VOLUME 7 NOMOR 2 DESEMBER 2020 ISSN 2548 – 611X

JURNAL
BIOTEKNOLOGI & BIOSAINS INDONESIA

Homepage Jurnal: http://ejurnal.bppt.go.id/index.php/JBBI

POTENSI SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN KELOR PENGHAMBAT INTERAKSI

ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME 2 PADA SINDROMA SARS-COV-2
The Potential of Moringa oleifera Bioactive Compounds for Inhibiting
Angiotensin-Converting Enzyme 2 Interaction in SARS-Cov-2 Syndrome
Maharani Pertiwi Koentjoro1*, Adyan Donastin2, Endry Nugroho Prasetyo3
1D4 Analis Kesehatan, Fakultas Kesehatan, Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya, Jl. Jemursari No. 57, Surabaya
2Program Studi Pendidikan Dokter, Fakultas Kedokteran, Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya, Jl. Jemursari No. 57, Surabaya
3Departemen Biologi, Fakultas Sains dan Analitika Data, Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Gedung H,
Kampus ITS Sukolilo, Surabaya
*Email: [email protected]

ABSTRACT
Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) disease (COVID-19) is a threat
to human health. This infection is determined by the interaction of the spike S1 domain protein
with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) in the epithelial cells of the respiratory tract,
especially the lungs. ACE2 inhibition is an important target in controlling COVID-19. Therefore,
this study aims to explore the ability of apiin, epicatechin, and hesperetin from Moringa oleifera
in interacting with the ACE2 using MOE 2008.10. The ligand molecules were prepared from
PubChem database. The ACE2 protein was retrieved from Protein Data Bank (ID 1R4L) and
analyzed for the active sites. Analysis of docking scores and hydrogen bonds of ACE2-ligand
complex and active site showed that the affinity of flavonoids can be ranked as hesperetin >
epicatechin > apiin > C19H23Cl2N3O4. The results provided computational information that apiin,
epicatechin, and hesperetin have the potential to prevent COVID-19 infection. The prediction
of activity spectra for substances (PASS) score showed the ligand displays antiviral activity.

Keywords: apiin, COVID-19, epicatechin, hesperetin, SARS-CoV-2

ABSTRAK
Infeksi severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) pada pandemi
coronavirus disease 2019 (COVID-19) menjadi ancaman dunia kesehatan saat ini. Infeksi SARS-
CoV-2 ditentukan oleh interaksi protein spike envelope S1 domain dengan reseptor angiotensin-
converting enzyme 2 (ACE2) yang diekspresikan pada sel epitel saluran pernafasan terutama
paru-paru. Mekanisme penghambatan ACE2 menjadi target penting dalam pengendalian COVID-
19. Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi kemampuan senyawa apiin, epicatechin, dan
hesperetin dari Moringa oleifera dalam berinteraksi dengan sisi aktif ACE2 menggunakan metode
penambatan molekul. Studi dilakukan dengan preparasi struktur molekul ligan dari PubChem
database dan diolah dengan MOE 2008.10. Selanjutnya, data protein ACE2 (Protein Data Bank
ID 1R4L) dianalisis sisi aktifnya untuk mengetahui lokasi penambatan ligan senyawa. Analisis skor
docking dan ikatan hydrogen komplek ligan dan sisi aktif ACE2 menunjukkan bahwa afinitas
flavonoid dapat diperingkatkan sebagai afinitas hesperetin > epicatechin > apiin > C19H23Cl2N3O4.
Ketiga ligan senyawa yang terkandung dalam M. oleifera secara in silico mampu mengikat sisi
aktif ACE2, sehingga berpotensi mencegah infeksi COVID-19. Skor PASS (prediction of activity
spectra for substances) menunjukkan aktivitas biologis ligan yang menyerupai antiviral.

Kata Kunci: apiin, COVID-19, epicatechin, hesperetin, SARS-CoV-2

Received: 31 May 2020 Accepted: 12 December 2020 Published: 29 December 2020

259
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

PENDAHULUAN membawa partikel SARS-CoV-2 masuk ke

dalam sitoplasma (Saha et al. 2020). Virus
Akhir tahun 2019, coronavirus jenis memasuki sel inang melalui fusi membran
baru yaitu severe acute respiratory syndrome dan endositosis (Xia et al. 2020).
coronavirus-2 (SARS-CoV-2) telah ACE2 merupakan glikoprotein integral
menimbulkan kejadian luar biasa (KLB) membran tipe 1 yang diekspresikan dan
coronavirus disease 2019 (COVID-19) di diaktifkan hampir pada semua jaringan tubuh
seluruh penjuru dunia, tidak terkecuali di manusia (Homo sapiens). Ekspresi tertinggi
Indonesia (Kementerian Kesehatan 2020). dari ACE2 diamati pada saluran pernafasan
SARS-CoV-2 termasuk dalam genus (paru-paru), saluran pencernaan dan jantung.
Betacoronavirus dan famili Coronaviridae. ACE2 memiliki kemiripan urutan basa
Beberapa anggota dari Coronaviridae nukeotida sebesar 42% dengan angiotensin-
merupakan penyebab infeksi saluran converting enzyme (ACE) (Wiese et al. 2020).
pernafasan atas dan menimbulkan gejala Hal ini menyebabkan ACE dan ACE2 memiliki
minor, yaitu human coronavirus (HCoV) tipe karakter protein yang homolog, tetapi keduanya
HcoV-229E, HcoV-NL63, HcoV-OC43 dan memiliki perbedaan spesifisitas substrat (Sharifi
HKU1. Sedangkan severe acute respiratory et al. 2013). Kemiripan urutan basa nukleotida
syndrome coronavirus (SARS-CoV), Middle pada sisi katalitik ACE dan ACE2 adalah
East respiratory syndrome coronavirus sebesar 61%. ACE2 berfungsi sebagai
(MERS-CoV) dan SARS-CoV-2 memiliki karboksipeptidase, membelah residu
kemampuan bereplikasi pada saluran hidrofobik/basa tunggal dari terminal-C
pernafasan bawah dan menyebabkan substratnya. ACE2 secara efisien
pneumonia (Bahadur et al. 2020). menghidrolisis vasokonstriktor poten
COVID-19 memiliki tingkat transmisi angiotensin II menjadi angiotensin (1–7). ACE2
atau penyebaran tinggi, dengan tingkat tidak banyak ditemukan dalam sirkulasi darah,
kematian yang rendah (Xu et al. 2020). Virus tetapi enzim ini banyak diekspresikan pada
ini utamanya bertranmisi melalui rute saluran membran sel epitel paru-paru dan pencernaan,
pernafasan dalam bentuk droplet dan dimana wilayah tersebut merupakan jalur
kemungkinan lain dalam rute fekal-oral utama masuknya virus ke dalam tubuh
(faecal-oral) (Heller et al. 2020). Virus ini manusia (Jia 2016). Keberadaan ACE2 yang
diketahui mampu bertahan berada pada berlebihan menjadi peluang masuknya SARS-
aerosol dan pada berbagai permukaan CoV-2 dan menjadi awal dari patogenesisnya.
benda. Data dari Organisasi Kesehatan Mekanisme penghambatan kerja ACE2 atau
Dunia (World Health Organization, WHO) penekanan ekspresi enzim ini menjadi salah
pada awal tahun 2020 menunjukkan bahwa satu target dalam pengendaliannya (Mourad
80% pasien yang terinfeksi COVID-19 tidak dan Levy 2020, Zheng et al. 2020).
menunjukkan gejala. Su et al. (2020a) Beberapa obat yang berpotensi
melaporkan perbedaan karakteristik klinis digunakan untuk menghambat proses interaksi
dalam satu keluarga yang terinfeksi SARS- protein spike S1 di antaranya adalah umifenovir
CoV-2, antara lain demam, batuk, sesak/nyeri (Arbidol) (Blaising et al. 2013), baricitinib (Cantini
dada, kelelahan dan sakit tenggorokan dan di et al. 2020), chloroquine (Schrezenmeier dan
antaranya tidak menunjukkan gejala. Dorner 2020), camostat, nafamostat, gabexate,
Partikel SARS-CoV-2 tediri dari untai dan APNO1 (Rekombinan Human ACE2) (Lisi
tunggal positif asam ribonukleat (+ssRNA) et al. 2020). Chloroquine dan
yang dikelilingi oleh protein membran (M) dan hydroxychloroquine merupakan obat yang
protein envelope (E). SARS-CoV-2 juga paling sering digunakan untuk pengobatan
memiliki protein spike envelope (S) yang pasien COVID-19. Mekanisme kerja dari obat ini
mampu berinteraksi dengan reseptor adalah mengubah glikosilasi terminal dari ACE2
angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) yang menyebabkan gangguan aktivitas interaksi
pada sel inang (Mourad dan Levy 2020). partikel virus dengan sel inang (Sun et al. 2020).
Protein spike ini terdiri dari subunit 1 (S1) dan Tetapi, uji klinis menyebutkan bahwa
subunit 2 (S2), dimana protein spike S1 akan pengobatan chloroquine dan
berinteraksi dengan protein membran ACE2 hydroxychloroquine memiliki efek samping dan
sel inang. Interaksi ini akan mengubah memerlukan manajemen yang tepat dalam
konformasi membran sel inang dan pemakaiannya (Bahadur et al. 2020).

260
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 7 No 2 Thn 2020

Moringa oleifera atau yang lebih dikenal pada penelitian ini adalah YASARA version
sebagai kelor merupakan tanaman tropis yang 20.4.24 (de Groot et al. 1997), Molecular
dibudidayakan dan menjadi salah satu sumber Operating Environment (MOE) MOE 2008.10
nutrisi masyarakat Indonesia (Riastiwi et al. (Vilar et al. 2008), dan PyMOL versi 2.3.4
2018). Pada penelitian sebelumnya, M. oleifera (Schrödinger, LLC, USA, http://www.pymol.org/)
memiliki aktivitas antioksidan anti-aging
(Imamsari et al. 2018). Kandungan tanaman Evaluasi aktivitas biologis dan preparasi ligan
tersebut diketahui terutama flavonoid mampu Senyawa bioaktif yang dipilih dalam
mendenaturasi dan mengganggu fungsi docking ini adalah apiin, epicatechin, dan
banyak makromolekul termasuk ACE (Khan et hesperetin. Struktur 2D (2 Dimensi) dan 3D (3
al. 2019). Oleh karena itu, tujuan penelitian ini Dimensi) dari apiin, epicatechin, dan
adalah untuk memprediksi apakah senyawa hesperetin diperoleh dari PubChem database
bioaktif flavonoid dari M. oleifera antara lain (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/), yang
apiin, epicatechin, dan hesperetin mampu disajikan dalam Tabel 1. Langkah pertama
berinteraksi dengan reseptor ACE2, sehingga yang dilakukan untuk mengetahui apakah
berpeluang sebagai inhibitor interaksi SARS- senyawa yang dipilih memiliki spektrum
CoV-2 dan sel inang. Metode yang digunakan aktivitas biologis adalah analisis PASS
adalah melalui molecular docking. Hasil studi ini (prediction of activity spectra for substances)
diharapkan mampu memberikan pemodelan online (Lagunin et al. 2000). Software ini
molekuler dan pendekatan berbasis informatika memprediksi hampir 900 jenis aktivitas
dalam menjelaskan senyawa-senyawa bioaktif berdasarkan struktur suatu senyawa. Masing-
dari M. oleifera yang berpotensi sebagai masing struktur kemudian diubah menjadi
kandidat pencegahan infeksi SARS-CoV-2 bentuk file SMILES menggunakan software
secara alami. ChemDraw Professional 16.0 dan dianalisis
aktivitas biologisnya menggunakan software
BAHAN DAN METODE PASS online (http://www.way2drug.com/passonline/).
Untuk persiapan docking, maka
Tempat dan waktu penelitian masing-masing struktur selanjutnya
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium dipreparasi menggunakan software MOE
Biologi Molekuler, Fakultas Kesehatan, 2008.10. Persiapan meliputi optimasi
Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya pada geometri ligand dan pembuangan molekul air
bulan April sampai dengan Mei 2020. (H2O). Molekul ligan selanjutnya disimpan
dalam format sdf.
Bahan
Hardware yang digunakan adalah Persiapan struktur protein
Laptop Intel® Core™ i5–3340 M CPU Struktur protein ACE2 diperoleh dari
@2.700GhZ, 2.70 Ghz dengan sistem PDB (Protein Data Bank) pada website
operasi Microsoft Windows 10 pro dan 64 bits https://www.rcsb.org/, dengan PDB ID 1R4L
operating systems. Software yang digunakan (Tabel 2.) yang berasal dari organisme H.

Tabel 1. Prediksi PASS senyawa bioaktif

Senyawa Bioaktif Pa Pi Prediksi Aktivitas Biologis

Apiin (PubChem CID: 0,423 0,012 Antiviral (Hepatitis B)
46882564) 0,430 0,030 CDP–diacylglycerol–serine O–phosphatidyltransferase inhibitor
0,692 0,006 Antiviral (Influenza)
Epicatechin (PubChem
0,520 0,044 Antiviral (Rhinovirus)
CID 72276)
0,465 0,015 Antiviral (Herpes)
0,673 0,007 Antiviral (Influenza)
Hesperetin (PubChem CID 0,564 0,010 Antiviral (Rhinovirus)
72281) 0,455 0,004 Antiviral (Hepatitis B)
0,328 0,004 Inhibitor pemasukan virus ke dalam sel

Keterangan: Pa menunjukkan probalititas aktivitas senyawa, Pi mewakili probabilitas senyawa tidak aktif

261
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

Tabel 2. Data PDB makromolekul protein yang penempatan (triangle matcher) diulang
digunakan dengan pembacaan energi tiap posisi dan
parameter lain yang disesuaikan dengan
Spesifikasi MOE 2008.10. Hasil yang ditampilkan
PDB ID 1R4L adalah yang terbaik dari 100 pengulangan.
Organisme asal H. sapiens
Analisis docking
Metode analisis struktur X-ray crystallography Analisis docking dilakukan
Resolusi 3.00 Å menggunakan beberapa parameter dari
interaksi ligan-reseptor, yaitu energi ikatan
sapiens (Towler et al. 2004). Molekul ACE2 dan konstansta inhibisi (S) terendah, ikatan
disiapkan dengan menggunakan software hydrogen. Ikatan yang terjadi terutama
YASARA versi 20.4.24. Persiapan yang pada sisi aktif yaitu pada asam amino yang
dilakukan adalah pemisahan gugus H2O, sesuai akan dijadikan prediksi sementara
pemisahan ligan alami ((S,S)-2-{1-carboxy-2- serta kemampuan senyawa steroid dan
[3-(3,5-Dichloro-Benzyl)-3H-imidazol-4-YL]- flavonoid yang tertambat pada molekul
ethylamino}-4-methyl-pentanoic acid, N- protein sasaran yang terbesar akan
acetyl-D-glucosamine, ion zinc, dan klorida). dijadikan sebagai dasar penentuan
Struktur protein dan ligan yang telah senyawa dengan aktivitas terbaik (Mukund
dipisahkan selanjutnya disimpan dalam satu et al. 2019). Hasil docking kemudian di-
folder dengan format pdb. superposisikan dengan data asli (PDB ID
1R4L) dan divisualisasikan dengan program
Proses molecular docking PyMOL versi 2.3.4.
Molecular docking (penambatan
molekul) dilakukan menggunakan software HASIL DAN PEMBAHASAN
MOE 2008.10. Proses pertama dari
molecular docking adalah optimasi Interaksi berperan penting dalam
geometri struktur ligan yang akan diuji untuk perancangan obat berbasis struktural.
menghasilkan energi molekul terendah. Dalam penelitian ini, senyawa bioaktif
Senyawa ligan diperbaiki dengan dipilih berasal dari data sekunder Lin et al.
penambahan atom hidrogen dan muatan (2019) yang melakukan analisis M. oleifera
parsial gasteiger charges (Sliwoski et al. menggunakan ultra-performance liquid
2013). Masing-masing senyawa ligan chromatography quadrupole time-of-flight
selanjutnya disimpan dalam format mdb. mass spectrometry (UPLC-QTOF-MS).
Penentuan sisi aktif dari reseptor ACE2 Analisis PASS (Tabel 1) memprediksi apiiin
selanjutnya dilakukan untuk mengetahui memiliki aktivitas antivirus Hepatitis B
lokasi dan menghitung kemungkinan dengan nilai Pa (probablitias untuk aktif)
interaksi sisi aktif dengan ligan senyawa 0,423. Epicatehin memiliki nilai Pa 0,692
bioaktif dari koordinat atom (Rahman et al. sebagai antivirus influenza. Sedangkan
2019). 1R4L yang diunduh dari PDB adalah hesperetin memiliki prediksi dengan nilai Pa
dalam bentuk berikatan dengan ligan dan 0,673 untuk antiviral influenza.
molekul air, sehingga pada tahap persiapan Tabel 3 menyajikan hasil docking ligan
reseptor kedua molekul tersebut senyawa apiin, epicatechin, dan hesperetin
dihilangkan. Molekul air pada analisis ini terhadap struktur protein kristal ACE2. Pada
dihilangkan karena pada umumnya tidak analisis ini, molekul target protein ACE2 (PDB
terlibat pada pengikatan protein dan ligan, 1R4L) dipilih karena merupakan hasil dari
selain itu agar perhitungan docking lebih analisis X-ray kristalografi. Sebagaimana
mudah karena molekul air dapat telah diketahui, X-ray kristalografi merupakan
menyebabkan distorsi pada pencarian sisi teknik visualisasi struktur molekul pada
aktif (Parikh dan Kellogg 2014). resolusi atom dan menunjukkan struktur
Reseptor ACE2 dan ligan yang telah mendekati yang ada di dalam sel (Aitipamula
dipersiapkan selanjutnya disimulasikan dan Vangala 2017). 1R4L yang dipilih ini
dengan menu compute-simulation-dock berasal dari spesies H. sapiens agar hasil
pada software MOE 2008.10. Hasil docking docking yang dilakukan mendekati kondisi
disimpan dalam format mdb. Metode yang sebenarnya.

262
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 7 No 2 Thn 2020

Tabel 3. Hasil docking ligan senyawa terhadap struktur protein kristal ACE2

No Ligan mseq S E_conf E–place E_score1

1 Ligan (PDB ID 14RL), C19H23Cl2N3O4 1 –12.3654 3.0302 –76.4835 –12.3654

2 Apiin (PubChem CID: 46882564), 1 –14.2840 2.5530 –129.8022 –14.2840

C26H28O14

3 Epicatechin (PubChem CID 72276), 1 –14.8779 2.0000 –85.8271 –14.8779

C15H14O6

4 Hesperetin (PubChem CID 72281), 1 –14.8922 1.6000 –94.6347 –14.8922

C16H14O6

Energi ikatan dan konstansta inhibisi Gambar 1 hingga 4 menyajikan ligan

(S) hasil docking 1R4L menunjukkan potensi yang berinteraksi dengan sisi aktif dari
sebagai senyawa penghambat interaksi ACE2. Masing–masing ligan memiliki
ACE2 dan SARS-CoV-2. Berdasarkan residu asam amino yang menjadi target
analisis docking, hesperetin memiliki afinitas dalam proses docking. Interaksi
tertinggi dalam berikatan dengan residu asam ditampilkan secara 2D, dimana ligan
amino ACE2, yaitu glutamate sebesar 2,03 Å. ditampilkan dengan model ball dan stick,
Interaksi antara asam amino glutamat sedangkan kontak residu digambarkan
(Glu406) senyawa M. oleifera dan ACE2 dengan model line (garis).
diamati pada ikatan hidrogen yang terbentuk, Gambar 5 menyajikan superposisi dari
dimana ikatan ini terjadi jika jarak antara PDB ID14RL, ligan apiin, epicatechin, dan
hidrogen dengan atom elektronegatif berada hesperetin yang berikatan dengan sisi aktif
pada rentang 2,5–3,5 Å (Berg et al. 2002). dari ACE2. Superposisi ini dibuat sebagai
Tabel 4 menunjukkan interaksi ligan senyawa konfirmasi bahwa ligan yang di-docking dapat
dengan residu asam amino pada sisi aktif berperan sebagai inhibitor kompetitif
ACE2. Residu asam amino Glu406 menjadi potensial yang dapat mengikat sisi aktif
sisi aktif terbaik dari ligan hesperetin. ACE2.

263
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

Ikatan antara residu asam amino pada apigenin, luteolin, dan quercetin dari M.
sisi aktif dan ligan diharapkan mampu oleifera memiliki aktivitas mengikat ACE2 dan
menghilangkan fungsi enzimatik dari ACE2, berpotensi dalam menghambat infeksi SARS-
sehingga menurunkan interaksi SARS-CoV- CoV-2. Oo et al. (2016) melaporkan bahwa
2. Analisis in silico yang dilakukan Laksmiani hesperetin dan apiin memiliki aktivitas
et al. (2020) menunjukkan bahwa senyawa penghambatan infeksi Virus Chikungunya.

Tabel 4. Ikatan hidrogen antara ligan dan residu asam amino, serta panjang interaksinya

Senyawa Nomor Ikatan Hidrogen Panjang Residu Asam Amino

Ligan 1R4L 1 2,74 Arg273
2 2,93 Arg273
3 2,66 His345
4 2,70 His505
Apiin 1 2,68 His378
2 3,23 His378
3 2,79 Glu402
4 3,41 Glu402
5 2,68 His378
6 3,23 His378
7 3,25 Arg514
Epicatechin 1 3,43 Pro346
2 3,30 Thr371
Hesperetin 1 2,03 Glu406
2 3,25 Arg273
3 2,76 Thr371
4 3,06 Arg518

 Ikatan hidrogen terbentuk jika jarak antara hidrogen dengan atom elektronegatif berada pada rentang 2.5–3.5 Å

Gambar 1. Konformasi makromolekul ACE2 dan ligan 5-[3-[4-(3,5-dichloro-2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]-3-

oxopropyl]-5-methylimidazolidine-2,4-dione. (A) Animasi 2D ligan (warna kuning) dalam sisi aktif 1R4L;
(B) Interaksi ligan dengan residu asam amino dari ACE2. Komplek dihasilkan dari interaksi ligan MOE
2008.10

264
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 7 No 2 Thn 2020

Analisis fluorometric yang dilakukan oleh mencegah infeksi COVID-19.

Wang et al. (2009) menyebutkan bahwa apiin Pandemi virus corona pernah
memiliki aktivitas penghambatan infeksi virus menjangkit manusia dan hewan. Virus ini
Influenza melalui spesifitasnya dalam menyebabkan infeksi pernapasan,
berikatan dengan neuraminidase (NA). pencernaan, hati dan sistem saraf pusat (Su
Epicatechin dilaporkan memiliki potensi et al. 2020b). Munculnya varian virus corona,
dalam menghambat replikasi virus Hepatitis SARS-CoV-2, menjadikan ancaman besar
C (Lin et al. 2013). Uji in vivo yang dilakukan bagi kesehatan manusia di seluruh dunia.
Ferreira et al. (2018) menyebutkan epicatehin Upaya penemuan senyawa untuk mengatasi
dari Salacia crassifolia mampu menghambat infeksi SARS-CoV-2 dilakukan dengan
replikasi virus Mayaro penyebab Mayaro langkah identifikasi dan karakterisasi
Fever. Analisis docking yang dilakukan ini kandidat senyawa baru. Tanaman obat telah
memberikan gambaran potensi lebih lanjut, lama dikenal akan kandungan senyawa
hesperetin, epicatechin dan apiin sebagai bioaktifnya yang penting sebagai kandidat
antivirus dan besar kemungkinan memiliki agen antivirus yang kuat (Atanasov et al.
kemampuan yang sama dalam melawan dan 2015, Ogbole et al. 2018). Salah satu

Gambar 2. Konformasi–docking ACE2 dan ligan senyawa apiin. (A) Animasi 2D ligan (warna kuning) dalam sisi aktif
1R4L; (B) Interaksi ligan dengan residu asam amino dari ACE2. Komplek dihasilkan dari interaksi ligan
MOE 2008.10

Gambar 3. Konformasi–docking ACE2 dan ligan senyawa epicatechin. (A) Animasi 2D ligan (warna kuning) dalam sisi
aktif 1R4L; (B) Interaksi ligan dengan residu asam amino dari ACE2. Komplek dihasilkan dari interaksi ligan
MOE 2008.10

265
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

Gambar 4. Konformasi–docking ACE2 dan ligan senyawa hesperetin. (A) Animasi 2D ligan (warna kuning) dalam sisi
aktif 1R4L; (B) Interaksi ligan dengan residu asam amino dari ACE2. Komplek dihasilkan dari interaksi ligan
MOE 2008.10

Gambar 5. Representasi simulasi docking dari komplek ACE2 dengan ligan. Ketiga ligan ditampilkan dalam mode stik
berada di dalam sisi aktif dari 1R4L (warna silver), yaitu 5-[3-[4-(3,5-dichloro-2-methoxyphenyl)piperidin-1-
yl]-3-oxopropyl]-5-methylimidazolidine-2,4-dione (warna hijau), apiin (warna biru), epicatechin (warna
kuning), dan hesperetin (warna merah). Komplek dihasilkan dari PyMOL versi 2.3.4

266
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 7 No 2 Thn 2020

tanaman yang dikenal luas akan kandungan (Nomor: 361.94/UNUSA/Adm-LPPM/IV/2020)

senyawanya yang beragam adalah M. dan semua pihak yang telah membantu
oleifera (Feustel et al. 2017, Vergara-Jimenez terselesaikannya karya tulis ilmiah ini.
et al. 2017). Analisis docking merupakan
langkah awal dalam proses identifikasi DAFTAR PUSTAKA
senyawa yang mampu menghambat ikatan
reseptor protein spike SARS-CoV-2 pada Aitipamula S, Vangala VR (2017) X-ray
ACE2 sel H. sapiens. Apiin, epicatechin, dan crystallography and its role in
hesperetin termasuk ke dalam kelompok understanding the physicochemical
flavonoid, dimana pada umumnya, flavonoid properties of pharmaceutical cocrystals.
memiliki kemampuan dalam berikatan J Indian Inst Sci 97: 227-243. doi:
dengan reseptor seluler (Zakaryan et al. 10.1007/s41745-017-0026-4
2017), sehingga kemampuan ini diharapkan Atanasov AG, Waltenberger B, Pferschy-
dapat menghambat infeksi SARS-CoV-2. Wenzig EM, Linder T, Wawrosch C,
Ketiga ligan ini diseleksi dengan mencari Uhrin P, Temml V, Wang L, Schwaiger
struktur energi yang rendah. Struktur energi S, Heiss EH, Rolliger JM, Schuster D,
yang rendah menunjukkan kestabilan Breuss JM, Bochkov V, Mihovilovic MD,
konformasi struktur kimia yang akan Kopp B, Bauer R, Dirsch VM, Stuppner
memberikan hasil mendekati akurat ketika H (2015) Discovery and resupply of
proses docking (Huang et al. 2012). pharmacologically active plant-derived
natural products: A review. Biotechnol
KESIMPULAN Adv 33: 1582‐1614. doi:
10.1016/j.biotechadv.2015.08.001
Pandemi COVID-19 yang menyebar Bahadur S, Long W, Shuaib M (2020) Human
dengan cepat telah menjadi tantangan bagi coronaviruses with emphasis on the
seluruh institusi pendidikan untuk berkontribusi COVID-19 outbreak. Virusdisease 31:
dalam melawan infeksi SARS-CoV-2. Analisis 1-5. doi: 10.1007/s13337-020-00594-y
moleculer docking kompleks ACE2 dengan Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L (2002)
beberapa senyawa dari M. oleifera dilakukan Biochemistry. 5th edition. WH Freeman,
untuk mengidentifikasi ligan yang berpotensi New York
menghambat interaksi SARS-CoV-2 dengan Blaising J, Levy PL, Polyak SJ, Stanifer M,
sel manusia. Hasil analisis molecular docking Boulant S, Pecheur EI (2013) Arbidol
menunjukkan bahwa kandungan flavonoid inhibits viral entry by interfering with
pada M. oleifera seperti apiin, epicatechin dan clathrin-dependent trafficking. Antiviral
hesperetin memiliki afinitas pengikatan yang Res 100: 215-219. doi:
baik terhadap sisi aktif ACE2. Hasil skor MOE 10.1016/j.antiviral.2013.08.008
menunjukkan afinitas flavonoid dapat peringkat Cantini F, Niccoli L, Matarrese D, Nicastri E,
sebagai berikut oleh afinitas hesperetin > Stobbione P, Goletti D (2020) Baricitinib
epicatechin > apiin > C19H23Cl2N3O4. Hasil therapy in COVID-19: A pilot study on
analisis ini diharapkan mendukung dan safety and clinical impact. J Infect 81:
membantu peneliti yang akan melakukan 318-356. doi: 10.1016/j.iinf.2020.04.017
eksplorasi potensi senyawa bioaktif di de Groot BL, van Aalten DMF, Scheek RM,
laboratorium basah, terutama untuk senyawa Amadei A, Vriend G, Berendsen HJC
apiin, epicatechin dan hesperetin dalam terapi (1997) Prediction of protein
melawan COVID-19. Namun, studi lebih lanjut conformational freedom from distance
harus dilakukan untuk memvalidasi senyawa ini constraints. Proteins 29: 240-251. doi:
menggunakan model in vitro dan in vivo, 10.1002/(SICI)1097-
sehingga memberikan informasi lebih lanjut 0134(199710)29:2<240::AID-
bagi kandidat antiviral SARS-CoV-2. PROT11>3.0.CO;2-O
Ferreira PG, Ferraz AC, Figueiredo JE Lima
UCAPAN TERIMA KASIH CF, Rodrigues VG, Taranto AG,
Ferreira JMS, Brandão GC, Vieira–
Penulis menyampaikan terima kasih Filho SA, Duarte LP, de Brito
kepada Universitas Nahdlatul Ulama Magalhães CL, de Magalhães JC
Surabaya yang telah membiayai penelitian ini (2018) Detection of the antiviral activity

267
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

of epicatechin isolated from Salacia doi: 10.1093/bioinformatics/16.8.747

crassifolia (Celastraceae) against Laksmiani NPL, Larasanty LPF, Santika
Mayaro virus based on protein C AGGJ, Prayoga PAA, Dewi AAIK, Dewi
homology modelling and virtual NPA (2020) Active compounds activity
screening. Arch Virol 163: 1567‐1576. from medicinal plants against SARS-
doi:10.1007/s00705-018-3774-1 CoV-2 using in silico assay. Biomed
Feustel S, Ayón-Pérez F, Sandoval- Pharmacol J 13: 873-881. doi:
Rodriguez A, Rodriguez-Echevarria R, 10.13005/bpj/1953
Contreras-Salinas H, Armendariz- Lin YT, Wu YH, Tseng CK, Lin CK, Chen WC,
Borunda J, Sanchez-Orozco LV (2017) Hsu YC, Lee JC (2013) Green tea
Protective effects of Moringa oleifera on phenolic epicatechins inhibit hepatitis C
HBV genotypes C and H transiently virus replication via cycloxygenase-2
transfected Huh7 cells. J Immunol Res and attenuate virus-induced
2017: 6063850. doi inflammation. PLoS One 8: e54466. doi:
:10.1155/2017/6063850 /10.1371/journal.pone.0054466
Heller L, Mota CR, Greco DB (2020) COVID- Lin H, Zhu H, Tan J, Wang H, Wang Z, Li P,
19 faecal-oral transmission: Are we Zhao C, Liu J (2019) Comparative
asking the right questions? Sci Total analysis of chemical constituents of
Environ 729: 138919. doi: Moringa oleifera leaves from China and
10.1016/j.scitotenv.2020.138919 India by ultra-performance liquid
Huang W, Ravikumar KM, Parisien M, Yang chromatography coupled with
S (2016) Theoretical modeling of quadrupole-time-of-flight mass
multiprotein complexes by iSPOT: spectrometry. Molecules 24: 942. doi:
Integration of small-angle X-ray 10.3390/molecules24050942
scattering, hydroxyl radical footprinting, Lisi L, Lacal PM, Barbaccia ML, Graziani G
and computational docking. J Struct (2020) Approaching coronavirus
Biol 196: 340-349. doi: disease 2019: Mechanisms of action of
10.1016/j/jsb.2016.08.001 repurposed drugs with potential activity
Imamsari M, Koentjoro MP, Nurhayati AP against SARS-CoV-2. Biochem
Isdiantoni, Prasetyo EN (2018) In vivo Pharmacol 180: 114169. doi:
preliminary examination of Moringa 10.1016/j.bcp.2020.114169
oleifera leaves extract as antiaging Mourad JJ, Levy BI (2020) Interaction
candidate in Swiss webster male mice between RAAS inhibitors and ACE2 in
(Mus musculus). Int J Pharm Sci Res 9: the context of COVID-19. Nat Rev
3638-3646. doi: 10.13040/ IJPSR.0975- Cardiol 17: 313. doi: 10.1038/s41569-
8232.9(9).3638-46 020-0368-x
Jia H (2016) Pulmonary angiotensin–converting Mukund V, Behera SK, Alam A, Nagaraju GP
enzyme 2 (ACE2) and inflammatory lung (2019) Molecular docking analysis of
disease. Shock 46: 239-248. doi: nuclear factor-κB and genistein
10.1097/SHK.0000000000000633 interaction on the context of breast
Kementerian Kesehatan (2020) Pedoman cancer. Bioinformation 15: 11-17. doi:
Pencegahan dan Pengendalian 10.6026/97320630015011
Coronavirus Disease (COVID-19). Revisi Ogbole OO, Akinleye TE, Segun PA, Faleye
ke-3. Direktorat Jenderal Pencegahan TC, Adeniji AJ (2018) In vitro antiviral
dan Pengendalian Penyakit, activity of twenty-seven medicinal plant
Kementerian Kesehatan RI, Jakarta extracts from Southwest Nigeria against
Khan H, Jaiswal V, Kulshreshtha S, Khan A three serotypes of echoviruses. Virol J
(2019) Potential angiotensin converting 15: 110. doi: 10.1186/s12985-018-
enzyme inhibitors from Moringa oleifera. 1022-7
Recent Pat Biotechnol 13: 239-248. doi: Oo A, Hassandarvish P, Chin SP, Lee VS,
10.2174/1872208313666190211114229 Abu Bakar S, Zandi K (2016) In silico
Lagunin A, Stepanchikova A, Filimonov D, study on anti-Chikungunya virus activity
Poroikov V (2000) PASS: prediction of of hesperetin. Peer J 4: e2602. doi:
activity spectra for biologically active 10.7717/peerj.2602
substances. Bioinformatics 16: 747-748. Parikh HI, Kellogg GE (2014) Intuitive, but not

268
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 7 No 2 Thn 2020

simple: Including explicit water with AIDS. AIDS 34: 1575–1576. doi:
molecules in protein-protein docking 10.1097/QAD.0000000000002553
simulations improves model quality. Sun J, Chen YT, Fan XD, Wang XY, Han QY,
Proteins 82: 916-932. doi: Liu ZW (2020) Advances in the use of
10.1002/prot.24466 chloroquine and hydroxychloroquine for
Rahman N, Muhammad I, Gul-E-Nayab HK, the treatment of COVID-19. Postgrad
Aschner M, Filosa R, Daglia M (2019) Med 132: 604-613. doi:
Molecular docking of isolated alkaloids 10.1080/00325481.2020.1778982
for possible α-glucosidase inhibition. Towler P, Staker B, Prasad SG, Menon S,
Biomolecules 9: 544. doi: Tang J, Parsons T, Ryan D, Fisher M,
10.3390/biom9100544 Williams D, Dales NA, Patane MA,
Riastiwi I, Damayanto IPGP, Ridwan R, Pantoliano MW (2004) ACE2 X-ray
Handayani T, Leksonowati A (2018) structures reveal a large hinge-bending
Moringa oleifera distribution in Java and motion important for inhibitor binding
Lesser Sunda islands attributed with and catalysis. J Biol Chem 279: 17996-
annual rainfall. Biosaintifika 10: 613-621. 18007. doi: 10.1074/jbc.M311191200
doi: 10.15294/biosaintifika.v10i3.16115 Vergara-Jimenez M, Almatrafi MM,
Saha P, Banerjee AK, Tripathi PP, Srivastava Fernandez ML (2017) Bioactive
AK, Ray U (2020) A virus that has gone components in Moringa oleifera leaves
viral: Amino acid mutation in S protein protect against chronic disease.
of Indian isolate of coronavirus COVID- Antioxidants (Basel) 6: 91. doi:
19 might impact receptor binding, and 10.3390/antiox6040091
thus, infectivity. Biosci Rep 40: Vilar S, Cozza G, Moro S (2008) Medicinal
BSR20201312. doi: chemistry and the molecular operating
10.1042/bsr20201312 environment (MOE): Application of
Schrezenmeier E, Dorner T (2020) QSAR and molecular docking to drug
Mechanisms of action of discovery. Curr Top Med Chem 8:
hydroxychloroquine and chloroquine: 1555-1572. doi:
Implication for rheumatology. Nat Rev 10.2174/156802608786786624
Rheumatol 16: 155-156. doi: Wang HD, Du GH, Liu A (2009) Evaluation for
10.1038/s41584-020-0372-x inhibitory effects of natural flavonoids
Sharifi N, Souri E, Ziai AS, Amin G, Amanlou on neuraminidases. Chinese J New
M (2013) Discovery of new angiotensin Drugs 15: 1435-1439
converting enzyme (ACE) inhibitors WHO (2020) Report of the WHO-China Joint
from medicinal plants to treat Mission on Coronavirus Disease 2019
hypertension using an in vitro assay. (COVID-19). World Health
Daru 21: 74. doi: 10.1186/2008-2231- Organization, Geneva Switzerland
21-74 Wiese O, Zemlin AE, Pillay TS (2020)
Sliwoski G, Kothiwale S, Meiler J, Lowe Jr EW Molecules in pathogenesis: Angiotensin
(2013) Computational methods in drug converting enzyme 2 (ACE2). J Clin
discovery. Pharmacol Rev 66: 334‐395. Pathol 2020: 1-6. doi:10.1136/jclinpath-
doi: 10.1124/pr.112.007336 2020-206954
Su L, Ma X, Yu H, Zhang Z, Bian P, Han Y, Xia S, Liu M, Wang C, Xu W, Lan Q, Feng S,
Sun J, Liu Y, Yang C, Geng J, Zhang Z, Qi F, Bao L, Du L, Liu S, Qin C, Sun F,
Gai Z (2020a) The different clinical Shi Z, Zhu Y, Jiang S, Lu L (2020)
characteristics of corona virus disease Inhibition of SARS-CoV-2 (previously
cases between children and their 2019-nCoV) infection by a highly potent
families in China – the character of pan-coronavirus fusion inhibitor
children with COVID-19. Emerg targeting its spike protein that harbors a
Microbes Infect 9: 707-713. doi: high capacity to mediate membrane
10.1080/22221751.2020.1744483 fusion. Cell Res 30: 343-355. doi:
Su J, Shen X, Ni Q, Zhao H, Cai J, Zhu B, Wu 10.1038/s41422-020-0305-x
W, Lang G, Xu K, Sheng J (2020b) Xu J, Zhao S, Teng T, Abdalla AE, Zhu W, Xie
Infection of severe acute respiratory L, Wang Y, Guo X (2020) Systmetic
syndrome coronavirus 2 in a patient comparison of two animal-to-human

269
Potensi Senyawa Bioaktif Tanaman Kelor... Koentjoro et al.

transmitted human coronavirusses: Arch Virol 162: 2539‐2551. doi:

SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Viruses 10.1007/s00705-017-3417-y
12: 244. doi: 10.3390/v12020244 Zheng YY, Ma YT, Zhang JY, Xie X (2020)
Zakaryan H, Arabyan E, Oo A, Zandi K (2017) COVID-19 and the cardiovascular
Flavonoids: Promising natural system. Nat Rev Cardiol 17: 259-260.
compounds against viral infections. doi: 10.1038/ s41569-020-0360-5

270