouvelles données, que les souches ciblées à la question 1/ précédente,
sont effectivement susceptibles de déclencher un nouveau foyer infectieux.
Annexes 2 : Profil electrophorétique des souches Inf et Str isolées
