Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 22, No.

1, 2018: 115–123
DOI: 10.22146/jpti.30354

Research Article

Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit Belang pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.)

Characterization of Virus Causes of Mottle Disease on Pepper (Piper nigrum L.)

Trisnani Alif1)*, Sedyo Hartono1), & Sri Sulandari1)

1)
Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada
Jln. Flora No. 1, Bulaksumur, Sleman, Yogyakarta 55281
*Penulis untuk korespondensi. E-mail: [email protected]

Diterima 17 November 2017; diterima untuk diterbitkan 8 Juni 2018

ABSTRACT
Mottle disease is an important disease in pepper plants caused by Piper yellow mottle virus (PYMoV). This study
aims to determine the characterization of PYMoV biologically and molecularly. The pepper plant samples were obtained
from pepper farmland in Kleben, Putat (Yogyakarta), and Air Buluh (Bangka). Virus particles are measured by electron
microscopy. Virus transmission studies include mechanical transmission, vector, cuttings, grafting, and seeds. The
molecular detection was done by using Polymerase chain reaction (PCR) method with PYMoV-F and PYMoV-R specific
primers. The result, virus particles were found to be ± 30×130 nm in shape. Virus transmission studies indicate that
PYMoV can be transmitted by Ferrisia virgata vectors, cuttings, grafts and seeds but cannot be transmitted through
mechanical inoculation. Molecular test results showed that samples of Kleben, Putat and Air Buluh pepper plants were
positively detected to contain PYMoV and amplified at 400 bp. The result of nucleotide base sequence analysis showed
the isolates of Putat and Air Buluh had the highest homology with PYMoV of India 2 about 95% while Kleben isolate
had 96% homology with PYMoV of India 1.
Keywords: characteristic, mottle disease, pepper, PYMoV

INTISARI
Penyakit belang merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman lada yang disebabkan oleh Piper yellow
mottle virus (PYMoV). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi PYMoV secara biologi dan molekuler.
Sampel tanaman lada diperoleh dari lahan petani lada di Desa Kleben, Putat (Yogyakarta), dan Air Buluh (Bangka).
Partikel virus diukur dengan mikroskop elektron. Kajian penularan virus meliputi penularan mekanik, vektor, stek,
penyambungan, dan biji. Deteksi secara molekuler dengan metode Polymerase chain reaction (PCR) dengan pasangan
primer spesifik PYMoV-F dan PYMoV-R. Partikel virus yang ditemukan berukuran ± 30×130 nm berbentuk batang.
Kajian penularan virus menunjukkan bahwa PYMoV dapat ditularkan melalui vektorFerrisia virgata, stek, penyambungan
dan biji namun tidak dapat ditularkan melalui inokulasi mekanik. Hasil uji molekuler menunjukkan bahwa sampel
tanaman lada Kleben, Putat dan Air Buluh positif terdeteksi PYMoV dan teramplifikasi pada 400 bp. Hasil analisis
sekuen basa nukleotida menunjukkan isolat Putat dan Air Buluh memiliki homologi tertinggi dengan PYMoV India 2
sekitar 95% sedangkan isolat Kleben memiliki homologi 96% dengan PYMoV India 1.
Kata kunci: karakteristik, penyakit belang, tanaman lada, PYMoV

PENDAHULUAN lada nasional mencapai 91.039 ton pada tahun 2013,

dan produksi terendah terjadi pada tahun 2014 yaitu
Tanaman lada (Piper nigrum L.) merupakan salah
ton 81.501 ton (Anonim, 2016). Adapun ekspor lada
satu tanaman penting pada daerah tropis maupun
cenderung menurun. Dari data statistik menunjukkan
subtropis di dunia. Tanaman lada merupakan tanaman
bahwa ekspor lada terendah terjadi pada tahun 2016
rempah yang memiliki nilai ekonomi yang tinggi baik
dengan jumlah volume ekspor sebesar 33.645 ton
di dalam negeri maupun di luar negeri. Tanaman
dan nilai 319.829 US$ sedangkan ekspor tertinggi
lada (Piper nigrum L.) banyak dibudidayakan di
lada terjadi pada tahun 2012 dengan jumlah 62.605
Indonesia oleh masyarakat, khususnya di wilayah
ton dan nilai 423.460 US$ (Anonim, 2016).
Yogyakarta.
Rendahnya nilai ekspor lada disebabkan oleh
Data produktivitas tanaman lada Indonesia sangat
beberapa faktor di antaranya rendahnya kualitas lada
fluktuatif dalam 5 tahun terakhir. Produksi tertinggi
serta terjadinya penurunan produktivitas lada.
116 Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 22 No. 1

Hal-hal yang berpengaruh terhadap penurunan Pengamatan intensitas penyakit (IP) dihitung dengan
produktivitas dan kualitas lada di antaranya kurangnya melakukan skoring terhadap gejala penyakit berdasar-
penerapan teknik budidaya yang baik dan benar kan kriteria tertentu (Tabel 1); adapun rumus intensitas
serta adanya serangan dari organisme penggangu penyakit sebagai berikut:
tanaman (OPT). Beberapa OPT penting yang
menyerang pada tanaman lada diantaranya patogen
jamur dan nematoda yaitu Phytophthora capsici,
Fusarium solani, dan Meloidogyne incognita (Suryanti Keterangan:
et al., 2015) serta patogen virus. Patogen virus yang IP : intensitas penyakit
menginfeksi tanaman lada salah satunya yaitu Piper n : jumlah tanaman terserang dengan kategori tertentu
yellow mottle virus (PYMoV) dari genus Badnavirus. v : nilai skala setiap kategori serangan
Penyakit yang disebabkan oleh virus ini dikenal Z : nilai skala tertinggi
dengan beberapa nama diantaranya penyakit kuning N : jumlah tanaman yang diamati
lada, penyakit kerdil dan penyakit belang (Lakani,
Pengamatan Partikel Virus dengan Mikroskop
2006). Telah banyak dilaporkan infeksi virus ini Elektron
diberbagai negara penghasil lada seperti India, Sri
Pengamatan morfologi virus dilakukan di
Lanka, Malaysia, Vietnam, Thailand, Filipina, dan
Laboratorium Jurusan Kimia FMIPA UGM meng-
Brazil (Lockhart et al., 1997; Sarma et al., 2001; de
gunakan mikroskop elektron (TEM JEOL JEM
Silva et al, 2002; Duarte et al., 2002; Eng, 2002;
1400) dengan tahapan sebagai berikut:
Bhat et al., 2003; Oliveira et al., 2010).
Siapan virus yang berasal dari 1×1 cm daun bergejala
Terdapat 33 provinsi di Indonesia yang mengem- belang parah yang digerus dengan menggunakan ddH2O
bangkan budidaya tanaman lada salah satunya kemudian dilarutkan dalam 2% Phosphotungstic
Provinsi D.I. Yogyakarta yang tersebar di Kabupaten acid (PTA) pH 6,5 selama ± 15 detik. Kemudian
Gunungkidul dan Kabupaten Sleman. Karakteristik diteteskan pada grid berukuran 400 mesh, selanjutnya
gejala, cara penularan, informasi sebaran dan molekuler dikeringkan dengan kertas filter. Siapan virus yang
diperlukan untuk sebuah perencanaan dalam usaha menempel pada grid diamati di bawah mikroskop
pengendalian. Analisis nukleotida dapat mengungkap- elektron yang dioperasikan pada 100KV.
kan variasi dan hubungan kekerabatan pada level
genetik antar isolat PYMoV, serta gambaran dan Uji Penularan Virus
sebaran dari infeksi virus PYMoV. Penelitian ini Uji penularan PYMoV dengan cara mekanik.
bertujuan untuk mengkarakterisasi PYMoV pada Tanaman uji yaitu Nicotiana tabacum, Chenopodium
tanaman lada secara biologi mapun molekuler. amaranticolor, dan Piper nigrum L. ditaruh di tempat
yang gelap selama satu malam, kemudian sebanyak
BAHAN DAN METODE 0,1 g daun bergejala digerus menggunakan buffer
phosphat pH 7 sebanyak 1 ml (1:10). Hasil gerusan
Pengamatan Gejala di Lapangan
disaring menggunakan kapas steril. Cairan yang
Pengamatan dilakukan dengan cara survei di lapang diperoleh ditambahkan carborundum kemudian
untuk mengetahui tingkat kejadian dan intensitas diinokulasikan pada tanaman uji masing-masing
penyakit di lahan. Adapun wilayah pengamatan yang perlakuan menggunakan 5 ulangan. Kemudian
dipilih adalah perkebunan lada di DIY yaitu Desa dibiarkan beberapa saat dan disemprot menggunakan
Kleben, Kecamatan Seyegan, Kabupaten Sleman, air steril. Pengamatan dilakukan setiap hari dan dicatat
Desa Putat, Kecamatan Patuk, Kabupaten Gunung waktu awal munculnya gejala. Hasil pengamatan
Kidul, dan Desa Air Buluh, Kecamatan Mendo berupa data masa inkubasi virus serta perkembangan
Barat, Kabupaten Bangka. Kejadian penyakit (KP) gejala penyakit
dilakukan dengan menghitung jumlah tanaman sakit
Uji penularan PYMoV dengan serangga vektor.
per jumlah tanaman total dengan rumus:
Uji penularan virus melalui vektor berdasarkan metode
Balfas et al. (2007) dengan modifikasi jumlah penularan
serangga vektor. Sumber inokulum virus berasal
dari tanaman lada yang terserang penyakit belang
 Alif et al.: Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit Belang pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.) 117

Tabel 1. Skor penilaian gejala infeksi PYMoV

Skor Gejala
0 Tanaman tidak bergejala
1 Daun belang ringan dan persentasi sulur yang bergejala 5−10%
2 Daun belang jelas dan persentasi sulur yang bergejala 11−25%
3 Daun belang jelas, menyempit dengan persentasi sulur yang bergejala 26−50%
4 Daun belang jelas, menyempit dengan persentasi sulur yang bergejala 50−75%
5 Daun belang jelas, menyempit dan kerdil dengan persentasi sulur yang bergejala >75%

berasal dari perkebunan lada di Desa Putat, Patuk, (Bhat et al., 2009). Tahap PCR digunakan PureTaq
Yogyakarta. Serangga vektor yaitu Ferrisia virgata Ready To Go PCR Beads yang terdiri dari: free water
(sebelumnya dilakukan identifikasi vektor oleh (dH 2O) sebanyak 20 µl, Primer PYMoV-R dan
Laboratorium Entomologi UGM) diperoleh dari PYMoV-F masing-masing 1 µl, DNA template 3 µl.
tanaman lada di kebun petani di Desa Putat, Patuk, Program PCR mengacu pada penelitian Bhat et al.
Yogyakarta, kemudian dipelihara pada bibit lada (2009) dengan modifikasi suhu anealing, yaitu
sehat di rumah kaca Fakultas Pertanian, UGM. denaturasi awal pada suhu 94ºC selama 1 menit
Nimfa instar awal dipindahkan ke sumber inokulum dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri dari: suhu
(lada bergejala belang) selama 24 jam. Setelah itu denaturasi 94ºC selama 20 detik, suhu anealing 53ºC
dipindahkan ke lada sehat (tanaman uji) selama 36 selama 1 menit, suhu ekstensi 72ºC selama 1 menit,
jam. Setiap tanaman ditulari dengan serangga sebanyak ekstensi akhir pada suhu 72ºC selama 3 menit. Hasil
kontrol, 1, 5, dan 10 ekor serangga untuk setiap PCR dielektroforesis pada agarose 1% (0,15 g agarose
tanaman dengan ulangan sebanyak lima kali. Gejala dalam 15 ml TBE 1X) pada tegangan 50 V selama
yang yang muncul diamati dan dikonfirmasi dengan 45 menit. Selanjutnya, hasil elektroforesis divisualisasi
deteksi molekuler melalui PCR. di bawah transilluminator ultraviolet dan didokumen-
Uji Penularan PYMoV menggunakan stek. Uji tasi. Fragmen DNA hasil amplifikasi PCR yang
penularan pada stek dilakukan dengan mengambil positif terdeteksi PYMoV kemudian dikirim ke
sulur panjat dari inang tanaman sakit. Pada peng- 1stBASE untuk dilakukan analisis sekuensing. Data
ujian ini digunakan 20 sulur panjat dari 20 tanaman sekuensing berupa kromatogram dianalisis dengan
bergejala yang memiliki minimal 1 ruas. Sulur menggunakan software program MEGA 6.
kemudian ditanam pada polybag yang mengandung
tanah steril dan kompos dengan perbandingan 1:2. HASIL DAN PEMBAHASAN
Pengamatan gejala dilakukan pada tunas-tunas daun Pengamatan Gejala di Lapangan
yang muncul dan mencatat variasi gejala. Kemudian
Pengamatan variasi gejala infeksi PYMoV
dikonfirmasi dengan deteksi molekuler melalui PCR.
dilakukan di Desa Kleben Kecamatan Sayegan
Uji penularan PYMoV melalui biji. Uji penularan Kabupaten Sleman dan di Desa Putat Kecamatan
virus pada biji dilakukan dengan menyemai biji lada Patuk Kabupaten Gunungkidul. Pengamatan gejala
yang diperoleh dari tanaman yang terinfeksi sebanyak pada daun menunjukkan gejala berupa belang
20 biji. Kemudian diamati gejala yang muncul dan kekuningan pada daun, klorotik disertai penebalan
dideteksi dengan metode PCR. daun, dan vein banding (Gambar 1). Pengamatan
Deteksi Molekuler dengan PCR (Polymerase chain pada fase generatif, gejala berupa ukuran malai
reaction) lebih pendek, ukuran buah lebih kecil, serta jumlah
Sampel tanaman lada bergejala terinfeksi PYMoV buah dalam dompolan lebih sedikit atau tidak
diambil dari Air Buluh Bangka, Putat, dan Seyegan. terbentuk dengan sempurna (Gambar 2). Pengamatan
Isolasi total DNA tanaman dilakukan menggunakan variasi gejala penyakit belang pada dua lokasi areal
ATP Genomic DNA mini kit (Plant) (Vogelstein & pertanaman lada di Yogyakarta menunjukkan variasi
Gillespie, 1979). Amplifikasi DNA menggunakan gejala yang sama. Variasi gejala yang diamati mirip
primer PYMoV-F: CTATATGAATGGCTAGTGATG dengan gejala yang telah dilaporkan sebagai infeksi
dan PYMoV-R: TTCCTAGGTTTGGTATGTATG dari PYMoV (Bhat et al., 2003; Lakani, 2006).
118 Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 22 No. 1

Gambar 1. Variasi gejala pada daun lada di lapangan; (a) klorotik, (b) belang disertai penebalan daun, (c) vein banding

Gambar 2. Variasi gejala pada malai; (a) ukuran malai lebih pendek, (b) ukuran buah lebih kecil, (c) jumlah buah dalam
dompolan sedikit

Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan Pengamatan Partikel Virus dengan Mikroskop

kejadian dan intensitas penyakit belang yang berbeda- Elektron
beda. Pengamatan di Desa Kleben, dengan ketinggian Metode pengamatan quick deeping dengan larutan
tempat 137 mdpl kejadian penyakit paling tinggi 2% Phosphotungstic acid (PTA) pH 6,5 selama ±
yaitu 93,75% dan intensitas penyakit 86%, intensitas 15 detik. Partikel virus yang teramati berbentuk
penyakit di Desa Putat, Patuk, Gunungkidul dengan batang dengan ukuran 30×130 nm (Gambar 3).
ketinggian tempat 155 mdpl, sebesar 62,54% dan Penelitian terdahulu melaporkan bahwa PYMoV
kejadian penyakit sebesar 85%. Sedangkan tingkat berbentuk batang dengan ukuran 30×130 nm (de
intensitas dan kejadian penyakit terendah pada Desa Silva et al., 2002). Hal ini sesuai dengan morfologi
Air buluh, Mendo, Bangka pada ketinggian tempat pararetrovirus, famili Caulimovirus, genus Badnavirus
48 mdpl yaitu sebesar sebesar 15% dan kejadian yang memiliki bentuk batang, genom berupa dsDNA
penyakit yaitu 25%. Perbedaan ketinggian tempat (Lockhart et al., 1997).
akan memengaruhi faktor lingkungan seperti suhu,
Uji Penularan Virus
kelembapan dan curah hujan; faktor lingkungan akan
memengaruhi adaptasi tanaman terhadap lingkungan, Penularan PYMoV dengan cara mekanik. Hasil
perkembangan dan penyebaran vektor virus. Namun penularan penyakit belang secara mekanik me-
pada penelitian ini diketahui bahwa tidak ada nunjukkan dari masing-masing perlakuan tidak ada
pengaruh antara ketinggian tempat dengan kejadian kenampakan gejala. Uji konfirmasi menggunakan
maupun intensitas penyakit. PCR diperoleh hasil yang negatif. Penularan PYMoV
 Alif et al.: Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit Belang pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.) 119

50,0 nm

Gambar 3. Partikel Piper yellow mottle virus pada tanaman lada, metode quick deeping electron microscope dengan
cat Phosphotungstic acid (PTA) 2%; partikel berbentuk bacilliform, bar = 50nm

Gambar 4. Hasil uji penularan melalui vektor; daun muda klorotik ringan, sedikit mengeras dan sedikit bergelombang
(tanda panah menunjukkan daun bergejala dengan masa inkubasi 7 minggu)

secara mekanik yang dilakukan oleh de Silva et al. tanaman uji. Hal ini diduga adanya perbedaan
(2002) dengan menggunakan tanaman indikator konsentrasi awal virus yang terbawa oleh setiap
tembakau (Nicotiana spp.) dan Ch. amaranticolor vektor, sehingga baik 5 maupun 10 ekor diperoleh
menunjukkan hasil yang negatif. Bhat et al. (2003) hasil yang sama. Daya tular vektor tergantung pada
melaporkan bahwa PYMoV dapat ditularkan secara karakter virus dan dapat bertahan selama virus masih
mekanik namun konsentrasi virus pada saat ditular- terdapat dalam serangga dan sangat bergantung pada
kan sangat rendah. Hal ini membuktikan bahwa jumlah virus yang masuk ke dalam tubuh serangga
penularan PYMoV sangat sulit ditularkan melalui (Bos, 1983; Omura et al., 1983). Salah satu karakteristik
penularan mekanik, diduga adanya pengaruh BSV genus Badnavirus yang merupakan satu genus
kandungan fenol yang tinggi pada daun lada sebagai dengan PYMoV yaitu virus semipersisten yang
inhibitor virus. Hal inilah yang menyebabkan virus tidak ditularkan secara transovarial dan tidak pula
tidak dapat ditularkan secara mekanik. sirkulatif di dalam tubuh vektor (Daniells et al.,
1995; Bhat et al., 2016). Gejala yang muncul terlihat
Uji penularan PYMoV melalui vektor. Hasil
pada daun muda berupa belang, klorotik ringan dan
penularan melalui vektor Ferrisia virgata menun-
daun sedikit mengeras (Gambar 4). Gejala muncul pada
jukkan hasil yang positif. Penularan dengan 10
minggu ke-7 setelah penularan. Penelitian sebelum-
maupun 5 ekor vektor diperoleh hasil 80% tanaman
nya melaporkan bahwa PYMoV di Indonesia dapat
terinfeksi virus namun pada penularan dengan 1
ditularkan dengan vektor Ferrisia virgata dengan
ekor vektor tidak ditemukan adanya gejala pada
hasil penularan sampai 100% (Balfas et al., 2007).
120 Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 22 No. 1

Uji penularan PYMoV melalui stek. Tanaman

lada umumnya diperbanyak melalui bahan per-
banyakan vegetatif berupa stek yang diambil dari
lahan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa stek
tanaman lada yang berasal dari inang yang telah
terinfeksi PYMoV positif menunjukkan gejala khas
PYMoV pada minggu ke-7, dari total tanaman hasil
stek yaitu 20 tanaman yang menunjukkan gejala
khas sebesar 95%. Hal ini sesuai dengan penelitian
Bhat et al. (2003) yang menyatakan bahwa kemunculan
gejala khas PYMoV yang ditularkan melalui stek
sekitar 2−3 bulan atau 6−12 minggu. Gejala awal
daun menjadi transparan dan belang-belang ringan
terlihat pada daun muda (Gambar 5). Gambar 6. Gejala khas PYMoV pada daun berupa belang/
klorotik ringan hasil uji penularan melalui biji
dengan masa inkubasi 18 minggu

Hal ini sebagai laporan pertama yang menginformasi-

kan bahwa PYMoV di Indonesia dapat ditularkan
melalui biji, meskipun insidensi penyakitnya tergolong
rendah.
Penularan PYMoV melalui biji telah dilaporkan
oleh de Silva et al. (2002) bahwa bibit lada yang
berasal dari biji terdeteksi terinfeksi PYMoV namu
sangat rendah insidensi penyakitnya, dari 600 biji
yang diuji hanya 3 biji yang terdeteksi terinfeksi
oleh PYMoV. Hal ini diperkuat dengan laporan dari
Haresh dan Bhat (2010) bahwa PYMoV dapat
ditularkan melalui biji dengan insidensi berkisar
22−30%. Deeshma dan Bhat (2014) melaporkan
bahwa PYMoV merupakan virus yang dapat terbawa
melalui biji, adapun bagian-bagian biji yang telah
diuji dan positif mengandung PYMoV adalah anthers,
embrio, endosperm, dan perisperm.
Gambar 5. Hasil uji penularan PYMoV melalui stek dengan Deteksi Molekuler melalui PCR
masa inkubasi 3 minggu; daun muda klorotik Hasil isolasi DNA pada 3 daun yang bergejala
(belang)
dari 3 lokasi yang berbeda-beda yaitu Desa Kleben,
Kecamatan Seyegan, Kabupaten Sleman; Desa Putat,
Uji penularan PYMoV melalui biji. Penularan Kecamatan Patuk, Kabupaten Gunungkidul; dan
melalui biji merupakan penularan untuk mengetahui Desa Air Buluh, Kecamatan Mendo Barat, Kabupaten
keterbawaan PYMoV melalui biji lada. Dari peng- Bangka menunjukkan kualitas DNA total (tanaman
ujian ini diketahui bahwa dari 20 biji lada yang dan virus) yang bagus.
ditumbuhkan menunjukkan gejala khas PYMoV
Hasil deteksi PCR target teramplifikasi pada
dengan insidensi 5%. Adapun gejala yang muncul
suhu anealing 53ºC dengan Primer PYMoV-R dan
meliputi daun mengalami klorotik ringan, klorotik
PYMoV-F dengan adanya pita DNA pada panjang
berat atau belang, namun tidak mengurangi ukuran
basa ± 400 bp (Gambar 7). Ukuran pita DNA yang
daun (Gambar 6). Munculnya gejala yaitu pada
didapatkan sesuai dengan penelitian Bhat et al. (2009)
minggu ke-18 setelah tanam. Setelah dikonfirmasi
dengan menggunakan primer spesifik PYMoV-R dan
dengan deteksi melalui PCR dapat diketahui bahwa
PYMoV-F PYMoV teramplifikasi pada panjang basa
sampel yang bergejala positif terinfeksi PYMoV.
400 bp. Pada penelitian ini diketahui bahwa virus
 Alif et al.: Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit Belang pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.) 121

Tabel 2. Persentase kesamaan basa nukleotida PYMoV isolat Putat, Kleben, dan Air Buluh dengan isolat PYMoV yang

ID
9

ID
91
8

ID
91
89
7

ID
92
93
94
6

ID
93
95
92
90
5

ID
91
94
90
92
94
4

ID
95
90
93
91
92
92
3

ID
92
92
96
93
95
94
92
2
Gambar 7. Hasil amplifikasi PCR menggunakan Primer
spesifik PYMoV-R dan PYMoV-F pada tanaman
lada dari tiga lokasi; (M) Marker 1kb, (1) kontrol
telah dipublikasikan di database NCBI

ID
93
96
96
91
95
91
93
94
1
negatif, (2) kontrol positif, (3) sampel Putat,
(4) sampel Kleben, (5) sampel Air Buluh
Kode aksesi

DQ836237.1
KT315727.1

KT315725.1
KJ195481.1

KJ195477.1
KJ195469.1
belang yang disebabkan oleh PYMoV ditemukan
pada perkebunanan petani lada baik di Yogyakarta
maupun Bangka.

PYMoV China 1

PYMoV China 2
Isolat Air Buluh

Berdasarkan hasil BLAST terhadap runutan

PYMoV India 1
PYMoV India 2

PYMoV India 3
PYMoV India 4
Isolat Kleben

sekuen nukleotida dari ketiga sampel, rata-rata sampel

Isolat
Isolat Putat

dari Indonesia memiliki kemiripan yang tinggi dengan

isolat-isolat yang ada di database GeneBank yaitu
sebesar 89−96%, selain itu kemiripan antar sampel
uji juga tergolong tinggi yaitu sampel asal Putat
No.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.

memiliki kemiripan 96% terhadap sampel asal Air

Buluh dan sebesar 92% terhadap sampel Kleben
sedangkan sampel asal Putat memiliki kemiripan
isolat Kleben, dan PYMoV India 4 (KJ195469.1),
91% terhadap sampel asal Air Buluh dan 96%
sedangkan subgrup dua yaitu PYMoV China 1
terhadap PYMoV India 2 (Tabel 2).
(KT31527.1) dan PYMoV China 2 (KT315727.1).
Kekerabatan sekuen ketiga sampel uji dengan
Adapun grup kedua yaitu isolat Putat, isolat Air Buluh
PYMoV isolat lain yang ada di database Genebank
dan PYMoV India 1 (KJ195481.1) (Gambar 8). Hal
kemudian dibuat rekonstruksi pohon filogenetiknya
ini menunjukkan bahwa isolat PYMoV asal Indonesia
menggunakan progam MEGA 6 dengan metode
membentuk kelompok yang berkerabat dekat dengan
Neighbor Joining (NJ). Hasil rekonstruksi pohon
beberapa isolat PYMoV dari beberapa negara lain.
filogenetik menunjukkan bahwa terdapat dua grup
Sekuen PYMoV asal Kleben diketahui berkerabat
besar. Grup pertama dikelompokkan lagi menjadi
dekat dengan PYMoV India 2, 3, dan 4 sedangkan
dua subgrup yaitu subgrup satu terdiri dari PYMoV
isolat Putat dan Air Buluh diketahui berkerabat
India 2 (DQ836237.1), PYMoV India 3 (KJ195477.1),
paling dekat dengan isolat PYMoV India 1.
122 Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 22 No. 1

Gambar 8. Pohon filogenetik sampel uji dibandingkan dengan beberapa isolat PYMoV lain yang telah dipublikasi di
database Genebank NCBI

KESIMPULAN Bhat, A.I., H. Thomas, & R. Selvarajan. 2016.

Badnaviruses: The Current Global Scenario.
Penyebab penyakit belang pada perkebunan lada Viruses 177: 1−29.
di Putat, Kleben, dan Bangka adalah PYMoV.
Bhat, A.I., S. Devasahayam, Y.R. Sarma, & R.P.
Gejala khas yang ditimbukan berupa belang parah Pant. 2003. Association of a Badnavirus in Black
pada daun. PYMoV memiliki ukuran 30×130 nm Pepper (Piper nigrum L.) Transmitted by Mealybug
berbentuk batang. PYMoV dapat ditularkan melalui (Ferrisia virgata) in India. Current Science 84:
vektor Ferrisia virgata, stek dan melalui biji, serta 1547−1550.
tidak dapat ditularkan secara mekanik. DNA virus Bos, L. 1983. Pengantar Virologi Tumbuhan,
teramplifikasi pada 400 bp, isolat Putat dan Air Buluh (diterjemahkan oleh Triharso). Gadjah Mada
memiliki homologi tertinggi dengan PYMoV India Press, Yogyakarta. 389 hlm.
2 sekitar 95%, sedangkan isolat Kleben memiliki Daniels, B.A. & H.D. Skipper. 1982. Methods for
homologi 96% dengan PYMoV India 1. Recovery and Quantitative Estimation of
Propagules from Soil. American Phytopathological
UCAPAN TERIMA KASIH Society 29: 29−35.
Daniells, J., J. E. Thomas, & M. Smith. 1995. Seed and
Artikel ini disusun berdasarkan sebagian data dari Transmission of Banana streak virus Confirmed.
tesis penulis pertama dalam rangka pencapaian derajat Infomusa 4: 1−7.
M.Sc. pada Program Studi Fitopatologi, Universitas
Deeshma, K.P. & A.I. Bhat. 2014. Futher Evidence
Gadjah Mada. Ucapan terima kasih penulis sampaikan of True Seed Transmission of Piper Yellow
kepada tim peneliti lada kerja sama Pemerintah Provinsi Mottle Virus in Black Pepper (Piper nigrum L.).
Bangka Belitung dan Universitas Gadjah Mada. Journal of Plantation Crops 42: 289−293.
de Silva, D.P.P., P. Jones, & M.W. Shaw. 2002.
DAFTAR PUSTAKA Identification and Transmission of Piper yellow
Anonim (Dirjenbun). 2016. Statistik Perkebunan mottle virus and Cucumber mosaic virus Infecting
Indonesia Lada 2015−2017. Direktorat Jenderal Black Pepper (Piper nigrum) in Sri Lanka. Plant
Perkebunan, Jakarta. 36 hlm. Phatology 51: 537−545.

Balfas, R., I. Lakani, Samsudin, & Sukamto. 2007. Duarte, M.L.R., P.C. Filho, & M.S.F. Dantas. 2002.
Penularan Penyakit Kerdil pada Tanaman Lada Pest and Diseases of Black Pepper in Brazil.
oleh Tiga Jenis Serangga Vektor. Jurnal Littri International Pepper News Bulletin. The Journal
13:136−141. for the Pepper Industry. July−December 2002:
24−34.
Bhat, A.I., A. Sijo, M.V. Jiby, C.K. Thankamni, &
P.A. Mathew. 2009. Polymerase Chain Reaction Eng, L. 2002. Viral Disease and Root-Knot Nematode
(PCR) Based Indexing of Black Pepper (Piper Problems of Black Pepper (Piper nigrum L.) in
nigrum L.) against Piper yellow mottle virus. Sarawak, Malaysia. International Pepper News
Journal of Spices and Aromatic Crops 18: 28−32. Bulletin. The Journal for the Pepper News Bulletin.
July−December 2002: 39−45.
 Alif et al.: Karakterisasi Virus Penyebab Penyakit Belang pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.) 123

Haresh, P.S. & A.I. Bhat. 2010. Seed Transmission Omura T, Y. Saito, T. Usugi, & H. Hibino. 1983.
of Piper yellow mottle virus in Black Pepper Purification and Serology of Rice tungro spherical
(Piper nigrum L.). Journal of Plantation Crops and Rice tungro bacilliform virus. Annals of the
38: 62−65. Phytopathologycal Society of Japan 49: 73−76.
Lakani, I. 2006. Deteksi dan Identifikasi Penyebab Sarma, Y.R., G. Kiranmai, P. Sreenivasulu, M.
Penyakit Belang (Mottle) pada Tanaman Lada Anandaraj, M. Hema, M. Venkatramana, A.K.
(Piper nigrum L.) di Indonesia. Tesis. Institut Murthy, & D.V.R. Reddy. 2001. Partial
Pertanian Bogor, Bogor. 38 hlm. Characteritation and Identification of a Virus
Associated with Stunt Disease of Black Pepper
Lockhart, B.E.L., K.K. Anggul, P. Jones, L. Eng,
(Piper nigrum) in South India. Current Science
D.P.P. de Silva, N.E. Olszewski, N. Lockhart, N.
80: 459−462.
Deema, & J. Sangalang. 1997. Identification of
Piper yellow mottle virus, a Mealybug-Transmitted Suryanti, B. Hadisutrisno, Mulyadi, & J. Widada.
Badnavirus Infecting Piper spp. in Southeast 2015. Identifikasi Fusarium dan Nematoda
Asia. European Journal of Plant Pathology 103: Parasitik yang Berasosiasi dengan Penyakit
303−311. Kuning Lada di Kalimantan Barat. Jurnal
Perlindungan Tanaman Indonesia 19: 19−26.
Oliveira, A.C.S., A.J. Boari, C.M. de Sousa, K.F.C.
Pantoja, & C.D.A. Souza. 2010. Identification of Vogelstein, B. & D. Gillespie. 1979. Preparative and
Piper yellow mottle virus on Black Pepper (Piper Analytical Purification of DNA from Agarose.
nigrum) in the States of Minas Gerais, Espirito Proceedings of the National Academy of Sciences
Santo and Amazonas, Brazil. Horticultura Brasileira 76: 615−619.
28: S952−S956.