Logiciels libres/Open source dans le ESR, Science Ouverte, Évaluation de la recherche

Logiciels libres/Open source dans l’ESR,
Science Ouverte, Évaluation de la recherche
Teresa Gomez-Diaz
CNRS - Laboratoire d’informatique Gaspard-Monge
Cette œuvre est mise à disposition selon les termes de la licence
Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Open Source Experience, Séance Open Science
Palais des congrès, Paris, 9-10 novembre 2021
T. Gomez-Diaz (CNRS/LIGM) Logiciels libres, Science Ouverte Open Source Exp., nov. 2021 1 / 13

– Un cas d’étude : le LIGM
LIGM : Laboratoire d’informatique Gaspard-Monge
Tutelles : CNRS, ENPC, Université Gustave Eiffel, à l’est de Paris
http://ligm.u-pem.fr/
environ 150 membres, dont 80 chercheurs permanents
thèmes de recherche : l’analyse et le traitement des images, la géométrie
en informatique, l’apprentissage, les réseaux, l’algorithmique temps-réel,
la combinatoire, l’algorithmique, la bio-informatique, la logique informatique et
les automates, le traitement automatique des langues, le traitement du signal.
Production importante de logiciels, dont ∼ 80% FLOSS :
I finalité : principalement de la recherche
I 2008-13 : 61 logiciels de la recherche, dont 53 FLOSS
I 2013-18 : 66 logiciels de la recherche, dont 50 FLOSS
I certains très connus : Unitex (linguistique), OpenMVG (images),
contributions à JAVA (JSR 335, JSR 292), MesoNet (Deepfake)...

La mission logiciels de la recherche au LIGM
2002 : Ingénieure de recherche CNRS
2006 : Mission logiciels (de la recherche) LIGM
étudier la mise en place de services (suivi de versions, publication, etc.)
associés au développement logiciel au sein du laboratoire, avec
pour objectif de favoriser leur visibilité.
2008-13 : – Projet PLUME, projet national CNRS
(*)(2019) TGD : Le Projet PLUME et le paysage actuel des logiciels de la recherche dans la science ouverte
I publication des fiches descriptives de logiciels
I études sur FLOSS, questions légales : licences et droits d’auteur,
procédure de diffusion, politiques de diffusion et FLOSS...
Patrimoine logiciel d’un laboratoire : https://projet-plume.org/patrimoine-logiciel-laboratoire
2017-18 : Projet PRESOFT, Plans de gestion de logiciels
(2018) TGD, G. Romier : Research Software management Plan Template V3.2, Projet PRESOFT
depuis 2018 : des travaux sur les logiciels de la recherche, leur évaluation,
la Science Ouverte, les infrastructures pour la Science Ouverte, voir :
(2019) TGD, T. Recio : On the evaluation of research software: the CDUR procedure
(2020-21) TGD, T. Recio : Towards an Open Science definition as a political and legal framework: on the sharing...
(2021) TGD, T. Recio : Open comments on the Task Force SIRS report: Scholarly Infrastructures for Research Soft.
(*) Les références complètes sont à la fin de la présentation.

Définition d’un logiciel de la recherche
(2007) TGD : Autour de la valorisation de logiciels développés dans un laboratoire de recherche
(2009) TGD : Guide laboratoire pour recenser ses développements logiciels
(2011, 2015) TGD : Article vs. Logiciel : questions juridiques et de politique scientifique dans la production de logiciels
Un logiciel du laboratoire est un programme utile pour faire avancer la recherche
qui a été produit avec la participation d’un membre du laboratoire.
Il arrive souvent que des publications de recherche soient associées.
finalité : recherche
un membre du laboratoire participe à l’écriture du logiciel (idem aux publications)
la production importante sont les articles, les logiciels sont des objets associés
(2021) TGD, T. Recio : Open comments on the Task Force SIRS report: Scholarly Infrastructures for Research Software
Research software (RS) is a well identified set of code that has been written by
a well identified research team. It is software that has been built and used to produce
a result published or disseminated in some article or scientific contribution.
Each RS encloses a set of files containing the source code and the compiled code.
It can also include other elements as the documentation, specifications, use cases...

Procédure de diffusion des logiciels
(2010) TGD : Diffuser un logiciel de laboratoire : recommandations juridiques et administratives
(2014) TGD : Free software, Open source software, licenses. A short presentation including a...
S’adapte à chaque situation, valable pour les données (de la recherche).
Choisir un nom, éviter les noms déjà utilisés, les marques.
(*) Établir la liste des auteurs (avec % de participation), leurs affiliations.
(*) Établir la liste des fonctionnalités principales.
(*) Établir la liste des briques logicielles ou les données utilisées, avec licences.
Choisir une licence, avec l’accord des auteurs et propriétaires des droits.
Si possible : un accord signé. Attention à la compatibilité et héritage des licences.
Choisir un site web, forge, dépôt pour la distribution. Indiquer les licences
et les conditions d’utilisation, copie..., comment citer l’œuvre. PIDs...
Créer et indiquer une adresse courriel de contact.
(*) La traçabilité est importante, archiver en .tar.gz régulièrement.
Informer la direction des laboratoires et les tutelles (si pas fait au point licence).
Diffuser le logiciel et/ou les données.
Informer la communauté cible, considérer les data ou les software papers.
(*) À revoir à chaque nouvelle version du logiciel.

Études : questions juridiques et de politique scientifique
(2009) TGD : Licence & copyright pour les développements de logiciels libres de laboratoires...
(2011, 2015) TGD : Article vs. Logiciel : questions juridiques et de politique scientifique...
Pour comprendre et expliquer les questions juridiques et de politique scientifique sur les logiciels
de la recherche par comparaison avec la production principale des articles de la recherche.
(2011) https ://projet-plume.org/ressource/article-vs-logiciel
(2015) https://www.societe-informatique-de-france.fr/wp-content/uploads/2015/04/1024-5-gomez-diaz.pdf
Toutes les références données à la fin traitent des questions liées aux aspects
juridiques et de politique scientifique.

Plans de gestion de logiciels : modèle PRESOFT
(2018) TGD, G. Romier : Research Software management Plan Template V3.2, Projet PRESOFT
Le modèle est précédé d’une présentation qui indique comment l’utiliser.
0. Titre avec le nom du logiciel, avec :
dates, auteur(s), affiliation(s)
1. Métadonnées
2. Contexte du logiciel :
3. Caractéristiques du logiciel :
4. Organisation de l’équipe
5. Organisation du développement
6. Organisation de la diffusion
7. Gestion du plan de gestion
Références
2.1 Historique
2.2 Projet(s) liés au logiciel
2.3 Questions légales et politique de diffusion
3.1 Objectifs scientifiques
3.2 Objectifs d’utilisation et de diffusion
3.3 Caractéristiques techniques

Sur la Science Ouverte (1/3)
Trois piliers pour une définition de “Science Ouverte” :
Le libre accès aux publications : déclaration de Budapest (BOAI, 2002)
https://www.budapestopenaccessinitiative.org/
Par “accès libre” à cette littérature, nous entendons sa mise à disposition gratuite sur
l’Internet public, permettant à tout un chacun de lire, télécharger, copier, transmettre,
imprimer, chercher ou faire un lien vers le texte intégral de ces articles...
Selon la Free Software Fondation (FSF, 1985), fondée par R. M. Stallman,
un logiciel est libre http://www.gnu.org/philosophy/free-sw.fr.html
si ces quatre libertés sont garanties : d’exécuter, d’étudier et de modifier...
Important : accès au code source, rôle de la licence (conditions du partage).
Mouvement de Open Data : CODATA (Committee on Data for Sciences and
Technology) constitué en 1966 par l’International Council of Scientific Unions
(ICSU) : http://www.codata.info/resources/newsletters/Newsletter_7.pdf
CODATA est un Comité au niveau scientifique international le plus élevé [...] à cause
de l’importance qui s’attache à l’évaluation des données...
En cours : Recommandation UNESCO sur une Science Ouverte
https://en.unesco.org/science-sustainable-future/open-science/recommendation
Draft (CL/4363) to be adopted 11/2021 : https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000378381

Définition proposée de “Science Ouverte” :
[EN] the political and legal framework where research outputs are shared and
disseminated in order to be rendered visible, accessible and reusable.
[FR] le cadre politique et juridique dans lequel les productions scientifiques sont
partagées et diffusées afin d’être rendues visibles, accessibles et réutilisables.
L’article étudie quelques contextes politiques et légales, ainsi que les outils pour
faciliter l’adoption de ces nouvelles pratiques :
Europe : Programme de financement H2020 (2012) “Towards better access to
scientific information : Boosting the benefits of public investments in research” PDF
...so that the ‘fifth freedom’ of the EU – the free circulation of knowledge – can become a reality.
France : Loi pour une République numérique (7 octobre 2016), et
Le Plan national pour la science ouverte (4 juillet 2018)
Et trois pierres angulaires, les vecteurs du changement :
I évolutions des politiques des Universités et des Établissements de recherche,
I le développement des services et infrastructures pour la Science Ouverte,
I l’évolution des pratiques d’évaluation de la recherche.
Le protocole CDUR pour l’évaluation des logiciels de la recherche fait partie de la 3ième pierre.

The future of Open Science
asks for a common understanding
Open Science is
the political and legal framework
where research outputs are shared
and disseminated in order to be rendered
visible, accessible and reusable.
(Gomez-Diaz & Recio, 2020-21)
I Three selected pillars
BOAI (2002)
Free Software Foundation (1985)
CODATA (1966)
II Towards a political and legal framework
III Enablers :
I Institutional policies
I Infrastructures
I Research evaluation
Conception
et
réalisation
:
T.
Gomez-Diaz
-
october
2021
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
This work is partially funded by the CNRS-IEA PREOSI project (2021-22).
With many thanks to Wikimedia Commons for the «green pillar» https://commons.wikimedia.org/wiki/File:GreenPillar.svg.
Some references
- Aspesi C. (2014). A financial analyst's perspective on open access, COASP 2014.
- European Commission (2012). Towards better access to scientific information: Boosting the benefits of public investments in research,
COM(2012) 401 final, European Commission, Brussels.
- Expert Group to the European Commission (2019). Future of Scholarly Publishing and Scholarly Communication.
- Gomez-Diaz T. & Recio T. (2020-21). Towards an Open Science definition as a political and legal framework: on the sharing and
dissemination of research outputs. Version 2, POLIS N. 19, pp. 5-25, 2020. Version 3, 28/02/2021, Zenodo.
- Margoni T., Caso R., Ducato R., Guarda P. & Moscon V. (2016). Open Access, Open Science, Open Society, University of Trento.
- Méndez E. (2021). Open Science por defecto. La nueva normalidad para la investigación. ARBOR Ciencia, Pensamiento y Cultura.
- Tennant J. P. (2018). The state of the art in peer review. FEMS Microbiology Letters, Volume 365, Issue 19, fny204.
- UNESCO (2021). Final report on the draft text of the UNESCO Recommendation on Open Science, CL/4349.
- Vicente-Saez R., & Martinez-Fuentes C. (2018). Open Science now: A systematic literature review for an integrated definition, J. Business Research, V. 88.
- More information and references at: Gomez-Diaz & Recio (2020-21).
EGI Virtual Conference 2021
19-21 october 2021
III - Enablers: three cornerstones
to get to a working framework
- Institutional policies: the required evolution of policies of Universities and RPOs.
- Infrastructures: the development of Open Science-oriented infrastructures and services.
- Research evaluation: the transformation of evaluation policies and practices.
Policy
...sets out the action that intends to improve access to scientific information and to boost the benefits of public investment in research. [...]
To improve access to scientific information, Member States, research funding bodies, researchers, scientific publishers, Universities and their libraries,
innovative industries, and society at large need to work together [...] so that the‘fifth freedom’of the EU – the free circulation of knowledge – can become a reality.
Policy
II - Towards a political and
legal framework
“Towards better access to scientific information:
Boosting the benefits of public investments in research”
(European Commission, 2012)
Other Member States, see: Open Science overview in Europe, OpenAIRE, https://www.openaire.eu/os-eu-countries
Law
Policy
BOE N. 131 de 2 de junio de 2011, Artículo 37
1. Los agentes públicos impulsarán el desarrollo de repositorios de acceso abierto a las publicaciones...
2. Los investigadores cuya actividad haya sido financiada mayoritariamente con los Presupuestos
Generales del Estado están obligados a publicar en acceso abierto una versión electrónica de
los contenidos aceptados para publicación...
4. La versión electrónica pública podrá ser empleada en los procesos de evaluación.
Estrategia Española de Ciencia, Tecnología e Innovación (EECTI) 2021-2027
La ciencia excelente y abierta constituye uno de los pilares del Objetivo 4 (Generación de
conocimiento y liderazgo científico). El impulso a un modelo de Ciencia Abierta favorecerá
la generación de conocimiento de alta calidad e impacto, así como su transmisión a la sociedad...
LOI du 7 octobre 2016 pour une République numérique, Article 30
I. Lorsqu'un écrit scientifique issu d'une activité de recherche financée au moins pour moitié
par des dotations publiques est publié, son auteur dispose, même après avoir accordé des
droits exclusifs à un éditeur, du droit de mettre à disposition gratuitement....
II. Dès lors que les données issues d'une activité de recherche financée au moins pour moitié
par des dotations publiques [...] ont été rendues publiques, leur réutilisation est libre.
Plan national pour la Science Ouverte, Juillet 2018 & 2ième Plan, juillet 2021
1. Rendre obligatoire la publication en accès ouvert des articles et livres issus de recherches
financées par appel d’offres sur fonds publics.
4. Rendre obligatoire la diffusion ouverte des données de recherche issues de programmes
financés par appels à projets sur fonds publics.
I - Three selected pillars for
a common understanding
Committee on Data for Sciences and Technology, 1966
CODATA est un Comité au niveau scientique international le plus élevé [...]
à cause de l'importance qui s'attache à l'évaluation des données...
Budapest Open Access Initiative, 2002
By “open access” to [peer-reviewed research literature], we mean its free availability
on the public internet, permitting any users to read, download, copy, distribute, print, search, or link...
Free Software Foundation, 1985
The free software definition presents the criteria for whether a particular
software program qualifies as free software: the freedom to run the program
as you wish, the freedom to study how the program works, and change it...
+ importance of licenses
Legal
Goal
To contribute to the adoption of a common, unified vision.
Definition proposal
Open Science is the political and legal framework where
research outputs are shared and disseminated in order
to be rendered visible, accessible and reusable
(Gomez-Diaz & Recio, 2020-21).
Three steps supporting this proposal
I - Three selected pillars for a common understanding
II - Towards a political and legal framework
III - Enablers: three cornerstones to get to a working framework
Our contribution
A definition is missing
Definition [of Open Science] remains vague, probably
because objectives are vague... (Aspesi, COASP 2014)
... there is no single, accepted, unified definition
or vision of ‘open science’... (Tennant, 2018)
... there is a lack of awareness about what Open Science is,
mainly due to the fact that there is no formal definition
of Open Science ... (Vicente-Saez & Martinez-Fuentes, 2018)
Recent, inclusive & complete visions
For the purpose of this Recommendation, Open Science is defined
as an inclusive construct [...] aiming to make scientific knowledge
openly available, accessible and reusable for everyone, [...]
It includes all scientific disciplines and aspects of scholarly practices, [...]
it builds on the following key pillars: open access to scientific knowledge,
open science infrastructures, ... (UNESCO, 2021)
(Méndez 2021, Image: Méndez 2017, CC-BY)
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Teresa Gomez-Diaz, CNRS/LIGM, Est of Paris
Tomas Recio, University Nebrija, Madrid
The future of Open Science
asks for a common understanding
EGI Virtual Conference 2021, Lisbon, 19-21 october 2021
https://padlet.com/gwenfranck/EGI2021Posters

Comment donner de la valeur à cette production ?
En augmentant la réputation scientifique des producteurs des RS, voir :
(C) Citation mesure si RS bien identifié : référence, metadata, bien citer autres...
point légal : auteurs, affiliations, participation
(D) Dissemination bonnes pratiques de diffusion selon contexte de l’évaluation,
[29] (2014) TGD : Free software, Open source software, licenses...
point Science Ouverte, légal : licences
(U) Use aspects “logiciel” du RS : résultats corrects, facilite la réutilisation ; et
aussi bonnes pratiques logiciel : exemples, docs., test, facilite install.,
voir le code, lancer le RS, qualité, dépôt APP...
point reproductibilité, validation des résultats obtenus
(R) Research aspects “recherche” : qualité du travail scientifique, algorithmes et
structures de données, publications, collaborations et projets...
point impact de la recherche
Flexibilité d’application : chaque décideur ou comité d’évaluation établit son propre
protocole CDUR adapté au contexte et aux objectifs de l’évaluation.

Conclusions
La Science Ouverte est un paysage en construction
L’intégration des logiciels de la recherche dans ce paysage progresse,
mais il y a encore des différences :
I avec les données de la recherche
I entre les traitements proposés en France et en Horizon Europe :
- Horizon Europe Programme Guide, Version 1.1, 19 July 2021
https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/horizon/guidance/
programme-guide_horizon_en.pdf
- Deuxième Plan national pour la Science Ouverte, Juillet 2021
https://www.ouvrirlascience.fr/deuxieme-plan-national-pour-la-science-ouverte/
Les vecteurs du changement :
I Les politiques des organismes sont en cours d’évolution
I Les infrastructures nécessaires aujourd’hui sont en construction (EOSC)
I Les évolutions de l’évaluation au niveau Horizon Europe auront des
conséquences, mais cela prendra du temps
Ces changements doivent répondre aux intérêts de la communauté scientifique
La communauté scientifique doit être attentive aux changements et s’y impliquer

Références
2007 TGD : Autour de la valorisation de logiciels développés dans un laboratoire de recherche.
2009 TGD : Licence & copyright pour les développements de logiciels libres de laboratoires
de recherche, PLUME, https://projet-plume.org/fr/ressource/faq-licence-copyright
2009 TGD : Guide laboratoire pour recenser ses développements logiciels, PLUME,
https://projet-plume.org/ressource/guide-laboratoire-recensement-developpements-logiciels
2010 TGD : Diffuser un logiciel de laboratoire : recommandations juridiques et administratives,
PLUME, http://www.projet-plume.org/fr/ressource/diffuser-logiciel-recomm-juridiques-admin
2014 TGD : Free software, Open source software, licenses. A short presentation including a
procedure for research software [...] dissemination, Zenodo, https://zenodo.org/record/11709
2015 TGD : Article vs. Logiciel : questions juridiques et de politique scientifique dans la
production de logiciels, Société Informatique de France, https ://zenodo.org/record/18993
(2011) V1, PLUME, http://www.projet-plume.org/fr/ressource/article-vs-logiciel
2018 TGD, G. Romier : Research Software management Plan Template V3.2,
Projet PRESOFT, Zenodo, https://zenodo.org/record/1405614. Voir aussi sur DMP OPIDoR.
2019 TGD : Le Projet PLUME et le paysage actuel des logiciels de la recherche dans la science
ouverte, Zenodo, https://zenodo.org/record/2591474
2019 TGD, T. Recio : On the evaluation of research software: the CDUR procedure,
F1000Research, https://doi.org/10.12688/f1000research.19994.2
2020-1 TGD, T. Recio : Towards an Open Science definition as a political and legal framework:
on the sharing and dissemination of research outputs, POLIS N. 19, 2020,
http://uet.edu.al/polis/images/1.pdf, V3 du 28/02/2021 : https://zenodo.org/record/4577066
2021 TGD, T. Recio : Open comments on the Task Force SIRS report: Scholarly
Infrastructures for Research Software, RIO 7 : e63872, https://doi.org/10.3897/rio.7.e63872

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