R 语言科研绘图第 54 期 --- 网络图-树状-CSDN博客

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式：

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HIl1u0R0gNeyNyCN_bxtK0Bl-Z2i4aXlDjgPRULk7ACBWZHgSz929NosnpisoG6PSTPIzzQ

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

library(igraph)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

data <- sciRplot_data

查看下数据格式：

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

colors <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:4]vertex.color <- ifelse(  V(tree) %in% c(1,11), colors[1], ifelse(    V(tree) %in% c(2,3,4,12,13), colors[2], ifelse(      V(tree) %in% c(18,19,20), colors[4], colors[3])))edge.color <- c(rep(colors[1],3), rep(colors[2],6), rep(colors[1],2),                rep(colors[2],4), rep(colors[3],3))

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HBOfLX7uX_FTHomAgepY7KP1c2pkFvlWXw9uc4BaHthUnSsNHWNKqbSv3wUdVAvs-hAr8dA

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

plot(tree, layout = layout_as_tree, vertex.label.cex = 2,      vertex.size = 20, vertex.color = vertex.color,       vertex.label.color = 'white',     edge.color = edge.color, edge.arrow.size=0.3)

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

png("save/network-tree.png", width = 1800, height = 1800, res=300, units = 'px')plot(tree, layout = layout_as_tree, vertex.label.cex = 2,      vertex.size = 20, vertex.color = vertex.color,       vertex.label.color = 'white',     edge.color = edge.color, edge.arrow.size=0.3)dev.off()