【一起学生信】blast 结果文件处理

最新推荐文章于 2024-12-20 19:52:25 发布

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#blast #生物信息 #biopython

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本文介绍如何使用Biopython将复杂的BLAST XML输出转换为易于处理的BLAST-tab格式，并提供了转换代码示例及输出列的具体含义。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

本地采用blast比对完成后，会得到一个xml文件，但是xml文件过于复杂，不好处理。我们可以采用biopython将其转换为 blast-tab 文件。


from Bio import SearchIO
xml = SearchIO.parse('/your/xml-path/', 'blast-xml')
SearchIO.write(xml, '/your/output-path', 'blast-tab')

各列解释

    Members: 
    qid #      Query Id
    sid  #     Subject Id
    pident #   Percentage of identical matches
    length #    Alignment length
    mismatch #  Number of mismatches
    gaps #      Total number of gaps
    qstart #   Start of alignment in query
    qend  #    End of alignment in query
    sstart #   Start of alignment in subject
    send   #   End of alignment in subject
    evalue #   Expect value
    bitscore # Bit score