Sa mga kabanata 21-30 ng 'El Filibusterismo', tinalakay ang mga kaganapan sa iba't ibang mukha ng Maynila, ang pagpapaabot ng mga estudyante sa kanilang mga adhikain, at ang mga pag-aalala sa mga paskil na nagdulot ng tensyon sa lipunan. Ipinakita ang pag-aalaga ni Basilio kay Kapitan Tiago at ang pagkalungkot ni Simoun sa pagkawala ni Maria Clara, pati na rin ang paghimok para sa reporma na nag-udyok ng takot sa gobyerno. Sa huli, nagkaroon ng malupit na mga pangyayari na nagdulot ng pagkabahala, kabilang ang pagkakahuli kay Basilio at ang mga pagsubok na dinaranas ni Huli.