LE MONDE MICROBIEN
INTRODUCTION
• Plus de 500 000 Espèces répertoriées
Caractérisées par leur diversité
Les espèces anciennes et actuelles qui
composent le monde microbien
proviendraient par évolution d’un ancêtre
commun
INTRODUCTION
Difficultés de classer le monde microbien
Avec le développement des outils
d’investigation; la classification est en
constante évolution
En bactériologie :Il y a une diversité du
monde bactérien ; d’où la nécessité de
classer : TAXONOMIE
HISTORIQUE
1676: Anthony van leewenhoek
Drapier hollandais
(amateur de microscope )
•découvre « animalcules »
• (protozoaire? bactéries?)
•-Agrandissement : 50 a 300X
•IL dessine et envoie la description
de ses observations (Royal Society )
•Première description des microbes
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Evolution des idées
• 1886 Selon HAECKEL
Végétal Animal
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS BACTERIRES
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Evolution des idées
• 1938 : COPELAND
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS
LE MONDE MICROBIEN
Evolution des idées
• 1938 : COPELAND
PROTISTES
ALGUES PROTOZOAIRES CHAMPIGNONS
Règne BACTERIES
MONERA
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Evolution des idées
• 1959 : WITTAKER: Règnes
Animal
Végétal
PROTISTES
PROTOZOAIRES Algues Mycètes
Même poids taxonomique
a ces règnes
MONERA
Mais différence importante
entre MONERA et les autres Bactéries
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Evolution des idées
• Depuis : 1930 : CHATTON: Oppose
• Cellules Cellules
EUCARYOTES
Noyau entouré membrane PROCARYOTE
Possede organites Noyau pas de membrane
organisation rudimentaire
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• 1968 : MURRAY : 2 règnes
PROCARYOTE
m Ou MONERA
EUCARYOTES
DIVISIONS
Gracilicutes Firmicutes Tenericutes Mendosicutes
Paroi de GRAM(-) Paroi de Gr(+) Sans paroi Archéobactéries
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Evolution des idées
LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
• Reprend cette division simpliste en 2 règnes
En Postulant : Tous les organismes vivants ont un
génome qui dérive de celui de ses ancêtres
Au cours du temps : apparition de mutations qui
s’accumulent
Il est possible de reconstruire l’histoire des
organismes vivants ;
Plus deux génomes sont semblables plus les
organismes sont apparentés
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• LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
– Compare des organismes éloignés
– Utilise des séquences génétiques conservées
durant plus de 100 de millions d’années
– Les gènes de l’ARN ribosomal ont des
fonctions universelles ; et sont présents chez
tous les êtres vivants ; ils ont une structure
conservée
– Toute modification a des conséquences sur la
synthèse protéique
– Il existe des portions ARN r identiques chez
tous les êtres vivants
LE MONDE MICROBIEN
• BIOLOGIE MOLECULAIRE (3)
• CR WOESE : Analyse de séquences d’ARNr
• Distingue 3 grands groupes ou domaines
Archaea
EUCARYA Archéobactéries
Bacteria
Eubacteria
Etude phylogénétique ARN r montre Archaea plus proche des Eucarya que
bactéria
LE MONDE MICROBIEN
• Les Bactéries d’intérêt médical et
vétérinaire se recrutent au sein du domaine
Bacteria
• On peut distinguer 3 groupes par la
coloration de Gram
- PROCARYOTES GRAM (-) pourvus de paroi
- PROCARYOTE GRAM(+) pourvus de paroi
- PROCARYOTES dépourvus de paroi
LE MONDE du VIVANT
• TAXONOMIE BACTERIENNE
Très grande diversité des groupes bactériens:
• Forme
• Métabolisme
• Propriétés
Nécessité de les classer
• C’est le rôle de la taxonomie ou systématique ( science qui
en biologie étudie la classification des êtres vivants sur leur
(ressemblance et leur évolution ) définit un TAXON
LE MONDE du VIVANT
• Nomenclature bactérienne
• C’est la science des dénominations
• Il y a des règles d’attribution d’un nom a chaque
taxon
• se fait sur la base d’un consensus international
• Le but : Donner un nom au taxon permet de le
désigner sans être obligé de décrire tous ses
caractères
• Noms latins : en italique
• Genre : début Majuscule
• espèce : écrit en minuscule
LE MONDE MICROBIEN
DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES
A) PHENOTYPIQUE :
Utilise un faible nombre de caractères
• Morphologie ( mobilité)
• Présence de spore
• Caractères biochimiques jugés essentiels
(fermentation )
• Ex : test : I .M .V .I .C. ( indole ; Rouge
Méthyle . VP. Inositol ; Citrate )
• Ne reflète qu’une quantité d’information
réduite .Le choix des caractères qualifiés
importants dépend des auteurs
LE MONDE MICROBIEN
• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES :
B )TAXONOMIE Numérique (tables
diagnostiques)
• Utilise la taxonomie primitive
• Exploite le plus grand nombre possible de
caractères :
-Morphologique
-biochimique
-culture
-Antigénique
-Constituants cellulaires particuliers
( ac gras membranaires ; quinones )
Méthodes de taxonomie
B) Phénétique :TAXONOMIE
Numérique Tables diagnostiques
• Plus grand nombre de caractères
• Donne a tous les caractères le même poids
• codés 1 (présence du caractère)
• ou 0 ( absence du caractère)
• On rassemble dans une même classe de similitude les
individus les plus semblables
• Méthode qui n’explore pas toutes les potentialités de la
bactérie
TAXONOMIE Numérique
• Tables diagnostiques
• Contiennent les réponses a un certain nombre de tests
retenus
• D’un lot de taxons . les Résultats sont codés (+) ou (-)
• Bergey’s Manual les expriment sous cette forme :
• (+) = 90% des souches ont ce caractère
• (-) = 90% ne possèdent pas ce caractère
• (d)= 11 a 89% des souches ne possèdent pas le
caractère
• (v) = caractère instable
• La souche X est soumise aux tests figurant sur la table
• La comparaison est possible par ordinateur =
identification numérique moderne
Méthodes de taxonomie
C) CHIMIOTAXONOMIE
Etude des constituants cellulaires
Les plus utilisés sont le peptidoglycane
les quinones ( méta quinones ou ubiquinones )
les lipides polaires ( acinétobacter)
Acides mycoliques (corynébactéries)
• Méthodes complexes ( laboratoires
spécialisés )
LE MONDE MICROBIEN
• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES :
D) TAXONOMIE MOLECULAIRE (1)
• Seconde moitié XXe siècle
• Les espèces sont décrites sur la base du taux d’hybridation
élevé entre ADN –ADN bactériens > 70%
• Principe : Contenu ADN en GC%
• 2 molécules ADN dénaturées peuvent se réassocier a
condition de présenter des homologies
• Le contenu ADN en Guanine –Cytosine ou GC% est
délaissé car peu reproductible (25 ; 75%)
LE MONDE MICROBIEN
• TAXONOMIE MOLECULAIRE (2)
• Méthode: Séquençage ARN ribosomal
• Résultats:
• Deux séquences proches = 2 espèces voisines
• Deux séquences non homologues = 2 espèces éloignées
• Permet la découverte de nouvelles espèces cultivables et non
cultivables
• Permet l’établissement d’arbre phylogénétique
En regroupant les individus bactériens qui partagent un ancêtre
commun et la même évolution
•
•
LE MONDE MICROBIEN
• DIFFERENTES APPROCHES TAXONOMIQUES
• Actuellement
• TAXONOMIE MIXTE CONSENSUELLE
– Méthode de caractérisation de nouvelle espèce
basée sur une
– approche polyphasique
Classification qui tient compte d’un maximum
de données (génétique ; phénotypique ;
chimiotaxonomique et écologique )
Il faut l’agrément d’un maximum de bactériologistes
LE MONDE MICROBIEN
Méthodes de taxonomie actuelle : approche polyphasique
LE MONDE MICROBIEN
LES DIFFERENTS RANGS
HIERARCHIQUES
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• Définition espèce : Diffère selon les critères
retenus pour apprécier la similitude des
souches . (phénotype ; génotype ; ou chimie )
• Constitution de Comités Internationaux
définissant les critères
• Il n’existe aucune définition universellement
admise de l’espèce bactérienne
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• Constitution de comités internationaux
• International Committee on Systematic Bacteriology
• International Committee on Systematic of
Bacteriology
• Définition Génétique de l’espèce en 2002
• Homologie ADN –ADN / hybridation ≥70
(semblables)
• Homologie ARN 16s >97% ;
• Même si le % homologie ARN > 97% (impossible
de conclure si les souches sont semblables ou pas )
• Il n’y a pas de consensus international sur le %
d’homologie des séquences d’ARN 16s
LE MONDE MICROBIEN
• L’ESPECE BACTERIENNE
• En bactériologie :=
• Souche type : + ensemble des souches
considérées proches
• Souche type conservée en collection avec
codé d’identification
• Souche type = première souche isolée
LE MONDE MICROBIEN
• LE GENRE BACTERIEN
• Toutes les espèces sont dans un genre
• La nomenclature est binomiale
• Code international de Nomenclature
• Désignation binomiale de l’espèce
• Genre Escherichia
• Espèce coli
• Sous espèces : bio vars ; serovars, Pathovars
LE MONDE MICROBIEN
• LE GENRE BACTERIEN englobe :
• les espèces phylogénétiques et Phénotypiquement
apparentés
• L’ Identification du genre est possible sur les caractères
phénotypiques
Le Genre = Définition génétique
Appartiennent au même genre les souches présentant
– 30 -60% d’ homologie ADN-ADN ou
90 -94% homologie séquence ARN16s :
Une différence GC% > 10% : n’appartiennent pas au même
genre
• Le genre pour le bactériologiste :il a une utilité pratique
pour le diagnostic
Comparaison entre cellules Procaryotes et
Eucaryotes
Propriétés Procaryotes Eucaryotes
Membrane nucléaire Non Oui
Nombre de chromosome 1 Plusieurs
Histones Non Oui
Nucléoles Non Oui
Mitochondries Non Oui
Appareil de Golgi Non Oui
Chloroplastes Non Oui/Plantes
Taille des ribosomes 70S 80S
Paroi (peptidoglycane) Oui Non
Lysosomes Non Oui
Microtubules Non Oui
Exemples Bactéries Animaux;
Plantes
Champignons (mycètes);
Algues;
Protozoaires
