CBA 2024/2025
Issam SMAALI & Ferid ABIDI
TD de Biochimie Structurale : AA, Peptides et Protéines
Exercice 1 :
Etudier la dissociation de l’histidine sachant que pk 1 = 1.82 ; pk2=9.17 ; pkr= 6.
1- mettre en évidence le zwitterion et calculer le pHi.
2- l’histidine exerce-elle un effet tampon à pH 6 ? Justifier
Exercice 2 :
- Etudier la dissociation de l’acide aspartique en partant d’un milieu très basique (pH 13) et en
abaissant le pH par ajout du HCl.
- déterminer son pHi
- Que serait sa formule à pH 7
- Etudier sa migration électrophorétique à pH 2,9 et à pH 10
Exercice 3 :
Quelle est la charge nette (+, 0, -) de chacun des acides aminés suivants: glycine, sérine, acide
aspartique, glutamine et arginine, à :
a) pH 2.01 b) pH 3.96 c) pH 5.68 d) pH 10.76
Exercice 4 :
1.812 g d'un acide α-aminé cristallisé (pKa1: 2.4; pKa2; 9.7) donne une solution de pH 10.4
quand il est dissout dans 100 mL de NaOH 0,1M. Calculez la masse moléculaire de cet acide
aminé.
Exercice 5:
Chromatographie échangeuse d’ions :
1- Donner brièvement le principe : échange d’anions et échange de cations ; support,
groupements fonctionnels ; réactions d’échanges, étapes de réalisation, chromatogramme
2- on sépare les AA Glu (pHi = 3,22), Leu (pHi = 5,98) et Lys (pHi = 9,75) sur une colonne
remplie de résine échangeuse de cations équilibrée à pH = 2. L’élution est réalisée par un
gradient de pH allant de 2 à 7.
Indiquez l’ordre d’élution des acides aminés
Exercice 6 :
Étude d’un mélange d’acides aminés :
Une solution renferme de la glycine (Gly), de l’isoleucine (Ile) et du tryptophane (Trp).
- Par la technique de titration, il faut ajouter 30 mL d’une solution de NaOH à 0.1 M à 10 mL
de la solutions d’AA pour obtenir l’équivalence.
- le pouvoir rotatoire de la solution initiale, mesuré dans un tube polarimétrique de 20 cm est
égal à -1.05°.
- l’absorbance de la solution initiale diluée au 1/1000 est de 0.56 à 280 nm.
Déterminer les concentrations en Gly, Ile et Trp de la solution. Toutes ces concentrations sont
à exprimer en mol/L
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Issam SMAALI & Ferid ABIDI
Données :
[]D20°C (Ile) = +12.4° et []D20°C (Trp) = -33.7°
Le coefficient d’extinction molaire de l’acide aminé absorbant à est 5600 L.mol-1.L-1
MM de Ile et Trp sont respectivement 131 et 204 g/mol
Exercice 7:
Soit le peptide suivant : Lys-His- Met-Glu-Cys :
1- écrire sa formule développée à pH 2
2- étudier la variation de la charge nette en fonction du pH (sans passer par l’équation de
dissociation) et déterminer son pHi
3- déterminer son état d’ionisation à pH 8. Dans quel sens migrera-t-il en électrophorèse ? Peut-
il être fixé sur une résine échangeuse d’anion à ce pH ?
Données :
On utilisera les valeurs approximatives pour les pka des différentes fonctions ionisables :
-COOH = 3 ; - ou -COOH = 4.5; -NH3+ = 8,5; -NH3+ = 10.5; imidazole = 6,5; thiol = 10
Exercice 8:
Après hydrolyse trypsique partielle d’une protéine, on isole un tétrapeptide dont la composition
en AA est la suivante : Tyr, Arg, Cys, Glu.
L’AA N-terminal a un rôle important dans la formation des ponts covalents intra et inter-chaines
des protéines. L’AA suivant migre plus près de l’anode à pH 8,5 que les autres AA de ce
tétrapeptide.
1- Indiquer comment on obtient la composition en AA d’un peptide
2- Indiquer comment on détermine l’acide aminé N-terminal
3- Donner la séquence du tétrapeptide en expliquant la démarche à suivre
Exercice 9:
Un étudiant travaille sur un dipeptide contenant de la proline et de la phénylalanine mais ignore
si la séquence correcte est Phe- Pro ou Pro-Phe. Soumis à une électrophorèse à pH 6,20, le
dipeptide ne se déplace ni en direction de l'anode, ni en direction de la cathode.
1. Trouver la séquence correcte de ce peptide.
2. Donner la formule de ce dipeptide à pH 1.
3. Colorier les atomes engagés dans la liaison peptidique.
4. Représenter la structure de la liaison peptidique entre deux carbones a. Quelle est sa
caractéristique géométrique ?
Exercice 10:
Un hexapeptide P donne après hydrolyse totale 6 AA : Arg, Met, Phe, Cys, Leu et Pro. Les
résultats des expériences qui ont été réalisés sur différents lots du peptide P sont comme suit :
- La leucine-amino-peptidase n’a aucun effet sur le peptide P (N+* (eu)
- Le bromure de cyanogène aboutit à la formation de deux peptides A et B (Après la meth)
- L’action du réactif d’Edman sur A libère une PTH-Cys et sur B une PTH-leucine.
- La chymotrypsine n’a aucune action sur P (peptidep se termine avec phe)
- l’action de la trypsine sur X aboutit au détachement de la Phe.
Donner la séquence de A, B et P.
2
xercice 10 :
biochimie structurale 1) la leucine amino peptidase n'a pa
d'effet NT leu
Exercice 8 : 2) A ou Se termine avec la methionine .
3) A la donc termine
&
commence se
avec
cys avec
& la methionine
espine tyr ang cys , , ,
gle H) Bse termine avec
phe et commence avec la leucine.
↑
- cys pro met Leu Arg phe-C+
N
't C
+
clivage des protéines et des peptides
chimique : acide fort à chaud détermine la composition en AA .
à l'aide d'une chromato comparative
spécifique :
agent chimique : BCN après la methionine
enzymatique par des protéases :
trypsine après lys ang :
,
chemotrypsine après : AA aromatiques try phe top
:
, ,
thermolysine :
après AA hydrophobes : leu Ile Val
, ,
les AA aromatiques et hydrophobe
pepsine peu spécifique; après :
pas confondre avec les
(aminopepticaset
Remarque : à ne
ses
qui sont spécifiques pour chaque AA .
Méthode d'Edman :
1 C -
O
Il
I C
CH
IH . . . .
=> chromatographie
PTH-AA comparative
méthode récurrente :
plusieurs cycle = 30
hydrolyse acide (fort et à chaud) suivit d'une chromato comparative .
2) soit par la méthode d'Edman soit par les amino peptidases.
. pont S-S 1er AA cysteine
3 . :
·
le dernier -- soit lys Soit
ang (trypsine
eme-- aug .
~
.
zeme AA est
chargé négativement à pH ?
= 85
,
il estSous la forme AA
Cys-Glu tyr arg
xercice 9 :
à
pH = G 2 , ,
il n'y a pas de migration
PHi 6 =
,
2
pkz(pro)
NH CH CO NH CH COOH pk (phe) + pkz(pro)
,
PHi =
10 60[118
CHz
pki(phe) =
.
62 = ,
CH 2
,
hypothèse verifiée
CHz
