Proteomic Profiling Methods and Protocols 1st Edition Anton Posch (Eds.) pdf download
Proteomic Profiling Methods and Protocols 1st Edition Anton Posch (Eds.) pdf download
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Microsatellites Methods and Protocols 1st Edition
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Proteomic Profiling Methods and Protocols 1st Edition
Anton Posch (Eds.) Digital Instant Download
Author(s): Anton Posch (eds.)
ISBN(s): 9781493925490, 1493925490
Edition: 1
File Details: PDF, 14.73 MB
Year: 2015
Language: english
Methods in
Molecular Biology 1295
Proteomic
Profiling
Methods and Protocols
METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY
Series Editor
John M. Walker
School of Life and Medical Sciences
University of Hertfordshire
Hatfield, Hertfordshire, AL10 9AB, UK
Edited by
Anton Posch
Bio-Rad Laboratories GmbH, Munich, Germany
Editor
Anton Posch
Bio-Rad Laboratories GmbH
Munich, Germany
This volume is a comprehensive continuation and extension of a book called “2D PAGE:
Sample Preparation and Fractionation” which was published in 2008.
This book presents the latest developments of the main pillars of protein analysis,
namely sample preparation, separation, and characterization. Individual technologies of
each pillar combined into complementary and robust workflows render proteomic analysis
of complex biological samples even more powerful and are the prerequisite to gain maximum
value from biological samples in a single experiment.
In this volume, basic but important sample preparation protocols are described again,
followed by sophisticated procedures to enrich for specific protein classes and completed by
the detailed description of integrated workflows for comprehensive protein analysis and
characterization. The authors of the individual chapters are well-known protein biochem-
ists, and all of them have set value to provide a detailed representation of their lab work and
to share important tips and tricks for a successful and reproducible employment of their
precious protocols in other laboratories.
This book is for students of Biochemistry, Biomedicine, Biology, and Genomics and
will be an invaluable source for the experienced, practicing scientist, too.
v
Contents
Preface. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xi
vii
viii Contents
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497
Contributors
xi
xii Contributors
ERIC COX • Biochemistry, Cellular and Molecular Biology Graduate Program, Johns
Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USA; Solomon H. Snyder
Department of Neuroscience, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore,
MD, USA; Department of Pharmacology and Molecular Sciences, Johns Hopkins
University School of Medicine, Baltimore, MD, USA
ALIREZA DEHGHANI • Institute for Biochemistry and Molecular Biology, University of Bonn,
Bonn, Germany
EDOUARD DELAIVE • URBC-NARILIS, Université de Namur, Namur, Belgium
JINGJING DENG • Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, Kimmel
Center for Biology and Medicine at the Skirball Institute, New York University School
of Medicine, New York, NY, USA
MARC DIEU • URBC-NARILIS, Université de Namur, Namur, Belgium
CAROLA EBERHAGEN • Institute of Molecular Toxicology and Pharmacology, Helmholtz Center
Munich, German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany
LUTZ ANDREAS EICHACKER • Center of Organelle Research, University of Stavanger,
Stavanger, Norway
CLAUDIA EINER • Institute of Molecular Toxicology and Pharmacology, Helmholtz Center
Munich, German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany
MICHAELA D. FILIOU • Max Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany
THOMAS FRANZ • Max Planck Institute for Biology of Ageing, Cologne, Germany
YONG SONG GHO • Department of Life Sciences, Pohang University of Science
and Technology, Pohang, Republic of Korea
JENNIFER E. GILDA • Department of Neurobiology, Physiology, and Behavior, University
of California, Davis, CA, USA
OKSANA GNEDENKO • Institute of Biomedical Chemistry, Moscow, Russia
SIMON GÖDDEKE • Institute of Clinical Biochemistry and Pathobiochemistry, German Diabetes
Center, Leibniz Center for Diabetes Research at Heinrich Heine University, Duesseldorf,
Germany; German Center for Diabetes Research (DZD), Duesseldorf, Germany
STANLEY GOLDBERG • Glen Mills Inc., Clifton, NJ, USA
ALDRIN V. GOMES • Department of Neurobiology, Physiology, and Behavior, University
of California, Davis, CA, USA; Department of Physiology and Membrane Biology,
University of California, Davis, CA, USA
DAVID W. GREENING • Department of Biochemistry, La Trobe Institute for Molecular
Science, La Trobe University, Melbourne, Australia
ANJA GRIEBEL • SERVA Electrophoresis GmbH, Heidelberg, Germany
NICOLA GROLL • Department of Protein Analytics, NMI Natural and Medical Sciences
Institute at the University of Tuebingen, Reutlingen, Germany
RAVI GUPTA • Department of Plant Bioscience, Pusan National University, Miryang,
Republic of Korea
CATHERINE GUZZO • Department of Biochemistry and Molecular Biology, Bloomberg School
of Public Health, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, USA
ADRIANA HARBERS • Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA
HANS-ULRICH HÄRING • Division of Endocrinology, Diabetology, Angiology, Nephrology,
Pathobiochemistry and Clinical Chemistry, Department of Internal Medicine, University
of Tübingen, Tübingen, Germany; Institute for Diabetes Research and Metabolic Diseases
of the Helmholtz Zentrum München at the University of Tübingen, Tübingen, Germany;
German Center for Diabetes Research (DZD), Duesseldorf, Germany
Contributors xiii
Ainsi, les étoiles, les soleils, les planètes, les mondes, les
comètes, les étoiles filantes, les uranolithes, en un mot tous les
corps constitutifs de ce vaste univers reposent non sur des bases
solides, comme semblait l’exiger la conception primitive et enfantine
de nos pères, mais sur les forces invisibles et immatérielles qui
régissent leurs mouvements. Ces milliards de corps célestes ont
leurs mouvements respectifs pour cause de stabilité et s’appuient
mutuellement les uns sur les autres à travers le vide qui les sépare.
L’esprit qui saurait faire abstraction du temps et de l’espace verrait la
Terre, les planètes, le Soleil, les étoiles, pleuvoir d’un ciel sans
limites, dans toutes les directions imaginables, comme des gouttes
emportées par les tourbillons d’une gigantesque tempête et attirées
non par une base, mais par l’attraction de chacune et de toutes;
chacune de ces gouttes cosmiques, chacun de ces mondes, chacun
de ces soleils est emporté par une vitesse si rapide que le vol des
boulets de canon n’est que repos en comparaison: ce n’est ni cent,
ni cinq cents, ni mille mètres par seconde, c’est dix mille, vingt mille,
cinquante mille, cent mille et même deux ou trois cent mille mètres
par seconde!
Comment des rencontres n’arrivent-elles pas au milieu de pareils
mouvements? Peut-être s’en produit-il: les «étoiles temporaires» qui
semblent renaître de leurs cendres, paraîtraient l’indiquer. Mais, en
fait, des rencontres ne pourraient que difficilement se produire,
parce que l’espace est immense relativement aux dimensions des
corps célestes, et parce que le mouvement dont chaque corps est
animé l’empêche précisément de subir passivement l’attraction d’un
autre corps et de tomber sur lui: il garde son mouvement propre, qui
ne peut être détruit, et glisse autour du foyer qui l’attire comme un
papillon qui obéirait à l’attraction d’une flamme sans s’y brûler.
D’ailleurs, absolument parlant, ces mouvements ne sont pas
«rapides».
En effet, tout cela court, vole, tombe, roule, se précipite à travers
le vide, mais à de telles distances respectives que tout paraît en
repos! Si nous voulions placer en un cadre de la dimension de Paris
les astres dont la distance a été mesurée jusqu’à ce jour, l’étoile la
plus proche serait placée à 2 kilomètres du Soleil, dont la Terre serait
éloignée à 1 centimètre, Jupiter à 5 centimètres et Neptune à 30. La
61e du Cygne serait à 4 kilomètres, Sirius à 10 kilomètres, l’étoile
polaire à 27 kilomètres, etc., et l’immense majorité des étoiles
resterait au delà du département de la Seine. Eh bien, en animant
tous ces projectiles de leurs mouvements relatifs, la Terre devrait
employer une année à parcourir son orbite d’un centimètre de rayon,
Jupiter douze ans à parcourir la sienne de cinq centimètres, et
Neptune, cent soixante-cinq ans. Les mouvements propres du Soleil
et des étoiles seraient du même ordre. C’est dire que tout paraîtrait
en repos, même au microscope. Uranie règne avec calme et sérénité
dans l’immensité de l’univers.
Or, la constitution de l’univers sidéral est l’image de celle des
corps que nous appelons matériels. Tout corps, organique ou
inorganique, homme, animal, plante, pierre, fer, bronze, est
composé de molécules en mouvement perpétuel et qui ne se
touchent pas. Ces molécules sont elles-mêmes composées d’atomes
qui ne se touchent pas. Chacun de ces atomes est infiniment petit et
invisible, non seulement aux yeux, non seulement au microscope,
mais même à la pensée, puisqu’il est possible que ces atomes ne
soient que des centres de forces. On a calculé que dans une tête
d’épingle il n’y a pas moins de huit sextillions d’atomes, soit huit
mille milliards de milliards, et que dans 1 centimètre cube d’air il n’y
a pas moins d’un sextillion de molécules. Tous ces atomes, toutes
ces molécules sont en mouvement sous l’influence des forces qui les
régissent, et, relativement à leurs dimensions, de grandes distances
les séparent. Nous pouvons même penser qu’il n’y a en principe
qu’un genre d’atomes, et que c’est le nombre des atomes primitifs,
essentiellement simples et homogènes, leurs modes d’arrangements
et leurs mouvements qui constituent la diversité des molécules: une
molécule d’or, de fer, ne différerait d’une molécule de soufre,
d’oxygène, d’hydrogène, etc., que par le nombre, la disposition et le
mouvement des atomes primitifs qui la composent; chaque molécule
serait un système, un microcosme.
Mais, quelle que soit l’idée que l’on se fasse de la constitution
intime des corps, la vérité aujourd’hui reconnue et désormais
incontestable est que le point fixe cherché par notre imagination
n’existe nulle part. Archimède peut réclamer en vain un point d’appui
pour soulever le monde. Les mondes comme les atomes reposent
sur l’invisible, sur la force immatérielle; tout se meut, sollicité par
l’attraction et comme à la recherche de ce point fixe qui se dérobe à
mesure qu’on le poursuit, et qui n’existe pas, puisque dans l’infini le
centre est partout et nulle part. Les esprits prétendus positifs, qui
affirment avec tant d’assurance que «la matière règne seule avec
ses propriétés», et qui sourient dédaigneusement des recherches
des penseurs, devraient d’abord nous dire ce qu’ils entendent par ce
fameux mot de «matière». S’ils ne s’arrêtaient pas à la superficie des
choses, s’ils soupçonnaient que les apparences cachent des réalités
intangibles, ils seraient sans doute un peu plus modestes.
Pour nous, qui cherchons la vérité sans idées préconçues et sans
esprit de système, il nous semble que l’essence de la matière reste
aussi mystérieuse que l’essence de la force, l’univers visible n’étant
point du tout ce qu’il paraît être à nos sens. En fait, cet univers
visible est composé d’atomes invisibles; il repose sur le vide, et les
forces qui le régissent sont en elles-mêmes immatérielles et
invisibles. Il serait moins hardi de penser que la matière n’existe pas,
que tout est dynamisme, que de prétendre affirmer l’existence d’un
univers exclusivement matériel. Quant au soutien matériel du
monde, il a disparu, remarque assez piquante, précisément avec les
conquêtes de la Mécanique, qui proclament le triomphe de l’invisible.
Le point fixe s’évanouit dans l’universelle pondération des pouvoirs,
dans l’idéale harmonie des vibrations de l’éther; plus on le cherche,
moins on le trouve; et le dernier effort de notre pensée a pour
dernier appui, pour suprême réalité, l’infini.
V
Elle se tenait debout, dans sa chaste nudité, les bras élevés vers
sa chevelure dont elle tordait les masses souples et opulentes,
qu’elle s’efforçait d’assujettir au sommet de sa tête. C’était une
beauté juvénile, qui n’avait pas encore atteint la perfection et
l’ampleur des formes définitives, mais qui en approchait, rayonnant
dans l’auréole de sa dix-septième année.
Enfant de Venise, sa carnation, d’une blancheur légèrement
rosée, laissait deviner sous sa transparence, la circulation d’une sève
ardente et forte; ses yeux brillaient d’un éclat mystérieux et
troublant, et la rougeur veloutée de ses lèvres légèrement
entr’ouvertes faisait déjà songer au fruit autant qu’à la fleur.
Elle était merveilleusement belle ainsi, et si quelque nouveau
Pâris avait reçu mission de lui décerner la palme, je ne sais s’il eût
mis à ses pieds celle de la grâce, de l’élégance ou de la beauté, tant
elle semblait réunir le charme vivant de la séduction moderne aux
calmes perfections de la beauté classique.
Le plus heureux, le plus inattendu des hasards nous avait amenés
devant elle, le peintre Falero et moi. Par un lumineux après-midi du
printemps dernier, nous promenant sur les bords de la mer, nous
avions traversé l’un de ces bois d’oliviers au triste feuillage que l’on
rencontre entre Nice et Monaco, et, sans nous en apercevoir, nous
avions pénétré dans une propriété particulière ouverte du côté de la
plage. Un sentier pittoresque montait en serpentant vers la colline.
Nous venions de passer au-dessus d’un bosquet d’orangers dont les
pommes d’or rappelaient le jardin des Hespérides; l’air était
parfumé, le ciel d’un bleu profond, et nous discourions sur un
parallèle entre l’art et la science lorsque mon compagnon, arrêté
tout à coup comme par une fascination irrésistible, me fit signe de
me taire et de regarder.
Derrière les massifs de cactus et de figuiers de Barbarie, à
quelques pas devant nous, une salle de bain somptueuse, ayant sa
fenêtre ouverte du côté du soleil, nous laissait voir, non loin d’une
vasque de marbre dans laquelle un jet d’eau retombait avec un doux
murmure, la jeune fille inconnue, debout devant une colossale
psyché qui, de la tête aux pieds, reflétait son image. Sans doute le
bruit du jet d’eau l’empêcha-t-il d’entendre notre approche.
Discrètement — ou plutôt indiscrètement — nous restâmes derrière
les cactus, regardant, muets, immobiles.
Elle était belle, semblant s’ignorer elle-même. Les pieds sur une
peau de tigre, elle ne se pressait point. Trouvant sa longue chevelure
encore trop humide, elle la laissa retomber sur son corps, se
retourna de notre côté et vint cueillir une rose sur une table voisine
de la fenêtre; puis, revenant vers l’immense miroir, elle se remit à sa
coiffure, la compléta tranquillement, plaça la petite rose entre deux
torsades et, tournant le dos au soleil, se pencha, sans doute pour
prendre son premier vêtement. Mais soudain elle se releva, poussa
un cri perçant et se cacha la tête dans les mains, en se mettant à
courir vers un coin sombre.
Nous avons toujours pensé, depuis, qu’un mouvement de nos
têtes avait trahi notre présence, ou que, par un jeu du miroir, elle
nous avait aperçus. Quoi qu’il en soit, nous crûmes prudent de
revenir sur nos pas, et, par le même sentier, nous redescendîmes
vers la mer.
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