Resistance of key gram-negative pathogens of nosocomial infections in Russia (RUS)
1 like183 views
Документ рассматривает проблему антибиотикорезистентности основных грамотрицательных бактериальных возбудителей нозокомиальных инфекций в России, таких как Enterobacterales, Pseudomonas и Acinetobacter. Приведены данные о мониторинге устойчивости, результаты многоцентровых исследований и приоритетные патогены для разработки новых антибиотиков. Указаны проблемы, связанные с распространением карбапенемазопродуцирующих штаммов и высокими уровнями резистентности к антибиотикам среди этих микроорганизмов.
Resistance of key gram-negative pathogens of nosocomial infections in Russia (RUS)
- 1. Антибиотикорезистентность основных грамотрицательных возбудителей нозокомиальных инфекций в России: Enterobacterales, Pseudomonas, Acinetobacter М.В. Эйдельштейн НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России
- 2. Национальные и международные системы мониторинга антибиотикорезистентности Отдельные примеры… Система (программа) мониторинга Поддержка Antimicrobial resistance interactive database (EARS-Net) European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC Central Asian and Eastern European Surveillance of Antimicrobial Resistance (CAESAR) World Health Organization, WHO Global Antimicrobial Resistance Surveillance System (GLASS) World Health Organization, WHO Second Generation Surveillance System (SGSS) Public Health England, PHE, UK CDDEP ResistanceMap Center for Disease Dynamics, Economics & Policy, CDDEP, USA BSAC Resistance Surveillance Programme British Society for Antimicrobial Chemotherapy, UK Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART) Merck Sharp & Dohme Idea Inc. SENTRY Antimicrobial Surveillance Program JMI Laboratories Antimicrobial Testing Leadership and Surveillance (ATLAS) Pfizer Inc. ● Сбор данных из локальных центров ● Сбор изолятов и централизованное тестирование
- 3. Многоцентровые исследования антибиотико- резистентности нозокомиальных возбудителей в России ● NPRS (1997-99) – только Грам (-) в ОРИТ ● RESORT (2002-03) – только ОРИТ ● REVANSH (2005-08) – все НИ ● MARATHON (2011-19-…) ● APEX (2006-18) – карбапенемазопродуцирующие Acinetobacter, Pseudomonas, Enterobacterales XDR) Сбор изолятов и данных в виде ИРК (100-150 в год из каждого стационара) Централизованное тестирование в лаборатории НИИАХ НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ)
- 4. СПИСОК ВОЗ ПРИОРИТЕТНЫХ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И СОЗДАНИЯ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ ПРИОРИТЕТ №1: КРИТИЧЕСКИ ВЫСОКИЙ УРОВЕНЬ Acinetobacter baumannii (Р к карбапенемам) Pseudomonas aeruginosa (Р к карбапенемам) Enterobacteriaceae (Р к карбапенемам, ЦС III) ПРИОРИТЕТ №2: ВЫСОКИЙ УРОВЕНЬ Enterococcus faecium (Р к ванкомицину) Staphylococcus aureus (Р к метициллину, У/Р к ванкомицину) Helicobacter pylori (Р к кларитромицину) Campylobacter spp. (Р к фторхинолонам) Salmonellae (Р к фторхинолонам) Neisseria gonorrhoeae (Р к цефалоспоринам, фторхинолонам) ПРИОРИТЕТ №3: СРЕДНИЙ УРОВЕНЬ Streptococcus pneumoniae (НЧ к пенициллину) Haemophilus influenzae (Р к ампициллину) Shigella spp. (Р к фторхинолонам) ВОЗ, Женева, 27 февраля 2017 г.
- 5. 23.0 26.1 19.1 18.0 17.6 10.0 10.9 13.0 13.8 17.2 9.2 12.4 15.8 20.5 23.28.5 10.2 7.6 11.1 14.2 21.8 19.1 18.1 11.9 8.7 11.9 5.6 6.7 6.2 6.1 2002-04 (n=4574) 2006-08 (n=3026) 2010-12 (n=1819) 2013-14 (n=3880) 2015-16 (n=5731) P. aeruginosa A. baumannii K. pneumoniae E. coli S. aureus Enterococcus Другие виды Изменение доли (%) основных бактериальных возбудителей в этиологии нозокомиальных инфекций в РФ Данные многоцентровых исследований НИИАХ / МАКМАХ. http://AMRmap.ru
- 7. Устойчивость нозокомиальных изолятов энтеробактерий к различным антибиотикам МАРАФОН 2015-16: 27 городов РФ http://AMRmap.net/?id=Vq8od251Z021Z10
- 8. Динамика устойчивости нозокомиальных изолятов энтеробактерий к ЦС III-IV в РФ (1997-2016) http://AMRmap.net/?id=CXht909qv46qv10 Цефтазидим (N=9001) Цефотаксим (N=9001) Цефепим (N=8801) http://AMRmap.net/?id=LI0Ne26oK49oK10 http://AMRmap.net/?id=YMqsy122k512k10
- 9. Карбапенемы?
- 10. Динамика устойчивости нозокомиальных изолятов энтеробактерий к карбапенемам в РФ (2002-2016) http://AMRmap.net/?id=XUWSl39b635b614 http://AMRmap.net/?id=GnAfB17NI36NI14 http://AMRmap.net/?id=twlVq46YU36YU14 Имипенем (N=7410) Меропенем (N=7392) Эртапенем (N=7392) У Р
- 11. Металло--лактамазы (MBL): Класс B: VIM, IMP, NDM, SPM, GIM, SIM, AIM, KHM, TMB, DIM, FIM,.. Сериновые карбапенемазы: Класс A: KPC, GESGlu170Ser/Asn, NMC, SME, IMI Класс D: группа OXA-48 (Enterobacterales) группы OXA-23 OXA-24/40 OXA-58 OXA-143 Приобретенные карбапенемазы Грам(-) бактерий (Acinetobacter spp.)
- 12. Распространениe карбапенемазо- продуцирующих энтеробактерий (CPE) в РФ 2006-16: CPE изоляты (n=927) из 23 городов http://AMRmap.net/?id=IK3IM53md31md19; http://AMRmap.net/?id=ek4ck467K327K19
- 13. Резистентность CPE к различным антибиотикам http://AMRmap.net/?id=XH5Xy49Ok59Ok19
- 14. Москва 2016 Смоленск 2015 Новосибирск 2013, 2015 Челябинск 2015 Омск 2014Тольятти 2013 Улан-Удэ 2016 Плазмидная устойчивость к колистину (mcr) в РФ Ретроспективный анализ (изоляты из коллекции НИИАХ, 2013-2016 гг.) Клинические изоляты E. coli mcr-1 (n=11 / 2293): нозокомиальные (n=6), внебольничные (n=5) Сочетанная резистентность к ЦСIII-IV (n=7), ФХ (n=10) Azizov I. et al. ECCMID 2019
- 15. ST11(NDM) ST11(OXA-48) ST14(VIM) ST15(NDM) ST15(OXA-48) ST17(OXA-48) ST23(OXA-48) ST29(VIM) ST45(NDM) ST48(NDM) ST48(OXA-48) ST70(OXA-48) ST101(OXA-48) ST147(NDM) ST147(OXA-48) ST218(OXA-48) ST258(KPC) ST307(OXA-48) ST336(OXA-48) ST377(OXA-48) ST383(NDM) ST383(OXA-48) ST395(NDM) ST395(NDM+OXA-48) ST395(OXA-48) ST437(NDM) ST437(OXA-48) ST895(OXA-48) ST1160(NDM) ST1160(NDM+OXA-48) ST1440(OXA-48) ST2499(OXA-48) ST3228(OXA-48) ST3229(OXA-48) Москва 1 1 1 1 1 3 2 1 7 2 11 2 4 23 1 Краснодар 1 2 2 4 1 1 4 1 9 2 1 Ижевск 10 Омск 1 1 1 13 Казань 6 Ростов-на-Дону 5 Смоленск 2 1 С.-Петербург 2 1 1 1 1 1 3 3 1 1 7 Томск 1 1 2 1 2 Наб. Челны 1 12 Тюмень 1 1 Якутск 1 Петрозаводск 1 2 Мурманск 1 OXA-48 NDM VIM OXA-48+NDM KPC Edelstein et al., P1292,ECCMID 2017; https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/ Генотипы CP K. pneumoniae в стационарах разных городов ST23 Ser. K1 OXA-48+CTX-M-15 Гипервирулентный и множественно резистентный штамм
- 16. «Классические» нозокомиальные штаммы K. pneumoniae (cKp) клональные группы (CG) 258, 14, 15,.. обычно возбудители нозокомиальных инфекций как правило MDR множественные гены резистентности в составе плазмид (включая гены ESBL и карбапенемаз) «Гипервирулентные» штаммы K. pneumoniae (hvKp) CG23, 380, 375, 86,.. (капсульные серотипы K1, K2, K5, K16, K20, K54, K57) тяжелые внебольничные инфекции (абсцесс печени и других органов у пациентов без предрасполагающих факторов, метастатическое распространение в другие локусы) гены вирулентности в составе хромосомных островов патогенности и плазмид обычно сохраняют чувствительность ко многим АБ K. pneumoniae: РЕЗИСТЕНТНОСТЬ И ВИРУЛЕНТНОСТЬ Разные штаммы – разные эволюционные стратегии? Bialek-Davenet, et al. Emerg Infect Dis. 2014;20:1812-20
- 17. K. pneumoniae – СУПЕРПАТОГЕН: ПРИОБРЕТЕНИЕ ПЛАЗМИД РЕЗИСТЕНТНОСТИ ГИПЕРВИРУЛЕНТНЫМ ШТАММОМ ST23 Циркуляция в РФ «гипермукоидных» штаммов сер. K1, K2, K20 и K57 Преобладание ST23 (сер. K1) Первое описание в РФ штамма ST23 (сер. K1), несущего две плазмиды резистентности с генами blaCTX-M-15 и blaOXA-48
- 19. Acinetobacter baumannii Оппортунистический возбудитель, способный вызывать различные нозокомиальные инфекции, прежде всего, ВАП Значительно реже вызывает инфекции вне стационара Один из наиболее проблемных возбудителей, обладающих множественной лекарственной устойчивостью, представитель группы «ESKAPE» (глобальное распространение XDR и появление PDR штаммов)
- 20. Устойчивость нозокомиальных изолятов A. baumannii к различным антибиотикам МАРАФОН 2015-2016: 26 городов РФ http://AMRmap.net/?id=Z1DBe21LV50LV05
- 21. Динамика устойчивости к карбапенемам нозокомиальных изолятов A. baumannii в РФ (1998-2016) http://AMRmap.net/?id=1SKWy20QS13QS06http://AMRmap.net/?id=EP80Y44Wb19Wb06
- 22. http://AMRmap.net/?id=DPpG1425X355X06 http://AMRmap.net/?id=1SKWy20QS13QS06 Распространениe карбапенемазо- продуцирующих изолятов A. baumannii в РФ 1998-2016: CP изоляты (n=1823) из 34 городов
- 23. Глобальное распространение устойчивости к карбапенемам у A. baumannii: роль международных клонов “высокого риска” Международная клональная линия 2 (ICL2) – CC92Oxf / CC2Pas объединяет наибольшее число описанных изолятов с устойчивостью к карбапенемам Международная клональная линия 1 (ICL1) – CC109Oxf / CC1Pas вторая по частоте встречаемости карбапенеморезистентных изолятов группа Распространены в большинстве стран на всех континентах, часто несут гены приобретенных карбапенемаз (группы OXA-23, OXA-24/40 и OXA-58, VIM, IMP,..)
- 24. БД и веб-платформа для анализа данных SNP-типирования http://snpt.antibiotic.ru A. baumannii (SNPTAb) P. aeruginosa (SNPTPa) Данные SNP-типирования 2887 изолятов из России, Беларуси и Казахстана + SNP-профили 172 изолятов из 17 стран Данные SNP-типирования 814 изолятов из России + SNP-профили 3139 изолятов из 51 страны
- 28. Изменение доли трех доминирующих линий и отдельных генотипов в популяции клинических штаммов A. baumannii в РФ (2013-2017) http://snpt.antibiotic.ru; Shek E. et al. ECCMID 2017 25.8 25.1 15.2 13.8 6.3 6.5 6.6 3.8 17 22.7 6.9 5.1 5.9 3.2 3.4 4.9 2013-2015 (n=1040) 2016-2017 (n=1071) SNP-type 12 SNP-type 5 SNP-type 19 SNP-type 35 SNP-type 23 SNP-type 21 SNP-type 7 SNP-type 4 SNP-type 76 SNP-type 20 SNP-type 26 SNP-type 44 SNP-type 8 SNP-type 17 SNP-type 16 SNP-type 1 % % 59.3 54.4 17.8 24.6 15.7 11.9 2013-2015 (n=1040) 2016-2017 (n=1071) ICL1 CC944-Oxf ICL2 p=0.025 p=0.0001 p=0.0114 % %
- 29. CC944 в 26 гродах России и Беларуси ?
- 31. Pseudomonas aeruginosa Встречается повсеместно, в разных экологических нишах: в водной среде, у растений, животных и человека Способна вызывать различные острые и хронические инфекций, в особенности, у лиц с ослабленным иммунитетом и пациентов с муковисцидозом Один из наиболее частых возбудителей нозокомиальных инфекций Наряду с A. baumannii – наиболее проблемный возбудитель в контексте множественной антибиотикорезистентности, представитель группы ESKAPE
- 32. Устойчивость нозокомиальных изолятов P. aeruginosa к различным антибиотикам МАРАФОН 2015-2016: 27 городов РФ http://AMRmap.net/?id=jKOlO307X077X10
- 33. Динамика устойчивости нозокомиальных изолятов P. aeruginosa к основным -лактамам в РФ (2002-2016) http://AMRmap.ru/
- 34. http://AMRmap.net/?id=XzSBI346w026w14; http://AMRmap.net/?id=YXMiP48aw16aw14 Dissemination of carbapenemase-producing P. aeruginosa in Russia 2002-2016: CP isolates (n=1752) from 39 cities
- 35. Устойчивость MBL-продуцирующих изолятов P. aeruginosa к различным антибиотикам 1829 изолятов из 45 городов РФ (2002-2018 гг.) VIM (n=1818), IMP (n=10), NDM (n=1) http://AMRmap.ru/?id=hdgch08iW31iW10
- 36. Периодическое появление, быстрое распространение и смена успешных клонов ДЛЯ P. aeruginosa ХАРАКТЕРНА ЭПИДЕМИЧЕСКАЯ ПОПУЛЯЦИОННАЯ СТРУКТУРА
- 37. Эпидемическое распространение P. aeruginosa ST235 VIM-2 в России, Беларуси и Казахстане В 2002-2010 гг. 96,5% МБЛ+ штаммов принадлежали к эпидемическому клону ST235 VIM-2
- 38. ST235 / СС235 – наиболее проблемный международный клон «высокого риска» Глобальное распространение. Частота встречаемости варьирует в разных странах Исключительная способность к приобретению различных генов резистентности, включая гены карбапенемаз практически всех типов, описанных у P. aeruginosa Высокая вирулентность (T3SS ExoU+)
- 39. 1.5% 22.9% 43.1% 37.6% 29.8% 1997-99 (n=540) 2002-04 (n=1012) 2006-07 (n=779) 2011-13 (n=574) 2015-16 (n=1243) Изменение доли СС235 в популяции нозокомиальных штаммов P. aeruginosa в РФ за 18 лет Данные SNP типирования 4148 изолятов p=0.0487 p=0.0005 Edelstein et al. P1835. ECCMID 2012 Sheck et al. O0753. ECCMID 2018
- 40. VIM carbapenemase GES-5 carbapenemase Carbapenemase (-) ExoU (Leu-447) ExoU (Pro-447) ExoU (-) РасстояниеХэмминга 4.82 3.6 2.4 1.2 0.0 128 129 45 47 46 125 39 58 85 165 100 122 127 5 9 114 135 59 124 57 117 138 109 156 154 155 152 162 167 168 161 110 158 2 3 6 8 31 32 116 131 10 134 132 133 141 142 35 91 38 123 60 139 50 51 84 86 166 157 159 160 33 40 41 34 121 42 44 137 144 12 21 75 63 64 15 72 150 49 66 126 52 118 105 107 130 102 146 53 136 54 55 83 169 1 71 17 4 18 43 26 95 62 14 103 36 13 16 92 93 106 101 99 56 67 82 87 7 11 30 119 89 90 108 147 94 98 96 48 140 68 145 143 80 81 163 74 88 22 73 37 61 104 19 20 23 24 29 77 164 25 113 115 69 70 28 76 79 120 27 111 112 78 149 151 97 153 65 148 Ca-se. % ExoU, % 0 53 106 159 212 Nизолятов СС235 СС654 СС245 CC244 CC234 CC357 CC111 CC313 Данные SNP-типирования 925 изолятов (169 SNP-типов) из 35 городов РФ (1997-2016) Распространенность клонов, ExoU и карбапенемаз Sheck et al. O0753. ECCMID 2018
- 41. CC235 CC244 CC654 CC111 CC234 Что мы видим сейчас?
- 42. ГЕОГРАФИЧЕСКОЕ РАСПРОСТРАНЕНИЕ ОСНОВНЫХ КЛОНОВ «ВЫСОКОГО РИСКА» В РФ 2015 г.: СС654 (VIM+) в 9 городах http://snpt.antibiotic.ru
- 44. Амикацин Ципрофлоксацин Имипенем Меропенем Цефтазидим Цефепим 935 изолятов, 169 генотипов Распределение МПК антисинегнойных препаратов для различных клонов P. aeruginosa http://snpt.antibiotic.ru http://amrmap.ru CC235 CC244CC654 CC234 CC357CC245 Основные клоны, связанные с множественной резистентностью: