Phylogénie et classification
phylogénétique
Introduction à l’arbre du vivant: référence aux Angiospermes
(The Angiosperm Phylogeny Group)
Komla Elikplim ABOTSI
MSc. Systématique Evolution Paléo-
biodiversité
Plan
I. Notions de base
A. Phylogénie: homologues, évolution, morphologie et moléculaire
B. Taxon et monophylie
C. Clades ou grades?
D. Classification phylogénétique
E. Arbre phylogénétique
II. Angiosperm Phylogeny Group (APG)
A. APG III
B. La base de l’arbre des Angiospermes (A.N.A.)
C. Comment identifier et classer un taxon dans APG III?
III. Les autres classifications phylogénétiques: Bryophytes,
Fougères et Gymnospermes
Notions de base: phylogénie (1)
• Phylogénie=relations de parenté ou de filiation entre
les taxons (phylum genesis)
• Etymologiquement = genèse ou généalogie des
phylum
• Phylum= ensemble formé par un « ancêtre » et ses
« descendants ». Elle sous-entend l’acceptation des
concepts d’« évolution » et d’« homologues ».
• Homologues=modalités ou états évolutifs reconnus
comme appartenant à un même caractère (exemple:
les vaisseaux conducteurs)
Notions de base: phylogénie (2)
• La théorie évolutive établit une gradation
temporelle et adaptative entre les homologues.
• Un pas évolutif correspond à l’acquisition d’une
nouveauté adaptative (morphologique ou
moléculaire) au cours du temps
• La reconnaissance des homologues (homologies
primaires et/ou secondaires) peut provenir soit de la
morphologie, soit du moléculaire (ADN, ARN,
produits de synthèse…) ou des deux sources
d’informations phylogénétiques
Notions de base: taxon et monophylie
• Taxon = entité exclusive de la classification,
indépendamment de son rang (ex: Rosidae)
• Rang = position d’un taxon dans la hiérarchie de la
classification (ex: espèce, genre, famille)
• Les individus d’un même taxon sont caractérisés par
le partage d’un ou plusieurs états de caractères
(homologies primaires)
• Ces homologies doivent provenir d’une histoire
évolutive commune due à un ancêtre commun à
tous les membres du taxon: c’est la monophylie
Notions de clade et de grade
• Clade = taxon monophylétique = groupe formé
par un ancêtre et l’ensemble de ses
descendants (ex: Monocotylédones)
• Grade = taxon partageant des états de
caractères non inférés par une descendance
commune (ex: Dicotylédones)
• Seuls les clades sont reconnus comme taxons
dans la classification phylogénétique
La classification phylogénétique
• Classe le vivant en taxons définis par leur
monophylie et caractérisés par leurs homologies
• Actuellement basée sur les données moléculaires
et fait appel aux données morphologiques pour
soutenir les taxons définis
• Représentée généralement sous forme d’arbres
ou de dendrogrammes dont les terminaisons
correspondent aux rangs taxonomiques les plus
bas et les nœuds à leurs ancêtres hypothétiques
Notions d’arbre phylogénétique (1)
Notions d’arbre phylogénétique (2)
Les deux arbres sont pareils (mêmes relations, mêmes taxons)
Angiosperm Phylogeny Group (APG) (1)
Publications périodiques d’un groupe d’auteurs travaillant sur
la phylogénie des Angiospermes
APG. 1998. An ordinal classification for the families of
flowering plants. Annals of the Missouri Botanical Garden
85:531–553.
APG II. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group
classification for the orders and families of flowering plants:
APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141:399–436
APG III. 2009. An update of the Angiosperm Phylogeny Group
classification for the orders and families of flowering plants:
APG III Botanical Journal of the Linnean Society, 161, 105–121
Angiosperm Phylogeny Group (APG) (2)
APGIII: la base A.N.A.
• APG III montre que les Amborellales, les
Nympheales et les Austroballeyales (ANA) sont à
la base des autres Angiospermes
• Les taxons du groupe ANA forment avec les
Chloranthales le grade des paléo-herbes
dicotylédonées
• Les paléo-arbres (Piperales, Canellales,
Magnoliales, Laurales) forment par contre un
taxon valide dans la classification phylogénétique
APGIII: identifier et classer un taxon? (1)
Revient à répondre aux 2 questions suivantes:
Q1. Quel est le nom d’espèce valide et accepté d’une
espèce donnée ?
R1. Rechercher le nom sur le site The Plant List (
http://www.theplantlist.org), méta-base de données qui
compile plusieurs bases de données (Jstor, Royal Botanic
Gardens, Kew, Missouri Botanical Garden, Tropicos, IPNI…)
Q2. Dans quelle famille (et ordre) est classée cette espèce
dans le système APG III?
R2. Consulter le site Angiosperm Phylogeny Website (
http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/welcome.html)
en se munissant du nom valide trouvé sur The Plant List
APGIII: identifier et classer un taxon? (2)
Exemple: Cassia siamea
Une 1ère recherche sur The Plant List donne le résultat
suivant: « 2 plant name records match your search criteria:
Cassia siamea Lam et Cassia siamea var. puberula Kurz »
En cliquant sur Cassia siamea Lam on obtient : « Cassia
siamea Lam. is a synonym of Senna siamea (Lam.)
H.S.Irwin & Barneby »
Cassia siamea est donc tombé en synonymie de Senna
siamea
En accédant à la page de Senna siamea on obtient sa liste
de synonymie et le message suivant: « Senna siamea
(Lam.) H.S.Irwin & Barneby is an accepted name»
APGIII: identifier et classer un taxon? (3)
Les noms de famille dans The Plant List ne
suivent pas tous APG. Ici Senna siamea est classé
au sein des Leguminosae*. Il faudra rechercher sa
vrai position sur le site Angiosperm Phylogeny
Web
Sur le site « Leguminosae*=Fabaceae=Fabales »
Conclusion: Les Leguminosae correspondent
aux Fabaceae dans APG
En cliquant sur Fabaceae on arrive sur une page
dans laquelle on recherche Fabaceae puis Senna
APGIII: identifier et classer un taxon? (4)
En conclusion générale:
Cassia siamea Lam apppartient désormais au
genre Senna et s’appelle Senna siamea.
Il est classé comme suit:
sous famille des Caesalpinioideae,
famille des Fabaceae,
ordre des Fabales,
sous-classe des Rosidae,
Eudicotylédones,
Angiospermes
Les autres classifications phylogénétiques
• Les autres groupes végétaux ne sont pas pris en
compte par l’APG
• Il existe des classifications pour:
– Les Bryophytes
– Les Monilophytes et les Lycophytes (Christenhusz et
al. 2011. A linear sequence of extant lycophytes and
ferns. Phytotaxa 19: 7-54)
– Les Gymnospermes (Christenhusz et al 2011. A new
classification and linear sequence of extant
gymnosperms. Phytotaxa 19: 55–70 )
Merci et bonne année 2014
Endress et Doyle 2009
