20.

320, notes for 9/13
Thursday, September 13, 2012
9:36 AM

Coming Assignments
1st part of design project coming up, assigned 9/14 (tomorrow) and due 9/21.

Last time
We covered ITC and mentioned Mass Spec.

Co‐Immunoprecipitation (Co‐IP) and Mass Spectrometry (MS)
Co‐IP, as the name implies, is about precipitating a particular protein by attaching it to antibodies, and 
then looking to see what else gets dragged down with it. It's a way to see what other proteins the first 
one reacts with. The purpose of Co‐IP is discovery of a particular protein's interactions,  not finding the 
particular affinity with which any of those interactions happens.

This is usually done in conjunction  with Western Blotting, where additional antibodies are used to detect 
the presence of Co‐precipitated proteins. This is a targeted technique, where you have to be looking for 
a particular protein. 

MS, on the other hand, is not targeted. It's a technique for discovery, that allows you to find out what 
got Co‐IP'd with no previous expectations or bias about it. The path to protein discovery, then, is:

1. IP
2. Digestion with trypsin (an enzyme that cuts proteins into peptides)
3. Analyze peptides with liquid chromatography (LC) and MS.

MS can give you the masses of unknown peptides by fragmenting and measuring the charge‐to‐mass 
(m/z) ratio of all the fragments. With some computational  analysis, you can identify the proteins. MS 
fragmentation gives you the sequence. Note that it does not show you function,  Kd, or protein 
structure, but it's still extremely useful for identification. (Note that it is possible to get some structural 
information by crosslinking the protein together to form stable bonds other than those of the primary 
amino acid ribbon).

Combined with Co‐IP,  MS can give you evidence of interaction. Proteins  that are associated will 

precipitate together, but note that they may be only indirectly associated. That, you'll also miss some 
protein complexes if they're not stable enough to undergo the MS process. Also, finally, remember that 
this is not a real‐time analysis. Still, it's one of the most powerful techniques  we have.

FRET: Fӧrster Resonance Energy Transfer
FRET is the molecular ruler, a way to determine whether two things interact (or ever come close to each 
other) in living cells. It's based on two fluorophores which normally fluoresce one way, but that will 
change their pattern of fluorescence when brought to a certain, very close proximity. Rather than 
fluoresce on its own, a donor will transfer its excitation energy to the donor, which will then fluoresce at 
a wavelength that otherwise doesn't show up. Donor and acceptor FRET probes have to be stuck onto 
protein and ligand.

20.320 Notes Page 1

You need to chose fluorophores such that the emission spectrum for one overlaps with the excitation 
spectrum of the other.

Limitations
A big one is relatively low sensitivity. It's limited by the overlap in adsorption spectra between donor 
and acceptor. The donor must emit within the excitation spectrum of the acceptor, and whatever 
energy is emitted outside that overlap will be lost. Choose your fluorophores to have the right overlap.

It's also possible for good probes to not interact well; location of the probe is critical.  If you put them 
both on the far side of P and L, away from the interaction site, the probes may not come close enough 
to work. On the other hand, the probes may accidentally be placed on the interaction site itself, thus 
messing up the effect you hoped to see. 

Another issue is the size of the probes themselves. Since in many cases they are GFP or other 
fluorescent proteins (~30kDa), they can sometimes be even larger than the P or L we want to analyze. 
You need to genetically encode fusion proteins, and then make sure that expression and/or localization 
isn't fundamentally changed.

Mostly, it's a pain. 

20.320 Notes Page 2

Strengths
Live‐cell imaging
Transient information

Primary Ligation Assay, PLA
This is an alternative to FRET, which we can do on fixed and permeabilized cells (dead on a microscope 
slide, but retaining their structure).

1. Fix cells
2. Permeabilize to allow access by DNA and antibodies
3. Add antibodies with single‐stranded DNA (ssDNA) probes
4. Add complementary DNA that bind to probes in proximity
5. Add more DNA that circularizes the previous, creating a circular template for Rolling Circle 
Amplification (RCA)
6. Allow Phi29 DNA Polymerase to carry out RCA, creating a long repetitive copy of the circularizing 
probe.
7. Add fluorescent DNA that is targeted for the repeats above, and now you get a massively 
amplified fluorescent signal.

Benefits

20.320 Notes Page 3

Great amplification. 1000's of fluorophores per interaction.

Limitations
Requires antibodies to your targets.

Not real‐time, though you can take lots of snapshots and compare them.

Surface Plasmon Resonance (SPR)
We have techniques for detecting the existence of interactions. We don't yet, however, know Kd. Why 
do we care so much about it, and how can we measure it? Remember that the components of Kd are kon
and koff.

kon
This constant is the on‐rate, the rate at which the complex forms. It's typically governed by diffusion, 
because the proteins need to find themselves first and it's hard to get them to do that faster than 
diffusion.

koff
This constant is mostly governed by interactions within the complex itself.

Biacore is the name of the company that dominated the SPR market, and so SPR is something called that 
also. The technique is based on oscillations in a thin film of material excited by incident light. Surface 
plasmons are surface electromagnetic waves that move along the boundary between the metal (a thin 
gold film) and the external medium (an aqueous solution in our case). These waves are very sensitive to 
the mass of particles attached to the surface, and are thus used to detect the absorptions of molecules 
onto it.

20.320 Notes Page 4

 Courtesy of Sari Sabban. Used with permission.
Source: S. Sabban, “Development of an in Vitro Model System for Studying the Interaction of Equus
Caballus IgE with Its High-Affinity FcεRI Receptor,” Ph.D. Thesis, The University of Sheffield, Sheffield, 2011.

Onto this surface we can covalently attach a bunch of proteins. If we then wash over a second protein, 
we will be able to detect interactions by changes in the mass of attached groups. It's all measured by 
resonance units of the SPR resonance angle, which can give us  a very precise indication.

1 Resonance Unit (RU) = 0.0001° (fraction of resonance angle) = 1pg/mm2.

20.320 Notes Page 5

Out of simplicity, we'll call the attached stuff ligand and the flowing stuff protein. 

It works best when you attach a small molecule to the surface and flow a larger protein on top. Since 
what you measure is a change in mass, attaching the larger molecule to start with will make your 
measurement much more difficult. If you bind small ligands, about 107 proteins is the lower detection 
limit. If we were to bind large ligands and try to detect very small proteins, we might need as many as 
1010.

Graph interpretation
During SPR, we look at a graph of RU over time.

Higher concentrations  of the same ligand will lead to a higher RU count. 

And we can plot these concentrations  against the effect that they have.

20.320 Notes Page 6

Look familiar? It's the same principle as with our previous titration analysis. When ligand is in excess, we 
can use the same approximation as before. Fractional saturation, Y, becomes Rueq/RUmax.

Obtaining our parameters
One of the advantages of SPR is that we can get measurements that more directly relate to the 
parameters we want, kon and koff. If we look at the dissociation phase and the change of complex 
concentration (which, again, is related to the RU count), we can measure the dissociation constant. It's 
related to the half‐life of the complex.

20.320 Notes Page 7

20.320 Notes Page 8
MIT OpenCourseWare
http://ocw.mit.edu

20.320 Analysis of Biomolecular and Cellular Systems

Fall 2012

For information about citing these materials or our Terms of Use, visit: http://ocw.mit.edu/terms.