R 语言科研绘图第 62 期 --- 生存曲线图

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式：

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HFLOAncGRDz6yRsCTNzc-Kcm3G1KwIbFQ7EvHuhwg_HxWTCq_umJlitFrq5vaHBVSx0N6-o

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

library(survminer)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

data <- sciRplot_data

查看下数据格式：

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

colors <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:2]

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HLlkm7ZxA2IS8TE108ehxgrBVVdQR74HBdZEk1Oqe3VfQFVKUqQ7AqabZ96nf8z6rWSyqd0

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

p <-   ggsurvplot(    fit, data = lung,     size = 1, palette = colors,    conf.int = TRUE,    pval = TRUE,    risk.table.col = "strata",    legend.labs = c("Male", "Female"),    risk.table.height = 0.25,    ggtheme = theme_bw(base_size = 25)    )p

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

png("save/survminer-plot.png", width = 2000, height = 1600, res=300, units = 'px')pdev.off()

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图和 40 种进阶绘图

② 配备一站式 html文档，包含测试数据，代码一键复制，交互式阅读提高用户体验