Protein-­‐ligand

 docking  with  MOE:  introduction  

Taras  V.  Pogorelov,  

School  of  Chemical  Sciences,  University  of  Illinois  at  Urbana-­‐Champaign  

April  20,  2011  
 
This  tutorial  is  designed  to  introduce  docking  calculations  using  MOE:  preparation  
of  ligand:  minimization  in  gas  phase  and  solution,  analysis  of  the  active  site  of  a  
protein-­‐ligand  complex  with  known  structure,  docking  of  new  ligand  to  the  protein  
with  Dock,  and  analysis  of  the  docked  complexes.      

We  start  with  a  minimization  of  a  potential  model  ligand  (dicoumarol),  investigate  

binding  of  duroquinone  to  an  oxidoreductase  in  a  crystallized  complex,  and  dock  
dicoumarol  to  the  oxidoreductase.  
The  system  of  interest  is  NAD(P)H/quinone  acceptor  oxidoreductase  (QR1/NQ01).  
The  apoenzyme  structures  of  human  (at  1.7-­‐Å  resolution)  and  mouse  (2.8  Å)  QR1  
and  the  complex  of  the  human  enzyme  with  the  substrate  duroquinone-­‐DQN  (2.5  Å)  
(2,3,5,6-­‐  tetramethyl-­‐p-­‐benzoquinone)  are  available.  
(Faig  et  al.,  PNAS  97,  3177-­‐3182,  2000,  PBD  ID  1DXO)  
Estimated  time  to  complete  this  tutorial  is  2.5  hrs.  

Part  I  Initial  preparation  of  dicoumarol  

1.  Software  
VizLab:    MOE,  ChemDraw,  Avogardo,  text  editor,  graphing  software  of  your  choice.  
2.  Starting  MOE  on  triton    

Note:  this  tutorial  can  be  completed  on  a  local  computer  if  MOE  is  installed.    
Connect  to  the  School  cluster,  triton:  
>ssh  –Y  triton  

Make  new  directory  for  current  tutorial:  

>mkdir  moe-­‐tutorial-­‐dock-­‐1  
Go  to  the  newly  made  directory:  
>cd  moe-­‐tutorial-­‐dock-­‐1  

Start  MOE:  
>moe  

  1  
(This  command  is  alias  for  /mnt/linux/moe/moe2010/bin-­‐lnux/moe)  
The  main  window  of  MOE  will  appear:  

 
 
3.  Load  dicoumarol  structure  to  MOE  
Note:  the  pdb  version  of  dicoumarol  structure  was  created  using  Avogardo:  read  in  
the  ChemDraw  cdx  file,  let  Avogadro  create  (planar)  structure  and  save  as  pdb.  
Note:  you  can  build  the  structure  in  the  MOE  builder.  
To  chose  representation  you  like:  go  Render-­‐>  Atoms-­‐>  select  icon  of  your  choice.  
To  personalize  the  background  color:  Render  -­‐>  Setup  and  for  atoms  color  use  the  
Atom  tab  in  the  lower  right  corner  of  the  main  window.  

  2  
  
Inspect  the  newly  loaded  structure:  is  it  planar?  Are  hydrogen  atoms  present  and  in  
the  plane?    
 
4.  MOE  minimization  of  dicoumarol  in  gas  phase  
Note:  the  following  list  will  be  used  almost  every  time  when  you  need  to  set  up  a  
simulation  
Step  1:  Select  the  force  field:  Window-­‐>Potential  Setup.    

Select  MMFF94x:  ForceField-­‐>Load-­‐>  MMFF94x  

Select  gas  phase  simulation:  Solvation-­‐>Gas  Phase  
Increase  cutoffs:  from  8/10  Å  to  10/12  Å.  The  resulting  Potential  Setup  window:  

  3  
    
Note:  which  force  field  components  are  enabled?  What  is  the  role  of  dielectric  
constant  in  the  setup?    
Note:  partial  charges  need  to  be  calculated.  Click  Apply  if  highlighted.  

Step  2:  calculate  charges.  Compute-­‐>  Partial  Charges.  Select  MMFF94  force  field:  

 
Click  OK.  Display  calculated  charges:  Render-­‐>Atoms-­‐>Charges  or  use  the  Atoms  tab  
in  the  lower  right  corner.  
Inspect  the  calculated  charges.  
Hint:  by  default  charges  will  be  displayed  in  white.  Use  the  Effects  &  Text  tab  in  the  
Visualization  Setup  (Render-­‐>Setup)  to  select  the  color  of  your  choice  (here  is  blue)  
 

  4  
  
Save  your  results  in  the  MOE  format:  dicoumarol-­‐charges.moe  
 
Step  3:  Minimization.  

First  observe  current  energy:  GizMOE-­‐>Energy.    

Reflect  on  the  value:  is  conformation  stable?  Why?  Record  the  value.  (see  above  Fig)  

Set  up  minimization:  Compute-­‐>  Energy  Minimize.  Select  MMFF94x  force  field.  
Change  gradient  to  0.0001:  

 
Click  OK.  
Record  the  total  energy  and  contributing  terms:  Compute-­‐>  Potential  Energy.  
Save  your  results  in  the  MOE  format:  dicoumarol_min_gas.moe  

Reflect:  is  the  new  conformation  more  stable  with  respect  to  the  initial  one?    
How  each  term  contributes  to  the  stability?  Is  geometry  planar?  Why?  

  5  
Repeat  minimization  few  more  times  until  energy  value  stop  changing.  
Review  and  summarize  the  steps  we  followed  for  minimization:  we  will  need  them  
often.  
5.  MOE  minimization  of  dicoumarol  in  solution  
Now  we  will  study  how  presence  of  explicit  water  molecules  changes  the  minimized  
conformation.  
Step  1:  add  solvent  

Close  nay  molecules  you  might  have  open  in  the  main  window.  
Load  the  initial  dicoumarol  structure  we  made    (dicoumarol-­‐charges.moe  -­‐  prior  to  
minimization  in  gas  phase).  
Add  water:  Edit-­‐>Build-­‐>Water  Soak.  Soak  Mode:  Sphere.  Increase  solvent  layer  
width  to  10Å:  

 
Click  OK.  Inspect  the  system.  

  6  
  
Step  2:  minimize  the  solvated  system  using  the  protocol  above:  calculate  partial  
charges,  select  “Gas  Phase”  (since  water  is  explicit),  set  cut  off  to  0.01.  

Inspect  resulting  dicoumarol  structure:  is  the  structure  planar?  How  it  compares  to  
the  structure  minimized  in  gas  phase?  Why  are  they  different?  
Hint:  hide  water  molecules  during  minimization  to  simplify  view:  Hide-­‐>Solvent  
Step  3:  analysis  
Record  the  total  energy  and  contributing  components  (Compute-­‐>Potential  Energy)  

Step  4:  save  dicoumarol  (only)  in  the  MOE  format  (dicoumarol_only_min_wat.moe):  
open  Window-­‐>  Sequence  Editor.  Click  on  the  button  1,  LIG  chain.  File  -­‐>  Save,  
highlight  “Only  Selected”  and  choose  “Chain”  from  the  menu.  
Close  structure:  File  -­‐>  Close  

 
Part  II  Preparation  and  analysis  of  NQO1  complex  structure  
1.  Prepare  NQO1  structure  
Step  1.  Download  NQO1  structure  from  PDB.org  using  MOE  

File  -­‐>  RCSB  Download.  Enter  PDB  ID  (1dxo)  and  select  buttons  “Copy  Protein  in  
MOE”  and  “Uncompress  Files  after  Download”,  see  Figure.  

  7  
  
Protein-­‐ligand  complexes  will  be  displayed:  

 
 Step  2.  Extract  one  homodimer  and  its  ligands  
Open  Sequence  Editor  (click  SEQ  button  in  the  upper  right  corner)  and  select  chains  
to  be  deleted:  

  8  
  
Right  mouse  click  and  select  “Delete  Selected  Chains”  or  Edit  -­‐>  Delete  Selected  
Chains.  Render  in  Ribbons:  use  Ribbon  tab  in  the  lower  right  corner.  

   
Save  remaining  homodimer  and  ligands  as  a  pdb  file,  1dxo_1.pdb.  
Close  Molecule:  File  -­‐>  Close  

2.  Analysis  of  ligand-­‐protein  interaction  in  1DXO  structure  

Step  0:  Load  1dxo_1.pdb  

Step  1:  Observe  ligands  with  Ligand-­‐>2D  molecules.  Click  through  icon  depicting  
detected  planar  molecules.  

  9  
  
 
 

Step  2.  Protonate  the  system.  

Note:  Crystal  structure  of  the  complex  does  not  have  hydrogen  atoms,  which  are  
needed  for  future  analysis.    
Launch  LigX:    click  LigX  button.    
LigX  -­‐>  OK.  Hydrogen  atoms  and  partial  charges  will  be  added  to  the  complex.  
Minimization  will  be  performed  while  side  chains  of  the  protein  are  kept  rigid  and  
ligand  is  flexible.  This  will  take  few  minutes.  Operation  is  complete  when  messages  
are  removed  from  the  main  MOE  window.    

  10  
Step  3.  2D  ligand  interaction  diagram.  
Ligand-­‐>  Ligand  Interactions.  Observe  the  types  of  interactions  detected.    

 
Click  Isolate  to  show  only  atoms  close  to  the  ligand  of  interest.  

 
Step  4.  Electrostatic  Map  of  the  active  site  
Surface  -­‐>  Surfaces  and  Maps  -­‐>  Electrostatic  Map.  Click  Create.  

  11  
  
The  electrostatic  map  will  be  displayed  in  the  MOE  window.  

 
Study  the  map  and  see  what  kind  of  modifications  can  be  energetically  favorable.  
Notice  the  hydrophobic  patches  shown  in  white.    
Surface  and  Maps  -­‐>  Hide.  

Step  5  Ligand  properties,  VdW  map,  hydrogen  bonds,  and  binding  free  energy.  
Show  ligand  properties:  Ligand  -­‐>  Ligand  Properties.    
Run  minimization,  Ligand  -­‐>  Minimize  and  Energy  will  be  displayed.  

Surfaces  and  Maps  -­‐>  Surface  -­‐>  Interaction  (VDW)  will  be  shown.  Observe  steric  
clashes  and  voids  for  ligands  expansion.    

  12  
  
Save  the  system:  LigX  -­‐>  Save,  1dxo_ligand.moe  
Step  7:  Modification  of  the  ligand.  (independent)  
Chose  atom  to  modify.  Open  Builder.  Select  atom  to  modify  and  click  needed  group  
in  the  Builder  window.  When  modification  is  complete  perform  minimization,  LigX  -­‐
>  Minimize.  Compare  affinity  and  binding  free  energy  of  the  modified  ligand.  
Construct  Interaction  Map  as  above  and  compare  as  well.  
Part  III  Docking  of  dicoumarol  to  NQO1  complex  

Idea:  use  NQO1  complex  with  DQ  to  dock  solvated  and  minimized  dicoumarol,  using  
DQ  location  as  docking  site  location.  

Step  1:  Load  a  single  homodimer  with  two  docked  DQ.  File  -­‐>  Open  -­‐>  1dxo_1.pdb.  
Step  2:  Protonate  the  complex:  Compute  -­‐>  Protonate  3D  
Step  3:  Load  minimized  in  water  dicoumarol.  File  -­‐>  Open  -­‐>  
dicoumarol_only_min_wat.moe  
Step  4:  Prepare  Dock:  Compute  -­‐>  Simulations  -­‐  >  Dock.  Open  Sequence  Editor  and  
Click  on  DQN  residue  of  Chain  4.  Match  the  Dock  menu  to  the  Figure  below.  
Selections  of  Receptor  and  Ligand  are  made  to  corresponding  structures,  where  
“Site”  is  assigned  to  “Selected  Residue,”  which  correspond  to  the  selected  DQ.  Click  
Run.  

  13  
  
Step  5:  Studying  docking  conformations.  Once  docking  in  complete  Database  Viewer  
will  display  results.  To  observe  the  conformations  open  Database  Browser:  
Database  Viewer  -­‐>  File  -­‐>  Browse.  Hint:  to  have  a  better  visibility  of  changes  chose  
different  Atom  representations  for  dicoumarol  and  LIG  after  selecting  them  in  
Sequence  Editor.  Or  select  DQN  in  the  chain  4  and  Hide-­‐>  Unselected.  Browse  
through  results.    

 
To  improve  the  result,  choose  1st  predicted  complex,  remove  DQN  residue  of  Chain  4  
and  extra  LIG  of  chain  5  (in  Sequence  Editor).  Now  minimize  the  new  complex.  Save  
the  structure.  Figure  below  shows  the  1st  complex  after  minimization,  dicoumarol  
(in  pick),  FAD  (in  gray/blue)  and  energy  value.  

  14  
  
Study  interactions  between  dicoumarol  and  the  protein  pocket:  Ligand-­‐>  Ligand  
Interactions.  

 
Step  6  (independent):  Use  the  minimized  complex  to  study  active  site  as  in  Section  
II.2  now  with  dicoumarol  docked.  Start  modifying  decorations  of  dicoumarol  and  
repeat.  
Note:  Quality  of  the  docked  complex  can  be  improved  by  performing  refinement  
using  force  filed  selection  in  the  Dock  menu.  
 
 

  15  
7.  Summary  
This  tutorial  introduced  analysis  of  ligand-­‐protein  complexes,  preparation  of  ligands  
for  docking  and  docking  using  Dock  in  MOE  environment.  
8.  Contact  
If  you  found  errors/typos  or  have  suggestions  or  comments  on  material  in  this  
tutorial  please  contact  us  at  the  SCS  Computer  Center.  We  are  looking  forward  to  
hearing  from  you.  
9.  Acknowledgment  
We  are  very  grateful  to  the  Chemical  Computing  Group,  especially  Ms.  Patricia  
Middleton,  and  for  generous  support  in  providing  us  with  MOE  teaching  licenses.  
We  also  like  to  thank  Ms.  Elizabeth  Parkinson  (Hergenrother  Lab)  for  suggesting  the  
model  system  used  in  this  tutorial.  
 

  16